These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_7802#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 1019 fasta sequence [CATCATCCAAACACATAGAGTACTTAATTAGCAATGGCCAGAACCAAGTTGGTATCTCTTAGCTTTGTTGTTCTGCTGAGCGTTGGTCTAGCCAATGCCGCAAGGGTAGCTAGATATGCTAGCGCCGAGGGTGGCGGTAGTGGAGGGGGAGGTGGTGGAGGGTCCGAGGATGGTTCTGGATGGGGATCCGGCTCTGGCTCTGGGTATGGTCAGGCCGGCGGATCTTCCGGTGGAGCATATGCTAGTGGAGGCGGGGGAGGTCAAGGTGGTGGAGGCGGTCAAAATGGTGGATCTGGATATGGTTCTGGGTCCGGTTCTGGTTATGGCCAGGCTGGTGGCTATGGCCCTCATGGTGGAGCGTACGCTCAAGGAGGTGGCCAAGGTGGAGGCGGTGGTGGTGGGGTGAATGGTGGGTCAAGATATGGTTCCGGCTCTGGGTCTGGATATGGTCAGGCTGGTAGCTATGGCCCCGGTGGAGCTTATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGTGGTGGACAAAATGGAGGGTCTGGGTATGGTTCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGCGGTGGACAGTATGGCGGGTCTGGGCATGGTTCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGTGGCGGTGGACAATACGGCGGGTCTGGTTCTGGCTCTGGATCTGGTTCTGGCCAAGCTGGTGGATACGGGCCTTACGGTGGAGGATATGCTCAGGCAGGCGGTCAAGGCGGCGGTGGCGGGGGTGGGCATCCATAGAACTCCTATATAGTGAACAACTGCATTTTATGCAGTTAAATAATATCAAAGAGGCCCTTGTTATGTGGTAACCGATAATAGAATAAAAGTAGTGGTAATGTAAACTACTATGTAATGTTACTGGTGCAATGAATAACCTCTTG] [+] EMBL AK102661 [CATCATCCAAACACATAGAGTACTTAATTAGCAATGGCCAGAACCAAGTTGGTATCTCTTAGCTTTGTTGTTCTGCTGAGCGTTGGTCTAGCCGATGCCGCAAGGGTAGCTAGATATGCTAGCGCCGAGGGTGGCGGTAGTGGAGGGGGAGGTGGTGGAGGGTCCGAGGATGGTTCTGGATGGGGATCCGGCTCTGGCTCTGGGTATGGTCAGGCCGGCGGATCTTCCGGTGGAGCATATGCTAGTGGAGGCGGGGGAGGTCAAGGTGGTGGAGGCGGTCAAAATGGTGGATCTGGATATGGTTCTGGGTCCGGTTCTGGTTATGGCCAGGCTGGTGGCTATGGCCCTCATGGTGGAGCGTACGCTCAAGGAGGTGGCCAAGGTGGAGGCGGTGGTGGTGGGGTGAATGGTGGGTCAAGATATGGTTCCGGCTCTGGGTCTGGATATGGTCAGGCTGGTAGCTATGGCCCCGGTGGAGCTTATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGTGGTGGACAAAATGGAGGGTCTGGGTATGGTTCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGCGGTGGACAGTATGGCGGGTCTGGGCATGGTTCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGTGGCGGTGGACAATACGGCGGGTCTGGTTCTGGCTCTGGATCTGGTTCTGGCCAAGCTGGTGGATACGGGCCTTACGGTGGAGGATATGCTCAGGCAGGCGGTCAAGGCGGCGGTGGCGGGGGTGGGCATCCATAGAACTCCTATATAGTGAACAACTGCATTTTATGCAGTTAAATAATATCAAAGAGGCCCTTGTTATGTGGTAACCGATAATAGAATAAAAGTAGTGGTAATGTAAACTACTATGTAATGTTACTGGTGCAATGAATAACCTCT ] [+] EMBL AK064070 [ TCCAAACACATAGAGTACTTAATTAGCAATGGCCAGAACCAAGTTGGTATCTCTTAGCTTTGTTGTTCTGCTGAGCGTTGGTCTAGCCAATGCCGCAAGGGTAGCTAGATATGCTAGCGCCGAGGGTGGCGGTAGTGGAGGGGGAGGTGGTGGAGGGTCCGAGGATGGTTCTGGATGGGGATCCGGCTCTGGCTCTGGGTATGGTCAGGCCGGCGGATCTTCCGGTGGAGCATATGCTAGTGGAGGCGGGGGAGGTCAAGGTGGTGGAGGCGGTCAAAATGGTGGATCTGGATATGGTTCTGGGTCCGGTTCTGGTTATGGCCAGGCTGGTGGCTATGGCCCTCATGGTGGAGCGTACGCTCAAGGAGGTGGCCAAGGTGGAGGCGGTGGTGGTGGGGTGAATGGTGGGTCAAGATATGGTTCCGGCTCTGGGTCTGGATATGGTCAGGCTGGTAGCTATGGCCCCGGTGGAGCTTATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGTGGTGGACAAAATGGAGGGTCTGGGTATGGTTCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGCGGTGGACAGTATGGCGGGTCTGGGCATGGTTCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGTGGCGGTGGACAATACGGCGGGTCTGGTTCTGGCTCTGGATCTGGTTCTGGCCAAGCTGGTGGATACGGGCCTTACGGTGGAGGATATGCTCAGGCAGGCGGTCAAGGCGGCGGTGGCGGGGGTGGGCATCCATAGAACTTCTATATAGTGAACAACTGCATTTTATGCAGTTAAATAATATCAAAGAGGCCCTTGTTATGTGGTAACCGATAATAGAATAAAAGTAGTGGTAATGTAAACTACTATGTAATGTTACTGGTGCAATGAATAACCTCTTG] [+] EMBL OS0677A [ GAGTACTTAATTAGCAATNGCCAGAACCAAGTTGGTATCTCTTAGCTTTGTTGTTCTGCTGAGCGTTGGTCTAGCCAATGCCGCAAGGGTAGCTAGATATGCTAGCGCCGAGGGTGGCGGTAGTGGAGGGGGAGGTGGTGGAGGGTCCGAGGATGGTTCTGGATGGGGATCCGGCTCTGGCTCTGGGTATGGTCAGGCCGGCGGATCTTCCGGTGGAGCATATGCTAGTGGAGGCGGGGGAGGTCAAGGTGGTGGAGGCGGTCAAAATGGTGGATCTGGATATGGTTCTGGGTCCGGTTCTGGTTATGGCCAGGCTGGTGGCTATGGCCCTCAT ] [+] EMBL D43462 [ GTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGCGGTGGACAGTATGGCGGGTCTGGGCATGGTTCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGTGGCGGT ] consensusID : consensus_7802#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 290 fasta sequence [TGCTGNAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGNNGCGGTGGACATATACGGCGGGTCTGGTTCTGGCTCATGGATGCTGGTTTTGGCCAAGCTGGTGGANAACGGNCTTTTACGGTGGAGGATATGNTCAGGCAGGCGGTCATAGGCGGCGGTGGCGGGGGNGGGCATCCATAGNACTTCTATATAGTGNACAACTGCATTTTATGCAGTTAAATAATATCAAAGAGGCCCTTGTTATGTGGCNACCGACCATAGAATNNAAGTAGTGGTAATGTAAACTACTATGTAATGT] [+] EMBL AU091629 [TGCTGNAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGNNGCGGTGGACATATACGGCGGGTCTGGTTCTGGCTCATGGATGCTGGTTTTGGCCAAGCTGGTGGANAACGGNCTTTTACGGTGGAGGATATGNTCAGGCAGGCGGTCATAGGCGGCGGTGGCGGGGGNGGGCATCCATAGNACTTCTATATAGTGNACAACTGCATTTTATGCAGTTAAATAATATCAAAGAGGCCCTTGTTATGTGGCNACCGACCATAGAATNNAAGTAGTGGTAATGTAAACTACTATGTAATGT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_7802#0 CATCATCCAAACACATAGAGTACTTAATTAGCAATGGCCAGAACCAAGTTGGTATCTCTT 60 consensus_7802#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7802#0 AGCTTTGTTGTTCTGCTGAGCGTTGGTCTAGCCAATGCCGCAAGGGTAGCTAGATATGCT 120 consensus_7802#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7802#0 AGCGCCGAGGGTGGCGGTAGTGGAGGGGGAGGTGGTGGAGGGTCCGAGGATGGTTCTGGA 180 consensus_7802#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7802#0 TGGGGATCCGGCTCTGGCTCTGGGTATGGTCAGGCCGGCGGATCTTCCGGTGGAGCATAT 240 consensus_7802#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7802#0 GCTAGTGGAGGCGGGGGAGGTCAAGGTGGTGGAGGCGGTCAAAATGGTGGATCTGGATAT 300 consensus_7802#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7802#0 GGTTCTGGGTCCGGTTCTGGTTATGGCCAGGCTGGTGGCTATGGCCCTCATGGTGGAGCG 360 consensus_7802#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7802#0 TACGCTCAAGGAGGTGGCCAAGGTGGAGGCGGTGGTGGTGGGGTGAATGGTGGGTCAAGA 420 consensus_7802#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7802#0 TATGGTTCCGGCTCTGGGTCTGGATATGGTCAGGCTGGTAGCTATGGCCCCGGTGGAGCT 480 consensus_7802#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7802#0 TATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGTGGTGGACAAAATGGAGGGTCTGGG 540 consensus_7802#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7802#0 TATGGTTCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCT 600 consensus_7802#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7802#0 CAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGCGGTGGACAGTATGGCGGGTCTGGGCATGGT 660 consensus_7802#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7802#0 TCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCTCAAGGA 720 consensus_7802#1 --------------------------------------------------TGCTGNAGGA 10 **** **** consensus_7802#0 GGTGGACAAGGTGGAGGTGGTGGCGGTGGACA-ATACGGCGGGTCTGGTTCTGGCTC-TG 778 consensus_7802#1 GGTGGACAAGGTGGAGGTGGNNGCGGTGGACATATACGGCGGGTCTGGTTCTGGCTCATG 70 ******************** ********** ************************ ** consensus_7802#0 GAT-CTGGTTCTGGCCAAGCTGGTGGATACGGGCCTT--ACGGTGGAGGATATGCTCAGG 835 consensus_7802#1 GATGCTGGTTTTGGCCAAGCTGGTGGANAACGGNCTTTTACGGTGGAGGATATGNTCAGG 130 *** ****** **************** * ** *** *************** ***** consensus_7802#0 CAGGCGGTCA-AGGCGGCGGTGGCGGGGGTGGGCATCCATAGAACTCCTATATAGTGAAC 894 consensus_7802#1 CAGGCGGTCATAGGCGGCGGTGGCGGGGGNGGGCATCCATAGNACTTCTATATAGTGNAC 190 ********** ****************** ************ *** ********** ** consensus_7802#0 AACTGCATTTTATGCAGTTAAATAATATCAAAGAGGCCCTTGTTATGTGGTAACCGATAA 954 consensus_7802#1 AACTGCATTTTATGCAGTTAAATAATATCAAAGAGGCCCTTGTTATGTGGCNACCGACCA 250 ************************************************** ***** * consensus_7802#0 TAGAATAAAAGTAGTGGTAATGTAAACTACTATGTAATGTTACTGGTGCAATGAATAACC 1014 consensus_7802#1 TAGAATNNAAGTAGTGGTAATGTAAACTACTATGTAATGT-------------------- 290 ****** ******************************** consensus_7802#0 TCTTG 1019 consensus_7802#1 ----- |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||