cluster # 606

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Oryza sativa
cluster # 606 cluster # 606 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_606#0 length = 613 sequences # 1

consensus_606#1 length = 611 sequences # 1

consensusID : consensus_606#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 613
fasta sequence

                              [ACATTGTGGTTCTTGTTATGCTTTTGCTATGGTTGGTGCTTTAGAAAAAACTTATGCTCAAATTTATAATCAATCAGGTCCTTTAAGTCCACAACAATTAGTTGATTGTTCAACAGAGACTAATGGTTGTGATGGAGGATCTTTTATTGGATCTTTTAATTATATTCAATCAATTGGATTTAAACTTAATTTAGAAAAAGATTATCCAACGACGATCGATGGAAAAGCAAATGAACAATGTCTCAAATCCAATGGAAGTTCACTTTCATTTAATTCAACATTTCAACTTAGATATCAACAATTACCATCTGAAGATGAACAATTTATGAAAAAAGTTATTTATGAACAAGGTCCAATCTATTTCTCATTTAATTGTGGAAAAAGAGAAGGAAATGATACAATTCTAAGAAAAGTTTCCGATGTCTTTGATCATTATTCAACGGGTGTTTTTGATGTACCTGGTTGTCCAACTCATCGAAATATGAATCATGCTCTTGTCATTGTTGGTTACGGAAATGAAAATGGAACTGATTTTTGGAAAGTGAAAAATTCTTGNGGTGCTGATTGGGGAGATCAAGGTNTATCTCAAATTAANAGAAAATGAAATATGTGT]

[+] EMBL CA755279             [ACATTGTGGTTCTTGTTATGCTTTTGCTATGGTTGGTGCTTTAGAAAAAACTTATGCTCAAATTTATAATCAATCAGGTCCTTTAAGTCCACAACAATTAGTTGATTGTTCAACAGAGACTAATGGTTGTGATGGAGGATCTTTTATTGGATCTTTTAATTATATTCAATCAATTGGATTTAAACTTAATTTAGAAAAAGATTATCCAACGACGATCGATGGAAAAGCAAATGAACAATGTCTCAAATCCAATGGAAGTTCACTTTCATTTAATTCAACATTTCAACTTAGATATCAACAATTACCATCTGAAGATGAACAATTTATGAAAAAAGTTATTTATGAACAAGGTCCAATCTATTTCTCATTTAATTGTGGAAAAAGAGAAGGAAATGATACAATTCTAAGAAAAGTTTCCGATGTCTTTGATCATTATTCAACGGGTGTTTTTGATGTACCTGGTTGTCCAACTCATCGAAATATGAATCATGCTCTTGTCATTGTTGGTTACGGAAATGAAAATGGAACTGATTTTTGGAAAGTGAAAAATTCTTGNGGTGCTGATTGGGGAGATCAAGGTNTATCTCAAATTAANAGAAAATGAAATATGTGT]




>consensus_606#0
ACATTGTGGTTCTTGTTATGCTTTTGCTATGGTTGGTGCTTTAGAAAAAACTTATGCTCA
AATTTATAATCAATCAGGTCCTTTAAGTCCACAACAATTAGTTGATTGTTCAACAGAGAC
TAATGGTTGTGATGGAGGATCTTTTATTGGATCTTTTAATTATATTCAATCAATTGGATT
TAAACTTAATTTAGAAAAAGATTATCCAACGACGATCGATGGAAAAGCAAATGAACAATG
TCTCAAATCCAATGGAAGTTCACTTTCATTTAATTCAACATTTCAACTTAGATATCAACA
ATTACCATCTGAAGATGAACAATTTATGAAAAAAGTTATTTATGAACAAGGTCCAATCTA
TTTCTCATTTAATTGTGGAAAAAGAGAAGGAAATGATACAATTCTAAGAAAAGTTTCCGA
TGTCTTTGATCATTATTCAACGGGTGTTTTTGATGTACCTGGTTGTCCAACTCATCGAAA
TATGAATCATGCTCTTGTCATTGTTGGTTACGGAAATGAAAATGGAACTGATTTTTGGAA
AGTGAAAAATTCTTGNGGTGCTGATTGGGGAGATCAAGGTNTATCTCAAATTAANAGAAA
ATGAAATATGTGT

consensusID : consensus_606#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 611
fasta sequence

                              [TGGTGCCGAATGCTATGCTATTGCTATGCATGCCGGTTTCAAATGAATTTATGCTCTGATTTATAAAACATACTGTACTTGTAGAGACCTCTACAAACACGTGGCTTTTCTTCTGAGACTAATGGATGTGATGGAAGATCTTTTATTGGACCTTTAAACTATATTCCATCATATTGGATCTAAACTTAAGTGATAAATAGGATTATCCTATTACAATCGCATGAAAGAGCAAATGCACGAATGTCTCACATCCTATGGAAGTTGCACTTTCATTTAACTTTACACTTCTGCTTAAATATCAACAATGACCATCTGAATATGCATCTCCTAATGAAGAACATATTTATTGACAAAGGGCCATCTATCCTCTCATTTAATTGTGAAAAAAGAGAAGGAAATGATACAACTCTAAGAAAACGTTCCGATGTGCTTTGATCCTTATTCCCCGCTCCGTTTTTTGATGTACCTGGCCGTTCCACTCACCGAAAAATGGATTACCGCTCCAGCTCTGAAGGGGACGGTCCCGTAAAAGTAACTGATTTTTGGTTAACGGAAAATCCTTGCCCAGTAATTGGTTAGATCAAGGTTTCTCAAAGTGACATCACCCGAAA]

[+] EMBL CA755278             [TGGTGCCGAATGCTATGCTATTGCTATGCATGCCGGTTTCAAATGAATTTATGCTCTGATTTATAAAACATACTGTACTTGTAGAGACCTCTACAAACACGTGGCTTTTCTTCTGAGACTAATGGATGTGATGGAAGATCTTTTATTGGACCTTTAAACTATATTCCATCATATTGGATCTAAACTTAAGTGATAAATAGGATTATCCTATTACAATCGCATGAAAGAGCAAATGCACGAATGTCTCACATCCTATGGAAGTTGCACTTTCATTTAACTTTACACTTCTGCTTAAATATCAACAATGACCATCTGAATATGCATCTCCTAATGAAGAACATATTTATTGACAAAGGGCCATCTATCCTCTCATTTAATTGTGAAAAAAGAGAAGGAAATGATACAACTCTAAGAAAACGTTCCGATGTGCTTTGATCCTTATTCCCCGCTCCGTTTTTTGATGTACCTGGCCGTTCCACTCACCGAAAAATGGATTACCGCTCCAGCTCTGAAGGGGACGGTCCCGTAAAAGTAACTGATTTTTGGTTAACGGAAAATCCTTGCCCAGTAATTGGTTAGATCAAGGTTTCTCAAAGTGACATCACCCGAAA]




>consensus_606#1
TGGTGCCGAATGCTATGCTATTGCTATGCATGCCGGTTTCAAATGAATTTATGCTCTGAT
TTATAAAACATACTGTACTTGTAGAGACCTCTACAAACACGTGGCTTTTCTTCTGAGACT
AATGGATGTGATGGAAGATCTTTTATTGGACCTTTAAACTATATTCCATCATATTGGATC
TAAACTTAAGTGATAAATAGGATTATCCTATTACAATCGCATGAAAGAGCAAATGCACGA
ATGTCTCACATCCTATGGAAGTTGCACTTTCATTTAACTTTACACTTCTGCTTAAATATC
AACAATGACCATCTGAATATGCATCTCCTAATGAAGAACATATTTATTGACAAAGGGCCA
TCTATCCTCTCATTTAATTGTGAAAAAAGAGAAGGAAATGATACAACTCTAAGAAAACGT
TCCGATGTGCTTTGATCCTTATTCCCCGCTCCGTTTTTTGATGTACCTGGCCGTTCCACT
CACCGAAAAATGGATTACCGCTCCAGCTCTGAAGGGGACGGTCCCGTAAAAGTAACTGAT
TTTTGGTTAACGGAAAATCCTTGCCCAGTAATTGGTTAGATCAAGGTTTCTCAAAGTGAC
ATCACCCGAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_606#0      ACATTGTGGTTCTTGTTATGCTTTTGCTATGGTTGGTGCTTTAGAAAAAACTTATGCTCA 60
consensus_606#1      ---TGGTGCCGAATGCTATGCTATTGCTATGCATGCCGGTTTCAAATGAATTTATGCTCT 57
                        * ***     ** ****** ********  **  * ***  **  ** ******** 

consensus_606#0      AATTTATAATCAATCAGGTCCTTT--AAGTCCACAACAATTAGTTGATTGTTCAACAGAG 118
consensus_606#1      GATTTATAAAACATACTGTACTTGTAGAGACCTCTACAAACACGTGGCTTTTCTTCTGAG 117
                      ********   **   ** ***    ** ** * ****  *  **  * ***  * ***

consensus_606#0      ACTAATGGTTGTGATGGAGGATCTTTTATTGGATCTTTTAATTATATTCAATCA-ATTGG 177
consensus_606#1      ACTAATGGATGTGATGGAAGATCTTTTATTGGACCTTTAAACTATATTCCATCATATTGG 177
                     ******** ********* ************** **** ** ******* **** *****

consensus_606#0      ATTTAAACTTAATTTAGAAA-AAGATTATCCAACGACGATCG-ATGGAAAAGCAAATGAA 235
consensus_606#1      ATCTAAACTTAAGTGATAAATAGGATTATCCTATTACAATCGCATGAAAGAGCAAATGCA 237
                     ** ********* * * *** * ******** *  ** **** *** ** ******** *

consensus_606#0      C-AATGTCTCAAATCCAATGGAAGTT-CACTTTCATTTAATTCAACATTTCAACTTAGAT 293
consensus_606#1      CGAATGTCTCACATCCTATGGAAGTTGCACTTTCATTTAACTTTACACTTCTGCTTAAAT 297
                     * ********* **** ********* ************* *  *** ***  **** **

consensus_606#0      ATCAACAATTACCATCTGAAGATGAACAATTTATGAAAAAAGTTATTTATGAACAAGGTC 353
consensus_606#1      ATCAACAATGACCATCTGAATATGCATCTCCTAATGAAGAACATATTTATTGACAAAGGG 357
                     ********* ********** *** *     **   ** **  *******  **** *  

consensus_606#0      CAATCTATT-TCTCATTTAATTGTGGAAAAAGAGAAGGAAATGATACAATTCTAAGAAAA 412
consensus_606#1      CCATCTATCCTCTCATTTAATTGTGAAAAAAGAGAAGGAAATGATACAACTCTAAGAAAA 417
                     * ******  *************** *********************** **********

consensus_606#0      GTTTCCGATGT-CTTTGATCATTATTCAACGGGTG--TTTTTGATGTACCTGGTTGTCCA 469
consensus_606#1      CGTTCCGATGTGCTTTGATCCTTATTCCCCGCTCCGTTTTTTGATGTACCTGGCCGTTCC 477
                       ********* ******** ******  **      ****************  ** * 

consensus_606#0      ACTCATCGAAATATGAATCATGCTCTTGTCATTGTTGGTTACGGAAATGAAAATGGAACT 529
consensus_606#1      ACTCACCGAAAAATGGATTACCGCTCCAGCTCTGAAGGGGACGGTCCCGTAAAAGTAACT 537
                     ***** ***** *** ** *         *  **  **  ****    * *** * ****

consensus_606#0      GATTTTTGGAAAGTGAAAAATTCTTGNGGTGCTGATTGGGGAGATCAAGGTNTATCTCAA 589
consensus_606#1      GATTTTTGGTTAACGGAAAATCCTTGCC-CAGTAATTGGTTAGATCAAGGTT--TCTCAA 594
                     *********  *  * ***** ****      * *****  **********   ******

consensus_606#0      ATTAANAGAAAATGAAATATGTGT 613
consensus_606#1      AGTGACATCACCCGAAA------- 611
                     * * * *  *   ****