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Oryza sativa
cluster # 6812 cluster # 6812       Sequences # 4       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_6812#0 length = 1684 sequences # 4  

consensusID : consensus_6812#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 1684
fasta sequence
                              [TTTCAAATCATCTCGCTTCACGGTGGTCGCTCGCAAGCCACACACGCACGCACCCCCACCACTCCTCCCATTCGAGACCCCGCGGGGCTCTGGATTGCTTGCTCGGAACCTGGGATGCACTGCCTCGCCTGCGCCGCTCCGGCCGCGCGCGCCCCGGGCAGTCGCGTCGGCGGCGGCGGCCGCCGGAGGATGGCTATCGAGTGCGCCGCCTCCTCCCCCTTCACCCGCGACGGCGAGGAAACGGCCCCGAGGTCAATGATGGAAACATATGGTGAAATGTCAAGTAAACCTGTATTGCTTGCGTCAAGGAGGAAGCTTGTTGCATTATCATCGTTTTGCTTTTGCTTACATTCTTCAAGGTACTTCTCAGCACTTGCTTTGGGTGATCCATCTGTTAAAATTGATGATGTCACTCCAAAGATTTTTCCATCTGGTCCACTGTTTCCAACTGAGAAACGGATCGCAGAGCTTTTTGAAACAAATACTTACTCTGTTGTCAACATTTTTGATGCAACTCTGCGCCCTCAGCTCAATGTAACTGGTGTTGTTGAGATTCCCGAAGGAAATGGTTCTGGCGTAGTTTGGGATGATTCCGGCCATATTGTTACAAACTACCATGTGGTTGGCAATGCCCTTTCAAAAAAACCAAAGCCTGGCGAAGTTGTTGCGCGTGTCAACATTCTTGCTGCTGATGGGATACAGAAAAATTTTGAAGGCAAATTGGTTGGTGCTGACCGTTCTAAAGATCTTGCTGTTCTCAAGGTGGATGCTCCTACAGATCTGTTGAAGCCAATTAACGTGGGACAATCTTCAGCTCTAAGAGTTGGTCAACAGTGTTTAGCAATTGGAAATCCATTTGGCTTTGACCATGCTCTAACTGTTGGTGTCATCAGTGGTTTAAATCGAGACATTTTCAGTCAAGCTGGAGTAACAATTGGAGGTGGAATTCAAACAGATGCAGCTATTAACCCTGGGAACAGTGGTGGTCCATTGCTGGATTCGAAGGGGCATATGATTGGTATTAATACAGCAATTTTCACACAGACAGGAACATCTGCTGGTGTTGGTTTTGCCATCCCGTCATCAACTGTTCTGAAAATAGCTCCTCAGTTAATTCAGTTTGGAAAAGTTCGCCGTGCTGGCTTGAATGTGGAGTTTGCTCCAGATCCAATCGCATATCAGCTTAATGTTCGCACTGGATCTCTAATATTGCAGGTTCCTGGGGGCAGTGCTGCAGCCAAAGCTGGTCTTGTTCCTACCAGTAGGGGTTTTGCTGGTAACATTGTTCTTGGTGATGTCATTG-TTGCCGTGGACGGTAAACCTATCAAAGGCAAATCTGATCTATCGAGGGTTCTGGATGATTATGGCGTTGGAGACAAGGTGAGCTTGACAATCCAAAGAGGCGCTGAAACTCTGGAGGTAACCTTGCCTTTAGAAGAGGCAAGTATCTGATGTATTTCTAGCAGTAAGTTGGCATCCCCG-ATCTATTGCTTTTGTAAATATCGCATTTGCTGAGCTGTTCATGCTTCCA-ACCTGAAGCCTTTTTCGTTTGTTTCTTAAATACTAAAACGAATCGATTCAGAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCTCCATAGATGGTGCCTCAATATACATCAGAGTTTCTGCTTATTATACGTCATAATCCTTTGAAGATTATGATGAAA]

[+] EMBL AK065850             [TTTCAAATCATCTCGCTTCACGGTGGTCGCTCGCAAGCCACACACGCACGCACCCCCACCACTCCTCCCATTCGAGACCCCGCGGGGCTCTGGATTGCTTGCTCGGAACCTGGGATGCACTGCCTCGCCTGCGCCGCTCCGGCCGCGCGCGCCCCGGGCAGTCGCGTCGGCGGCGGCGGCCGCCGGAGGATGGCTATCGAGTGCGCCGCCTCCTCCCCCTTCACCCGCGACGGCGAGGAAACGGCCCCGAGGTCAATGATGGAAACATATGGTGAAATGTCAAGTAAACCTGTATTGCTTGCGTCAAGGAGGAAGCTTGTTGCATTATCATCGTTTTGCTTTTGCTTACATTCTTCAAGGTACTTCTCAGCACTTGCTTTGGGTGATCCATCTGTTAAAATTGATGATGTCACTCCAAAGATTTTTCCATCTGGTCCACTGTTTCCAACTGAGAAACGGATCGCAGAGCTTTTTGAAACAAATACTTACTCTGTTGTCAACATTTTTGATGCAACTCTGCGCCCTCAGCTCAATGTAACTGGTGTTGTTGAGATTCCCGAAGGAAATGGTTCTGGCGTAGTTTGGGATGATTCCGGCCATATTGTTACAAACTACCATGTGGTTGGCAATGCCCTTTCAAAAAAACCAAAGCCTGGCGAAGTTGTTGCGCGTGTCAACATTCTTGCTGCTGATGGGATACAGAAAAATTTTGAAGGCAAATTGGTTGGTGCTGACCGTTCTAAAGATCTTGCTGTTCTCAAGGTGGATGCTCCTACAGATCTGTTGAAGCCAATTAACGTGGGACAATCTTCAGCTCTAAGAGTTGGTCAACAGTGTTTAGCAATTGGAAATCCATTTGGCTTTGACCATGCTCTAACTGTTGGTGTCATCAGTGGTTTAAATCGAGACATTTTCAGTCAAGCTGGAGTAACAATTGGAGGTGGAATTCAAACAGATGCAGCTATTAACCCTGGGAACAGTGGTGGTCCATTGCTGGATTCGAAGGGGCATATGATTGGTATTAATACAGCAATTTTCACACAGACAGGAACATCTGCTGGTGTTGGTTTTGCCATCCCGTCATCAACTGTTCTGAAAATAGCTCCTCAGTTAATTCAGTTTGGAAAAGTTCGCCGTGCTGGCTTGAATGTGGAGTTTGCTCCAGATCCAATCGCATATCAGCTTAATGTTCGCACTGGATCTCTAATATTGCAGGTTCCTGGGGGCAGTGCTGCAGCCAAAGCTGGTCTTGTTCCTACCAGTAGGGGTTTTGCTGGTAACATTGTTCTTGGTGATGTCATTG TTGCCGTGGACGGTAAACCTATCAAAGGCAAATCTGATCTATCGAGGGTTCTGGATGATTATGGCGTTGGAGACAAGGTGAGCTTGACAATCCAAAGAGGCGCTGAAACTCTGGAGGTAACCTTGCCTTTAGAAGAGGCAAGTATCTGATGTATTTCTAGCAGTAAGTTGGCATCCCCG ATCTATTGCTTTTGTAAATATCGCATTTGCTGAGCTGTTCATGCCTCCA ACCTGAAGCCTTTTTCGTTTGTTTCTTAAATACTAAAACGAATCGATTCAGAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCTCCATAGATGGTGCCTCAATATACATCAGAGTTTCTGCTTATTATACGTCATAATCCTTTGAAGATTATGATG   ]
[-] EMBL CB679186             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TCAGTCAAGCTGGAGTAACAATTGGAGGTGGAATTCAAACAGATGCAGCTATTAACCCTGGGAACAGTGGTGGTCCATTGCTGGATTCGAAGGGGCATATGATTGGTATTAATACAGCAATTTTCACACAGACAGGAACATCTGCTGGTGTTGGTTTTGCCATCCCGTCATCAACTGTTCTGAAAATAGCTCCTCAGTTAATTCAGTTTGGAAAAGTTCGCCGTGCTGGCTTGAATGTGGAGTTTGCTCCAGATCCAATCGCATATCAGCTTAATGTTCGCACTGGATCTATAATATTGCAGGTTCCTGGGGGCAGTGCTGCAGCCAAAGCTGGTCTTGTTCCTACCAGTAGGGGTTTTGCTGGTACCATTGTTCTTGGTGATGTCATTG TTGCCGTGGACGGTAAACCTATCAAAGGCAAATCTGATCTATCGAGGGTTCTGGATGCTTATGGCGTTGGAGACAAGGTGAGCTTGACAATCCAAAGAGGCGCTGAATCTCTGGAGGTAACCTTGCCTTTAGAAGAGGCAAGTATCCGATGTATTTCTAGCAGTAAGTTGGCATCCCCGCATCTATTGCTTTTGTAAATATCGCATTGGCTGAGCTGTTCATGCTTCCACACCTGAAGCCTTTTTCGTTTGTTTGTTAAATCCTAAAGCGAATGGATTCAGAACTCTCTCTCTGTGTCTGTCTCCTCTCAATGGAga                                                                  ]
[+] EMBL BI812220             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aagGGTCTTGTTCCTACCAGTAGGGGTTTTGCTGGTAACATTGTTCTTGTTGATGTCATTGTTTCCCGTGGACGGTAAACCTATCAAAGGCAAATCTGATCTATCGAGGGTTCTGGATGATTATGGC TTGGAGACAAGGTGAGCTTGACAATCCAAAGAGGC CTGAAACTCTGGAGGTAACCTTGCCTTTAGAAGAGGCAAGTATCTGATGTATTTCTA CAGTAAGTTGGCATCCCCG ATCTATTGCTTTTGTAAATATCGCATTTGCTGAGCTGTTCATGCTTCCA ACCTGAAGCCTTTTTCGTTTGTTTCTTAAATACT AAACGAATCGATTCAGAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCTCCATAGATGGTGCCTCAATATACATCAGAGTTTCTGCTTATTATACGTCATAATCCTTTGAAGATTtaaaaaaaa]
[+] EMBL CA754160             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AAGTATCTGATGTATTTCTAGCAGTAAGTTGGCATCCCCG ATCTATTGCTTTTGTAAATATCGCATTTGCTGAGCTGTTCATGCTTCCA ACCTGAAGCCTTTTTCGTTTGTTTCTTAAATACTAAAACGAATCGATTCAGAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCTCCATAGATGGTGCCTCAAaaaaaaaa                                                 ]


>consensus_6812#0 TTTCAAATCATCTCGCTTCACGGTGGTCGCTCGCAAGCCACACACGCACGCACCCCCACC ACTCCTCCCATTCGAGACCCCGCGGGGCTCTGGATTGCTTGCTCGGAACCTGGGATGCAC TGCCTCGCCTGCGCCGCTCCGGCCGCGCGCGCCCCGGGCAGTCGCGTCGGCGGCGGCGGC CGCCGGAGGATGGCTATCGAGTGCGCCGCCTCCTCCCCCTTCACCCGCGACGGCGAGGAA ACGGCCCCGAGGTCAATGATGGAAACATATGGTGAAATGTCAAGTAAACCTGTATTGCTT GCGTCAAGGAGGAAGCTTGTTGCATTATCATCGTTTTGCTTTTGCTTACATTCTTCAAGG TACTTCTCAGCACTTGCTTTGGGTGATCCATCTGTTAAAATTGATGATGTCACTCCAAAG ATTTTTCCATCTGGTCCACTGTTTCCAACTGAGAAACGGATCGCAGAGCTTTTTGAAACA AATACTTACTCTGTTGTCAACATTTTTGATGCAACTCTGCGCCCTCAGCTCAATGTAACT GGTGTTGTTGAGATTCCCGAAGGAAATGGTTCTGGCGTAGTTTGGGATGATTCCGGCCAT ATTGTTACAAACTACCATGTGGTTGGCAATGCCCTTTCAAAAAAACCAAAGCCTGGCGAA GTTGTTGCGCGTGTCAACATTCTTGCTGCTGATGGGATACAGAAAAATTTTGAAGGCAAA TTGGTTGGTGCTGACCGTTCTAAAGATCTTGCTGTTCTCAAGGTGGATGCTCCTACAGAT CTGTTGAAGCCAATTAACGTGGGACAATCTTCAGCTCTAAGAGTTGGTCAACAGTGTTTA GCAATTGGAAATCCATTTGGCTTTGACCATGCTCTAACTGTTGGTGTCATCAGTGGTTTA AATCGAGACATTTTCAGTCAAGCTGGAGTAACAATTGGAGGTGGAATTCAAACAGATGCA GCTATTAACCCTGGGAACAGTGGTGGTCCATTGCTGGATTCGAAGGGGCATATGATTGGT ATTAATACAGCAATTTTCACACAGACAGGAACATCTGCTGGTGTTGGTTTTGCCATCCCG TCATCAACTGTTCTGAAAATAGCTCCTCAGTTAATTCAGTTTGGAAAAGTTCGCCGTGCT GGCTTGAATGTGGAGTTTGCTCCAGATCCAATCGCATATCAGCTTAATGTTCGCACTGGA TCTCTAATATTGCAGGTTCCTGGGGGCAGTGCTGCAGCCAAAGCTGGTCTTGTTCCTACC AGTAGGGGTTTTGCTGGTAACATTGTTCTTGGTGATGTCATTGTTGCCGTGGACGGTAAA CCTATCAAAGGCAAATCTGATCTATCGAGGGTTCTGGATGATTATGGCGTTGGAGACAAG GTGAGCTTGACAATCCAAAGAGGCGCTGAAACTCTGGAGGTAACCTTGCCTTTAGAAGAG GCAAGTATCTGATGTATTTCTAGCAGTAAGTTGGCATCCCCGATCTATTGCTTTTGTAAA TATCGCATTTGCTGAGCTGTTCATGCTTCCAACCTGAAGCCTTTTTCGTTTGTTTCTTAA ATACTAAAACGAATCGATTCAGAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCTCCATAGATGGT GCCTCAATATACATCAGAGTTTCTGCTTATTATACGTCATAATCCTTTGAAGATTATGAT GAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)