Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 5934 cluster # 5934       Sequences # 3       consensus # 1

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_5934#0 length = 2749 sequences # 3  
consensusID : consensus_5934#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 2749
fasta sequence 
                              [GGACATACTTGAGTACAAACCAGAGCTTGAGCTACTGGGAGTTCATGTTGCCTTTAAACAGAATTACCAGCTGCTAGTTGACAACTTCAGTCTCATTAGAGATCAAATTACTCCTGATGTCACCATACTGATGCTCAAGTGCCTTCGATATGCTGAGATACCTCAACATTTTGCTAAAAAGCTGAAAGAGCTGAAATGGTTGAAGACTTGTCTTGGCTTCAGAGCTCCTCCTGGAACTTTCCTCGTTAATGATGATTGGAAATGTCTTCTGAATATTGTTGATGATGTACCGCTGCTTGATTTGAAGTTCTATGGAGATGAAATTAGGGTGTACGCAGGAGAGTTAAGGAAGGTTAGTGTAATCGTTGGCTTTATAGAGGCAAGTAAGGCAATTGCCTGTAGAGTCACGAAACTGTTATGTTCTTCCTTGTTTACAGAGGAGAGGGGAGTTGCCATGCTGGAATGCTACAGAGAACTTAGTACCAAGCATGGAAAGTTACCTGTTGATCTTGCCAATTGCATGAAGTATGAGAGATGGCTGCATACATCACTTGGATTCAGAGCTCCTCAGGAAGCAATTATTTTTGGTTCTGAATGGGAACATGTTTCTAAAATTTCCAATCTACCCTTCATTGATGATTATTATTATTCTGAGTATGGCCAGGGGAAAGGTATCAGCATCTACAGAGATGAACTAATGGCCTTGGGTGCCAAGGCTGAACTAAAACATGGAGCACCCTTTGTCATCTCTGGACTCAAAATTCCTCATGATGCTTCAGCTATTACACCAGAAGCTGTTATATCATTGCTGAAGTGCATCAGGAGCTGGAAAATGCTTGGCTCAGCTTTACCTGACAATTTCATGAGCTCAATCAACCTGAGGTGGGTGAAGACGACTGCAGGATATAGGCATCCCAAGAATTGTCTCCTGTTTGGTCCTGCCTGCTCTTCTCTTCACAGGGATGATGGCCCCTTCGTAGATGAAGTGTTTTATGGGCAGGAGATATTGTCATATGAGAGTGAGCTGCACACATTAGGAGTTATTGTGGATGCTAGGGCTGGCTGTGCGCTGATGGCGCAGTGCTTAAAGAGTTGCTCTAATGGCGATGCAATTTCCAGGATATACTCATATTTGGAGGCATTACGTTGGAAGCCTCGCAATGCTAACGATAATTGGATTTGGGTACCACAGGGAAGTGATAATGGACAGTGGGTGAGCCCAGATCGTTGTGTTCTTTATGACAGAAATAGCCTCTTTGGCTCTCAGCTCCATGTTTTGGTAACATGGTACGACTACAAGCTACTTAGGTTTTTCAAAACTGTTTTTGGTGTGAAGGGTCATCCAACGATTGGCGACTACTGCAGGCTCTGGATCATGTGGCAGAACTCCAAATCCACTCCGACACCAAAAGATTGTGCTGCTTTCTTTGAATTTGTTGATAAGAATTGGAACACAGAAATTGGCAAGTACCTTGCTGGATCCATCACAAAAGTTCCTGTCTGCTCAGAAGATCGGATCTTGCTACTTCCGAAGCAGGATGTGTTCATTCCAGATGATCTGCTGCTGGAGGATTTGTTCAGGATGCAGGCTGAGCAACCTTTATTTGTATGGTATCCACCAGCTAGCTTGTCTCTCTTATCTCCAGCAAAACTAAATGAGATTTATAGCACTGTTGGTGTCCAGAAAATATCCAAGGTTGTTACGCGGGATGAATCTGAGGACTTGAAGCTCGATCATTCGCTAACCATGGTTCAGAAAGGAACCGTGATCAAACCTGGCTTGCTCAGGATCATACTAGCATTTCTTGCAGATCCTGCTCTCGACTTTCCTGCTGAAAAGAGGCATGAAATGGTATCATGCCTCACCAATGTGGTTGTCTATGAGACAGCTATGCCTCTCACAGTGAGCTATCAGGTAGGGCTTTCTTCAGGAAGAAGCTTGAACGTTAAATCTGCACGGATTTTCCGCT-GGAAAGGGAGGAATCCAGAATTTTCATGACTAGGAATTTCGGGTCGGCGTCACTGGAGAATGCGGAGAGGGTACAGTGTGCAGCATATTTTGCTGAGGAGATATCAAAAGGGTTGTTGTTTGAGAGAACAGACCAAGTTCCTGCTCTCGCTGAGCTTATCATGGCTGGGTTTCTGTTGGACTTTGATGTTCCTGCTGTTCGGTTTCTGTTGAAGTTCAAGAACGTAAGGCTGCTTGAGGACGATGAACAGTTCTGCAGCTACCTTGCATAGTAACAAATCATGTTAAATGTTACTCCATTTGGATACTGCAACTCTGCGAGTCACTAATTCCCCCCTGTTTATCTGCATCAAAGTTTATTTTTTTATGTGCAAAGCCGCACTGGACTTCTGGACCACTACATGTGTACTCGTATGGAGAATGGTGGTTTATCATCGTGGCATAGCAAACTTTTTTGTTCTTGGGAGACAGAGTATGAGGCCGCAGGATTGAGCGATGCAAATTATTGCGTTGTCATGTTCAAGAGTTTGTTGTTTCGTTATGCTATCTCTATTATTAATGCTAATTATCAACTATGGCATGAATGCTTCCGAAAAAGAAACTGTGGCATATGGAAGTGT-GTTTGTGTTAGCCATATATCGGNGCCTTCATACTTCAATTTAATCTTTATCGATGGTATTCGATATGAATGATAGTCTCCTATATAAACTATGNTTTCCTTANATAACCATT-GCCTTCCTTTTTTGAAGTAATAAATAAGTGGTTTCCTTAAAAAAAAAA]

[+] EMBL AK064139             [GGACATACTTGAGTACAAACCAGAGCTTGAGCTACTGGGAGTTCATGTTGCCTTTAAACAGAATTACCAGCTGCTAGTTGACAACTTCAGTCTCATTAGAGATCAAATTACTCCTGATGTCACCATACTGATGCTCAAGTGCCTTCGATATGCTGAGATACCTCAACATTTTGCTAAAAAGCTGAAAGAGCTGAAATGGTTGAAGACTTGTCTTGGCTTCAGAGCTCCTCCTGGAACTTTCCTCGTTAATGATGATTGGAAATGTCTTCTGAATATTGTTGATGATGTACCGCTGCTTGATTTGAAGTTCTATGGAGATGAAATTAGGGTGTACGCAGGAGAGTTAAGGAAGGTTAGTGTAATCGTTGGCTTTATAGAGGCAAGTAAGGCAATTGCCTGTAGAGTCACGAAACTGTTATGTTCTTCCTTGTTTACAGAGGAGAGGGGAGTTGCCATGCTGGAATGCTACAGAGAACTTAGTACCAAGCATGGAAAGTTACCTGTTGATCTTGCCAATTGCATGAAGTATGAGAGATGGCTGCATACATCACTTGGATTCAGAGCTCCTCAGGAAGCAATTATTTTTGGTTCTGAATGGGAACATGTTTCTAAAATTTCCAATCTACCCTTCATTGATGATTATTATTATTCTGAGTATGGCCAGGGGAAAGGTATCAGCATCTACAGAGATGAACTAATGGCCTTGGGTGCCAAGGCTGAACTAAAACATGGAGCACCCTTTGTCATCTCTGGACTCAAAATTCCTCATGATGCTTCAGCTATTACACCAGAAGCTGTTATATCATTGCTGAAGTGCATCAGGAGCTGGAAAATGCTTGGCTCAGCTTTACCTGACAATTTCATGAGCTCAATCAACCTGAGGTGGGTGAAGACGACTGCAGGATATAGGCATCCCAAGAATTGTCTCCTGTTTGGTCCTGCCTGCTCTTCTCTTCACAGGGATGATGGCCCCTTCGTAGATGAAGTGTTTTATGGGCAGGAGATATTGTCATATGAGAGTGAGCTGCACACATTAGGAGTTATTGTGGATGCTAGGGCTGGCTGTGCGCTGATGGCGCAGTGCTTAAAGAGTTGCTCTAATGGCGATGCAATTTCCAGGATATACTCATATTTGGAGGCATTACGTTGGAAGCCTCGCAATGCTAACGATAATTGGATTTGGGTACCACAGGGAAGTGATAATGGACAGTGGGTGAGCCCAGATCGTTGTGTTCTTTATGACAGAAATAGCCTCTTTGGCTCTCAGCTCCATGTTTTGGTAACATGGTACGACTACAAGCTACTTAGGTTTTTCAAAACTGTTTTTGGTGTGAAGGGTCATCCAACGATTGGCGACTACTGCAGGCTCTGGATCATGTGGCAGAACTCCAAATCCACTCCGACACCAAAAGATTGTGCTGCTTTCTTTGAATTTGTTGATAAGAATTGGAACACAGAAATTGGCAAGTACCTTGCTGGATCCATCACAAAAGTTCCTGTCTGCTCAGAAGATCGGATCTTGCTACTTCCGAAGCAGGATGTGTTCATTCCAGATGATCTGCTGCTGGAGGATTTGTTCAGGATGCAGGCTGAGCAACCTTTATTTGTATGGTATCCACCAGCTAGCTTGTCTCTCTTATCTCCAGCAAAACTAAATGAGATTTATAGCACTGTTGGTGTCCAGAAAATATCCAAGGTTGTTACGCGGGATGAATCTGAGGACTTGAAGCTCGATCATTCGCTAACCATGGTTCAGAAAGGAACCGTGATCAAACCTGGCTTGCTCAGGATCATACTAGCATTTCTTGCAGATCCTGCTCTCGACTTTCCTGCTGAAAAGAGGCATGAAATGGTATCATGCCTCACCAATGTGGTTGTCTATGAGACAGCTATGCCTCTCACAGTGAGCTATCAGGTAGGGCTTTCTTCAGGAAGAAGCTTGAACGTTAAATCTGCACGGATTTTCCGCT GGAAAGGGAGGAATCCAGAATTTTCATGACTAGGAATTTCGGGTCGGCGTCACTGGAGAATGCGGAGAGGGTACAGTGTGCAGCATATTTTGCTGAGGAGATATCAAAAGGGTTGTTGTTTGAGAGAACAGACCAAGTTCCTGCTCTCGCTGAGCTTATCATGGCTGGGTTTCTGTTGGACTTTGATGTTCCTGCTGTTCGGTTTCTGTTGAAGTTCAAGAACGTAAGGCTGCTTGAGGACGATGAACAGTTCTGCAGCTACCTTGCATAGTAACAAATCATGTTAAATGTTACTCCATTTGGATACTGCAACTCTGCGAGTCACTAATTCCCCCCTGTTTATCTGCATCAAAGTTTATTTTTTTATGTGCAAAGCCGCACTGGATTTCTGGACCACTACATGTGTACTCGTATGGAGAATGGTGGTTTATCATCGTGGCATAGCAAACTTTTTTGTTCTTGGGAGACAGAGTATGAGGCCGCAGGATTGAGCGATGCAAATTATTGCGTAGTCATGTTCAAGAGTTTGTTGTTTCGTTATGCTATCTCTATTATTAATGCTAATTATCAACTATGGCATG                                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL CB097169             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CGGATTTTCCGCTGGGAAAGGGAGGAATCCAGAATTTTCATGACTAGGAATTTCGGGTCGGCGTCACTGGAGAATGCGGAGAGGGTACAGTGTGCAGCATATTTTGCTGAGGAGATATCAAAAGGGTTGTTGTTTGAGAGAACAGACCAAGTTCCTGCTCTCGCTGAGCTTATCATGGCTGGGTTTCTGTTGGACTTTGATGTTCCTGCTGTTCGGTTTCTGTTGAAGTTCAAGAACGTAAGGCTGCTTGAGGACGATGAACAGTTCTGCAGCTACCTTGCATAGTAACAAATCATGTTAAATGTTACTCCATTTGGATACTGCAACTCTGCGAGTCACTAATTCCCCCCTGTTTATCTGCATCAAAGTTTATTTTTTTATGTGCAAAGCCGCACTGGACTTCTGGACCACTACATGTGTACTCGTATGGAGAATGGTGGTTTATCATCGTGGCATAGCAAACTTTTTTGTTCTTGGGAGACAGAGTATGAGGCCGCAGGATTGAGCGATGCAAATTATTGCGTTGTCATGTTCAAGAGTTTGTTGGTTCGNTATGCTATCTCTATTATTAATGCTAATTATCAACTATGGCATGAATGCTTCCGAAAAAGAAACTGTGGCATATGGAAGTGTGGTTTGTGTTAGCCATATATCGGNGCCTTCATACTTCAATTTAATCTTTATCGATGGTATTCGATATGAATGATAGTCTCCTATATAAACTATGNTTTCCTTANATAACCATTGGCCTTCC                                         ]
[-] EMBL CA762271             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GCATATTTTGCTGAGGAGATATCAAAAGGGTTGTTGTTTGAGAGAACAGACCAAGTTCCTGCTCTCGCTGAGCTTATCATGGCTGGGTTTCTGTTGGACTNTGATGTTCCTGCTGTTCGGTTTCTGTTGAAGTTCAAGAACGTAAGGCTGCTTGAGGACGATGAACAGTTCTGCAGCTACCTTGCATAGTAACAAATCATGTTAAATGTTACTCCATTTGGATACTGCAACTCTGCGAGTCACTAATTCCCCCCTGTTTATCTGCATCAAAGTTTATTTTTTTATGTGCAAAGCCGCACTGGACTTCTGGACCACTACATGTGTACTCGTATGGAGAATGGTGGTTTATCATCGTGGCATAGCAAACTTTTTTGTTCTTGGGAGACAGAGTATGAGGCCGCAGGATTGAGCGATGCAAATTATTGCGTTGTCATGTTCAAGAGTTTGTTGTTTCGTTATGCTATCTCTATTATTAATGCTAATTATCAACTATGGCATGAATGCTTCCGAAAAAGAAACTGTGGCATATGGAAGTGT GTTTGTGTTAGCCATATATCGGTGCCTTCATACTTCAATTTAATCTTTATCGATGGTATTCGATATGAATGATAGTCTCCTATATAAACTATGTTTTCCTTAGATAACCATT GTCTTCCTTTTTTGAAGTAATAAATAAGTGGTTTCCTTAAAAAAAAAA]




>consensus_5934#0
GGACATACTTGAGTACAAACCAGAGCTTGAGCTACTGGGAGTTCATGTTGCCTTTAAACA
GAATTACCAGCTGCTAGTTGACAACTTCAGTCTCATTAGAGATCAAATTACTCCTGATGT
CACCATACTGATGCTCAAGTGCCTTCGATATGCTGAGATACCTCAACATTTTGCTAAAAA
GCTGAAAGAGCTGAAATGGTTGAAGACTTGTCTTGGCTTCAGAGCTCCTCCTGGAACTTT
CCTCGTTAATGATGATTGGAAATGTCTTCTGAATATTGTTGATGATGTACCGCTGCTTGA
TTTGAAGTTCTATGGAGATGAAATTAGGGTGTACGCAGGAGAGTTAAGGAAGGTTAGTGT
AATCGTTGGCTTTATAGAGGCAAGTAAGGCAATTGCCTGTAGAGTCACGAAACTGTTATG
TTCTTCCTTGTTTACAGAGGAGAGGGGAGTTGCCATGCTGGAATGCTACAGAGAACTTAG
TACCAAGCATGGAAAGTTACCTGTTGATCTTGCCAATTGCATGAAGTATGAGAGATGGCT
GCATACATCACTTGGATTCAGAGCTCCTCAGGAAGCAATTATTTTTGGTTCTGAATGGGA
ACATGTTTCTAAAATTTCCAATCTACCCTTCATTGATGATTATTATTATTCTGAGTATGG
CCAGGGGAAAGGTATCAGCATCTACAGAGATGAACTAATGGCCTTGGGTGCCAAGGCTGA
ACTAAAACATGGAGCACCCTTTGTCATCTCTGGACTCAAAATTCCTCATGATGCTTCAGC
TATTACACCAGAAGCTGTTATATCATTGCTGAAGTGCATCAGGAGCTGGAAAATGCTTGG
CTCAGCTTTACCTGACAATTTCATGAGCTCAATCAACCTGAGGTGGGTGAAGACGACTGC
AGGATATAGGCATCCCAAGAATTGTCTCCTGTTTGGTCCTGCCTGCTCTTCTCTTCACAG
GGATGATGGCCCCTTCGTAGATGAAGTGTTTTATGGGCAGGAGATATTGTCATATGAGAG
TGAGCTGCACACATTAGGAGTTATTGTGGATGCTAGGGCTGGCTGTGCGCTGATGGCGCA
GTGCTTAAAGAGTTGCTCTAATGGCGATGCAATTTCCAGGATATACTCATATTTGGAGGC
ATTACGTTGGAAGCCTCGCAATGCTAACGATAATTGGATTTGGGTACCACAGGGAAGTGA
TAATGGACAGTGGGTGAGCCCAGATCGTTGTGTTCTTTATGACAGAAATAGCCTCTTTGG
CTCTCAGCTCCATGTTTTGGTAACATGGTACGACTACAAGCTACTTAGGTTTTTCAAAAC
TGTTTTTGGTGTGAAGGGTCATCCAACGATTGGCGACTACTGCAGGCTCTGGATCATGTG
GCAGAACTCCAAATCCACTCCGACACCAAAAGATTGTGCTGCTTTCTTTGAATTTGTTGA
TAAGAATTGGAACACAGAAATTGGCAAGTACCTTGCTGGATCCATCACAAAAGTTCCTGT
CTGCTCAGAAGATCGGATCTTGCTACTTCCGAAGCAGGATGTGTTCATTCCAGATGATCT
GCTGCTGGAGGATTTGTTCAGGATGCAGGCTGAGCAACCTTTATTTGTATGGTATCCACC
AGCTAGCTTGTCTCTCTTATCTCCAGCAAAACTAAATGAGATTTATAGCACTGTTGGTGT
CCAGAAAATATCCAAGGTTGTTACGCGGGATGAATCTGAGGACTTGAAGCTCGATCATTC
GCTAACCATGGTTCAGAAAGGAACCGTGATCAAACCTGGCTTGCTCAGGATCATACTAGC
ATTTCTTGCAGATCCTGCTCTCGACTTTCCTGCTGAAAAGAGGCATGAAATGGTATCATG
CCTCACCAATGTGGTTGTCTATGAGACAGCTATGCCTCTCACAGTGAGCTATCAGGTAGG
GCTTTCTTCAGGAAGAAGCTTGAACGTTAAATCTGCACGGATTTTCCGCTGGAAAGGGAG
GAATCCAGAATTTTCATGACTAGGAATTTCGGGTCGGCGTCACTGGAGAATGCGGAGAGG
GTACAGTGTGCAGCATATTTTGCTGAGGAGATATCAAAAGGGTTGTTGTTTGAGAGAACA
GACCAAGTTCCTGCTCTCGCTGAGCTTATCATGGCTGGGTTTCTGTTGGACTTTGATGTT
CCTGCTGTTCGGTTTCTGTTGAAGTTCAAGAACGTAAGGCTGCTTGAGGACGATGAACAG
TTCTGCAGCTACCTTGCATAGTAACAAATCATGTTAAATGTTACTCCATTTGGATACTGC
AACTCTGCGAGTCACTAATTCCCCCCTGTTTATCTGCATCAAAGTTTATTTTTTTATGTG
CAAAGCCGCACTGGACTTCTGGACCACTACATGTGTACTCGTATGGAGAATGGTGGTTTA
TCATCGTGGCATAGCAAACTTTTTTGTTCTTGGGAGACAGAGTATGAGGCCGCAGGATTG
AGCGATGCAAATTATTGCGTTGTCATGTTCAAGAGTTTGTTGTTTCGTTATGCTATCTCT
ATTATTAATGCTAATTATCAACTATGGCATGAATGCTTCCGAAAAAGAAACTGTGGCATA
TGGAAGTGTGTTTGTGTTAGCCATATATCGGNGCCTTCATACTTCAATTTAATCTTTATC
GATGGTATTCGATATGAATGATAGTCTCCTATATAAACTATGNTTTCCTTANATAACCAT
TGCCTTCCTTTTTTGAAGTAATAAATAAGTGGTTTCCTTAAAAAAAAAA

clustalw multiple alignements is not computed in this case
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)