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Oryza sativa
cluster # 7852 cluster # 7852       Sequences # 5       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_7852#0 length = 1507 sequences # 5  

consensusID : consensus_7852#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 1507
fasta sequence
                              [CCGCAGGTTTCCTCTCTCCCCTAGTTCGCCGGCGGCGTCAAACCCTAGCGCCGCCGCCGCCGCCATGAACCACCTTCGAAACCAAATCCTTCTTCTCCGCGTCCGCTCCTCCAGCACCTCGCTCTCTCCCCTCTCCCCTCTCCACCGCCTCTTCTCCTCCTCCACCGCCGCCGCATCCATCGCCGCAGAACCCTTCGCCGTCGAGGACTACCTGGTCACCACCTGCGGCCTCACCGGGGACCAAGCGCGGAAGGCGGCCAAGACTCTCTCCCGCCTCAGGTCCCCCTCCAAGCCCGACGCCGCCGTCGCCTTCCTCTCCGGCCTCGGCCTCTCGCGCTCCGGCATCGCCGCCGCCGTGGCCGCCGACCCGAGGTTGCTGTGCGCCGACGTGGAGAAGAACCTGGCCAAGCGCGTCGCCGAGCTCGGTGAGCTGGGCATCTCGCGCTCCCAGATCGCGCGCCTCATCCCGCTCGCCCGTCAGTCCTTCCGCAGCAGCTCGCTCGCCACGAACCTTGGCTTCTGGCTCCCGGTCTTGGGCTCTTTCGAGAATGTGCTCATGGCGCTCAAGGCGAACGGAGCGATTCTTGGCTCCGACGTCGAGAAGGTGGTCAAGCCCAACCTGGCCCTCCTCCAGCAATGTGGGATACATGTCTGCGATTTCCCCCATACACGCCTGCCCACTGTGCTCTGCAGGCCACCCAACCATGTTCAAGAAGCTGTGGCACGCATCGGTGAGTTTGGCGTGCCACAGTACTCACCGGTGTTCCGCAATGCGCTTGTGCCATTTGCTTACCAAAACAAGGAGAAGCTCGCTGCCAAAATTGGAGTCCTTGAAATGTTTGGGTGGTCAGA-GGACGATCTCTCGATGACTATGAGGAAGGGTCCTGTCGTCATGAACATGTCT-GTGGAAAGGCTGAGGAAAAATGTGGAGTTCTTGACAAGGGATGTTAAGCTCGAGACGCGTTACATTGCTCGAAGGCCAATCATGATCAGTTATAGCCTTGAGCGTCGGTTGTTACCCCGGCATCGCTTGCTCAGGTTTCTCAGTGCAAAGGGATTGCTTGATGGTGAATTGGACTTCTATTCAGCGGTTGCATTGACTGAGAAGAAGTTTCTTGACAAGTTTGTGCATTCTTGCAAGTGTAGCATTGCAGATCCTGCTAATGCTTATGCTTCTAGCTTTGTTGGGGATGTTCTGTGAATTTATTGTCTGAGAGGACAACAGGAAAATGGGCTCATTCTTGTGCTGGGAGGGTACTGACAGGATTGTTGTGTTGGAAAGATCAAGGGTTTAGACTTATACTTTTGCTATCTCCTTCGTGCTCATTAAGGTTTGCTATCTCCTTCGTCCATTGTTGCAAAATTTCTTATAACTTTGCTCTAGGTTATCTTGTGTTGGCTAGTATCACTATTCACTGATTGATAAACAGGAACACTACAGCCTGTGGTCACCCTCTAGGTTGATGGAATGTTGAATAACATTTCCAGGAGTTAAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL AK105790             [CCGCAGGTTTCCTCTCTCCCCTAGTTCGCCGGCGGCGTCAAACCCTAGCGCCGCCGCCGCCGCCATGAACCACCTTCGAAACCAAATCCTTCTTCTCCGCGTCCGCTCCTCCAGCACCTCGCTCTCTCCCCTCTCCCCTCTCCACCGCCTCTTCTCCTCCTCCACCGCCGCCGCATCCATCGCCGCAGAACCCTTCGCCGTCGAGGACTACCTGGTCACCACCTGCGGCCTCACCGGGGACCAAGCGCGGAAGGCGGCCAAGACTCTCTCCCGCCTCAGGTCCCCCTCCAAGCCCGACGCCGCCGTCGCCTTCCTCTCCGGCCTCGGCCTCTCGCGCTCCGGCATCGCCGCCGCCGTGGCCGCCGACCCGAGGTTGCTGTGCGCCGACGTGGAGAAGAACCTGGCCAAGCGCGTCGCCGAGCTCGGTGAGCTGGGCATCTCGCGCTCCCAGATCGCGCGCCTCATCCCGCTCGCCCGTCAGTCCTTCCGCAGCAGCTCGCTCGCCACGAACCTTGGCTTCTGGCTCCCGGTCTTGGGCTCTTTCGAGAATGTGCTCATGGCGCTCAAGGCGAACGGAGCGATTCTTGGCTCCGACGTCGAGAAGGTGGTCAAGCCCAACCTGGCCCTCCTCCAGCAATGTGGGATACATGTCTGCGATTTCCCCCATACACGCCTGCCCACTGTGCTCTGCAGGCCACCCAACCATGTTCAAGAAGCTGTGGCACGCATCGGTGAGTTTGGCGTGCCACAGTACTCACCGGTGTTCCGCAATGCGCTTGTGCCATTTGCTTACCAAAACAAGGAGAAGCTCGCTGCCAAAATTGGAGTCCTTGAAATGTTTGGGTGGTCAGA GGACGATCTCTCGATGACTATGAGGAAGGGTCCTGTCGTCATGAACATGTCT GTGGAAAGGCTGAGGAAAAATGTGGAGTTCTTGACAAGGGATGTTAAGCTCGAGACGCGTTACATTGCTCGAAGGCCAATCATGATCAGTTATAGCCTTGAGCGTCGGTTGTTACCCCGGCATCGCTTGCTCAGGTTTCTCAGTGCAAAGGGATTGCTTGATGGTGAATTGGACTTCTATTCAGCGGTTGCATTGACTGAGAAGAAGTTTCTTGACAAGTTTGTGCATTCTTGCAAGTGTAGCATTGCAGATCCTGCTAATGCTTATGCTTCTAGCTTTGTTGGGGATGTTCTGTGAATTTATTGTCTGAGAGGACAACAGGAAAATGGGCTCATTCTTGTGCTGGGAGGGTACTGACAGGATTGTTGTGTTGGAAAGATCAAGGGT                                                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL AK065678             [                              GGCGGCGTCAAACCCTAGCGCCGCCGCCGCCGCCATGAACCACCTTCGAAACCAAATCCTTCTTCTCCGCGTCCGCTCCTCCAGCACCTCGCTCTCTCCCCTCTCCCCTCTCCACCGCCTCTTCTCCTCCTCCACCGCCGCCGCATCCATCGCCGCAGAACCCTTCGCCGTCGAGGACTACCTGGTCACCACCTGCGGCCTCACCGGGGACCAAGCGCGGAAGGCGGCCAAGACTCTCTCCCGCCTCAGGTCCCCCTCCAAGCCCGACGCCGCCGTCGCCTTCCTCTCCGGCCTCGGCCTCTCGCGCTCCGGCATCGCCGCCGCCGTGGCCGCCGACCCGAGGTTGCTGTGCGCCGACGTGGAGAAGAACCTGGCCAAGCGCGTCGCCGAGCTCGGTGAGCTGGGCATCTCGCGCTCCCAGATCGCGCGCCTCATCCCGCTCGCCCGTCAGTCCTTCCGCAGCAGCTCGCTCGCCACGAACCTTGGCTTCTGGCTCCCGGTCTTGGGCTCTTTCGAGAATGTGCTCATGGCGCTCAAGGCGAACGGAGCGATTCTTGGCTCCGACGTCGAGAAGGTGGTCAAGCCCAACCTGGCCCTCCTCCAGCAATGTGGGATACATGTCTGCGATTTCCCCCATACACGCCTGCCCACTGTGCTCTGCAGGCCACCCAACCATGTTCAAGAAGCTGTGGCACGCATCGGTGAGTTTGGCGTGCCACAGTACTCACCGGTGTTCCGCAATGCGCTTGTGCCATTTGCTTACCAAAACAAGGAGAAGCTCGCTGCCAAAATTGGAGTCCTTGAAATGTTTGGGTGGTCAGA GGACGATCTCTCGATGACTATGAGGAAGGGTCCTGTCGTCATGAACATGTCT GTGGAAAGGCTGAGGAAAAATGTGGAGTTCTTGACAAGGGATGTTAAGCTCGAGACGCGTTACATTGCTCGAAGGCCAATCATGATCAGTTATAGCCTTGAGCGTCGGTTGTTACCCCGGCATCGCTTGCTCAGGTTTCTCAGTGCAAAGGGATTGCTTGATGGTGAATTGGACTTCTATTCAGCGGTTGCATTGACTGAGAAGAAGTTTCTTGACAAGTTTGTGCATTCTTGCAAGTGTAGCATTGCAGATCCTGCTAATGCTTATGCTTCTAGCTTTGTTGGGGATGTTCTGTGAATTTATTGTCTGAGAGGACAACAGGAAAATGGGCTCATTCTTGTGCTGGGAGGGTACTGACAGGATTGTTGTGTTGGAAAGATCAAGGGTTTAGACTTATACTTTTGCTATCTCCTTCGTGCTCATTAAGGTTTGCTATCTCCTTCGTCCATTGTTGCAAAATTTCTTATAACTTTGCTCTAGGTTATCTTGTGTTGGCTAGTATCACTATTCACTGATTGATAAACAGGAACACTACAGCCTGTGGTCACCCTCTAGGTTGATGGAATGTTGAATAACATT                        ]
[+] EMBL BQ907945             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ACC AAACAA GAGAAGCTC CT CGCAAATTGGAGT CGTGAA  GGTTGGGT GTCAGAGGGACGATCTCTNGGGGACTATGAGGAAGGGTCCTGTCGTCATGAACATGTCTGGTGGAAAGGCTGAGGAAAAATGTGGAGTTCTTGACAAGGGATGTTAAGCTCGAGACGCGTTACATTGCTCGAA GCC ATCATGATCAGTTATA CCTTGAGCGTCGGTTGTTACCCCGGCATCGCTTGCTCAGGTTTCTCAGTGCAAAGGGATTGCTTGATGGTGAATTGGACTTCTATTCAGCGGTTGCATTGACTGAGAAGAAGTTTCTTGACAAGTTTGTGCATTCTTGCAAGTGTAGCATTGCAGATCCTGCTAATGCTTATGCTTCTAGCTTTGTTGGGGATGTTCTGTGAATTTATTGTCTGAGAGGACAACAGGAAAATGGGCTCATTCTTGTGCTGGGAGGGTACTGACAGGATTGTTGTGTTGGAAAGATCAAGGGTTTAGACTTATACTTTTGCTATCTCCTTCGTGCTCATTAAG  TTGCTATCTCCCTCGTCCA TGT  C  AATTTCTTATAA                                                                                                                                      ]
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[+] EMBL AU095278             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GGTGAATTGGACTTCTATTCAGCGGTTGCATTGACTGAGAAGAAGTTTCTTGACAAGTTTGTGCATTCTTGCAAGTGTAGCATTGCAGATCCTGCTAATGCTTATGCTTCTAGCTTTGTTGGGGATGTTCTGTGAATTTATTGTCTGAGAGGACAACAGGAAAATGGGCTCATTCTTGTGCTGGGAGGGTACTGACAGGATTGTTGTGTTGGAAAGATCAAGGGTTTAGACTTATACTTTTGCTATCTCCTTCGTGCTCATTAAGGTTTGCTATCTCCTTCGTCCATTGTTGCAAAATTTCTTATAACTTTGCTCTAGGTTATCTTGTGTTGGCTAGTATCACTATTCACTGATTGATAAACAGGAACACTACAGCCTGTGGTCACCCTCTAGGTTGATGGAATGTTGAATAACATTTCCAGGAGTTAAAAAAAAAAAAAA]


>consensus_7852#0 CCGCAGGTTTCCTCTCTCCCCTAGTTCGCCGGCGGCGTCAAACCCTAGCGCCGCCGCCGC CGCCATGAACCACCTTCGAAACCAAATCCTTCTTCTCCGCGTCCGCTCCTCCAGCACCTC GCTCTCTCCCCTCTCCCCTCTCCACCGCCTCTTCTCCTCCTCCACCGCCGCCGCATCCAT CGCCGCAGAACCCTTCGCCGTCGAGGACTACCTGGTCACCACCTGCGGCCTCACCGGGGA CCAAGCGCGGAAGGCGGCCAAGACTCTCTCCCGCCTCAGGTCCCCCTCCAAGCCCGACGC CGCCGTCGCCTTCCTCTCCGGCCTCGGCCTCTCGCGCTCCGGCATCGCCGCCGCCGTGGC CGCCGACCCGAGGTTGCTGTGCGCCGACGTGGAGAAGAACCTGGCCAAGCGCGTCGCCGA GCTCGGTGAGCTGGGCATCTCGCGCTCCCAGATCGCGCGCCTCATCCCGCTCGCCCGTCA GTCCTTCCGCAGCAGCTCGCTCGCCACGAACCTTGGCTTCTGGCTCCCGGTCTTGGGCTC TTTCGAGAATGTGCTCATGGCGCTCAAGGCGAACGGAGCGATTCTTGGCTCCGACGTCGA GAAGGTGGTCAAGCCCAACCTGGCCCTCCTCCAGCAATGTGGGATACATGTCTGCGATTT CCCCCATACACGCCTGCCCACTGTGCTCTGCAGGCCACCCAACCATGTTCAAGAAGCTGT GGCACGCATCGGTGAGTTTGGCGTGCCACAGTACTCACCGGTGTTCCGCAATGCGCTTGT GCCATTTGCTTACCAAAACAAGGAGAAGCTCGCTGCCAAAATTGGAGTCCTTGAAATGTT TGGGTGGTCAGAGGACGATCTCTCGATGACTATGAGGAAGGGTCCTGTCGTCATGAACAT GTCTGTGGAAAGGCTGAGGAAAAATGTGGAGTTCTTGACAAGGGATGTTAAGCTCGAGAC GCGTTACATTGCTCGAAGGCCAATCATGATCAGTTATAGCCTTGAGCGTCGGTTGTTACC CCGGCATCGCTTGCTCAGGTTTCTCAGTGCAAAGGGATTGCTTGATGGTGAATTGGACTT CTATTCAGCGGTTGCATTGACTGAGAAGAAGTTTCTTGACAAGTTTGTGCATTCTTGCAA GTGTAGCATTGCAGATCCTGCTAATGCTTATGCTTCTAGCTTTGTTGGGGATGTTCTGTG AATTTATTGTCTGAGAGGACAACAGGAAAATGGGCTCATTCTTGTGCTGGGAGGGTACTG ACAGGATTGTTGTGTTGGAAAGATCAAGGGTTTAGACTTATACTTTTGCTATCTCCTTCG TGCTCATTAAGGTTTGCTATCTCCTTCGTCCATTGTTGCAAAATTTCTTATAACTTTGCT CTAGGTTATCTTGTGTTGGCTAGTATCACTATTCACTGATTGATAAACAGGAACACTACA GCCTGTGGTCACCCTCTAGGTTGATGGAATGTTGAATAACATTTCCAGGAGTTAAAAAAA AAAAAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)