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Oryza sativa
cluster # 840 cluster # 840       Sequences # 2       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_840#0 length = 621 sequences # 1  
consensus_840#1 length = 613 sequences # 1  

consensusID : consensus_840#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 621
fasta sequence
                              [AATCCACGCGCCCCACCTCGCCGCCGTCGCCGCCGCCGCGATGGACGCGGAGGCGTCGGAGCTGCGGGCGAGGCTCGCCGCCGCGGTGCACGCGCTCAATCACGGCGGCGGCGGGCACCACGACCCGTCGGCGCGGCTCGCGGCCAACCAGTGGCTCCTCGCGCTGCAGCGGTCGCCGCAGGCGTGGGGGGTGGCNACCTCGCTGCTGGCCGCGCCTCCCCCGGGTCACCCGCCCCCGTCCGGCGACCTGTTCTTCTTCGCCGCGAAGATGCTCCGTGAGGAAGAGCCAATGCCCCCCCTCCGCCGCCGGTGGTTGTCTCATGCCGCATGAGGTGGCCCACCTCCTATAGGTGTTGCTCATGCCGACGGACAAGATCAGCCTCTTTTCCGCTTGGTTGTTCACGCACATATCACTGGCATTTCCTTCGTGTGTCTATCGAGGCGAGTGCTGGAATGACAACACAACTCTCTTTGATGTTGCCCCCTCCCTGACTTCCACAATAAATCTGCTCGCTGTGGTTCGAATTACAGGTCTTGCCCAATATCAGGATGGAAACTCCCAACTAACACAGCCCTGGCTTTTACTTCCGTATCCGCGCACATTGTCACCCTGCTTCGCCT]

[+] EMBL CA754954             [AATCCACGCGCCCCACCTCGCCGCCGTCGCCGCCGCCGCGATGGACGCGGAGGCGTCGGAGCTGCGGGCGAGGCTCGCCGCCGCGGTGCACGCGCTCAATCACGGCGGCGGCGGGCACCACGACCCGTCGGCGCGGCTCGCGGCCAACCAGTGGCTCCTCGCGCTGCAGCGGTCGCCGCAGGCGTGGGGGGTGGCNACCTCGCTGCTGGCCGCGCCTCCCCCGGGTCACCCGCCCCCGTCCGGCGACCTGTTCTTCTTCGCCGCGAAGATGCTCCGTGAGGAAGAGCCAATGCCCCCCCTCCGCCGCCGGTGGTTGTCTCATGCCGCATGAGGTGGCCCACCTCCTATAGGTGTTGCTCATGCCGACGGACAAGATCAGCCTCTTTTCCGCTTGGTTGTTCACGCACATATCACTGGCATTTCCTTCGTGTGTCTATCGAGGCGAGTGCTGGAATGACAACACAACTCTCTTTGATGTTGCCCCCTCCCTGACTTCCACAATAAATCTGCTCGCTGTGGTTCGAATTACAGGTCTTGCCCAATATCAGGATGGAAACTCCCAACTAACACAGCCCTGGCTTTTACTTCCGTATCCGCGCACATTGTCACCCTGCTTCGCCT]


>consensus_840#0 AATCCACGCGCCCCACCTCGCCGCCGTCGCCGCCGCCGCGATGGACGCGGAGGCGTCGGA GCTGCGGGCGAGGCTCGCCGCCGCGGTGCACGCGCTCAATCACGGCGGCGGCGGGCACCA CGACCCGTCGGCGCGGCTCGCGGCCAACCAGTGGCTCCTCGCGCTGCAGCGGTCGCCGCA GGCGTGGGGGGTGGCNACCTCGCTGCTGGCCGCGCCTCCCCCGGGTCACCCGCCCCCGTC CGGCGACCTGTTCTTCTTCGCCGCGAAGATGCTCCGTGAGGAAGAGCCAATGCCCCCCCT CCGCCGCCGGTGGTTGTCTCATGCCGCATGAGGTGGCCCACCTCCTATAGGTGTTGCTCA TGCCGACGGACAAGATCAGCCTCTTTTCCGCTTGGTTGTTCACGCACATATCACTGGCAT TTCCTTCGTGTGTCTATCGAGGCGAGTGCTGGAATGACAACACAACTCTCTTTGATGTTG CCCCCTCCCTGACTTCCACAATAAATCTGCTCGCTGTGGTTCGAATTACAGGTCTTGCCC AATATCAGGATGGAAACTCCCAACTAACACAGCCCTGGCTTTTACTTCCGTATCCGCGCA CATTGTCACCCTGCTTCGCCT



consensusID : consensus_840#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 613
fasta sequence
                              [AATCCACGCGCCCCACCTCGCCGCCGTCGCCGCCGCCGCGATGGACGCGGAGGCGTCGGAGCTGCGGGCGAGGCTCGCCGCCGCGGTGCACGCGCTCAATCACGGCGGCGGCGGGCACCACGACCCGTCGGCGCGGCTCGCGGCCAACCAGTGGCTCCTCGCGCTGCAGCGGTCGCCGCAGGCGTGGGGGGTGGCGACCTCGCTGCTGGCCGCGCCGCCCCCGGGCCACCCGCCCCCGCCCGCCGACCTGCTCTTCTTCGCCGCGCAGATGCTCCGGAGGAAGATCCAGTGCCCCCCCGCCGCCGCCGGTGGTTGCCCCACGCCGCAAGAGGTTGCCCACCTCCTCGACGCGCTCCTCCTCGCGGCGGGGCGGGTCTGCCTCGGCCCGCCGCGGCTGCTCACGCAGATCTCCCTGGTGCTCGCGGCGTTGGAGCTCCGCGTCGAGTGGGGGGTGGACGGCCTCTTCGAGGGGATGGGGGTCCTCCCCTACCCCGCCCGGATGGAGCTGCTCACTGTGCTTCCCAATCAAGTCTGGAATGGACAGAACGTTCGAACCTGGGGTGGAATCCGACTTTTCCTTCAATGTCTACCGCTGAGTTCTTGACGATAGCGC]

[+] EMBL CA754949             [AATCCACGCGCCCCACCTCGCCGCCGTCGCCGCCGCCGCGATGGACGCGGAGGCGTCGGAGCTGCGGGCGAGGCTCGCCGCCGCGGTGCACGCGCTCAATCACGGCGGCGGCGGGCACCACGACCCGTCGGCGCGGCTCGCGGCCAACCAGTGGCTCCTCGCGCTGCAGCGGTCGCCGCAGGCGTGGGGGGTGGCGACCTCGCTGCTGGCCGCGCCGCCCCCGGGCCACCCGCCCCCGCCCGCCGACCTGCTCTTCTTCGCCGCGCAGATGCTCCGGAGGAAGATCCAGTGCCCCCCCGCCGCCGCCGGTGGTTGCCCCACGCCGCAAGAGGTTGCCCACCTCCTCGACGCGCTCCTCCTCGCGGCGGGGCGGGTCTGCCTCGGCCCGCCGCGGCTGCTCACGCAGATCTCCCTGGTGCTCGCGGCGTTGGAGCTCCGCGTCGAGTGGGGGGTGGACGGCCTCTTCGAGGGGATGGGGGTCCTCCCCTACCCCGCCCGGATGGAGCTGCTCACTGTGCTTCCCAATCAAGTCTGGAATGGACAGAACGTTCGAACCTGGGGTGGAATCCGACTTTTCCTTCAATGTCTACCGCTGAGTTCTTGACGATAGCGC]


>consensus_840#1 AATCCACGCGCCCCACCTCGCCGCCGTCGCCGCCGCCGCGATGGACGCGGAGGCGTCGGA GCTGCGGGCGAGGCTCGCCGCCGCGGTGCACGCGCTCAATCACGGCGGCGGCGGGCACCA CGACCCGTCGGCGCGGCTCGCGGCCAACCAGTGGCTCCTCGCGCTGCAGCGGTCGCCGCA GGCGTGGGGGGTGGCGACCTCGCTGCTGGCCGCGCCGCCCCCGGGCCACCCGCCCCCGCC CGCCGACCTGCTCTTCTTCGCCGCGCAGATGCTCCGGAGGAAGATCCAGTGCCCCCCCGC CGCCGCCGGTGGTTGCCCCACGCCGCAAGAGGTTGCCCACCTCCTCGACGCGCTCCTCCT CGCGGCGGGGCGGGTCTGCCTCGGCCCGCCGCGGCTGCTCACGCAGATCTCCCTGGTGCT CGCGGCGTTGGAGCTCCGCGTCGAGTGGGGGGTGGACGGCCTCTTCGAGGGGATGGGGGT CCTCCCCTACCCCGCCCGGATGGAGCTGCTCACTGTGCTTCCCAATCAAGTCTGGAATGG ACAGAACGTTCGAACCTGGGGTGGAATCCGACTTTTCCTTCAATGTCTACCGCTGAGTTC TTGACGATAGCGC



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_840#0      AATCCACGCGCCCCACCTCGCCGCCGTCGCCGCCGCCGCGATGGACGCGGAGGCGTCGGA 60
consensus_840#1      AATCCACGCGCCCCACCTCGCCGCCGTCGCCGCCGCCGCGATGGACGCGGAGGCGTCGGA 60
                     ************************************************************

consensus_840#0      GCTGCGGGCGAGGCTCGCCGCCGCGGTGCACGCGCTCAATCACGGCGGCGGCGGGCACCA 120
consensus_840#1      GCTGCGGGCGAGGCTCGCCGCCGCGGTGCACGCGCTCAATCACGGCGGCGGCGGGCACCA 120
                     ************************************************************

consensus_840#0      CGACCCGTCGGCGCGGCTCGCGGCCAACCAGTGGCTCCTCGCGCTGCAGCGGTCGCCGCA 180
consensus_840#1      CGACCCGTCGGCGCGGCTCGCGGCCAACCAGTGGCTCCTCGCGCTGCAGCGGTCGCCGCA 180
                     ************************************************************

consensus_840#0      GGCGTGGGGGGTGGCNACCTCGCTGCTGGCCGCGCCTCCCCCGGGTCACCCGCCCCCGTC 240
consensus_840#1      GGCGTGGGGGGTGGCGACCTCGCTGCTGGCCGCGCCGCCCCCGGGCCACCCGCCCCCGCC 240
                     *************** ******************** ******** ************ *

consensus_840#0      CGGCGACCTGTTCTTCTTCGCCGCGAAGATGCTCCGTGAGGAAGAGCCAATGCCCCCCCT 300
consensus_840#1      CGCCGACCTGCTCTTCTTCGCCGCGCAGATGCTCCG-GAGGAAGATCCAGTGCCCCCCCG 299
                     ** ******* ************** ********** ******** *** ********* 

consensus_840#0      CCGCCGCCGGTGGTTGTCTCATGCCGCATGAGGTGGCCCACCTCCTATAGGTGTTGCTCA 360
consensus_840#1      CCGCCGCCGGTGGTTGCCCCACGCCGCAAGAGGTTGCCCACCTCCTCGACGCGCTCCTCC 359
                     **************** * ** ****** ***** ***********  * * * * *** 

consensus_840#0      TGCCGACGGACAAGATCAGCCTCTTTTCCGCTTGGTTGTTCACGCACATATCACTGGCAT 420
consensus_840#1      TCGCGGCGGGGCGGGTCTGCCTCGGCCCGCCGCGGCTGCTCACGCAGATCTCCCTGGTGC 419
                     *  ** ***    * ** *****    *  *  ** ** ******* ** ** ****   

consensus_840#0      TTCCTTCGTGTGTCTATCGAGGCGAGTGCTGGAATGACAACACAACTCTCTTTGATGTTG 480
consensus_840#1      TCGCGGCGTTGGAGCTCCGCGTCGAGTGGGGGGTGGACGGC-CTCTTCGAGGGGATGGGG 478
                     *  *  ***  *     ** * ******  **   ***  * *   **     ****  *

consensus_840#0      CCCCCTCCCTGACTTCCACA-ATAAATCTGCTCGCTGTGGTTCGAATTACAGGTCTTGCC 539
consensus_840#1      GTCCTCCCCTACCCCGCCCGGATGGAGCTGCTCACTGTGCTTCCCAAT-CAAGTCTGG-- 535
                       **  ****  *   * *  **  * ****** ***** ***  * * ** **** *  

consensus_840#0      CAATATCAGGATGGAAACTCCCAAC-TAACACAGC-CCTGGCTTTTACTTCCGTATCCGC 597
consensus_840#1      -AAT----GGACAGAACGTTCGAACCTGGGGTGGAATCCGACTTTTCCTTCAATGTCTAC 590
                      ***    ***  ***  * * *** *      *   * * ***** ****  * **  *

consensus_840#0      -GCACATTGTCACCCTGCTTCGCCT 621
consensus_840#1      CGCTGAGTTCTTGACGATAGCGC-- 613
                      **  * *      *     ***  




Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)