Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 7852 cluster # 7852       Sequences # 5       consensus # 1

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_7852#0 length = 1507 sequences # 5  
consensusID : consensus_7852#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 1507
fasta sequence 
                              [CCGCAGGTTTCCTCTCTCCCCTAGTTCGCCGGCGGCGTCAAACCCTAGCGCCGCCGCCGCCGCCATGAACCACCTTCGAAACCAAATCCTTCTTCTCCGCGTCCGCTCCTCCAGCACCTCGCTCTCTCCCCTCTCCCCTCTCCACCGCCTCTTCTCCTCCTCCACCGCCGCCGCATCCATCGCCGCAGAACCCTTCGCCGTCGAGGACTACCTGGTCACCACCTGCGGCCTCACCGGGGACCAAGCGCGGAAGGCGGCCAAGACTCTCTCCCGCCTCAGGTCCCCCTCCAAGCCCGACGCCGCCGTCGCCTTCCTCTCCGGCCTCGGCCTCTCGCGCTCCGGCATCGCCGCCGCCGTGGCCGCCGACCCGAGGTTGCTGTGCGCCGACGTGGAGAAGAACCTGGCCAAGCGCGTCGCCGAGCTCGGTGAGCTGGGCATCTCGCGCTCCCAGATCGCGCGCCTCATCCCGCTCGCCCGTCAGTCCTTCCGCAGCAGCTCGCTCGCCACGAACCTTGGCTTCTGGCTCCCGGTCTTGGGCTCTTTCGAGAATGTGCTCATGGCGCTCAAGGCGAACGGAGCGATTCTTGGCTCCGACGTCGAGAAGGTGGTCAAGCCCAACCTGGCCCTCCTCCAGCAATGTGGGATACATGTCTGCGATTTCCCCCATACACGCCTGCCCACTGTGCTCTGCAGGCCACCCAACCATGTTCAAGAAGCTGTGGCACGCATCGGTGAGTTTGGCGTGCCACAGTACTCACCGGTGTTCCGCAATGCGCTTGTGCCATTTGCTTACCAAAACAAGGAGAAGCTCGCTGCCAAAATTGGAGTCCTTGAAATGTTTGGGTGGTCAGA-GGACGATCTCTCGATGACTATGAGGAAGGGTCCTGTCGTCATGAACATGTCT-GTGGAAAGGCTGAGGAAAAATGTGGAGTTCTTGACAAGGGATGTTAAGCTCGAGACGCGTTACATTGCTCGAAGGCCAATCATGATCAGTTATAGCCTTGAGCGTCGGTTGTTACCCCGGCATCGCTTGCTCAGGTTTCTCAGTGCAAAGGGATTGCTTGATGGTGAATTGGACTTCTATTCAGCGGTTGCATTGACTGAGAAGAAGTTTCTTGACAAGTTTGTGCATTCTTGCAAGTGTAGCATTGCAGATCCTGCTAATGCTTATGCTTCTAGCTTTGTTGGGGATGTTCTGTGAATTTATTGTCTGAGAGGACAACAGGAAAATGGGCTCATTCTTGTGCTGGGAGGGTACTGACAGGATTGTTGTGTTGGAAAGATCAAGGGTTTAGACTTATACTTTTGCTATCTCCTTCGTGCTCATTAAGGTTTGCTATCTCCTTCGTCCATTGTTGCAAAATTTCTTATAACTTTGCTCTAGGTTATCTTGTGTTGGCTAGTATCACTATTCACTGATTGATAAACAGGAACACTACAGCCTGTGGTCACCCTCTAGGTTGATGGAATGTTGAATAACATTTCCAGGAGTTAAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL AK105790             [CCGCAGGTTTCCTCTCTCCCCTAGTTCGCCGGCGGCGTCAAACCCTAGCGCCGCCGCCGCCGCCATGAACCACCTTCGAAACCAAATCCTTCTTCTCCGCGTCCGCTCCTCCAGCACCTCGCTCTCTCCCCTCTCCCCTCTCCACCGCCTCTTCTCCTCCTCCACCGCCGCCGCATCCATCGCCGCAGAACCCTTCGCCGTCGAGGACTACCTGGTCACCACCTGCGGCCTCACCGGGGACCAAGCGCGGAAGGCGGCCAAGACTCTCTCCCGCCTCAGGTCCCCCTCCAAGCCCGACGCCGCCGTCGCCTTCCTCTCCGGCCTCGGCCTCTCGCGCTCCGGCATCGCCGCCGCCGTGGCCGCCGACCCGAGGTTGCTGTGCGCCGACGTGGAGAAGAACCTGGCCAAGCGCGTCGCCGAGCTCGGTGAGCTGGGCATCTCGCGCTCCCAGATCGCGCGCCTCATCCCGCTCGCCCGTCAGTCCTTCCGCAGCAGCTCGCTCGCCACGAACCTTGGCTTCTGGCTCCCGGTCTTGGGCTCTTTCGAGAATGTGCTCATGGCGCTCAAGGCGAACGGAGCGATTCTTGGCTCCGACGTCGAGAAGGTGGTCAAGCCCAACCTGGCCCTCCTCCAGCAATGTGGGATACATGTCTGCGATTTCCCCCATACACGCCTGCCCACTGTGCTCTGCAGGCCACCCAACCATGTTCAAGAAGCTGTGGCACGCATCGGTGAGTTTGGCGTGCCACAGTACTCACCGGTGTTCCGCAATGCGCTTGTGCCATTTGCTTACCAAAACAAGGAGAAGCTCGCTGCCAAAATTGGAGTCCTTGAAATGTTTGGGTGGTCAGA GGACGATCTCTCGATGACTATGAGGAAGGGTCCTGTCGTCATGAACATGTCT GTGGAAAGGCTGAGGAAAAATGTGGAGTTCTTGACAAGGGATGTTAAGCTCGAGACGCGTTACATTGCTCGAAGGCCAATCATGATCAGTTATAGCCTTGAGCGTCGGTTGTTACCCCGGCATCGCTTGCTCAGGTTTCTCAGTGCAAAGGGATTGCTTGATGGTGAATTGGACTTCTATTCAGCGGTTGCATTGACTGAGAAGAAGTTTCTTGACAAGTTTGTGCATTCTTGCAAGTGTAGCATTGCAGATCCTGCTAATGCTTATGCTTCTAGCTTTGTTGGGGATGTTCTGTGAATTTATTGTCTGAGAGGACAACAGGAAAATGGGCTCATTCTTGTGCTGGGAGGGTACTGACAGGATTGTTGTGTTGGAAAGATCAAGGGT                                                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL AK065678             [                              GGCGGCGTCAAACCCTAGCGCCGCCGCCGCCGCCATGAACCACCTTCGAAACCAAATCCTTCTTCTCCGCGTCCGCTCCTCCAGCACCTCGCTCTCTCCCCTCTCCCCTCTCCACCGCCTCTTCTCCTCCTCCACCGCCGCCGCATCCATCGCCGCAGAACCCTTCGCCGTCGAGGACTACCTGGTCACCACCTGCGGCCTCACCGGGGACCAAGCGCGGAAGGCGGCCAAGACTCTCTCCCGCCTCAGGTCCCCCTCCAAGCCCGACGCCGCCGTCGCCTTCCTCTCCGGCCTCGGCCTCTCGCGCTCCGGCATCGCCGCCGCCGTGGCCGCCGACCCGAGGTTGCTGTGCGCCGACGTGGAGAAGAACCTGGCCAAGCGCGTCGCCGAGCTCGGTGAGCTGGGCATCTCGCGCTCCCAGATCGCGCGCCTCATCCCGCTCGCCCGTCAGTCCTTCCGCAGCAGCTCGCTCGCCACGAACCTTGGCTTCTGGCTCCCGGTCTTGGGCTCTTTCGAGAATGTGCTCATGGCGCTCAAGGCGAACGGAGCGATTCTTGGCTCCGACGTCGAGAAGGTGGTCAAGCCCAACCTGGCCCTCCTCCAGCAATGTGGGATACATGTCTGCGATTTCCCCCATACACGCCTGCCCACTGTGCTCTGCAGGCCACCCAACCATGTTCAAGAAGCTGTGGCACGCATCGGTGAGTTTGGCGTGCCACAGTACTCACCGGTGTTCCGCAATGCGCTTGTGCCATTTGCTTACCAAAACAAGGAGAAGCTCGCTGCCAAAATTGGAGTCCTTGAAATGTTTGGGTGGTCAGA GGACGATCTCTCGATGACTATGAGGAAGGGTCCTGTCGTCATGAACATGTCT GTGGAAAGGCTGAGGAAAAATGTGGAGTTCTTGACAAGGGATGTTAAGCTCGAGACGCGTTACATTGCTCGAAGGCCAATCATGATCAGTTATAGCCTTGAGCGTCGGTTGTTACCCCGGCATCGCTTGCTCAGGTTTCTCAGTGCAAAGGGATTGCTTGATGGTGAATTGGACTTCTATTCAGCGGTTGCATTGACTGAGAAGAAGTTTCTTGACAAGTTTGTGCATTCTTGCAAGTGTAGCATTGCAGATCCTGCTAATGCTTATGCTTCTAGCTTTGTTGGGGATGTTCTGTGAATTTATTGTCTGAGAGGACAACAGGAAAATGGGCTCATTCTTGTGCTGGGAGGGTACTGACAGGATTGTTGTGTTGGAAAGATCAAGGGTTTAGACTTATACTTTTGCTATCTCCTTCGTGCTCATTAAGGTTTGCTATCTCCTTCGTCCATTGTTGCAAAATTTCTTATAACTTTGCTCTAGGTTATCTTGTGTTGGCTAGTATCACTATTCACTGATTGATAAACAGGAACACTACAGCCTGTGGTCACCCTCTAGGTTGATGGAATGTTGAATAACATT                        ]
[+] EMBL BQ907945             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ACC AAACAA GAGAAGCTC CT CGCAAATTGGAGT CGTGAA  GGTTGGGT GTCAGAGGGACGATCTCTNGGGGACTATGAGGAAGGGTCCTGTCGTCATGAACATGTCTGGTGGAAAGGCTGAGGAAAAATGTGGAGTTCTTGACAAGGGATGTTAAGCTCGAGACGCGTTACATTGCTCGAA GCC ATCATGATCAGTTATA CCTTGAGCGTCGGTTGTTACCCCGGCATCGCTTGCTCAGGTTTCTCAGTGCAAAGGGATTGCTTGATGGTGAATTGGACTTCTATTCAGCGGTTGCATTGACTGAGAAGAAGTTTCTTGACAAGTTTGTGCATTCTTGCAAGTGTAGCATTGCAGATCCTGCTAATGCTTATGCTTCTAGCTTTGTTGGGGATGTTCTGTGAATTTATTGTCTGAGAGGACAACAGGAAAATGGGCTCATTCTTGTGCTGGGAGGGTACTGACAGGATTGTTGTGTTGGAAAGATCAAGGGTTTAGACTTATACTTTTGCTATCTCCTTCGTGCTCATTAAG  TTGCTATCTCCCTCGTCCA TGT  C  AATTTCTTATAA                                                                                                                                      ]
[+] EMBL AU095277             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AAGGCCAATCATGATCAGTTATAGCCTTGAGCGTCGGTTGTTACCCCGGCATCGCTTGCTCAGGTTTCTCAGTGCAAAGGGATTGCTTGATGGTGAATTGGACTTCTATTCAGCGGTTGCATTGACTGAGAAGAAGTTTCTTGACAAGTTTGTGCATTCTTGCAAGTGTAGCATTGCAGATCCTGCTAATGCTTATGCTTCTAGCTTTGTTGGGGATGTTCTGTGAATTTATTGTCTGAGAGGACAACAGGAAAATGGGCTCATTCTTGTGCTGGGAGGGTACTGACAGGATTGTTGTGTTGGAAAGATCAAGGGTTTAGACTTATACTTTTGCTATCTCCTTCGTGCTCATTAAGGTTTGCTATCTCCTTCGTCCATTGTTGCAAAATTTCTTATAACTTTGCTCTAGGTTATCTTGTGTTGGCTAGTATCACTATTCACTG                                                                                         ]
[+] EMBL AU095278             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GGTGAATTGGACTTCTATTCAGCGGTTGCATTGACTGAGAAGAAGTTTCTTGACAAGTTTGTGCATTCTTGCAAGTGTAGCATTGCAGATCCTGCTAATGCTTATGCTTCTAGCTTTGTTGGGGATGTTCTGTGAATTTATTGTCTGAGAGGACAACAGGAAAATGGGCTCATTCTTGTGCTGGGAGGGTACTGACAGGATTGTTGTGTTGGAAAGATCAAGGGTTTAGACTTATACTTTTGCTATCTCCTTCGTGCTCATTAAGGTTTGCTATCTCCTTCGTCCATTGTTGCAAAATTTCTTATAACTTTGCTCTAGGTTATCTTGTGTTGGCTAGTATCACTATTCACTGATTGATAAACAGGAACACTACAGCCTGTGGTCACCCTCTAGGTTGATGGAATGTTGAATAACATTTCCAGGAGTTAAAAAAAAAAAAAA]




>consensus_7852#0
CCGCAGGTTTCCTCTCTCCCCTAGTTCGCCGGCGGCGTCAAACCCTAGCGCCGCCGCCGC
CGCCATGAACCACCTTCGAAACCAAATCCTTCTTCTCCGCGTCCGCTCCTCCAGCACCTC
GCTCTCTCCCCTCTCCCCTCTCCACCGCCTCTTCTCCTCCTCCACCGCCGCCGCATCCAT
CGCCGCAGAACCCTTCGCCGTCGAGGACTACCTGGTCACCACCTGCGGCCTCACCGGGGA
CCAAGCGCGGAAGGCGGCCAAGACTCTCTCCCGCCTCAGGTCCCCCTCCAAGCCCGACGC
CGCCGTCGCCTTCCTCTCCGGCCTCGGCCTCTCGCGCTCCGGCATCGCCGCCGCCGTGGC
CGCCGACCCGAGGTTGCTGTGCGCCGACGTGGAGAAGAACCTGGCCAAGCGCGTCGCCGA
GCTCGGTGAGCTGGGCATCTCGCGCTCCCAGATCGCGCGCCTCATCCCGCTCGCCCGTCA
GTCCTTCCGCAGCAGCTCGCTCGCCACGAACCTTGGCTTCTGGCTCCCGGTCTTGGGCTC
TTTCGAGAATGTGCTCATGGCGCTCAAGGCGAACGGAGCGATTCTTGGCTCCGACGTCGA
GAAGGTGGTCAAGCCCAACCTGGCCCTCCTCCAGCAATGTGGGATACATGTCTGCGATTT
CCCCCATACACGCCTGCCCACTGTGCTCTGCAGGCCACCCAACCATGTTCAAGAAGCTGT
GGCACGCATCGGTGAGTTTGGCGTGCCACAGTACTCACCGGTGTTCCGCAATGCGCTTGT
GCCATTTGCTTACCAAAACAAGGAGAAGCTCGCTGCCAAAATTGGAGTCCTTGAAATGTT
TGGGTGGTCAGAGGACGATCTCTCGATGACTATGAGGAAGGGTCCTGTCGTCATGAACAT
GTCTGTGGAAAGGCTGAGGAAAAATGTGGAGTTCTTGACAAGGGATGTTAAGCTCGAGAC
GCGTTACATTGCTCGAAGGCCAATCATGATCAGTTATAGCCTTGAGCGTCGGTTGTTACC
CCGGCATCGCTTGCTCAGGTTTCTCAGTGCAAAGGGATTGCTTGATGGTGAATTGGACTT
CTATTCAGCGGTTGCATTGACTGAGAAGAAGTTTCTTGACAAGTTTGTGCATTCTTGCAA
GTGTAGCATTGCAGATCCTGCTAATGCTTATGCTTCTAGCTTTGTTGGGGATGTTCTGTG
AATTTATTGTCTGAGAGGACAACAGGAAAATGGGCTCATTCTTGTGCTGGGAGGGTACTG
ACAGGATTGTTGTGTTGGAAAGATCAAGGGTTTAGACTTATACTTTTGCTATCTCCTTCG
TGCTCATTAAGGTTTGCTATCTCCTTCGTCCATTGTTGCAAAATTTCTTATAACTTTGCT
CTAGGTTATCTTGTGTTGGCTAGTATCACTATTCACTGATTGATAAACAGGAACACTACA
GCCTGTGGTCACCCTCTAGGTTGATGGAATGTTGAATAACATTTCCAGGAGTTAAAAAAA
AAAAAAA

clustalw multiple alignements is not computed in this case
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)