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Oryza sativa
cluster # 6991 cluster # 6991       Sequences # 4       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_6991#0 length = 1846 sequences # 4  

consensusID : consensus_6991#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 1846
fasta sequence
                              [AACTCTTTGCAGCCAATGCACAAATCTCTCTCACCTTTGCGTCGTCCGGTCTCCTCTTCCGGAAGCTGCCTCCGCCGCCGCTGCTGCCGCTGCCGTTGCTGGCCTCCGGCGCCAGCGGCGGCTCGCCGCCTAAGCCCCCGTAAAACATGCTTGCAAGGTCCTGCAACT-CCTGGAGGTAGCCGAACATGGCGCGGCACTTGTCGTCGTCGAGCATGACGTCGTCGAGTAGCCCCTGGCAGAGGCTCTCGACGGTGTCAAGGTGACCCTTCCGGTGTCGTGAAACGTCGCCGCCGCCGCATTGCGCCATATTACTAACCACTTAGCAAGAAGAGAAGACGATCAATTCTAGGAACAAAGCTAAGATTTGGTTGGTTCTTCCTATCCTTTGATGCAAATAGGTAGTATGTGACCCTTTCAAGGTAAGCAACAGGATGGTAGCTAATGTGTAAGCTTAAGGGGAGGGTTCTTGTGCCTGAAGTTTGCGTGTCCCTTTCTCTCCCTCCCTCTTTTGCTCTTCAGGAGTTTTTTCCTAATCCATATATATAGAGTGGACGATAGGTGGATAGAGAGGAGGAACCTTTCATTGTGTAATCGTACTTTTGGTATGAGATTGGATTTGGCCCTTTAGGTATGTTCATGTGAGGTAGGGCTGGATAAAGTAGTGCGGGTCCCTGTGTTTCAGCTGGCATATGCATTGGCTAGAACGTCTCATCAATTGGCCCTCCTGTAATCCACAAATTAGCAATTATGCTCTTGCTTTCATTTCCTCTACAAAAGAACATATAAATGTGAGAATCAATGGGATTGCTTTAGTTATGGGCATATGAATCAACACCATATCAGGCAATAAGATGTTGGCTCTTGAACCACTCCATATTATTTACTCATTATATACTGCATCATCCTTTTCAATTTGCTTTTGAATCATAGTCATAGCCATTCTCAAGTATCAACTTAAGTGATGATCATGCTCCATGCACTTAGCTAACCTTTTTCTAAAGGAATAACATGCACAAGGTTTTATTTGTGCATATACTGAAATAAGAGGTGGCTTCTGAACATTTGCTGATGCTGCAAAAGGACGATTGGGGAGGTGACAGCTGCTCCATTAACCTGTATGGACAGCTCTATCTTCTCTGCACTGACCCTTGTCCCACCACACCATACTCGCCACGTGTACATTTGCATTAAGAAATAAGATGCTCAGATTAGTGATAACCCGTTGGCCATATTACTGAACAGAACCGGACTTTGCATTCCAGTTCGTTAACACGAGTATTCCTTAATGAGCAGTGCACGTGAACATCGGCTTAATTTTTGTCCACTGACAATCTCCTGGTGATTGTCTGGAAGCATGCATTGCACCCCATCTTGGTGTCTGTTGTCTAGCACATTATGGAAGCAGGATATTGAGGGGAACTGTTAGTTTAAGTAGAAGAGACTATTTTCTTTTGAAGGGCAAGTAATGCTGCTATAGATCATGATTAGATGGAATTGTGCAACAGTTAGTGGTTGTTCAAAGACAGGAGTGGATTCGAAAAAACCTGGAGTGCTTCTGTTCGTTTTGCGGCTAGGCGGTTTTCAGTTTAGCATTCAACTATATTAGCTCCCTGTCTAATTAATGAACGTTTGTGTGGATCTGCTGATGATCTTATTAAGCTGTTCCTGCAGTTTTATGATTTTTTTAGCAAACAAATGCTCCAAATAGTCGACGTCCACTTGACCATTGCAACTAACTAAATCTATTATATTACTATCGGTGTCCATCATGTATGTATGTCTTGCTTACATAGATCTGCACCTATATATTATGAGTATATAGTTGGCATACACAGTTCATTCGGCT]

[+] EMBL AK107038             [AACTCTTTGCAGCCAATGCACAAATCTCTCTCACCTTTGCGTCGTCCGGTCTCCTCTTCCGGAAGCTGCCTCCGCCGCCGCTGCTGCCGCTGCCGTTGCTGGCCTCCGGCGCCAGCGGCGGCTCGCCGCCTAAGCTCCCGTAACACATGCTTGCCAGGTCCTGCCACT CCTGGAGGTAGCCGAACATGGCGCGGCACTTGTCGTCGTCGAGCATGACGTCGTCGAGTAGCCCCTGGCAGAGGCTCTCGACGGTGTCAAGGTGACCCTTCCGGCGTCGTGAAACGTCGCCGCCGCCGCATTGCGCCATATTACTAACCACTTAGCAAGAAGAGAAGACGATCAATTCTAGGAACAAAGCTAAGATTTGGTTGGTTCTTCCTATCCTTTGATGCAAATAGGTAGTATGTGACCCTTTCAAGGTAAGCAACAGGATGGTAGCTAATGTGTAAGCTTAAGGGGAGGGTTCTTGTGCCTGAAGTTTGCGTGTCCCTTTCTCTCCCTCCCTCTTTTGCTCTTCAGGAGTTTTTTCCTAATCCATATATATAGAGTGGACGATAGGTGGATAGAGAGGAGGAACCTTTCATTGTGTAATCGTACTTTTGGTATGAGATTGGATTTGGCCCTTTAGGTATGTTCATGTGAGGTAGGGCTGGATAAAGTAGTGCGGGTCCCTGTGTTTCAGCTGGCATATGCATTGGCTAGAACGTCTCATCAATTGGCCCTCCTGTAATCCACAAATTAGCAATTATGCTCTTGCTTTCATTTCCTCTACAAAAGAACATATAAATGTGAGAATCAATGGGATTGCTTTAGTTATGGGCATATGAATCAACACCATATCAGGCAATAAGATGTTGGCTCTTGAACCACTCCATATTATTTACTCATTATATACTGCATCATCCTTTTCAATTTGCTTTTGAATCATAGTCATAGCCATTCTCAAGTATCAACTTAAGTGATGATCATGCTCCATGCACTTAGCTAACCTTTTTCTAAAGGAATAACATGCACAAGGTTTTATTTGTGCATATACTGAAATAAGAGGTGGCTTCTGAACATTTGCTGATGCTGCAAAAGGACGATTGGGGAGGTGACAGCTGCTCCATTAACCTGTATGGACAGCTCTATCTTCTCTGCACTGACCCTTGTCCCACCACACCATACTCGCCACGTGTACATTTGCATTAAGAAATAAGATGCTCAGATTAGTGATAACCCGTTGGCCATATTACTGAACAGAACCGGACTTTGCATTCCAGTTCGTTAACACGAGTATTCCTTAATGAGCAGTGCACGTGAACATCGGCTTAATTTTTGTCCACTGACAATCTCCTGGTGATTGTCTGGAAGCATGCATTGCACCCCATCTTGGTGTCTGTTGTCTAGCACATTATGGAAGCAGGATATTGAGGGGAACTGTTAGTTTAAGTAGAAGAGACTATTTTCTTTTGAAGGGCAAGTAATGCTGCTATAGATCATGATTAGATGGAATTGTGCAACAGTTAGTGGTTGTTCAAAGACAGGAGTGGATTCGAAAAAACCTGGAGTGCTTCTGTTCGTTTTGCGGCTAGGCGGTTTTCAGTTTAGCATTCAACTATATTAGCTCCCTGTCTAATTAATGAACGTTTGTGTGGATCTGCTGATGATCTTATTAAGCTGTTCCTGCAGTTTTATGATTTTTTTAGCAAACAAATGCTCCAAATAGTCGACGTCCACTTGACCATTGCAACTAACTAAATCTATTATATTACTATCGGTGTCCATCATGTATGTATGTCTTGCTTACATAGATCTGCACCTATATATTATGAGTATATAGTTGGCATACACAGTTCATTCGGCT]
[-] EMBL OSS3984A             [                                                                                                                               GCCNAAGCCCCCGTAAAACATGCTTNCAAGGTCCTGCAACTCCCTGNAGGTAGCCGAACATGNCGCGGCACTTGNCGNCGTCGAGCATGACGTCGTCGAGTAGCCCCTGGCAGAGGCTCTCGACGGTGTCAAGGTGACCCTTCCGGTGTCGTGAAACGTCGCCGCCGCCGCATTGCGCCATATTACTAACCACTTAGCAAGAAGAGAAGACGATCAATTCTAGGAACAAAGCTAAGATTTGGTTGGTTCTTCCTATCCTTTGATGCAAATAGGTAGTATGTGACCCTTTCAAGGTAAGCAACAGGATGGTAGCTAATGTGTAAGCTTAAGGGGAGGGTTCTTGTGCCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[-] EMBL OSS3983A             [                                                                                                                                    AGCCCCCGTAAAACATGCTTNCAAGGTCCTGCAACC CCTGAAGNTAGCCGAACATGCCNCGGCACTTGNCGNCGTCGAGCATGACGTCGTCGAGTAGCCCCTGGCAGAGGCTCTCGACGGTGTCAAGGTGACCCTTCCGGTGTCGTGAAACGTCGCCGCCGCCGCATTGCGCCATATTACTAACCACTTAGCAAGAAGAGAAGACGATCAATTCTAGGAACAAAGCTAAGATTTGGTTGGTTCTTCCTATCCTTTGATGCAAATAGGTAGTATGTGACCCTTTCAAGGTAAGCAACAGGATGGTAGCTAATGTGTAAGCTTAAGGGGAGGGTTCTTGTGCCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[-] EMBL OSS3230A             [                                                                                                                                                ACATGCTTGCAAGGTCCTGCAACT CCTGGAGGTAGCCGAACATGGCGCGGCACTTGTCGTCGTCGAGCATGACGTCGTCGAGTAGCCCCTGGCAGAGGCTCTCGACGGTGTCAAGGTGACCCTTCCGGTGTCGTGAAACGTCGCCGCCGCCGCATTGCGCCATATTACTAACCACTTAGCAAGAAGAGAAGACGATCAATTCTAGGAACAAAGCTAAGATTTGGTTGGTTCTTCCTATCCTTTGATGCAAATAGGTAGTATGTGACCCTTTCAAGGTAAGCAACAGGATGGTAGCTAATGTGTAAGCTTAAGGGGAGGGTTCTTGTGCCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]


>consensus_6991#0 AACTCTTTGCAGCCAATGCACAAATCTCTCTCACCTTTGCGTCGTCCGGTCTCCTCTTCC GGAAGCTGCCTCCGCCGCCGCTGCTGCCGCTGCCGTTGCTGGCCTCCGGCGCCAGCGGCG GCTCGCCGCCTAAGCCCCCGTAAAACATGCTTGCAAGGTCCTGCAACTCCTGGAGGTAGC CGAACATGGCGCGGCACTTGTCGTCGTCGAGCATGACGTCGTCGAGTAGCCCCTGGCAGA GGCTCTCGACGGTGTCAAGGTGACCCTTCCGGTGTCGTGAAACGTCGCCGCCGCCGCATT GCGCCATATTACTAACCACTTAGCAAGAAGAGAAGACGATCAATTCTAGGAACAAAGCTA AGATTTGGTTGGTTCTTCCTATCCTTTGATGCAAATAGGTAGTATGTGACCCTTTCAAGG TAAGCAACAGGATGGTAGCTAATGTGTAAGCTTAAGGGGAGGGTTCTTGTGCCTGAAGTT TGCGTGTCCCTTTCTCTCCCTCCCTCTTTTGCTCTTCAGGAGTTTTTTCCTAATCCATAT ATATAGAGTGGACGATAGGTGGATAGAGAGGAGGAACCTTTCATTGTGTAATCGTACTTT TGGTATGAGATTGGATTTGGCCCTTTAGGTATGTTCATGTGAGGTAGGGCTGGATAAAGT AGTGCGGGTCCCTGTGTTTCAGCTGGCATATGCATTGGCTAGAACGTCTCATCAATTGGC CCTCCTGTAATCCACAAATTAGCAATTATGCTCTTGCTTTCATTTCCTCTACAAAAGAAC ATATAAATGTGAGAATCAATGGGATTGCTTTAGTTATGGGCATATGAATCAACACCATAT CAGGCAATAAGATGTTGGCTCTTGAACCACTCCATATTATTTACTCATTATATACTGCAT CATCCTTTTCAATTTGCTTTTGAATCATAGTCATAGCCATTCTCAAGTATCAACTTAAGT GATGATCATGCTCCATGCACTTAGCTAACCTTTTTCTAAAGGAATAACATGCACAAGGTT TTATTTGTGCATATACTGAAATAAGAGGTGGCTTCTGAACATTTGCTGATGCTGCAAAAG GACGATTGGGGAGGTGACAGCTGCTCCATTAACCTGTATGGACAGCTCTATCTTCTCTGC ACTGACCCTTGTCCCACCACACCATACTCGCCACGTGTACATTTGCATTAAGAAATAAGA TGCTCAGATTAGTGATAACCCGTTGGCCATATTACTGAACAGAACCGGACTTTGCATTCC AGTTCGTTAACACGAGTATTCCTTAATGAGCAGTGCACGTGAACATCGGCTTAATTTTTG TCCACTGACAATCTCCTGGTGATTGTCTGGAAGCATGCATTGCACCCCATCTTGGTGTCT GTTGTCTAGCACATTATGGAAGCAGGATATTGAGGGGAACTGTTAGTTTAAGTAGAAGAG ACTATTTTCTTTTGAAGGGCAAGTAATGCTGCTATAGATCATGATTAGATGGAATTGTGC AACAGTTAGTGGTTGTTCAAAGACAGGAGTGGATTCGAAAAAACCTGGAGTGCTTCTGTT CGTTTTGCGGCTAGGCGGTTTTCAGTTTAGCATTCAACTATATTAGCTCCCTGTCTAATT AATGAACGTTTGTGTGGATCTGCTGATGATCTTATTAAGCTGTTCCTGCAGTTTTATGAT TTTTTTAGCAAACAAATGCTCCAAATAGTCGACGTCCACTTGACCATTGCAACTAACTAA ATCTATTATATTACTATCGGTGTCCATCATGTATGTATGTCTTGCTTACATAGATCTGCA CCTATATATTATGAGTATATAGTTGGCATACACAGTTCATTCGGCT



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)