cluster # 7802

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 7802 cluster # 7802 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_7802#0 length = 1019 sequences # 4

consensus_7802#1 length = 290 sequences # 1

consensusID : consensus_7802#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 1019
fasta sequence

                              [CATCATCCAAACACATAGAGTACTTAATTAGCAATGGCCAGAACCAAGTTGGTATCTCTTAGCTTTGTTGTTCTGCTGAGCGTTGGTCTAGCCAATGCCGCAAGGGTAGCTAGATATGCTAGCGCCGAGGGTGGCGGTAGTGGAGGGGGAGGTGGTGGAGGGTCCGAGGATGGTTCTGGATGGGGATCCGGCTCTGGCTCTGGGTATGGTCAGGCCGGCGGATCTTCCGGTGGAGCATATGCTAGTGGAGGCGGGGGAGGTCAAGGTGGTGGAGGCGGTCAAAATGGTGGATCTGGATATGGTTCTGGGTCCGGTTCTGGTTATGGCCAGGCTGGTGGCTATGGCCCTCATGGTGGAGCGTACGCTCAAGGAGGTGGCCAAGGTGGAGGCGGTGGTGGTGGGGTGAATGGTGGGTCAAGATATGGTTCCGGCTCTGGGTCTGGATATGGTCAGGCTGGTAGCTATGGCCCCGGTGGAGCTTATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGTGGTGGACAAAATGGAGGGTCTGGGTATGGTTCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGCGGTGGACAGTATGGCGGGTCTGGGCATGGTTCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGTGGCGGTGGACAATACGGCGGGTCTGGTTCTGGCTCTGGATCTGGTTCTGGCCAAGCTGGTGGATACGGGCCTTACGGTGGAGGATATGCTCAGGCAGGCGGTCAAGGCGGCGGTGGCGGGGGTGGGCATCCATAGAACTCCTATATAGTGAACAACTGCATTTTATGCAGTTAAATAATATCAAAGAGGCCCTTGTTATGTGGTAACCGATAATAGAATAAAAGTAGTGGTAATGTAAACTACTATGTAATGTTACTGGTGCAATGAATAACCTCTTG]

[+] EMBL AK102661             [CATCATCCAAACACATAGAGTACTTAATTAGCAATGGCCAGAACCAAGTTGGTATCTCTTAGCTTTGTTGTTCTGCTGAGCGTTGGTCTAGCCGATGCCGCAAGGGTAGCTAGATATGCTAGCGCCGAGGGTGGCGGTAGTGGAGGGGGAGGTGGTGGAGGGTCCGAGGATGGTTCTGGATGGGGATCCGGCTCTGGCTCTGGGTATGGTCAGGCCGGCGGATCTTCCGGTGGAGCATATGCTAGTGGAGGCGGGGGAGGTCAAGGTGGTGGAGGCGGTCAAAATGGTGGATCTGGATATGGTTCTGGGTCCGGTTCTGGTTATGGCCAGGCTGGTGGCTATGGCCCTCATGGTGGAGCGTACGCTCAAGGAGGTGGCCAAGGTGGAGGCGGTGGTGGTGGGGTGAATGGTGGGTCAAGATATGGTTCCGGCTCTGGGTCTGGATATGGTCAGGCTGGTAGCTATGGCCCCGGTGGAGCTTATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGTGGTGGACAAAATGGAGGGTCTGGGTATGGTTCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGCGGTGGACAGTATGGCGGGTCTGGGCATGGTTCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGTGGCGGTGGACAATACGGCGGGTCTGGTTCTGGCTCTGGATCTGGTTCTGGCCAAGCTGGTGGATACGGGCCTTACGGTGGAGGATATGCTCAGGCAGGCGGTCAAGGCGGCGGTGGCGGGGGTGGGCATCCATAGAACTCCTATATAGTGAACAACTGCATTTTATGCAGTTAAATAATATCAAAGAGGCCCTTGTTATGTGGTAACCGATAATAGAATAAAAGTAGTGGTAATGTAAACTACTATGTAATGTTACTGGTGCAATGAATAACCTCT  ]
[+] EMBL AK064070             [     TCCAAACACATAGAGTACTTAATTAGCAATGGCCAGAACCAAGTTGGTATCTCTTAGCTTTGTTGTTCTGCTGAGCGTTGGTCTAGCCAATGCCGCAAGGGTAGCTAGATATGCTAGCGCCGAGGGTGGCGGTAGTGGAGGGGGAGGTGGTGGAGGGTCCGAGGATGGTTCTGGATGGGGATCCGGCTCTGGCTCTGGGTATGGTCAGGCCGGCGGATCTTCCGGTGGAGCATATGCTAGTGGAGGCGGGGGAGGTCAAGGTGGTGGAGGCGGTCAAAATGGTGGATCTGGATATGGTTCTGGGTCCGGTTCTGGTTATGGCCAGGCTGGTGGCTATGGCCCTCATGGTGGAGCGTACGCTCAAGGAGGTGGCCAAGGTGGAGGCGGTGGTGGTGGGGTGAATGGTGGGTCAAGATATGGTTCCGGCTCTGGGTCTGGATATGGTCAGGCTGGTAGCTATGGCCCCGGTGGAGCTTATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGTGGTGGACAAAATGGAGGGTCTGGGTATGGTTCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGCGGTGGACAGTATGGCGGGTCTGGGCATGGTTCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGTGGCGGTGGACAATACGGCGGGTCTGGTTCTGGCTCTGGATCTGGTTCTGGCCAAGCTGGTGGATACGGGCCTTACGGTGGAGGATATGCTCAGGCAGGCGGTCAAGGCGGCGGTGGCGGGGGTGGGCATCCATAGAACTTCTATATAGTGAACAACTGCATTTTATGCAGTTAAATAATATCAAAGAGGCCCTTGTTATGTGGTAACCGATAATAGAATAAAAGTAGTGGTAATGTAAACTACTATGTAATGTTACTGGTGCAATGAATAACCTCTTG]
[+] EMBL OS0677A              [                 GAGTACTTAATTAGCAATNGCCAGAACCAAGTTGGTATCTCTTAGCTTTGTTGTTCTGCTGAGCGTTGGTCTAGCCAATGCCGCAAGGGTAGCTAGATATGCTAGCGCCGAGGGTGGCGGTAGTGGAGGGGGAGGTGGTGGAGGGTCCGAGGATGGTTCTGGATGGGGATCCGGCTCTGGCTCTGGGTATGGTCAGGCCGGCGGATCTTCCGGTGGAGCATATGCTAGTGGAGGCGGGGGAGGTCAAGGTGGTGGAGGCGGTCAAAATGGTGGATCTGGATATGGTTCTGGGTCCGGTTCTGGTTATGGCCAGGCTGGTGGCTATGGCCCTCAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL D43462               [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGCGGTGGACAGTATGGCGGGTCTGGGCATGGTTCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGTGGCGGT                                                                                                                                                                                                                                                                                ]




>consensus_7802#0
CATCATCCAAACACATAGAGTACTTAATTAGCAATGGCCAGAACCAAGTTGGTATCTCTT
AGCTTTGTTGTTCTGCTGAGCGTTGGTCTAGCCAATGCCGCAAGGGTAGCTAGATATGCT
AGCGCCGAGGGTGGCGGTAGTGGAGGGGGAGGTGGTGGAGGGTCCGAGGATGGTTCTGGA
TGGGGATCCGGCTCTGGCTCTGGGTATGGTCAGGCCGGCGGATCTTCCGGTGGAGCATAT
GCTAGTGGAGGCGGGGGAGGTCAAGGTGGTGGAGGCGGTCAAAATGGTGGATCTGGATAT
GGTTCTGGGTCCGGTTCTGGTTATGGCCAGGCTGGTGGCTATGGCCCTCATGGTGGAGCG
TACGCTCAAGGAGGTGGCCAAGGTGGAGGCGGTGGTGGTGGGGTGAATGGTGGGTCAAGA
TATGGTTCCGGCTCTGGGTCTGGATATGGTCAGGCTGGTAGCTATGGCCCCGGTGGAGCT
TATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGTGGTGGACAAAATGGAGGGTCTGGG
TATGGTTCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCT
CAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGCGGTGGACAGTATGGCGGGTCTGGGCATGGT
TCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCTCAAGGA
GGTGGACAAGGTGGAGGTGGTGGCGGTGGACAATACGGCGGGTCTGGTTCTGGCTCTGGA
TCTGGTTCTGGCCAAGCTGGTGGATACGGGCCTTACGGTGGAGGATATGCTCAGGCAGGC
GGTCAAGGCGGCGGTGGCGGGGGTGGGCATCCATAGAACTCCTATATAGTGAACAACTGC
ATTTTATGCAGTTAAATAATATCAAAGAGGCCCTTGTTATGTGGTAACCGATAATAGAAT
AAAAGTAGTGGTAATGTAAACTACTATGTAATGTTACTGGTGCAATGAATAACCTCTTG

consensusID : consensus_7802#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 290
fasta sequence

                              [TGCTGNAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGNNGCGGTGGACATATACGGCGGGTCTGGTTCTGGCTCATGGATGCTGGTTTTGGCCAAGCTGGTGGANAACGGNCTTTTACGGTGGAGGATATGNTCAGGCAGGCGGTCATAGGCGGCGGTGGCGGGGGNGGGCATCCATAGNACTTCTATATAGTGNACAACTGCATTTTATGCAGTTAAATAATATCAAAGAGGCCCTTGTTATGTGGCNACCGACCATAGAATNNAAGTAGTGGTAATGTAAACTACTATGTAATGT]

[+] EMBL AU091629             [TGCTGNAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGNNGCGGTGGACATATACGGCGGGTCTGGTTCTGGCTCATGGATGCTGGTTTTGGCCAAGCTGGTGGANAACGGNCTTTTACGGTGGAGGATATGNTCAGGCAGGCGGTCATAGGCGGCGGTGGCGGGGGNGGGCATCCATAGNACTTCTATATAGTGNACAACTGCATTTTATGCAGTTAAATAATATCAAAGAGGCCCTTGTTATGTGGCNACCGACCATAGAATNNAAGTAGTGGTAATGTAAACTACTATGTAATGT]




>consensus_7802#1
TGCTGNAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGNNGCGGTGGACATATACGGCGGGTCTGGTT
CTGGCTCATGGATGCTGGTTTTGGCCAAGCTGGTGGANAACGGNCTTTTACGGTGGAGGA
TATGNTCAGGCAGGCGGTCATAGGCGGCGGTGGCGGGGGNGGGCATCCATAGNACTTCTA
TATAGTGNACAACTGCATTTTATGCAGTTAAATAATATCAAAGAGGCCCTTGTTATGTGG
CNACCGACCATAGAATNNAAGTAGTGGTAATGTAAACTACTATGTAATGT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7802#0      CATCATCCAAACACATAGAGTACTTAATTAGCAATGGCCAGAACCAAGTTGGTATCTCTT 60
consensus_7802#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7802#0      AGCTTTGTTGTTCTGCTGAGCGTTGGTCTAGCCAATGCCGCAAGGGTAGCTAGATATGCT 120
consensus_7802#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7802#0      AGCGCCGAGGGTGGCGGTAGTGGAGGGGGAGGTGGTGGAGGGTCCGAGGATGGTTCTGGA 180
consensus_7802#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7802#0      TGGGGATCCGGCTCTGGCTCTGGGTATGGTCAGGCCGGCGGATCTTCCGGTGGAGCATAT 240
consensus_7802#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7802#0      GCTAGTGGAGGCGGGGGAGGTCAAGGTGGTGGAGGCGGTCAAAATGGTGGATCTGGATAT 300
consensus_7802#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7802#0      GGTTCTGGGTCCGGTTCTGGTTATGGCCAGGCTGGTGGCTATGGCCCTCATGGTGGAGCG 360
consensus_7802#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7802#0      TACGCTCAAGGAGGTGGCCAAGGTGGAGGCGGTGGTGGTGGGGTGAATGGTGGGTCAAGA 420
consensus_7802#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7802#0      TATGGTTCCGGCTCTGGGTCTGGATATGGTCAGGCTGGTAGCTATGGCCCCGGTGGAGCT 480
consensus_7802#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7802#0      TATGCTCAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGTGGTGGACAAAATGGAGGGTCTGGG 540
consensus_7802#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7802#0      TATGGTTCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCT 600
consensus_7802#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7802#0      CAAGGAGGTGGACAAGGTGGAGGTGGCGGCGGTGGACAGTATGGCGGGTCTGGGCATGGT 660
consensus_7802#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7802#0      TCTGGCTCTGGCTATGGCCAAGCTGGTAGTTATGGCCCAGGTGGAGCATATGCTCAAGGA 720
consensus_7802#1      --------------------------------------------------TGCTGNAGGA 10
                                                                        ****  ****

consensus_7802#0      GGTGGACAAGGTGGAGGTGGTGGCGGTGGACA-ATACGGCGGGTCTGGTTCTGGCTC-TG 778
consensus_7802#1      GGTGGACAAGGTGGAGGTGGNNGCGGTGGACATATACGGCGGGTCTGGTTCTGGCTCATG 70
                      ********************  ********** ************************ **

consensus_7802#0      GAT-CTGGTTCTGGCCAAGCTGGTGGATACGGGCCTT--ACGGTGGAGGATATGCTCAGG 835
consensus_7802#1      GATGCTGGTTTTGGCCAAGCTGGTGGANAACGGNCTTTTACGGTGGAGGATATGNTCAGG 130
                      *** ****** **************** *  ** ***  *************** *****

consensus_7802#0      CAGGCGGTCA-AGGCGGCGGTGGCGGGGGTGGGCATCCATAGAACTCCTATATAGTGAAC 894
consensus_7802#1      CAGGCGGTCATAGGCGGCGGTGGCGGGGGNGGGCATCCATAGNACTTCTATATAGTGNAC 190
                      ********** ****************** ************ *** ********** **

consensus_7802#0      AACTGCATTTTATGCAGTTAAATAATATCAAAGAGGCCCTTGTTATGTGGTAACCGATAA 954
consensus_7802#1      AACTGCATTTTATGCAGTTAAATAATATCAAAGAGGCCCTTGTTATGTGGCNACCGACCA 250
                      **************************************************  *****  *

consensus_7802#0      TAGAATAAAAGTAGTGGTAATGTAAACTACTATGTAATGTTACTGGTGCAATGAATAACC 1014
consensus_7802#1      TAGAATNNAAGTAGTGGTAATGTAAACTACTATGTAATGT-------------------- 290
                      ******  ********************************                    

consensus_7802#0      TCTTG 1019
consensus_7802#1      -----