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Oryza sativa
cluster # 8192 cluster # 8192       Sequences # 5       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_8192#0 length = 1042 sequences # 5  

consensusID : consensus_8192#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 1042
fasta sequence
                              [TTGNGCTTCTCTCTCTTTCTCTAGACTCTACTACTGGCAGACAAAAATGGGATGTTTTTAGCTTTGTTTTACTGAAAAATATTATACTGATTAAGTTGGTGTCAAGTGCACGCACACTGACGAGGAATAATATATATTTGCTTCTTGCTTAGGTGCTTGAATGCTGCAGGTTTCCTGCTTCTCTAGCTTGACCTAGTTGTCACTCGTGACTAAAGACGTGTCT-AAAGTGTGT-AATAACTTTAACAAGTATGCTAAT-AAGCTAGCTCGTGA-CCAAGGATAACCTTAAACAAC-GGGATAAGCTTTTGA-CCCT-AAGTGGATTAATCTCTTACTAGCTAGCAATCTCACTCTACTA-CCTAACCCTGAAAATTAGGTCT-AATAGTTGAAAACTCTCCCCTGATCACGGCATCTAGCTATAGCTCTTGATGCAATTTTTTTTTGACTTTGGAAAGCTATCAAGTGTTTATCCTACAACAAATAGCATGTACTTGCACGCCACTTGTCAGCTAATTTCGGAGATGGACAAGGAATATACTACCCAAGAAACATAGAGAAATTGAGAGAGAAAAAATGAGATAGAGAAATTGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGAGATGTAATGGTTTGGTCCAACGTCAGCAGCATGACCGTTGGATAGTCCACGTAAGGTCGATGTGGCCAAAGGGGAAGCTAGCTAGCTAACTAACAAAGCAGCATCTAATAAGCTTTAGCTGAAGCTTAGTTTAGACCACCCGTGTGCTAATAGTCAGTGAGTGCAGTGGAGTAATATGCAACTACTCAAGAAACGTACATGTCCAAT-TAAATGAAG-CACACCC-CTACAACTTACTAATTGCTCCAATTTGTCAGGTCACAACATGCTTTAGGACAACATAAGCAACACCTGTCCTAACTAATTAATTTCTGACTACTGGTGATCATGGATGTGCCATGTGTTTACTACTACTCTCTTTACAGTTTAGTTGCACTATATGTGTCAATATTTGTGTTAGAACAAGACTAATAGCTATAATATGTAGTACAC]

[-] EMBL AU175006             [TTGNGCTTCTCTCTCTTTCTCTAGACTCTACTACTGGCAGACAAAAATGGGATGTTTTTAGCTTTGTTTTACTGAAAAATATTATACTGATTAAGTTGGTGTCAAGTGCACGCACACTGACGAGGAATAATATATATTTGCTTCTTGCTTAGGTGCTTGAATGCTGCAGGTTTCCTGCTTCTCTAGCTTGACCTAGGTGTCACTCGTGACTAAAGACGTGTCTAAAAGTGTGTAAATAACTTTAACAAGTATGCTAATAAAGCTAGCTCGTGACCCAAGGATAACCTTAAACAACGGGGATAAGCTTTTGACCCCTAAAGTGGATTAATCTCTTACTAGCTAGCAATCTCACTCTACTACCCTAACCCTGAAAATTAGGTCTAAATAGTTGAAAACTCTCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL CB628871             [   tGCTTCTCTCTCTTTCTCTAGACTCTACTACTGGCAGACAAAAATGGGATGTTTTTAGCTTTGTTTTACTGAAAAATATTATACTGATTAAGTTGGTGTCAAGTGCACGCACACTGACGAGGAATAATATATATTTGCTTCTTGCTTAGTTGCTTGAATGCTGCAGGTTTCCTGCTTCTCTAGCTTGACCTAGTTGTCACTCGTGACTAAAGACGTGTCT AAAGTGTGT AATAACTTTAACAAGTATGCTAAT AAGCTAGCTCGTGA CCAAGGATAACCTTAAACAAC GGGATAAGCTTTTGA CCCT AAGTGGATTAATCTCTTACTAGCTAGCAATCTCACTCTACTA CCTAACCCTGAAAATTAGGTCT AATAGTTGAAAACTCTCCCCTGATCACGGCATCTAGCTATAGCTCTTGATGCAATTTTTTTTTGACTTTGGAAAGCTATCAAGTGTTTATCCTACAACAAATAGCATGTACTTGCACGCCACTTGTCAGCTAATTTCGGAGATGGACAAGGAATATACTACCCAAGAAACATAGAGAAATTGAGAGAGAAAAAATGAGATAGAGAAATTGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGAGATGTAATGGTTTGGTCCAACGTCAGCAGCATGACCGTTGGATAGTCCACGTAAGGTCGATGTGGCCAAAGGGGAAGCTAGCTAGCTAACTAACAAAGCAGCATCTAATAAGCTTTAGCTGAAGCTTAGTTTAGACCACCCGTGTGCTAATAGTCAGTGAGTGCAGTGGAGTAATATGCAACTACTCAAGAAACGTACATGTC                                                                                                                                                                                                                                     ]
[-] EMBL CB634859             [                                                                                                                                                                 TGCTGCAGGTTTCCTGCTTCTCTAGCTTGACNTAGTTGTCACTCGTGACTAAAGACGTGTCT AAAGTGTGT AATAACTTTAACAAGTATGCTAAT AAGCTAGCTCGTGA CCAAGGATAACCTTAAACAAC GGGATAAGCTTTTGA CCCT AAGTGGATTAATCTCTTACTAGCTAGCAATCTCACTCTACTA CCTAACCCTGAAAATTAGGTCT AATAGTTGAAAACTCTCCCCTGATCACGGCATCTAGCTATAGCTCTTGATGCAATTTTTTTTTGACTTTGGAAAGCTATCAAGTGTTTATCCTACAACAAATAGCATGTACTTGCACGCCACTTGTCAGCTAATTTCGGAGATGGACAAGGAATATACTACCCAAGAAACATAGAGAAATTGAGAGAGAAAAAATGAGATAGAGAAATTGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGAGATGTAATGGTTTGGTCCAACGTCAGCAGCATGACCGTTGGATAGTCCACGTAAGGTCGATGTGGCCAAAGGGGAAGCTAGCTAGCTAACTAACAAAGCAGCATCTAATAAGCTTTAGCTGAAGCTTAGTTTAGACCACCCGTGTGCTAATAGTCAGTGAGTGCAGTGGAGTAATATGCAACTACTCAAGAAACGTACATGTCCAAT TAAATGAAG CACACCC CTACAACTTACTAATTGCTCCAATTTGTCAGGTCACAACATGCTTTAGGACAACATAAGCAACACCTGTCCTAACTAATTAATTTCTGACTACTGGTGATCATGGATGTGCC                                                                                              ]
[-] EMBL CB668672             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGCTATCAAGTGTTTATCTTACAACAAATAGCACGTACTTGCACGCCACTTGTCAGATAATTTGGGAGATGGACAAGGAATATACTACCCAAGAAACATAGAGAAATTGAGAGAGAAAAAATGAGATAGAGAAATTGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGAGATGTAATGGTTTGGTCCAACGTCAGCAGCATGACCGTTGGATAGTCCCCGTAAGGTCGATGTGCCCAAAGGGGAAGCTAGCTAGCTAACTAACAAAGCAGCATCTAATAAGCTTTAGCTGAAGCTTAGTTTAGACCACCCGTGTGTTAATAGTCAGTGAGTGCAGTGGAGTAATATGCAATTACTCAAGAAACGTACATGTCCAATCTAAATGAAGTCACACCCAATACAACTTACTAATTGCTCCAATTTGT                                                                                                                                                                                  ]
[+] EMBL CB636343             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ATAGCATGTACTTGCACGCCACTTGTCAGCTAATTTCGGAGATGGACAAGGAATATACTACCCAAGAAACATAGAGAAATTGAGAGAGAAAAAATGAGATAGAGAAATTGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGAGATGTAATGGTTTGGTCCAACGTCAGCAGCATGACCGTTGGATAGTCCACGTAAGGTCGATGTGGCCAAAGGGGAAGCTAGCTAGCTAACTAACAAAGCAGCATCTAATAAGCTTTAGCTGAAGCTTAGTTTAGACCACCCGTGTGCTAATAGTCAGTGAGTGCAGTGGAGTAATATGCAACTACTCAAGAAACGTACATGTCCAAT TAAATGAAG CACACCC CTACAACTTACTAATTGCTCCAATTTGTCAGGTCATAACATGCTTTAGGACAACATAAGCAACACCTGTCCTAACTAATTAATTTCTGACTACTGGTGATCATGGATGTGCCATGTGTTTACTACTACTCTCTTTACAGTTTAGTTGCACTATATGTGTCAATATTTGTGTTAGAACAAGACTAATAGCTATAATATGTAGTACAC]


>consensus_8192#0 TTGNGCTTCTCTCTCTTTCTCTAGACTCTACTACTGGCAGACAAAAATGGGATGTTTTTA GCTTTGTTTTACTGAAAAATATTATACTGATTAAGTTGGTGTCAAGTGCACGCACACTGA CGAGGAATAATATATATTTGCTTCTTGCTTAGGTGCTTGAATGCTGCAGGTTTCCTGCTT CTCTAGCTTGACCTAGTTGTCACTCGTGACTAAAGACGTGTCTAAAGTGTGTAATAACTT TAACAAGTATGCTAATAAGCTAGCTCGTGACCAAGGATAACCTTAAACAACGGGATAAGC TTTTGACCCTAAGTGGATTAATCTCTTACTAGCTAGCAATCTCACTCTACTACCTAACCC TGAAAATTAGGTCTAATAGTTGAAAACTCTCCCCTGATCACGGCATCTAGCTATAGCTCT TGATGCAATTTTTTTTTGACTTTGGAAAGCTATCAAGTGTTTATCCTACAACAAATAGCA TGTACTTGCACGCCACTTGTCAGCTAATTTCGGAGATGGACAAGGAATATACTACCCAAG AAACATAGAGAAATTGAGAGAGAAAAAATGAGATAGAGAAATTGAAAGAGAGAGAGAGAG AGAGAGAGATGGAGATGTAATGGTTTGGTCCAACGTCAGCAGCATGACCGTTGGATAGTC CACGTAAGGTCGATGTGGCCAAAGGGGAAGCTAGCTAGCTAACTAACAAAGCAGCATCTA ATAAGCTTTAGCTGAAGCTTAGTTTAGACCACCCGTGTGCTAATAGTCAGTGAGTGCAGT GGAGTAATATGCAACTACTCAAGAAACGTACATGTCCAATTAAATGAAGCACACCCCTAC AACTTACTAATTGCTCCAATTTGTCAGGTCACAACATGCTTTAGGACAACATAAGCAACA CCTGTCCTAACTAATTAATTTCTGACTACTGGTGATCATGGATGTGCCATGTGTTTACTA CTACTCTCTTTACAGTTTAGTTGCACTATATGTGTCAATATTTGTGTTAGAACAAGACTA ATAGCTATAATATGTAGTACAC



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)