cluster # 7674

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Oryza sativa
cluster # 7674 cluster # 7674 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_7674#0 length = 882 sequences # 4

consensus_7674#1 length = 483 sequences # 1

consensusID : consensus_7674#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 882
fasta sequence

                              [CCCAAGCGAGAGGAGAGGAGAGGGGAGGCGATGGGGAGCGGGAGCAAGAAGAAGAGCGGAGGAGGGGATGACCAGAGGCCGCTCCTCTGGAGGCTCCCGGAGGTCACCTCCACCGAGCTCGGCAAGATCGGCCCCGCCTTCGGCCTCGGCGTCGGCTGCGGCGTCGGCGCCGGCGTCGGCTTCTTCGGCGGTGCAGGATTAGGTTATGGATTTCCCGGACTCACATTAGGCTTTGGAGTTGGAGCTGGATGTGGTGTAGGATTTGGCTTTGGTTATGGATTGGGGAAAGGAATTGCTTATGATCAAAACAAAAGATACTCTAATGTTGGCACGATGTTCCAAGAAGCTCCAAGTCTTCCGATGGACACCGTTGCTGGTTTGGTTGATGAGCTGGTTGTGAACACCAAAAAGCTTGTGAGAGCAACTTCAAAAGAGATTGAAAAATGGCGTTGAGCTTATAATTGCCTCCATCAGCTGTGTCA-GCCTATGAAAACTGGGTTATCATTGAAGGTTATAAGCAAGTATGCTGTTGTCTTAGATGAAGGTTTAGGAGCTAGCCATGGGATGAAGCCTATTGCAAGCAGTATGCTATCTTAGATGGAATTTAGGAGTTAGTCGTGGGATGCAGACTATTGCACTGCAATGTTCTTTCTTATTCTTGTGTACAT-CAGTAATTATGTCTATATTTAATTAGGGTAATGAAATGCTATTGCAGTCTCTGCATGTTAGAAATCCCCCTGTGATGAACAGTGTCAGTTAGAATTCAGGAACAAAATATGAGACTGGTGATCTCATTTGGCTGCTTGTTATTACTCTGTTAATGGTTGTGCTCATCTCAGGCTGTGCTAAAAAAAACACTGTTATGCCGTTACGTAGCGTATC]

[+] EMBL CF327669             [CCCAAGCGAGAGGAGAGGAGAGGGGAGGCGATGGGGAGCGGGAGCAAGAAGAAGAGCGGAGGAGGGGATGACCAGAGGCCGCTCCTCTGGAGGCTCCCGGAGGTCACCTCCACCGAGCTCGGCAAGATCGGCCCCGCCTTCGGCCTCGGCGTCGGCTGCGGCGTCGGCGCCGGCGTCGGCTTCTTCGGCGGTGCAGGATTAGGTTATGGATTTCCCGGACTCACATTAGGCTTTGGAGTTGGAGCTGGATGTGGTGTAGGATTTGGCTTTGGTTATGGATTGGGGAAAGGAATTGCTTATGATCAAAACAAAAGATACTCTAATGTTGGCACGATGTTCCAAGAAGCTCCAAGTCTTCCGATGGACACCGTTGCTGGTTTGGTTGATGAGCTGGTTGTGAACACCAAAAAGCTTGTGAGAGCAACTTCAAAAGAGATTGAAAAATGGCGTTGAGCTTATAATTGCCTCCATCAGCTGTGTCA GCCTATGAAAACTGGGTTATCATTGAAGGTTATAAGCAAGTATGCTGTTGTCTTANATGAAGGTTTAGGAGCTAGCCATGGGATGAAGCCTATTGCAAGCAGTATGCTATCTTAGATGGAATTTAGGAGTTAGTCGTGGGATGCAGACTATTGCACTGCAATGTTC                                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL AK064219             [                    AGGGGAGGCGATGGGGAGCGGGAGCAAGAAGAAGAGCGGAGGAGGGGATGACCAGAGGCCGCTCCTCTGGAGGCTCCCGGAGGTCACCTCCACCGAGCTCGGCAAGATCGGCCCCGCCTTCGGCCTCGGCGTCGGCTGCGGCGTCGGCGCCGGCGTCGGCTTCTTCGGCGGTGCAGGATTAGGTTATGGATTTCCCGGACTCACATTAGGCTTTGGAGTTGGAGCTGGATGTGGTGTAGGATTTGGCTTTGGTTATGGATTGGGGAAAGGATTTGCTTATGATCAAAACAAAAGATACTCTAATGTTGGCACGATGTTCCAAGAAGCTCCAAGTCTTCCGATGGACACCGTTGCTGGTTTGGTTGATGAGCTGGTTGTGAACACCAAAAAGCTTGTGAGAGCAACTTCAAAAGAGATTGAAAAATGGCGTTGAGCTTATAATTGCCTCCATCAGCTGTGTCA GCCTATGAAAACTGGGTTATCATTGAAGGTTATAAGCAAGTATGCTGTTGTCTTAGATGAAGGTTTAGGAGCTAGCCATGGGATGAAGCCTATTGCATGCAGTATGCTATCTTAGATGGAATTTAGGAGTTAGTCGTGGGATGCAGACTATTGCACTGCAATGTTCTTTCTTATTCTTGTGTACAT CAGTAATTATGTCTATATTTAATTAGGGTAATGAAATGCTATTGCAGTCTCTGCATGTTAGAAATCCCCCTGTGATGAACAGTGTCAGTTAGAATTCAGGAACAAAATATGAGACTGGTGATCTCATTTGGCTGCTTGTTATTACTCTGTTAATGGTTGTGCTCATCTCAGGCTGTGCT                                   ]
[-] EMBL CF327670             [                                                                                                                                                                                                         GGTTATGGATTTCCCGGACTCACATTAGGCTTTGGAGTTGGAGCTGGATGTGGTGTAGGATTTGGCTTTGGTTATGGATTGGGGAAAGGAATTGCTTATGATCAAAACAAAAGATACTCTAATGTTGGCACGATGTTCCAAGAAGCTCCAAGTCTTCCGATGGACACCGTTGCTGGTTTGGTTGATGAGCTGGTTGTGAACACCAAAAAGCTTGTGAGAGCAACTTCAAAAGAGATTGAAAAATGGCGTTGAGCTTATAATTGCCTCCATCAGCTGTGTCA GCCTATGAAAACTGGGTTATCATTGAAGGTTATAAGCAAGTATGCTGTTGTCTTAGATGAAGGTTTAGGAGCTAGCCATGGGATGAAGCCTATTGCAAGCAGTATGCTATCTTAGATGGAATTTAGGAGTTAGTCGTGGGATGCAGACTATTGCACTGCAATGTTCTTTCTTATTCTTGTGTACAT CAGTAATTATGTCTATATTTAATTAGGGTAATGAAATGCTATTGCAGTCTCTGCATGTTAGAAATCCCCCTGTGATGAACAGTGTCAGTTAGAATTCAGGAACAAAATATGAGACTGGTGATCTCATTTGGCTGCTTGTTATTACTCTGTTAATGGTTGTGCTCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAACACTGTTATGCCGTTACGTAGCGTATC]
[+] EMBL BQ164718             [                                                                                                                                                                                                                                                                   GATTTGGCTTTGGTTATGGATTGGGGAAAGGAATTGCTTATGATCAAAACAAAAGATACTCTAATGTTGGCACGATGTTCCAAGAAGCTCCAAGTCTTCCGATGGACACCGTTGCTGGTTTGGTTGATGAGCTGGTTGTGAACACCAAAAAGCTTGTGAGAGCAACTTCAAAAGAGATTGAAAAATGGCGTTGAGCTTATAATTGCCTCCATCAGCTGTGTCACGCCTATGAAAACTGGGTTATCATTGAAGGTTATAAGCAAGTATGCTGTTGTCTTAGATGAAGGTTTAGGAGCTAGCCATGGGATGAAGCCTATTGCAAGCAGTATGCTATCTTAGATGGAATTTAGGAGTTAGTCGTGGGATGCAGACTATTGCACTGCAATGTTCTTTCTTATTCTTGTGTACATCCAGTAATTATGTCTATATTTAATTAGGGTAATGAAATGCTATTGCAGTCTCTGCCTGTTAAAAATCCCCCTGTGATGAACAGTGTCAGTTAAAATCCAAGAACAAAATATGAGACTGGTGATCTCATTTGGCTGCTaaaaa                                                                         ]




>consensus_7674#0
CCCAAGCGAGAGGAGAGGAGAGGGGAGGCGATGGGGAGCGGGAGCAAGAAGAAGAGCGGA
GGAGGGGATGACCAGAGGCCGCTCCTCTGGAGGCTCCCGGAGGTCACCTCCACCGAGCTC
GGCAAGATCGGCCCCGCCTTCGGCCTCGGCGTCGGCTGCGGCGTCGGCGCCGGCGTCGGC
TTCTTCGGCGGTGCAGGATTAGGTTATGGATTTCCCGGACTCACATTAGGCTTTGGAGTT
GGAGCTGGATGTGGTGTAGGATTTGGCTTTGGTTATGGATTGGGGAAAGGAATTGCTTAT
GATCAAAACAAAAGATACTCTAATGTTGGCACGATGTTCCAAGAAGCTCCAAGTCTTCCG
ATGGACACCGTTGCTGGTTTGGTTGATGAGCTGGTTGTGAACACCAAAAAGCTTGTGAGA
GCAACTTCAAAAGAGATTGAAAAATGGCGTTGAGCTTATAATTGCCTCCATCAGCTGTGT
CAGCCTATGAAAACTGGGTTATCATTGAAGGTTATAAGCAAGTATGCTGTTGTCTTAGAT
GAAGGTTTAGGAGCTAGCCATGGGATGAAGCCTATTGCAAGCAGTATGCTATCTTAGATG
GAATTTAGGAGTTAGTCGTGGGATGCAGACTATTGCACTGCAATGTTCTTTCTTATTCTT
GTGTACATCAGTAATTATGTCTATATTTAATTAGGGTAATGAAATGCTATTGCAGTCTCT
GCATGTTAGAAATCCCCCTGTGATGAACAGTGTCAGTTAGAATTCAGGAACAAAATATGA
GACTGGTGATCTCATTTGGCTGCTTGTTATTACTCTGTTAATGGTTGTGCTCATCTCAGG
CTGTGCTAAAAAAAACACTGTTATGCCGTTACGTAGCGTATC

consensusID : consensus_7674#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 483
fasta sequence

                              [ACCGTTGCTGGTTTGGTTGATTGACGCTGGTTGTGAACACCAAAAAGCTTGTGAGNGCAACTTCAAAAGAGATTTGAAAAATGGCGTTGAGCTTATAATTTNCCTCCATCAGCTGTGTCAGCCTATGAAAACTGGGTTATCATTGAAGGTTATAAGCAAGTATGCTGTTGTCTTAGATGAAGGTTTAGGAGCTAGCCATGGGATGAAGCCTATTGCAAGCAGTATGCTATCTTAGATGGAATTTAGGAGTTAGTCGTGGGATGCAGACTATTGCACTGCAATGTTCTTTCTTATTCTTGTGTACATCAGTAATTATGTCTATATTTAATTAGGGTAATGAAATGCTATTGCAGTCTCTGCATGTTAGAAATCCCCCTGTGATGAACAGTGTCAGTTAGAATTCAGGAACAAAATATGAGACTGGTGATCTCATTTGGCTGCTTGTTATTACTCTGTTAATGGTTGTGCTCAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL AU031280             [ACCGTTGCTGGTTTGGTTGATTGACGCTGGTTGTGAACACCAAAAAGCTTGTGAGNGCAACTTCAAAAGAGATTTGAAAAATGGCGTTGAGCTTATAATTTNCCTCCATCAGCTGTGTCAGCCTATGAAAACTGGGTTATCATTGAAGGTTATAAGCAAGTATGCTGTTGTCTTAGATGAAGGTTTAGGAGCTAGCCATGGGATGAAGCCTATTGCAAGCAGTATGCTATCTTAGATGGAATTTAGGAGTTAGTCGTGGGATGCAGACTATTGCACTGCAATGTTCTTTCTTATTCTTGTGTACATCAGTAATTATGTCTATATTTAATTAGGGTAATGAAATGCTATTGCAGTCTCTGCATGTTAGAAATCCCCCTGTGATGAACAGTGTCAGTTAGAATTCAGGAACAAAATATGAGACTGGTGATCTCATTTGGCTGCTTGTTATTACTCTGTTAATGGTTGTGCTCAAAAAAAAAAAAA]




>consensus_7674#1
ACCGTTGCTGGTTTGGTTGATTGACGCTGGTTGTGAACACCAAAAAGCTTGTGAGNGCAA
CTTCAAAAGAGATTTGAAAAATGGCGTTGAGCTTATAATTTNCCTCCATCAGCTGTGTCA
GCCTATGAAAACTGGGTTATCATTGAAGGTTATAAGCAAGTATGCTGTTGTCTTAGATGA
AGGTTTAGGAGCTAGCCATGGGATGAAGCCTATTGCAAGCAGTATGCTATCTTAGATGGA
ATTTAGGAGTTAGTCGTGGGATGCAGACTATTGCACTGCAATGTTCTTTCTTATTCTTGT
GTACATCAGTAATTATGTCTATATTTAATTAGGGTAATGAAATGCTATTGCAGTCTCTGC
ATGTTAGAAATCCCCCTGTGATGAACAGTGTCAGTTAGAATTCAGGAACAAAATATGAGA
CTGGTGATCTCATTTGGCTGCTTGTTATTACTCTGTTAATGGTTGTGCTCAAAAAAAAAA
AAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7674#0      CCCAAGCGAGAGGAGAGGAGAGGGGAGGCGATGGGGAGCGGGAGCAAGAAGAAGAGCGGA 60
consensus_7674#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7674#0      GGAGGGGATGACCAGAGGCCGCTCCTCTGGAGGCTCCCGGAGGTCACCTCCACCGAGCTC 120
consensus_7674#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7674#0      GGCAAGATCGGCCCCGCCTTCGGCCTCGGCGTCGGCTGCGGCGTCGGCGCCGGCGTCGGC 180
consensus_7674#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7674#0      TTCTTCGGCGGTGCAGGATTAGGTTATGGATTTCCCGGACTCACATTAGGCTTTGGAGTT 240
consensus_7674#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7674#0      GGAGCTGGATGTGGTGTAGGATTTGGCTTTGGTTATGGATTGGGGAAAGGAATTGCTTAT 300
consensus_7674#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7674#0      GATCAAAACAAAAGATACTCTAATGTTGGCACGATGTTCCAAGAAGCTCCAAGTCTTCCG 360
consensus_7674#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7674#0      ATGGACACCGTTGCTGGTTTGGTTGATGA--GCTGGTTGTGAACACCAAAAAGCTTGTGA 418
consensus_7674#1      ------ACCGTTGCTGGTTTGGTTGATTGACGCTGGTTGTGAACACCAAAAAGCTTGTGA 54
                            *********************    *****************************

consensus_7674#0      GAGCAACTTCAAAAGAGATT-GAAAAATGGCGTTGAGCTTATAATT-GCCTCCATCAGCT 476
consensus_7674#1      GNGCAACTTCAAAAGAGATTTGAAAAATGGCGTTGAGCTTATAATTTNCCTCCATCAGCT 114
                      * ****************** *************************  ************

consensus_7674#0      GTGTCAGCCTATGAAAACTGGGTTATCATTGAAGGTTATAAGCAAGTATGCTGTTGTCTT 536
consensus_7674#1      GTGTCAGCCTATGAAAACTGGGTTATCATTGAAGGTTATAAGCAAGTATGCTGTTGTCTT 174
                      ************************************************************

consensus_7674#0      AGATGAAGGTTTAGGAGCTAGCCATGGGATGAAGCCTATTGCAAGCAGTATGCTATCTTA 596
consensus_7674#1      AGATGAAGGTTTAGGAGCTAGCCATGGGATGAAGCCTATTGCAAGCAGTATGCTATCTTA 234
                      ************************************************************

consensus_7674#0      GATGGAATTTAGGAGTTAGTCGTGGGATGCAGACTATTGCACTGCAATGTTCTTTCTTAT 656
consensus_7674#1      GATGGAATTTAGGAGTTAGTCGTGGGATGCAGACTATTGCACTGCAATGTTCTTTCTTAT 294
                      ************************************************************

consensus_7674#0      TCTTGTGTACATCAGTAATTATGTCTATATTTAATTAGGGTAATGAAATGCTATTGCAGT 716
consensus_7674#1      TCTTGTGTACATCAGTAATTATGTCTATATTTAATTAGGGTAATGAAATGCTATTGCAGT 354
                      ************************************************************

consensus_7674#0      CTCTGCATGTTAGAAATCCCCCTGTGATGAACAGTGTCAGTTAGAATTCAGGAACAAAAT 776
consensus_7674#1      CTCTGCATGTTAGAAATCCCCCTGTGATGAACAGTGTCAGTTAGAATTCAGGAACAAAAT 414
                      ************************************************************

consensus_7674#0      ATGAGACTGGTGATCTCATTTGGCTGCTTGTTATTACTCTGTTAATGGTTGTGCTCATCT 836
consensus_7674#1      ATGAGACTGGTGATCTCATTTGGCTGCTTGTTATTACTCTGTTAATGGTTGTGCTCAA-- 472
                      *********************************************************   

consensus_7674#0      CAGGCTGTGCTAAAAAAAACACTGTTATGCCGTTACGTAGCGTATC 882
consensus_7674#1      --------AAAAAAAAAAA--------------------------- 483
                                 ********