Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 6608 cluster # 6608       Sequences # 4       consensus # 1

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_6608#0 length = 1307 sequences # 4  
consensusID : consensus_6608#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 1307
fasta sequence 
                              [AAACATCTTGGCTAGCAATTTCCATGGAGAAAATCCAAGTGACCACACCCATGGCAGACTCCTCGTTCAATCCGGAGTTTCTGCAAGCACATGCAGAGCTTTGGAATCTCACCTTTAGCTACCTGAAAGCCATGGCGCTTGAGTGTGCTATCAAGCTTGGGATCCCCAACGCCATTCATCGTTGTGGTGGTTCTGCCTCACTATCGGAACTGGTCATCTCCATTCCAGTGCCTGAGACTAGAAAGCCTCATCTGCCTCGCCTCATGAGGTTTCTTGCCGCGGTATGTGTTTTTTCCCTCGATAACCCAACTATTGATGAAGAGGTGACCGAGAAAGGCATGGGCATATACTGCCTCACACCATTGTCTCGCCTCCTTGTGGATGGTAGCATCGGTGGGCATGGAAGCTTCTCTCCGTTTGTGCTCTCCCAAACCACCAAGTATCATGTGTCTGCAGCTATGAATCTATCTGACTGGTTCATGACTGAGGACAAAGAGGTTGCCATAGAGATACCATTTAGGGCTGCTCATGGCACAGACTTGTGGGGTGNTATGAGTCGTGATGCTAACATGAATGGAGGTGTTCAATGCTGGCATGGGTTCCGATAGTCGTCTTGCAATCAATTTTATTATTAGCAAATGTGGTGAGGTGTTTGAGGGGATTAGCTCATTGGTTGATG-TTGGTGGTGGTACTGGCACAACAGCAAGAGCCATTGCTAAGGCTTTCCCACATATCAAGTGCTCGGTACTGGATCTTCCAAATGTAATCGATACTATCAC-GGTGGATGGCATAGTTGAGTATATTGCA-GGTGACATGATGGAACAAATCCCACCAACT-GATGCCGTGCTGCTCAAGTATATTCTACATGACTGGAACGATGAGGATTGTGTAAAGATCCTAAAACAATGTAGAAATGCTATTCATGCTCAGAAGCCAGGAGGAAAAGTTATTATCATAGACATAGTGGTTGGATCCCCTTCTAAAGACATGTTTGAAGCTCAAGTTTCATTTGATCTATTGATGATGGTGATAACATCAGGCAAGGAACGTGATCAGCATGAATGGCATAAGATATTCATGGATGCGGGATTTAGTCATTACAAGACAAGGCCTGTTTTGGGGTTTTTGGCCATCACTGAGCTCTATCCGTAGAAGGAATCCCAACATGTGTTTGCTTTTCAATATGCATGTTTTAGCTTGGGCCCAATAAAGTGAATATGCATGCCTCCATTGGTTTGCATATTTACTATGATCGGTTGAAAGTCCAAGATGGAAATTAATAAAGACAATACTTTAGCAAAAAAAAA]

[+] EMBL CB096268             [AAACATCTTGGCTAGCAATTTCCATGGAGAAAATCCAAGTGACCACACCCATGGCAGACTCCTCGTTCAATCCGGAGTTTCTGCAAGCACATGCAGAGCTTTGGAATCTCACCTTTAGCTACCTGAAAGCCATGGCGCTTGAGTGTGCTATCAAGTTTGGGATCCCCAACGCCATTCATCGTTGTGGCGGTTCTGCCTCACTATCGGAACTGGTCATCTCCATTCCAGTGCCTGAGACTAGAAAGCCTCATCTGCCTCGCCTCATGAGGTTTCTTGCCGCGGTATGTGTTTTTTCCCTCGATAACCCAACTATTGATGAAGAGGTGACCGAGAAAGGCATGGGCATATACTGCCTCACACCATTGTCTCGCCTCCTTGTGGATGGTAGCATCGGTGGGCATGGAAGCTTCTCTCCGTTTGTGCTCTCCCAAACCACCAAGTATCATGTGTCTGCAGCTATGAATCTATCTGACTGGTTCATGACTGAGGACAAAGAGGTTGCCATAGAGATACCATTTAGGGCTGCTCATGGCACAGACTTGTGGGGTGNTATGAGTCGTGATGCTAACATGAATGGAGGTGTTCAATGCTGGCATGGGTTCCGATAGTCGTCTTGCAATCAATTTTATTATTAGCAAATGTGGTGAGGTGGTTGAGGGGATTAGCTCATTGGTTGATGNTGGGGGGGGGGACTGGCACAACAGCAAGAGCCATTGCTAANGCTTTTCCACATATCAAGNGCTCGGTACTGGATCTTTCCAATGTAATCGATACTATCACGGGNGGATGGCATAGTTGAGTTTNTTGCAGGGGGACATGATGGNACAAATNCCACC ACTGGATGCCGGGCTGCTCAAGGATATTCTACATGACTGGAACGATG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL AK071201             [ AACATCTTGGCTAGCAATTTCCATGGAGAAAATCCAAGTGACCACACCCATGGCAGACTCCTCGTTCAATCCGGAGTTTCTGCAAGCACATGCAGAGCTTTGGAATCTCACCTTTAGCTACCTGAAAGCCATGGCGCTTGAGTGTGCTATCAAGCTTGGGATCCCCAACGCCATTCATCGTTGTGGTGGTTCTGCCTCACTATCGGAACTGGTCATCTCCATTCCAGTGCCTGAGACTAGAAAGCCTCATCTGCCTCGCCTCATGAGGTTTCTTGCCGCGGTAGGTGTTTTTTCCCTCGATAACCCAACTATTGATGAAGAGGTGACCGAGAAAGGCATGGGCATATACCGCCTCACACCATTGTCTCGCCTCCTTGTGGATGGTAGCATCGGTGGGCATGGAAGCCTCTCTCCGTTTGTGCTCTCCCAAACCACCAAGTATCATGTGTCTGCAGCTATGAATCTATCTGACTGGTTCATGACTGAGGACAAAGAGGTTGCCATAGAGATGCCATTTAGGGCTGCTCATGGCACAGACTTGTGGGGTGTTATGAGTCGTGATGCTAACATGAAT GAGGTGTTCAATGCTGGCATGGGTTCCGATAGTCGTCTTGCAATCAATTTTATTATTAGCAAATGTGGTGAGGTGTTTGAGGGGATTAGCTCATTGGTTGATG TTGGTGGTGGTACTGGCACAACAGCAAGAGACATTGCTAAGGCTTTCCCACATATCAAGTGCTCGGTACTGGATCTTCCAAATGTAATCGATACTATCAC GGTGGATGGCATAATTGAGTATATTGCA GGTGACATGATGGAACAAATCCCACCAACT GATGCCGTGCTGCTCAAGTATATTCTACATGACTGGTACGATGAGGATTGTGTAAAGATCCTAAAACAATGTAGAAATGCTATTCATGCTCAGAAGCCAGGAGGAAAAGTTATTATCATAGACATAGTGGTTGGATCCCCTTCTAAAGACATGTTTGAAGCTCAAGTTTCATTTGATCTATTGATGATGGTGATAACATCAGGCAAGGAACGTGATCAGCATGAATGGCATAAGATATTCATGGATGCGGGATTTAGTCATTACAAGACAAGGCCTGTTTTGGGGTTTTTGGCCATCACTGAGCTCTATCCGTAGAAGGAATCCCAACATGTGTTTGCTTTTCAATATGCATGTTTTAGCTTGGGCCCAATAAAGTGAATATGCATGCCTCCATTGGTTTGCATATTTACTATGATCGGTTGAAAGTCCAAGATGGAAATTAATAAAGACA                   ]
[+] EMBL AA749564             [                                                                                    AAGCACATGCAGAGCTTTGGAATCTCACCTTTAGCTACCTGAAAGCCAT GC CTTGAGTGTGCTATCAAGCTTGGGATCCCCAACGCCATTCATCGTTGTGGTGGTTCTG CTCACTATCGGAACTGGTCATCTCCATTCCAGTG CTGAGACTAGAAAG CTCATCTGCCTCG CTCATGAGTTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[-] EMBL CA759713             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ggggATCAATTTTATTATTAGCAAATGTGNTGAGGTGTNTGAGGGGATTAGCTCGTTGGTTGATG TTGGTGGTGGTACTGGCACAACAGCAAGAGCCATTGCTAAGGCTTTCCCACATATCAAGTGCTCGGTACTGGATCTTCCAAATGTAATCGATACTATCAC GGTGGATGGCATAGTTGAGTATATTGCA GGTGACATGATGGAACAAATCCCACCAACT GATGCCGTGCTGCTCAAGTATATTCTACATGACTGGAACGATGAGGATTGTGTAAAGATCCTAAAACAATGTAGAAATGCTATTCATGCTCAGAAACCAGGAGGAAAAGTTATTATCATAGACATAGTGGTTGGATCCCCTTCTAAAGACATGTTTGAAGCTCAAGTTTCATTTGATCTATTGATGATGGTGATAACATCAGGCAAGGAACGTGATCAGCATGAATGGCATAAGATATTCATGGATGCGGGATTTAGTCATTACAAGACAAGGCCTGTTTTGGGGTTTTTGGCCATCACTGAGCTCTATCCGTAGAAGGAATCCCAACATGTGTTTGCTTTTCAATATGCATGTTTTAGCTTGGGCCCAATAAAGTGTATATGCATGCCTCTATTGGTTTGCATATTTACTATGATCAGTTGAAAGTCCAAGATGGAAATTAATAAAGACAATACTTTAGCAAAAAAAAA]




>consensus_6608#0
AAACATCTTGGCTAGCAATTTCCATGGAGAAAATCCAAGTGACCACACCCATGGCAGACT
CCTCGTTCAATCCGGAGTTTCTGCAAGCACATGCAGAGCTTTGGAATCTCACCTTTAGCT
ACCTGAAAGCCATGGCGCTTGAGTGTGCTATCAAGCTTGGGATCCCCAACGCCATTCATC
GTTGTGGTGGTTCTGCCTCACTATCGGAACTGGTCATCTCCATTCCAGTGCCTGAGACTA
GAAAGCCTCATCTGCCTCGCCTCATGAGGTTTCTTGCCGCGGTATGTGTTTTTTCCCTCG
ATAACCCAACTATTGATGAAGAGGTGACCGAGAAAGGCATGGGCATATACTGCCTCACAC
CATTGTCTCGCCTCCTTGTGGATGGTAGCATCGGTGGGCATGGAAGCTTCTCTCCGTTTG
TGCTCTCCCAAACCACCAAGTATCATGTGTCTGCAGCTATGAATCTATCTGACTGGTTCA
TGACTGAGGACAAAGAGGTTGCCATAGAGATACCATTTAGGGCTGCTCATGGCACAGACT
TGTGGGGTGNTATGAGTCGTGATGCTAACATGAATGGAGGTGTTCAATGCTGGCATGGGT
TCCGATAGTCGTCTTGCAATCAATTTTATTATTAGCAAATGTGGTGAGGTGTTTGAGGGG
ATTAGCTCATTGGTTGATGTTGGTGGTGGTACTGGCACAACAGCAAGAGCCATTGCTAAG
GCTTTCCCACATATCAAGTGCTCGGTACTGGATCTTCCAAATGTAATCGATACTATCACG
GTGGATGGCATAGTTGAGTATATTGCAGGTGACATGATGGAACAAATCCCACCAACTGAT
GCCGTGCTGCTCAAGTATATTCTACATGACTGGAACGATGAGGATTGTGTAAAGATCCTA
AAACAATGTAGAAATGCTATTCATGCTCAGAAGCCAGGAGGAAAAGTTATTATCATAGAC
ATAGTGGTTGGATCCCCTTCTAAAGACATGTTTGAAGCTCAAGTTTCATTTGATCTATTG
ATGATGGTGATAACATCAGGCAAGGAACGTGATCAGCATGAATGGCATAAGATATTCATG
GATGCGGGATTTAGTCATTACAAGACAAGGCCTGTTTTGGGGTTTTTGGCCATCACTGAG
CTCTATCCGTAGAAGGAATCCCAACATGTGTTTGCTTTTCAATATGCATGTTTTAGCTTG
GGCCCAATAAAGTGAATATGCATGCCTCCATTGGTTTGCATATTTACTATGATCGGTTGA
AAGTCCAAGATGGAAATTAATAAAGACAATACTTTAGCAAAAAAAAA

clustalw multiple alignements is not computed in this case
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)