cluster # 61

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Oryza sativa
cluster # 61 cluster # 61 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_61#0 length = 1416 sequences # 1

consensus_61#1 length = 692 sequences # 1

consensusID : consensus_61#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 1416
fasta sequence

                              [TGCTCAAGTCGGTGCAATTAGAAAACAATGTTGTGCTGATAAGTCTATACTCACTAGAACAGAGAATTGCAAGAAACTTGATTTGCTATCTTGAGAAGTCAGGGATGCGGAACTACATTTTCCTTGTTGACAATACAGAATTTCTGGATGACCTTGCTCATAGAGGACATCCTGTCATTGATGCTATCAGTTTGCTCCAGCGCATCAAAATGAGTAGTTCTATATACTCAGATGACTTTGTTAAGGAAATAGTGGTCAAAGCTTATGTGATAAAAAATTGCTTGGACCTGGGCTACAATCTTTGGGTATTAAATGGGAATACAATTTCTCTTGGCAGTAAGTTAAATGAGCCATCAGATCAATCAGTTGATTTCTTTGCTGCAGAATCTGTAGATTTGATGTTTCTGAGGGGCTCACAGAGCTCTAAAAAAACTTGGAATGAACTTGATATATTGAGAATGGCTGATGGGATGATGTCTTCAAAAAGCGGCTTTTCTTCTTCTCTTGAGCATAAGAATTTTGTCCGCGTGCTCACTGGAGTGTTGGGAAACAATGGTGCTGTGAGGCTGGGAAAACTGGATGAAGAAATTATGGCTGTTGAATTAGGGCCTAACACCTCAAACAGATCATTGTCAGAAGGTCACTGTAAAGTCTTATTCTGGTCTCATAGTATGACTTCAGATTCAGTTCAAAGTCAACTTGAAAATAGAGGTTTATGGTTAATTGACTCAGATTCATCTTGTAGTGCTGTTGTTTGTGGCCAAAAACAGAAGTAATATTGTTTGTTGTTGCAAATGTTCTTTTGTTAAACAATGGCAACATTAACGGGATCTAAGCCAAGGTAACTCAAAGGTATTATGAGAGAGGTGAACCTGCCCTGGGAACTTACCCAAGGAAACAGTGATAGCATTCTTCTTTGATGTCATTTTGGATCATCCTCATGGTATTCAATGCAGATTTTTGCCAGAAAATATTGATTACAGTGGAGTTTTTGTGAGACCACATTTGTTTTGTAGCTCTGCTCTGGTACAGATTATATGGTATCCACGGGTATGAACTCCATTAAGTCTTCCACGGGTATGAGCACTCGGTGTGTGTGCTGTCTTGCAGTCTTGCTGATGAGGGGGAACTATTCAGTTAGCTATGTTTGGCTGCGAATTCAACTCATTAATATGGTTTTGGAGATAATTTTCTCTGGTATGCTCCACGTGGATAGCAGCATTCCAACCACAACCTGACAGTCCTCAGATCATTGGATGCTAACTTGGTATGCTTTTTCTGTCCAAAGTAACAGTGAATTCTCTGTTCTAAACATGTACTATCAATGTTGTCTGTATTTAAGTCATTCAAATTGTGGACAACTGTGGGGTAAATTTTACTGAGATTTGCACAGATAGATAATTTTCTCTCTTTTTT]

[+] EMBL AK073165             [TGCTCAAGTCGGTGCAATTAGAAAACAATGTTGTGCTGATAAGTCTATACTCACTAGAACAGAGAATTGCAAGAAACTTGATTTGCTATCTTGAGAAGTCAGGGATGCGGAACTACATTTTCCTTGTTGACAATACAGAATTTCTGGATGACCTTGCTCATAGAGGACATCCTGTCATTGATGCTATCAGTTTGCTCCAGCGCATCAAAATGAGTAGTTCTATATACTCAGATGACTTTGTTAAGGAAATAGTGGTCAAAGCTTATGTGATAAAAAATTGCTTGGACCTGGGCTACAATCTTTGGGTATTAAATGGGAATACAATTTCTCTTGGCAGTAAGTTAAATGAGCCATCAGATCAATCAGTTGATTTCTTTGCTGCAGAATCTGTAGATTTGATGTTTCTGAGGGGCTCACAGAGCTCTAAAAAAACTTGGAATGAACTTGATATATTGAGAATGGCTGATGGGATGATGTCTTCAAAAAGCGGCTTTTCTTCTTCTCTTGAGCATAAGAATTTTGTCCGCGTGCTCACTGGAGTGTTGGGAAACAATGGTGCTGTGAGGCTGGGAAAACTGGATGAAGAAATTATGGCTGTTGAATTAGGGCCTAACACCTCAAACAGATCATTGTCAGAAGGTCACTGTAAAGTCTTATTCTGGTCTCATAGTATGACTTCAGATTCAGTTCAAAGTCAACTTGAAAATAGAGGTTTATGGTTAATTGACTCAGATTCATCTTGTAGTGCTGTTGTTTGTGGCCAAAAACAGAAGTAATATTGTTTGTTGTTGCAAATGTTCTTTTGTTAAACAATGGCAACATTAACGGGATCTAAGCCAAGGTAACTCAAAGGTATTATGAGAGAGGTGAACCTGCCCTGGGAACTTACCCAAGGAAACAGTGATAGCATTCTTCTTTGATGTCATTTTGGATCATCCTCATGGTATTCAATGCAGATTTTTGCCAGAAAATATTGATTACAGTGGAGTTTTTGTGAGACCACATTTGTTTTGTAGCTCTGCTCTGGTACAGATTATATGGTATCCACGGGTATGAACTCCATTAAGTCTTCCACGGGTATGAGCACTCGGTGTGTGTGCTGTCTTGCAGTCTTGCTGATGAGGGGGAACTATTCAGTTAGCTATGTTTGGCTGCGAATTCAACTCATTAATATGGTTTTGGAGATAATTTTCTCTGGTATGCTCCACGTGGATAGCAGCATTCCAACCACAACCTGACAGTCCTCAGATCATTGGATGCTAACTTGGTATGCTTTTTCTGTCCAAAGTAACAGTGAATTCTCTGTTCTAAACATGTACTATCAATGTTGTCTGTATTTAAGTCATTCAAATTGTGGACAACTGTGGGGTAAATTTTACTGAGATTTGCACAGATAGATAATTTTCTCTCTTTTTT]




>consensus_61#0
TGCTCAAGTCGGTGCAATTAGAAAACAATGTTGTGCTGATAAGTCTATACTCACTAGAAC
AGAGAATTGCAAGAAACTTGATTTGCTATCTTGAGAAGTCAGGGATGCGGAACTACATTT
TCCTTGTTGACAATACAGAATTTCTGGATGACCTTGCTCATAGAGGACATCCTGTCATTG
ATGCTATCAGTTTGCTCCAGCGCATCAAAATGAGTAGTTCTATATACTCAGATGACTTTG
TTAAGGAAATAGTGGTCAAAGCTTATGTGATAAAAAATTGCTTGGACCTGGGCTACAATC
TTTGGGTATTAAATGGGAATACAATTTCTCTTGGCAGTAAGTTAAATGAGCCATCAGATC
AATCAGTTGATTTCTTTGCTGCAGAATCTGTAGATTTGATGTTTCTGAGGGGCTCACAGA
GCTCTAAAAAAACTTGGAATGAACTTGATATATTGAGAATGGCTGATGGGATGATGTCTT
CAAAAAGCGGCTTTTCTTCTTCTCTTGAGCATAAGAATTTTGTCCGCGTGCTCACTGGAG
TGTTGGGAAACAATGGTGCTGTGAGGCTGGGAAAACTGGATGAAGAAATTATGGCTGTTG
AATTAGGGCCTAACACCTCAAACAGATCATTGTCAGAAGGTCACTGTAAAGTCTTATTCT
GGTCTCATAGTATGACTTCAGATTCAGTTCAAAGTCAACTTGAAAATAGAGGTTTATGGT
TAATTGACTCAGATTCATCTTGTAGTGCTGTTGTTTGTGGCCAAAAACAGAAGTAATATT
GTTTGTTGTTGCAAATGTTCTTTTGTTAAACAATGGCAACATTAACGGGATCTAAGCCAA
GGTAACTCAAAGGTATTATGAGAGAGGTGAACCTGCCCTGGGAACTTACCCAAGGAAACA
GTGATAGCATTCTTCTTTGATGTCATTTTGGATCATCCTCATGGTATTCAATGCAGATTT
TTGCCAGAAAATATTGATTACAGTGGAGTTTTTGTGAGACCACATTTGTTTTGTAGCTCT
GCTCTGGTACAGATTATATGGTATCCACGGGTATGAACTCCATTAAGTCTTCCACGGGTA
TGAGCACTCGGTGTGTGTGCTGTCTTGCAGTCTTGCTGATGAGGGGGAACTATTCAGTTA
GCTATGTTTGGCTGCGAATTCAACTCATTAATATGGTTTTGGAGATAATTTTCTCTGGTA
TGCTCCACGTGGATAGCAGCATTCCAACCACAACCTGACAGTCCTCAGATCATTGGATGC
TAACTTGGTATGCTTTTTCTGTCCAAAGTAACAGTGAATTCTCTGTTCTAAACATGTACT
ATCAATGTTGTCTGTATTTAAGTCATTCAAATTGTGGACAACTGTGGGGTAAATTTTACT
GAGATTTGCACAGATAGATAATTTTCTCTCTTTTTT

consensusID : consensus_61#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 692
fasta sequence

                              [TTGTTGCAAATGTTCTTTTGTTAAACAATGGCAACATTAACGGGATCTAAGCCAAGGTAACTCAAAGGTATTATGAGAGAGGTGAACCTGCCCTGGGAACTTACCCAAGGAAACAGTGATAGCATTCTTCTTTGATGTCATTTNGGATGCGTGGTCATTTTGGATCATCCTCATGGTATTCAATGCAGATTTTTGCCAGAAAATATTGATTACAGTGGAGTTTTTGTGAGACCACATTTGTTTTGTAGCTCCGCTCTGGTACAGATTATATGGTATCCACGGGTATGAACTCCATTAAGTCTTCCACGGGTATGAGCACTCGGTGTGTGTGCTGTCTTGCAGTCTTGCTGATGAGGGGGAACTATTCAGTTAGCTATGTTTGGCTGCGAATTCAACTCATTAATATGGTTTTGGAGATAATTTTCTCTGGTATGCTCCACGTGGATAGCAGCATTCCAACCACAACCTGACAGTCCTCAGATCATTGGATGCTAACTTGGTATGCTTTTTCTGTCCAAAGTAACAGTGAATTCTCTGTTCTAAACATGTACTATCAATGTTGTCTGTACTTAAGTCATTCAAATTGTGGACAATTGTGGGGTAAATTTTACTGAGGCTTGCACAGATAGATAATTTTCTCTCTTTTTTTCGTTTGGTCAATAGAAGTAAGTTTGTCTAAAAAAAAAAAAAAA]

[-] EMBL CA761317             [TTGTTGCAAATGTTCTTTTGTTAAACAATGGCAACATTAACGGGATCTAAGCCAAGGTAACTCAAAGGTATTATGAGAGAGGTGAACCTGCCCTGGGAACTTACCCAAGGAAACAGTGATAGCATTCTTCTTTGATGTCATTTNGGATGCGTGGTCATTTTGGATCATCCTCATGGTATTCAATGCAGATTTTTGCCAGAAAATATTGATTACAGTGGAGTTTTTGTGAGACCACATTTGTTTTGTAGCTCCGCTCTGGTACAGATTATATGGTATCCACGGGTATGAACTCCATTAAGTCTTCCACGGGTATGAGCACTCGGTGTGTGTGCTGTCTTGCAGTCTTGCTGATGAGGGGGAACTATTCAGTTAGCTATGTTTGGCTGCGAATTCAACTCATTAATATGGTTTTGGAGATAATTTTCTCTGGTATGCTCCACGTGGATAGCAGCATTCCAACCACAACCTGACAGTCCTCAGATCATTGGATGCTAACTTGGTATGCTTTTTCTGTCCAAAGTAACAGTGAATTCTCTGTTCTAAACATGTACTATCAATGTTGTCTGTACTTAAGTCATTCAAATTGTGGACAATTGTGGGGTAAATTTTACTGAGGCTTGCACAGATAGATAATTTTCTCTCTTTTTTTCGTTTGGTCAATAGAAGTAAGTTTGTCTAAAAAAAAAAAAAAA]




>consensus_61#1
TTGTTGCAAATGTTCTTTTGTTAAACAATGGCAACATTAACGGGATCTAAGCCAAGGTAA
CTCAAAGGTATTATGAGAGAGGTGAACCTGCCCTGGGAACTTACCCAAGGAAACAGTGAT
AGCATTCTTCTTTGATGTCATTTNGGATGCGTGGTCATTTTGGATCATCCTCATGGTATT
CAATGCAGATTTTTGCCAGAAAATATTGATTACAGTGGAGTTTTTGTGAGACCACATTTG
TTTTGTAGCTCCGCTCTGGTACAGATTATATGGTATCCACGGGTATGAACTCCATTAAGT
CTTCCACGGGTATGAGCACTCGGTGTGTGTGCTGTCTTGCAGTCTTGCTGATGAGGGGGA
ACTATTCAGTTAGCTATGTTTGGCTGCGAATTCAACTCATTAATATGGTTTTGGAGATAA
TTTTCTCTGGTATGCTCCACGTGGATAGCAGCATTCCAACCACAACCTGACAGTCCTCAG
ATCATTGGATGCTAACTTGGTATGCTTTTTCTGTCCAAAGTAACAGTGAATTCTCTGTTC
TAAACATGTACTATCAATGTTGTCTGTACTTAAGTCATTCAAATTGTGGACAATTGTGGG
GTAAATTTTACTGAGGCTTGCACAGATAGATAATTTTCTCTCTTTTTTTCGTTTGGTCAA
TAGAAGTAAGTTTGTCTAAAAAAAAAAAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_61#0      TGCTCAAGTCGGTGCAATTAGAAAACAATGTTGTGCTGATAAGTCTATACTCACTAGAAC 60
consensus_61#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                

consensus_61#0      AGAGAATTGCAAGAAACTTGATTTGCTATCTTGAGAAGTCAGGGATGCGGAACTACATTT 120
consensus_61#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                

consensus_61#0      TCCTTGTTGACAATACAGAATTTCTGGATGACCTTGCTCATAGAGGACATCCTGTCATTG 180
consensus_61#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                

consensus_61#0      ATGCTATCAGTTTGCTCCAGCGCATCAAAATGAGTAGTTCTATATACTCAGATGACTTTG 240
consensus_61#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                

consensus_61#0      TTAAGGAAATAGTGGTCAAAGCTTATGTGATAAAAAATTGCTTGGACCTGGGCTACAATC 300
consensus_61#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                

consensus_61#0      TTTGGGTATTAAATGGGAATACAATTTCTCTTGGCAGTAAGTTAAATGAGCCATCAGATC 360
consensus_61#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                

consensus_61#0      AATCAGTTGATTTCTTTGCTGCAGAATCTGTAGATTTGATGTTTCTGAGGGGCTCACAGA 420
consensus_61#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                

consensus_61#0      GCTCTAAAAAAACTTGGAATGAACTTGATATATTGAGAATGGCTGATGGGATGATGTCTT 480
consensus_61#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                

consensus_61#0      CAAAAAGCGGCTTTTCTTCTTCTCTTGAGCATAAGAATTTTGTCCGCGTGCTCACTGGAG 540
consensus_61#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                

consensus_61#0      TGTTGGGAAACAATGGTGCTGTGAGGCTGGGAAAACTGGATGAAGAAATTATGGCTGTTG 600
consensus_61#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                

consensus_61#0      AATTAGGGCCTAACACCTCAAACAGATCATTGTCAGAAGGTCACTGTAAAGTCTTATTCT 660
consensus_61#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                

consensus_61#0      GGTCTCATAGTATGACTTCAGATTCAGTTCAAAGTCAACTTGAAAATAGAGGTTTATGGT 720
consensus_61#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                

consensus_61#0      TAATTGACTCAGATTCATCTTGTAGTGCTGTTGTTTGTGGCCAAAAACAGAAGTAATATT 780
consensus_61#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                

consensus_61#0      GTTTGTTGTTGCAAATGTTCTTTTGTTAAACAATGGCAACATTAACGGGATCTAAGCCAA 840
consensus_61#1      -----TTGTTGCAAATGTTCTTTTGTTAAACAATGGCAACATTAACGGGATCTAAGCCAA 55
                         *******************************************************

consensus_61#0      GGTAACTCAAAGGTATTATGAGAGAGGTGAACCTGCCCTGGGAACTTACCCAAGGAAACA 900
consensus_61#1      GGTAACTCAAAGGTATTATGAGAGAGGTGAACCTGCCCTGGGAACTTACCCAAGGAAACA 115
                    ************************************************************

consensus_61#0      GTGATAGCATTCTTCTTTGATGTCATTTTGGAT-----------------CATCCTCATG 943
consensus_61#1      GTGATAGCATTCTTCTTTGATGTCATTTNGGATGCGTGGTCATTTTGGATCATCCTCATG 175
                    **************************** ****                 **********

consensus_61#0      GTATTCAATGCAGATTTTTGCCAGAAAATATTGATTACAGTGGAGTTTTTGTGAGACCAC 1003
consensus_61#1      GTATTCAATGCAGATTTTTGCCAGAAAATATTGATTACAGTGGAGTTTTTGTGAGACCAC 235
                    ************************************************************

consensus_61#0      ATTTGTTTTGTAGCTCTGCTCTGGTACAGATTATATGGTATCCACGGGTATGAACTCCAT 1063
consensus_61#1      ATTTGTTTTGTAGCTCCGCTCTGGTACAGATTATATGGTATCCACGGGTATGAACTCCAT 295
                    **************** *******************************************

consensus_61#0      TAAGTCTTCCACGGGTATGAGCACTCGGTGTGTGTGCTGTCTTGCAGTCTTGCTGATGAG 1123
consensus_61#1      TAAGTCTTCCACGGGTATGAGCACTCGGTGTGTGTGCTGTCTTGCAGTCTTGCTGATGAG 355
                    ************************************************************

consensus_61#0      GGGGAACTATTCAGTTAGCTATGTTTGGCTGCGAATTCAACTCATTAATATGGTTTTGGA 1183
consensus_61#1      GGGGAACTATTCAGTTAGCTATGTTTGGCTGCGAATTCAACTCATTAATATGGTTTTGGA 415
                    ************************************************************

consensus_61#0      GATAATTTTCTCTGGTATGCTCCACGTGGATAGCAGCATTCCAACCACAACCTGACAGTC 1243
consensus_61#1      GATAATTTTCTCTGGTATGCTCCACGTGGATAGCAGCATTCCAACCACAACCTGACAGTC 475
                    ************************************************************

consensus_61#0      CTCAGATCATTGGATGCTAACTTGGTATGCTTTTTCTGTCCAAAGTAACAGTGAATTCTC 1303
consensus_61#1      CTCAGATCATTGGATGCTAACTTGGTATGCTTTTTCTGTCCAAAGTAACAGTGAATTCTC 535
                    ************************************************************

consensus_61#0      TGTTCTAAACATGTACTATCAATGTTGTCTGTATTTAAGTCATTCAAATTGTGGACAACT 1363
consensus_61#1      TGTTCTAAACATGTACTATCAATGTTGTCTGTACTTAAGTCATTCAAATTGTGGACAATT 595
                    ********************************* ************************ *

consensus_61#0      GTGGGGTAAATTTTACTGAGATTTGCACAGATAGATAATTTTCTCTCTTTTTT------- 1416
consensus_61#1      GTGGGGTAAATTTTACTGAGGCTTGCACAGATAGATAATTTTCTCTCTTTTTTTCGTTTG 655
                    ********************  *******************************       

consensus_61#0      -------------------------------------
consensus_61#1      GTCAATAGAAGTAAGTTTGTCTAAAAAAAAAAAAAAA 692