cluster # 8946

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Oryza sativa
cluster # 8946 cluster # 8946 Sequences # 6 consensus # 2

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consensus_8946#0 length = 1190 sequences # 2

consensus_8946#1 length = 582 sequences # 4

consensusID : consensus_8946#0
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Sequences nbr = 2
consensus length = 1190
fasta sequence

                              [CAACCTTTTGGGGGTCAACCGAAACAGGGTTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACTTTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTTTAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCATCCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAGCTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACGTAAATTTCTTAAGAAGAATCTATACCACAAACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTCTATCAAGGTATATTCTTATAAGTAATTTTTATTCCACAAAATTTTCTAAAGGATATACTGTGACACTTGGCATTAATCTAATTTAACTTTTTTTTCTTTATCAGGTTATAAATTTTCTAAGACATTTGTGCCACTTGGCATGAATCTAATTTAACATTCTTTCTTTATCAGGTTATAAATTGAAACCATTGAACGTAC-TTGTCTTCCCGTCCCTAAAACATTGTGATATATCTATAATATTTTAATATTTTTAATTTTAAAAATAATTTAGACTAATAATATAGATATTTAAATTAGGTAATTAATAAATTCAAATCAACTATAGTTTAGAATAAAAAAACAAAATGATATATGTCAAGTACAATCTAATAACAATATAATGTTAGAAACAATATGAATTCAATATTTTTATAAATTTTAAGTATGATTCATACATAAAACTAAAGAGAAATATAGATTTATATATAGGTGAGAACATAATAAAATGTAAGTTAAAATTATTAAAGGAAAAATATTATTAATAAACAATGATGTTGATCTATTACGTATTATTTATTAAGTGTCAATAATTGAAATGGATGATTTACCATGTGACAGATTAATTATTAAAATTATAAAATTATATTGTTTTCATCCGTTGCAATGCACGGGTATTTTGCTAGTAAAATAAAAAAATACTAGGATTACAAAATAACAAAATTACCTTTTTTTTTCTTTTGCAAATTTAGAATGGCAACAACCATGCTCAAACTAACCTACTCTTAAAACCCCTAATTAAGCCCCTTTGTCCCGAGACCCGACGCAAAGTGGAAAAGCTCTCCCGATACTACCTCCTTTCCTTTTCCTCCGCTCGGCGCGACCCATCTCCGATGGCGATTCCGGCGGAGGTGCGCCGCTACTGGCTGCCCATCCTCCTCGCCGCCGTCGGGTTCCTCTTCCAGCTCCTCGTCC]

[+] EMBL CB677856             [CAACCTTTTGGGGGTCAACCGAAACAGGGTTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACTTTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTTTAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCATCCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAGCTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACGTAAATTTCTTAAGAAGAATCTATACCACAAACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTCTATCAAGGTATATTCTTATAAGTAATTTTTATTCCACAAAATTTTCTAAAGGATATACTGTGACACTTGGCATTAATCTAATTTAACTTTTTTTTCTTTATCAGGTTATAAATTTTCTAAGACATTTGTGCCACTTGGCATGAATCTAATTTAACATTCTTTCTTTATCAGGTTATAAATTGAAACCATTGAACGTAC TTGTCTTCCCGTCCCTAAAACATTGTGATATATCTATAATATTTTAATATTTTTAATTTTAAAAATAATTTAGACTAATAATATAGATATTTAAATTAGGTAATTAATAAATTCAAATCAACTATAGTTTAGAATAAAAAAACAAAATGATATATGTCAAGTACAATCTAATAACAATATAATGTTAGAAACAATATGAATTCAATATTTTTATAAATTTTAAGTATGATTCATACATAAAACTAAAGAGAAATATAGATTTATATATAGGTGAGAACA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL CB650343             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CTAATTTAACATTCTTTCTTTATCAGGTTATAAATTGAAACCATTGAACGTACTTTGTCTTCCCGTCCCTAAAACATTGTGATATATCTATAATATTTTACTATTTTTTATTTTAAAAATAATTTAGACTAATAATATAGATATTTAAATTAGGTAATTAATAAATTCAAATCAACTATAGTTTAGAAT AAAAAACAAAATGATATATGCCAAGTACAATCTAATAACAATAGAATGTTAGAAACAATATGAATTCAATATTTTTATAAATTTTAGGTACAATTCATACATAAAACTAAAGAAAAATATAAATTTATATATAATTGAGAACATAATAAAATGTAAGTTAAAATTATTAAAGGAAAAATATTATTAATAAACAATGATGTTGATCTATTACGTATTATTTATTAAGTGTCAATAATTGAAATGGATGATTTACCATGTGACAGATTAATTATTAAAATTATAAAATTATATTGTTTTCATCCGTTGCAATGCACGGGTATTTTGCTAGTAAAATAAAAAAATACTAGGATTACAAAATAACAAAATTACCTTTTTTTTTCTTTTGCAAATTTAGAATGGCAACAACCATGCTCAAACTAACCTACTCTTAAAACCCCTAATTAAGCCCCTTTGTCCCGAGACCCGACGCAAAGTGGAAAAGCTCTCCCGATACTACCTCCTTTCCTTTTCCTCCGCTCGGCGCGACCCATCTCCGATGGCGATTCCGGCGGAGGTGCGCCGCTACTGGCTGCCCATCCTCCTCGCCGCCGTCGGGTTCCTCTTCCAGCTCCTCGTCC]




>consensus_8946#0
CAACCTTTTGGGGGTCAACCGAAACAGGGTTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACT
TTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTTTAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCAT
CCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAGCTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACG
TAAATTTCTTAAGAAGAATCTATACCACAAACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTCT
ATCAAGGTATATTCTTATAAGTAATTTTTATTCCACAAAATTTTCTAAAGGATATACTGT
GACACTTGGCATTAATCTAATTTAACTTTTTTTTCTTTATCAGGTTATAAATTTTCTAAG
ACATTTGTGCCACTTGGCATGAATCTAATTTAACATTCTTTCTTTATCAGGTTATAAATT
GAAACCATTGAACGTACTTGTCTTCCCGTCCCTAAAACATTGTGATATATCTATAATATT
TTAATATTTTTAATTTTAAAAATAATTTAGACTAATAATATAGATATTTAAATTAGGTAA
TTAATAAATTCAAATCAACTATAGTTTAGAATAAAAAAACAAAATGATATATGTCAAGTA
CAATCTAATAACAATATAATGTTAGAAACAATATGAATTCAATATTTTTATAAATTTTAA
GTATGATTCATACATAAAACTAAAGAGAAATATAGATTTATATATAGGTGAGAACATAAT
AAAATGTAAGTTAAAATTATTAAAGGAAAAATATTATTAATAAACAATGATGTTGATCTA
TTACGTATTATTTATTAAGTGTCAATAATTGAAATGGATGATTTACCATGTGACAGATTA
ATTATTAAAATTATAAAATTATATTGTTTTCATCCGTTGCAATGCACGGGTATTTTGCTA
GTAAAATAAAAAAATACTAGGATTACAAAATAACAAAATTACCTTTTTTTTTCTTTTGCA
AATTTAGAATGGCAACAACCATGCTCAAACTAACCTACTCTTAAAACCCCTAATTAAGCC
CCTTTGTCCCGAGACCCGACGCAAAGTGGAAAAGCTCTCCCGATACTACCTCCTTTCCTT
TTCCTCCGCTCGGCGCGACCCATCTCCGATGGCGATTCCGGCGGAGGTGCGCCGCTACTG
GCTGCCCATCCTCCTCGCCGCCGTCGGGTTCCTCTTCCAGCTCCTCGTCC

consensusID : consensus_8946#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
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Sequences nbr = 4
consensus length = 582
fasta sequence

                              [TTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACTTTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTTTAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCATCCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAGCTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACATAAATTTCTTAAGAAGAATCTAGACCACAAACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTTTATCAAGATATATTCTTATAAGTAATTTTTATTCCACAAAATTTTCTAAAGGACATACTGTGACACTTGGCATTAATCTAAACATATAGACTATTGTTTAACATTGCATAAATATTGACTTAGGCCGAGTTTAGTTCCAAATTTTTTCTTCAAACTTTTAACTTTTCTATCACATCAAAACTTTCCTGCACACATAACTTTCCAACTTTTCCATCACATCGTTCTAATTTTAACCAAACTTTTAATTTTAGCGTGAACTAAACACACCCTTAGCAAAGTTGAGCTACAAACCAAACCAACCCTCGTTTGCCCAATTGGATTTCAGCACAGTTGGTGTCCCGTTTTGATTCTTGAGGCCCATGTAGCAAATAC]

[+] EMBL CF304034             [TTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACTTTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTTTAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCATCCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAGCTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACATAAATTTCTTAAGAAGAATCTAGACCACAAACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTTTATCAAGATATATTCTTATAAGTAATTTTTATTCCACAAAATTTTCTAAAGGACATACTGTGACACTTGGCATTAATCTAAACATATAGACTATTGTTTAACATTGCATAAATATTGACTTAGGCCGAGTTTAGTTCCAAATTTTTTCTTCAAACTTTTAACTTTTCTATCACATCAAAACTTTCCTGCACACATAACTTTCCAACTTTTCCATCACATCGTTCTAATTTTAACCAAACTTTTAATTTTAGCGTGAACTAAACACACCCTTAGCAAAGTTGAGCTACAAACCAAACCAACCCTCGTTTGCCCAATTGGATTTCAGCACAGTTGGTGTCCCGTTTTGATTCTTGAGGCCCATGTAGCAAATAC]
[+] EMBL CF305021             [TTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACTTTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTTTAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCATCCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAGCTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACATAAATTTCTTAAGAAGAATCTAGACCACAAACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTTTATCAAGATATATTCTTATAAGTAATTTTTATTCCACAAAATTTTCTAAAGGACATACTGTGACACTTGGCATTAATCTAAACATATAGACTATTGTTTAACATTGCATAAATATTGACTTAGGCCGAGTTTAGTTCCAAATTTTTTCTTCAAACTTTTAACTTTTCTATCACATCAAAACTTTCCTGCACACATAACTTTCCAACTTTTCCATCACATCGTTCTAATTTTAACCAAACTTTTAATTTTAGCGTGAACTAAACACACCCTTAGCAAAGTTGAGCTACAAACCAAACCAACCCTCGTTTGCCCAATTGGATTTCAGCACAGTTGGTGTCCCGTTTTGATTCTTGAGGCCCATGTAGCAAATAC]
[+] EMBL CF304838             [TTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACTTTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTTTAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCATCCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAGCTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACATAAATTTCTTAAGAAGAATCTAGACCACAAACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTTTATCAAGATATATTCTTATAAGTAATTTTTATTCCACAAAATTTTCTAAAGGACATACTGTGACACTTGGCATTAATCTAAACATATAGACTATTGTTTAACATTGCATAAATATTGACTTAGGCCGAGTTTAGTTCCAAATTTTTTCTTCAAACTTTTAACTTTTCTATCACATCAAAACTTTCCTGCACACATAACTTTCCAACTTTTCCATCACAT                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL CF303583             [                          CTACTTTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTTTAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCATCCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAGCTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACATAAATTTCTTAAGAAGAATCTAGACCACAAACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTTTATCAAGATATATTCTTATAAGTAATTTTTATTCCACAAAATTTTCTAAAGGACATACTGTGACACTTGGCATTAATCTAAACATATAGACTATTGTTTAACATTGCATAAATATTGACTTAGGCCGAGTTTAGTTCCAAATTTTTTCTTCAAACTTTTAACTTTTCTATCACATCAAAACTTTCCTGCACACATAACTTTCCAACTTTTCCATCACATCGTTCTAATTTTAACCAAACTTTTAATTTTAGCGTGAACTAAACACACCCTTAGCAAAGTTGAGCTACAAACCAAACCAACCCTCGTTTGCCCAATTGGATTTCAGCACAGTTGGTGTCCCGT                              ]




>consensus_8946#1
TTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACTTTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTT
TAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCATCCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAG
CTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACATAAATTTCTTAAGAAGAATCTAGACCACA
AACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTTTATCAAGATATATTCTTATAAGTAATTTTT
ATTCCACAAAATTTTCTAAAGGACATACTGTGACACTTGGCATTAATCTAAACATATAGA
CTATTGTTTAACATTGCATAAATATTGACTTAGGCCGAGTTTAGTTCCAAATTTTTTCTT
CAAACTTTTAACTTTTCTATCACATCAAAACTTTCCTGCACACATAACTTTCCAACTTTT
CCATCACATCGTTCTAATTTTAACCAAACTTTTAATTTTAGCGTGAACTAAACACACCCT
TAGCAAAGTTGAGCTACAAACCAAACCAACCCTCGTTTGCCCAATTGGATTTCAGCACAG
TTGGTGTCCCGTTTTGATTCTTGAGGCCCATGTAGCAAATAC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8946#0      CAACCTTTTGGGGGTCAACCGAAACAGGGTTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACT 60
consensus_8946#1      -----------------------------TTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACT 31
                                                   *******************************

consensus_8946#0      TTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTTTAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCAT 120
consensus_8946#1      TTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTTTAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCAT 91
                      ************************************************************

consensus_8946#0      CCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAGCTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACG 180
consensus_8946#1      CCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAGCTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACA 151
                      *********************************************************** 

consensus_8946#0      TAAATTTCTTAAGAAGAATCTATACCACAAACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTCT 240
consensus_8946#1      TAAATTTCTTAAGAAGAATCTAGACCACAAACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTTT 211
                      ********************** *********************************** *

consensus_8946#0      ATCAAGGTATATTCTTATAAGTAATTTTTATTCCACAAAATTTTCTAAAGGATATACTGT 300
consensus_8946#1      ATCAAGATATATTCTTATAAGTAATTTTTATTCCACAAAATTTTCTAAAGGACATACTGT 271
                      ****** ********************************************* *******

consensus_8946#0      GACACTTGGCATTAATCTAATTTAACTTTTTTTTCTTTATCAGGTTATAAATTTTCTAAG 360
consensus_8946#1      GACACTTGGCATTAATCTAAACATATAGACTATTGTTTAACATTGCATAAATATTG---- 327
                      ********************    *     * ** **** **    ****** **     

consensus_8946#0      ACATTTGTGCCACTTGGCATGAATCTAATTTAACATTCTTTCTTTATCAGGTTATAAATT 420
consensus_8946#1      -----------ACTTAGGCCGAGTTTAGTTCCAAATTTTTTCTTCA--AACTTTTAACTT 374
                                 **** *   ** * ** **  * *** ****** *  *  ** *** **

consensus_8946#0      GAAACCATTGAACGTACTTGTCTTCCCGTCCCTAAAACATTGTGATATATCTATAATATT 480
consensus_8946#1      TT--CTATC--ACATCAAAACTTTCCTGCACACATAACTTTCCAACTTTTCCATCACATC 430
                          * **   ** *       **** *  *  * *** **   *  * ** ** * ** 

consensus_8946#0      TTAATATTTTTAATTTTAAAAATAATTTAGACT--AATAATATAGATATTTAAATTAGGT 538
consensus_8946#1      GTTCTAATTTTAACCAAACTTTTAATTTTAGCGTGAACTAAACACACCCTTAGCAAAGTT 490
                       *  ** ******    *    ******   *   **  * * * *   ***    ** *

consensus_8946#0      AATTAATAAATTCAAATCAACTATAGTTTAG--AATAAAAAAACAAAATGATATATGTCA 596
consensus_8946#1      GAGCTACAAAC-CAAACCAACCCTCGTTTGCCCAATTGGATTTCAGCACAGTTGGTGTCC 549
                       *   * ***  **** ****  * ****    ***   *   **  *   *   **** 

consensus_8946#0      AGTACAATCTAATAACAATATAATGTTAGAAACAATATGAATTCAATATTTTTATAAATT 656
consensus_8946#1      CGTTTTGATTCTTGAGGCCCATGTAGCAAATAC--------------------------- 582
                       **      *  * *        *   * * **                           

consensus_8946#0      TTAAGTATGATTCATACATAAAACTAAAGAGAAATATAGATTTATATATAGGTGAGAACA 716
consensus_8946#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8946#0      TAATAAAATGTAAGTTAAAATTATTAAAGGAAAAATATTATTAATAAACAATGATGTTGA 776
consensus_8946#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8946#0      TCTATTACGTATTATTTATTAAGTGTCAATAATTGAAATGGATGATTTACCATGTGACAG 836
consensus_8946#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8946#0      ATTAATTATTAAAATTATAAAATTATATTGTTTTCATCCGTTGCAATGCACGGGTATTTT 896
consensus_8946#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8946#0      GCTAGTAAAATAAAAAAATACTAGGATTACAAAATAACAAAATTACCTTTTTTTTTCTTT 956
consensus_8946#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8946#0      TGCAAATTTAGAATGGCAACAACCATGCTCAAACTAACCTACTCTTAAAACCCCTAATTA 1016
consensus_8946#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8946#0      AGCCCCTTTGTCCCGAGACCCGACGCAAAGTGGAAAAGCTCTCCCGATACTACCTCCTTT 1076
consensus_8946#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8946#0      CCTTTTCCTCCGCTCGGCGCGACCCATCTCCGATGGCGATTCCGGCGGAGGTGCGCCGCT 1136
consensus_8946#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8946#0      ACTGGCTGCCCATCCTCCTCGCCGCCGTCGGGTTCCTCTTCCAGCTCCTCGTCC 1190
consensus_8946#1      ------------------------------------------------------