These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_6343#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 830 fasta sequence [TTCTCCTCCATCTCCCACCGCGAGTAGCAACAGCGGCGGTGGCGGCGGCGACCTGCGATCTCGCAGCCGAGGCAGGGCGGCGGCTACCTGCCCTACCATGAGCAGCAACGGCAATGGCGGCGCCCTCCCCCACCGCTAGCGGTGGCTGCGGTGGCTCCCTTCGCTACTTCCGCTGGGTGGATTCGGCGGCAGCGGTGTCCTACGGGTCGATGGAGCGGCCTCGGCGATGGCGTGTCTTGAGCCGCTGGCGCTCACCTCTCCTCCCCATCTTTCTCAGCGGTGGCCGGTGATCTCGCGACCAACGCAGGGCGGTGGCTCCTCCCCCCACCGCGAGCAATGGCGGTGCCCTCCCTGTCGTGAGCGGCCGTGGCGGTGCCCTCGCCCACCGCTAGCGGTGGCGGCCTTCCCCACCGCGAGCAGCCGCGATAGCACGCTCCTCTACTTCCGATGGGTAGGTCCGGCGGCAGCGGTGTCCAGCGGGTCGGCGGAACGGCCTCGATGATGGTGCGTCTTGAGCCGCTAGCGCTCGCCTCTCCTTCCTATCCTCCTCCGCCACCACC-GCCCATCCTCTCGTCGGACGACG-AGCTTGTCATCGCTGTCAAGACGATAAATCAAGGTTGCTTTGTGATTTGCTCGATTCCGTTGATTTCAAACTTTTAATCCCGTTGATCCTCCCAGCTGATTTTATTGAGTTCGATTCAGAGTCTGTTAGGTTCAATTTTTAGCTAATTTTGTATCAAACTCTTGTTTTTTTTGTTTGGCCATTGTACTGGATGTAATTGCGCTTGGTTGGATTGACGGACAAAAAAAAAAATACTGTGACGAAAAAA] [+] EMBL AK109221 [TTCTCCTCCATCTCCCACCGCGAGTAGCAACAGCGGCGGTGGCGGCGGCGACCTGCGATCTCGCAGCCGAGGCAGGGCGGCGGCTACCTGCCCTACCATGAGCAGCAACGGCAATGGCGGCGCCCTCCCCCACCGCTAGCGGTGGCTGCGGTGGCTCCCTTCGCTACTTCCGCTGGGTGGATTCGGCGGCAGCGGTGTCCTACGGGTCGATGGAGCGGCCTCGGCGATGGCGTGTCTTGAGCCGCTGGCGCTCACCTCTCCTCCCCATCTTTCTCAGCGGTGGCCGGTGATCTCGCGACCAACGCAGGGCGGTGGCTCCTCCCCCCACCGCGAGCAATGGCGGTGCCCTCCCTGTCGTGAGCGGCCGTGGCGGTGCCCTCGCCCACCGCTAGCGGTGGCGGCCTTCCCCACCGCGAGCAGCCGCGATAGCACGCTCCTCTACTTCCGATGGGTAGGTCCGGCGGCAGCGGTGTCCAGCGGGTCGGCGGAACGGCCTCGATGATGGTGCGTCTTGAGCCGCTAGCGCTCGCCTCTCCTTCCTATCCTCCTCCGCCACCACC GCCCATCCTCTCGTCGGACGACG AGCTTGTCATCGCTGTCAAGACGATAAATCAAGGTTGCTTTGT ] [+] EMBL AU172421 [ AGTAGCAACAGCGGCGGTGGCGGCGGCGACCTGCGATCTCGCAGCCGAGGCAGGGCGGCGGCTACCTGCCCTACCATGAGCAGCAACGGCAATGGCGGCGCCCTCCCCCACCGCTAGCGGTGGCTGCGGTGGCTCCCTTCGCTACTTCCGCTGGGTGGATTCGGCGGCAGCGGTGTCCTACGGGTCGATGGAGCGGCCTCGGCGATGGCGTGTCTTGAGCCGCTGGCGCTCACCTCTCCTCCCCATCTTTCTCAGCGGTGGCCGGTGATCTCGCGACCAACGCAGGGCGGTGGCTCCTTCCCCCACCGCGAGCAATGGCGGTGCCCTCCCTGTCGTGAGCGGCCGTGGCGGTGCCCTCGCCCACCGCTAGCGGTGGCGGCCTTCCCCACCGCGAGCAGCCGCGATAGCACGCTCCTNTACTTCCGATG ] [+] EMBL AU172422 [ CCTCTCCTTCCTATCCTCCTCCGCCACCACCGGCCCATCCTCTNGTCGGACGACGAAGCTTGTCATCGCTGTCAAGACGATAAATCAAGGTTGCTTTGTGATTTGCTCGATTCCGTTGATTTCAAACTTTTAATCCCGTTGATCCTCCCAGCTGATTTTATTGAGTTCGATTCAGAGTCTGTTAGGTTCAATTTTTAGCTAATTTTGTATCAAACTCTTGTTTTTTTTGTTTGGCCATTGTACTGGATGTAATTGCGCTTGGTTGGATTGACGGACAAAAAAAAAAATACTGTGACGAAAAAA] consensusID : consensus_6343#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 606 fasta sequence [AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTCTCCCACCGCGAGTAGCAACAGCGGCGGTGGCGGCGGCGACCTGCGATCTCGCAGCCGAGGCAGGGCGGCGGCTACCTGCCCTACCATGAGCAGCAACGGCAATGGCGGCGCCCTCCCCCACCGCTAGCGGCGGCTGCGGTGGCTCCCTTCGCTACTTCCGCTGGGTGGATTCGGCGGCAGCGGTGTCCTACGGGTCGATGGAGCGGCCTCGGCGATGGCGTGTCTTGAGCCGCTGGCGCTCACCTCTCCTCCCCATCTTTCTCAGCGGTGGGCGGTGATCTCGCGACCAACGCAGGGCGGGGGCTCCTTCCCCCACCGCGAGCAATGGCGGTGCCCTCCCTGTCGTGAGCGGCCGTGGCGGTGCCCTCGCCCACCGCTAGCGGTGGGGGCCTTCCCCACCGCGAGCAGCCGCGATAGCACGCTCCTCTACTTCCGATGGGTACATCCCGGCGGCGCGGTGTCCAGCGGGTCGGCGGGAACGCGCTCGATGATGGTGCGTCTTGGAGCCGCTGGGCTCGCCTCTCTTCCTATCCTCCTCCGCCACCACGTCCATCCTCTGGTGGAAGAT] [+] EMBL CA756456 [AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTCTCCCACCGCGAGTAGCAACAGCGGCGGTGGCGGCGGCGACCTGCGATCTCGCAGCCGAGGCAGGGCGGCGGCTACCTGCCCTACCATGAGCAGCAACGGCAATGGCGGCGCCCTCCCCCACCGCTAGCGGCGGCTGCGGTGGCTCCCTTCGCTACTTCCGCTGGGTGGATTCGGCGGCAGCGGTGTCCTACGGGTCGATGGAGCGGCCTCGGCGATGGCGTGTCTTGAGCCGCTGGCGCTCACCTCTCCTCCCCATCTTTCTCAGCGGTGGGCGGTGATCTCGCGACCAACGCAGGGCGGGGGCTCCTTCCCCCACCGCGAGCAATGGCGGTGCCCTCCCTGTCGTGAGCGGCCGTGGCGGTGCCCTCGCCCACCGCTAGCGGTGGGGGCCTTCCCCACCGCGAGCAGCCGCGATAGCACGCTCCTCTACTTCCGATGGGTACATCCCGGCGGCGCGGTGTCCAGCGGGTCGGCGGGAACGCGCTCGATGATGGTGCGTCTTGGAGCCGCTGGGCTCGCCTCTCTTCCTATCCTCCTCCGCCACCACGTCCATCCTCTGGTGGAAGAT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_6343#0 --------------------------TTCTCCTCCATCTCCCACCGCGAGTAGCAACAGC 34 consensus_6343#1 AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTCTCCCACCGCGAGTAGCAACAGC 60 ************************ consensus_6343#0 GGCGGTGGCGGCGGCGACCTGCGATCTCGCAGCCGAGGCAGGGCGGCGGCTACCTGCCCT 94 consensus_6343#1 GGCGGTGGCGGCGGCGACCTGCGATCTCGCAGCCGAGGCAGGGCGGCGGCTACCTGCCCT 120 ************************************************************ consensus_6343#0 ACCATGAGCAGCAACGGCAATGGCGGCGCCCTCCCCCACCGCTAGCGGTGGCTGCGGTGG 154 consensus_6343#1 ACCATGAGCAGCAACGGCAATGGCGGCGCCCTCCCCCACCGCTAGCGGCGGCTGCGGTGG 180 ************************************************ *********** consensus_6343#0 CTCCCTTCGCTACTTCCGCTGGGTGGATTCGGCGGCAGCGGTGTCCTACGGGTCGATGGA 214 consensus_6343#1 CTCCCTTCGCTACTTCCGCTGGGTGGATTCGGCGGCAGCGGTGTCCTACGGGTCGATGGA 240 ************************************************************ consensus_6343#0 GCGGCCTCGGCGATGGCGTGTCTTGAGCCGCTGGCGCTCACCTCTCCTCCCCATCTTTCT 274 consensus_6343#1 GCGGCCTCGGCGATGGCGTGTCTTGAGCCGCTGGCGCTCACCTCTCCTCCCCATCTTTCT 300 ************************************************************ consensus_6343#0 CAGCGGTGGCCGGTGATCTCGCGACCAACGCAGGGCGGTGGCTCCTCCCCCCACCGCGAG 334 consensus_6343#1 CAGCGGTGGGCGGTGATCTCGCGACCAACGCAGGGCGGGGGCTCCTTCCCCCACCGCGAG 360 ********* **************************** ******* ************* consensus_6343#0 CAATGGCGGTGCCCTCCCTGTCGTGAGCGGCCGTGGCGGTGCCCTCGCCCACCGCTAGCG 394 consensus_6343#1 CAATGGCGGTGCCCTCCCTGTCGTGAGCGGCCGTGGCGGTGCCCTCGCCCACCGCTAGCG 420 ************************************************************ consensus_6343#0 GTGGCGGCCTTCCCCACCGCGAGCAGCCGCGATAGCACGCTCCTCTACTTCCGATGGGTA 454 consensus_6343#1 GTGGGGGCCTTCCCCACCGCGAGCAGCCGCGATAGCACGCTCCTCTACTTCCGATGGGTA 480 **** ******************************************************* consensus_6343#0 GGTCC-GGCGGCAGCGGTGTCCAGCGGGTCGGCGG-AACGGCCTCGATGATGGTGCGTCT 512 consensus_6343#1 CATCCCGGCGGC-GCGGTGTCCAGCGGGTCGGCGGGAACGCGCTCGATGATGGTGCGTCT 539 *** ****** ********************** **** ****************** consensus_6343#0 TG-AGCCGCTAGCGCTCGCCTCTCCTTCCTATCCTCCTCCGCCACCACCGCCCATCCTCT 571 consensus_6343#1 TGGAGCCGCTGG-GCTCGCCTCTC-TTCCTATCCTCCTCCGCCACCAC-GTCCATCCTCT 596 ** ******* * *********** *********************** * ********* consensus_6343#0 CGTCGGACGACGAGCTTGTCATCGCTGTCAAGACGATAAATCAAGGTTGCTTTGTGATTT 631 consensus_6343#1 GGT-GGAAGAT------------------------------------------------- 606 ** *** ** consensus_6343#0 GCTCGATTCCGTTGATTTCAAACTTTTAATCCCGTTGATCCTCCCAGCTGATTTTATTGA 691 consensus_6343#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6343#0 GTTCGATTCAGAGTCTGTTAGGTTCAATTTTTAGCTAATTTTGTATCAAACTCTTGTTTT 751 consensus_6343#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6343#0 TTTTGTTTGGCCATTGTACTGGATGTAATTGCGCTTGGTTGGATTGACGGACAAAAAAAA 811 consensus_6343#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6343#0 AAATACTGTGACGAAAAAA 830 consensus_6343#1 ------------------- |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||