Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 8024 cluster # 8024       Sequences # 5       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_8024#0 length = 2149 sequences # 5  

consensusID : consensus_8024#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 2149
fasta sequence
                              [ATCATAATAATCATGATTTCTTCTCCTGCGCTCTTCTTCCTCCTCCAGCCAGGCCGCCCCTCCATCGCCGCGCCGCCGCTCCCCTCCTCGCCGGCGCCTCCCCTCCGCGGCATCTCCATCTCCCCCGTCGCCGCCCGCCCCATCTCCTCCCTCCGCTCCTCCTCCTCCATCAGGATCATCTCGCCGCCGCACGCCCTCCCCGACCCGCTCCTCTCCCTCCCGTCCATGGACCCCCAAGAGGTGCCCGATCTGCTGCCCCCGCGCCCACCGGAGCGCGACTTCGCCGGAACGCCATACGTCCCCGTCTATGTCATGCTCCCGCTTGGAGTGGTCAATGGTAATGGCGAGGTGGTCGACGCCGACGTCTTGGTGGGCCAGCTTCGGGTACTCAAGGCTGCCGGCGTCGATGGGGTCATGGTCGATTGCTGGTGGGGGAATGTCGAGGCCCACAGGCCGCAGGAGTACAATTGGACCGGTTACAAGCGACTCTTCCATATGATCAGGGAGCTCAAGCTCAAGCTGCAGGTGGTCATGTCATTCCATGAGTGTGGAGGCAATGTTGGAGATGATGTGTCTATTCCTCTCCCACATTGGGTAACAGAGATCGGAAGAAGCAATCCAGATATCTACTTCACCGACAGGGCTGGCAGGCGTAACACGGAGTGCCTTTCATGGGGCATTGATAAAGAAAGGGTTCTTCAAGGACGGACAGGGGTCGAGGTATTTTGACTACATGAGAAGCTTCCGAGTAGAATTTGATGAATATTTTGAGGATGGTATCATTTCAGAAATTGAGATTGGGCTAGGGGCTTGTGGAGAGTTGAGGTATCCATCTTATCCAGCAAAACATGGGTGGAAATACCCTGGCATTGGAGAATTTCAGTGCTACGACAGATACTTACAGAAAAGTTTAAGAAGAGCTGCAGAAGCACGAGGACATACCATATGGGCAAGAGCGCCAGACAGTGCAGGCCATTATAATTCTGAGCCAAATCTGACTGGATTTTTCTCTGACGGAGGAGATTATGATAGCTACTATGGTCGTTTTTTCCTCAATTGGTATTCCCAGGTGTTGGTGGATCATGCTGACCGTGTATTGATGTTAGCCAGGTTGGCTTTTGAAGGTTCAGATATTGCTGTTAAGGTTTCAGGTGTACACTGGTGGTACAAAACTGCCAGTCATGCTGCTGAATTGACTGCTGGGTTTTATAACCCATGCAACCGTGATGGTTATGCCTCAATTGCTGCTGTCCTGAAAAAACATGGTGCAGCTTTGAACTTTACATGTGTTGAACTGCGCACTATGGATCAGCATGAGGTATTTCCTGAGGCCTTTGCAGATCCAGAGGGCCTTGTATGGCAGGTGCTAAATGCTGCATGGGATGCTGGCATACCAGTAGCTAGTGAGAATGCTCTGCCTTGCTACGATAGAGATGGCTTTAACAAAATTTTGGAGAATGCAAAGCCACTGAATGATCCAGATGGGAGGCATTTACTAGGATTCACGTACCTGAGGCTCACCAAAGTCCTCTTCGAGAGAGCTAATTTTTTGGAATTTGAGCGTTTCGTTAAGAGAATGCATGGTGAAGCAGTTCTCGATCTACAGGTATAAGTTGTGTTCAGGGTTCTTACATACATACATATATATACATGCCATTGTAATTGGCATAGGCCTTATGGCTTATGATGGGGGAACAGAGATGCCATTTTTGTTTCGTAGGTTGTTGTAGTATACCATCAGCAGATTTTTGAACTATAGAGGGTTTGGCTCCATGGTGTAAAGCATACCCTTGGCAAAGAGTTGTCATGCAGAAAATTGATGG--TTT-CAT-TC-GGAAT-GAGGTTGGAAG-CAGGTGTATTTCT-TTCGATG-CGGCAGA-CATA-TTTGA-TTTGTCATGAGATGAGGATT-GGGTGAGCA-GGTGGTATCC-TTCTGAAAGATTTGAGGCTGTATTGA-AGAGAAT-GTGCTGATGCATGTTTATCAT-GGAGCAAGCGACATTAATGGAGTTAGCAAAGGTTCTCGCGGTGTATGTGTTTGTATTTGTTGGTGGAATGTCACTCGAGGATCTTGGCTGTATACAATACATACATGTGCTTTTTTTTGGGTCTTTTCTACAGTGTATGAGAAATGCATGTTTCTTACTGTCAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL AK070300             [ATCATAATAATCATGATTTCTTCTCCTGCGCTCTTCTTCCTCCTCCAGCCAGGCCGCCCCTCCATCGCCGCGCCGCCGCTCCCCTCCTCGCCGGCGCCTCCCCTCCGCGGCATCTCCATCTCCCCCGTCGCCGCCCGCCCCATCTCCTCCCTCCGCTCCTCCTCCTCCATCAGGATCATCTCGCCGCCGCACGCCCTCCCCGACCCGCTCCTCTCCCTCCCGTCCATGGACCCCCAAGAGGTGCCCGATCTGCTGCCCCCGCGCCCACCGGAGCGCGACTTCGCCGGAACGCCATACGTCCCCGTCTATGTCATGCTCCCGCTTGGAGTGGTCAATGGTAATGGCGAGGTGGTCGACGCCGACGTCTTGGTGGGCCAGCTTCGGGTACTCAAGGCTGCCGGCGTCGATGGGGTCATGGTCGATTGCTGGTGGGGGAATGTCGAGGCCCACAGGCCGCAGGAGTACAATTGGACCGGTTACAAGCGACTCTTCCATATGATCAGGGAGCTCAAGCTCAAGCTGCAGGTGGTCATGTCATTCCATGAGTGTGGAGGCAATGTTGGAGATGATGTGTCTATTCCTCTCCCACATTGGGTAACAGAGATCGGAAGAAGCAATCCAGATATCTACTTCACCGACAGGGCTGGCAGGCGTAACACGGAGTGCCTTTCATGGGGCATTGATAAAGAAAGGGTTCTTCAAGGACGGACAGGGGTCGAGGTATTTTGACTACATGAGAAGCTTCCGAGTAGAATTTGATGAATATTTTGAGGATGGTATCATTTCAGAAATTGAGATTGGGCTAGGGGCTTGTGGAGAGTTGAGGTATCCATCTTATCCAGCAAAACATGGGTGGAAATACCCTGGCATTGGAGAATTTCAGTGCTACGACAGATACTTACAGAAAAGTTTAAGAAGAGCTGCAGAAGCACGAGGACATACCATATGGGCAAGAGCGCCAGACAGTGCAGGCCATTATAATTCTGAGCCAAATCTGACTGGATTTTTCTCTGACGGAGGAGATTATGATAGCTACTATGGTCGTTTTTTCCTCAATTGGTATTCCCAGGTGTTGGTGGATCATGCTGACCGTGTATTGATGTTAGCCAGGTTGGCTTTTGAAGGTTCAGATATTGCTGTTAAGGTTTCAGGTGTACACTGGTGGTACAAAACTGCCAGTCATGCTGCTGAATTGACTGCTGGGTTTTATAACCCATGCAACCGTGATGGTTATGCCTCAATTGCTGCTGTCCTGAAAAAACATGGTGCAGCTTTGAACTTTACATGTGTTGAACTGCGCACTATGGATCAGCATGAGGTATTTCCTGAGGCCTTTGCAGATCCAGAGGGCCTTGTATGGCAGGTGCTAAATGCTGCATGGGATGCTGGCATACCAGTAGCTAGTGAGAATGCTCTGCCTTGCTACGATAGAGATGGCTTTAACAAAATTTTGGAGAATGCAAAGCCACTGAATGATCCAGATGGGAGGCATTTACTAGGATTCACGTACCTGAGGCTCACCAAAGTCCTCTTCGAGAGAGCTAATTTTTTGGAATTTGAGCGTTTCGTTAAGAGAATGCATGGTGAAGCAGTTCTCGATCTACAGGTATAAGTTGTGTTCAGGGTTCTTACATACATACATATATATACATGCCATTGTAATTGGCATAGGCCTTATGGCTTATGATGGGGGAACAGAGATGCCATTTTTGTTTCGTAGGTTGTTGTAGTATACCATCAGCAGATTTTTGAACTATAGAGGGTTTGGCTCCATGGTGTAAAGCATACCCTTGGCAAAGAGTTGTCATGCAGAAAATTGATGG  TTT CAT TC GGAAT GAGGTTGGAAG CAGGTGTATTTCT TTCGATG CGGCAGA CATA TTTGA TTTGTCATGAGATGAGGATT GGGTGAGCA GGTGGTATCC TTCTGAAAGATTTGAGGCTGTATTGA AGAGAAT GTGCTGATGCATGTTTATCAT GGAGCAAGCGACATTAATGGAGTTAGCAAAGGTTCTCGCGGTGTATGTGTTTGTATTTGTTGGTGGAATGTCACTCGAGGATCTTGGCTGTATACAATACATACATGTGCTTTTTTTTGGGTCTTTTCTACAGTGTATGAGAAATGCATGTT                     ]
[+] EMBL AU163556             [            ATGATTTCTTCTCCTGCGCTCTTCTTCCTCCTCCAGCCAGGCCGCCCCTCCATCGCCGCGCCGCCGCTCCCCTCCTCGCCGGCGCCTCCCCTCCGCGGCATCTCCATCTCCCCCGTCGCCGCCCGCCCCATCTCCTCCCTCCGCTCCTCCTCCTCCATCAGGATCATCTCGCCGCCGCACGCCCTCCCCGACCCGCTCCTCTCCCTCCCGTCCATGGACCCCCAAGAGGTGCCCGATCTGCTGCCCCCGCGCCCACCGGAGCGCGACTTCGCCGGAACGCCATACGTCCCCGTCTATGTCATGCTCCCG TTGGAGTGGTCAATGGTAATGGCGANGTGGTCGACG CGACGTCTTGGTGGGGCAG TTCGGGTACT AAGGTTG CGGCGT NATGGGGT ATGGTC ATT CTGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL OSS11302A            [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ccgATACCATATGGGCAAGAGCNCCAGACAGTGCAGGCCATTATAATTCTGAGCCAAATCTNACTGGATTNNACTCTGACGGAGGAGATTATGATAGCTACTATGGTCGTNTTTNCCTCAATTGGTATTCCCAGGTGTTGGTGGATCATGCTGACCGTGTATTGATGTTAGCCAGGTTGGCTTTTNAAGGTTCAGATATTGCTGTTAAGGTTTCAGGTGTACACTGGTGGTACAAAACTGCCAGTCATGCTGCTGAATTGACTGCTGGGTTTTATAACCCATGCAACCGTGATGGTTATGCCTCAATTGCTGCTGTCCTGNAAAAACATGGTGCAGCTTTGAACTTTACATGTGTTG ACTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL AU172514             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GCAGATCCAGAGGGCCTTGTATGGCAGGTGCTAAATGCTGCATGGGATGCTGGCATACCAGTAGCTAGTGAGAATGCTCTGCCTTGCTACGATAGAGATGGCTTTAACAAAATTTTGGAGAATGCAAAGCCACTGAATGATCCAGATGGGAGGCATTTACTAGGATTCACGTACCTGAGGCTCACCAAAGTCCTCTTCGAGAGAGCTAATTTTTTGGAATTTGAGCGTTTCGTTAAGAGAATGCATGGTGAAGCAGTTCTCGATCTACAGGTATAAGTTGTGTTCAGGGTTCTTACATACATACATATATATACATGCCATTGTAATTGGCATAGGCCTTATGGCTTATGATGGGGGAACAGAGATGCCATTTTTGTTTCGTAGGTTGTTGTAGTATACCATCAGCAGATTTTTGAACTATAGAGGGTTTGGCTCaaaaaaaaa                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL AU032604             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttgGATGGGTTTTCCATCTCNGGAATGGAGGTTGGANGCCAGGTGTATTTCTNTTCGATGCCGGCAGACCATATTTTGATTTTCTCATGAGATGAGGATTNGGGTGAGCANGGTGGTATCCTTTCTGAAAGATTTGAGGCTNTATTGANAGAGAATGGTGCTGATGCATGTTTATCATGGGAGCAAGCGACATTAATGGNGTTAGCAAAGGTTCTCGCGGTGTATGTGTTTGTATTTGTTGGTGGAATGTCACTCGAGGATCTTGGCTGTATACAATACATACATGTGCTTTTTTTTGGGTCTTTTCTACAGTGTATGAGAAATGCATGTTTCTTACTGTCAAAAAAAAAAA]


>consensus_8024#0 ATCATAATAATCATGATTTCTTCTCCTGCGCTCTTCTTCCTCCTCCAGCCAGGCCGCCCC TCCATCGCCGCGCCGCCGCTCCCCTCCTCGCCGGCGCCTCCCCTCCGCGGCATCTCCATC TCCCCCGTCGCCGCCCGCCCCATCTCCTCCCTCCGCTCCTCCTCCTCCATCAGGATCATC TCGCCGCCGCACGCCCTCCCCGACCCGCTCCTCTCCCTCCCGTCCATGGACCCCCAAGAG GTGCCCGATCTGCTGCCCCCGCGCCCACCGGAGCGCGACTTCGCCGGAACGCCATACGTC CCCGTCTATGTCATGCTCCCGCTTGGAGTGGTCAATGGTAATGGCGAGGTGGTCGACGCC GACGTCTTGGTGGGCCAGCTTCGGGTACTCAAGGCTGCCGGCGTCGATGGGGTCATGGTC GATTGCTGGTGGGGGAATGTCGAGGCCCACAGGCCGCAGGAGTACAATTGGACCGGTTAC AAGCGACTCTTCCATATGATCAGGGAGCTCAAGCTCAAGCTGCAGGTGGTCATGTCATTC CATGAGTGTGGAGGCAATGTTGGAGATGATGTGTCTATTCCTCTCCCACATTGGGTAACA GAGATCGGAAGAAGCAATCCAGATATCTACTTCACCGACAGGGCTGGCAGGCGTAACACG GAGTGCCTTTCATGGGGCATTGATAAAGAAAGGGTTCTTCAAGGACGGACAGGGGTCGAG GTATTTTGACTACATGAGAAGCTTCCGAGTAGAATTTGATGAATATTTTGAGGATGGTAT CATTTCAGAAATTGAGATTGGGCTAGGGGCTTGTGGAGAGTTGAGGTATCCATCTTATCC AGCAAAACATGGGTGGAAATACCCTGGCATTGGAGAATTTCAGTGCTACGACAGATACTT ACAGAAAAGTTTAAGAAGAGCTGCAGAAGCACGAGGACATACCATATGGGCAAGAGCGCC AGACAGTGCAGGCCATTATAATTCTGAGCCAAATCTGACTGGATTTTTCTCTGACGGAGG AGATTATGATAGCTACTATGGTCGTTTTTTCCTCAATTGGTATTCCCAGGTGTTGGTGGA TCATGCTGACCGTGTATTGATGTTAGCCAGGTTGGCTTTTGAAGGTTCAGATATTGCTGT TAAGGTTTCAGGTGTACACTGGTGGTACAAAACTGCCAGTCATGCTGCTGAATTGACTGC TGGGTTTTATAACCCATGCAACCGTGATGGTTATGCCTCAATTGCTGCTGTCCTGAAAAA ACATGGTGCAGCTTTGAACTTTACATGTGTTGAACTGCGCACTATGGATCAGCATGAGGT ATTTCCTGAGGCCTTTGCAGATCCAGAGGGCCTTGTATGGCAGGTGCTAAATGCTGCATG GGATGCTGGCATACCAGTAGCTAGTGAGAATGCTCTGCCTTGCTACGATAGAGATGGCTT TAACAAAATTTTGGAGAATGCAAAGCCACTGAATGATCCAGATGGGAGGCATTTACTAGG ATTCACGTACCTGAGGCTCACCAAAGTCCTCTTCGAGAGAGCTAATTTTTTGGAATTTGA GCGTTTCGTTAAGAGAATGCATGGTGAAGCAGTTCTCGATCTACAGGTATAAGTTGTGTT CAGGGTTCTTACATACATACATATATATACATGCCATTGTAATTGGCATAGGCCTTATGG CTTATGATGGGGGAACAGAGATGCCATTTTTGTTTCGTAGGTTGTTGTAGTATACCATCA GCAGATTTTTGAACTATAGAGGGTTTGGCTCCATGGTGTAAAGCATACCCTTGGCAAAGA GTTGTCATGCAGAAAATTGATGGTTTCATTCGGAATGAGGTTGGAAGCAGGTGTATTTCT TTCGATGCGGCAGACATATTTGATTTGTCATGAGATGAGGATTGGGTGAGCAGGTGGTAT CCTTCTGAAAGATTTGAGGCTGTATTGAAGAGAATGTGCTGATGCATGTTTATCATGGAG CAAGCGACATTAATGGAGTTAGCAAAGGTTCTCGCGGTGTATGTGTTTGTATTTGTTGGT GGAATGTCACTCGAGGATCTTGGCTGTATACAATACATACATGTGCTTTTTTTTGGGTCT TTTCTACAGTGTATGAGAAATGCATGTTTCTTACTGTCAAAAAAAAAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)