These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_8946#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 1190 fasta sequence [CAACCTTTTGGGGGTCAACCGAAACAGGGTTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACTTTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTTTAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCATCCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAGCTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACGTAAATTTCTTAAGAAGAATCTATACCACAAACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTCTATCAAGGTATATTCTTATAAGTAATTTTTATTCCACAAAATTTTCTAAAGGATATACTGTGACACTTGGCATTAATCTAATTTAACTTTTTTTTCTTTATCAGGTTATAAATTTTCTAAGACATTTGTGCCACTTGGCATGAATCTAATTTAACATTCTTTCTTTATCAGGTTATAAATTGAAACCATTGAACGTAC-TTGTCTTCCCGTCCCTAAAACATTGTGATATATCTATAATATTTTAATATTTTTAATTTTAAAAATAATTTAGACTAATAATATAGATATTTAAATTAGGTAATTAATAAATTCAAATCAACTATAGTTTAGAATAAAAAAACAAAATGATATATGTCAAGTACAATCTAATAACAATATAATGTTAGAAACAATATGAATTCAATATTTTTATAAATTTTAAGTATGATTCATACATAAAACTAAAGAGAAATATAGATTTATATATAGGTGAGAACATAATAAAATGTAAGTTAAAATTATTAAAGGAAAAATATTATTAATAAACAATGATGTTGATCTATTACGTATTATTTATTAAGTGTCAATAATTGAAATGGATGATTTACCATGTGACAGATTAATTATTAAAATTATAAAATTATATTGTTTTCATCCGTTGCAATGCACGGGTATTTTGCTAGTAAAATAAAAAAATACTAGGATTACAAAATAACAAAATTACCTTTTTTTTTCTTTTGCAAATTTAGAATGGCAACAACCATGCTCAAACTAACCTACTCTTAAAACCCCTAATTAAGCCCCTTTGTCCCGAGACCCGACGCAAAGTGGAAAAGCTCTCCCGATACTACCTCCTTTCCTTTTCCTCCGCTCGGCGCGACCCATCTCCGATGGCGATTCCGGCGGAGGTGCGCCGCTACTGGCTGCCCATCCTCCTCGCCGCCGTCGGGTTCCTCTTCCAGCTCCTCGTCC] [+] EMBL CB677856 [CAACCTTTTGGGGGTCAACCGAAACAGGGTTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACTTTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTTTAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCATCCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAGCTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACGTAAATTTCTTAAGAAGAATCTATACCACAAACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTCTATCAAGGTATATTCTTATAAGTAATTTTTATTCCACAAAATTTTCTAAAGGATATACTGTGACACTTGGCATTAATCTAATTTAACTTTTTTTTCTTTATCAGGTTATAAATTTTCTAAGACATTTGTGCCACTTGGCATGAATCTAATTTAACATTCTTTCTTTATCAGGTTATAAATTGAAACCATTGAACGTAC TTGTCTTCCCGTCCCTAAAACATTGTGATATATCTATAATATTTTAATATTTTTAATTTTAAAAATAATTTAGACTAATAATATAGATATTTAAATTAGGTAATTAATAAATTCAAATCAACTATAGTTTAGAATAAAAAAACAAAATGATATATGTCAAGTACAATCTAATAACAATATAATGTTAGAAACAATATGAATTCAATATTTTTATAAATTTTAAGTATGATTCATACATAAAACTAAAGAGAAATATAGATTTATATATAGGTGAGAACA ] [+] EMBL CB650343 [ CTAATTTAACATTCTTTCTTTATCAGGTTATAAATTGAAACCATTGAACGTACTTTGTCTTCCCGTCCCTAAAACATTGTGATATATCTATAATATTTTACTATTTTTTATTTTAAAAATAATTTAGACTAATAATATAGATATTTAAATTAGGTAATTAATAAATTCAAATCAACTATAGTTTAGAAT AAAAAACAAAATGATATATGCCAAGTACAATCTAATAACAATAGAATGTTAGAAACAATATGAATTCAATATTTTTATAAATTTTAGGTACAATTCATACATAAAACTAAAGAAAAATATAAATTTATATATAATTGAGAACATAATAAAATGTAAGTTAAAATTATTAAAGGAAAAATATTATTAATAAACAATGATGTTGATCTATTACGTATTATTTATTAAGTGTCAATAATTGAAATGGATGATTTACCATGTGACAGATTAATTATTAAAATTATAAAATTATATTGTTTTCATCCGTTGCAATGCACGGGTATTTTGCTAGTAAAATAAAAAAATACTAGGATTACAAAATAACAAAATTACCTTTTTTTTTCTTTTGCAAATTTAGAATGGCAACAACCATGCTCAAACTAACCTACTCTTAAAACCCCTAATTAAGCCCCTTTGTCCCGAGACCCGACGCAAAGTGGAAAAGCTCTCCCGATACTACCTCCTTTCCTTTTCCTCCGCTCGGCGCGACCCATCTCCGATGGCGATTCCGGCGGAGGTGCGCCGCTACTGGCTGCCCATCCTCCTCGCCGCCGTCGGGTTCCTCTTCCAGCTCCTCGTCC] consensusID : consensus_8946#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 582 fasta sequence [TTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACTTTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTTTAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCATCCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAGCTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACATAAATTTCTTAAGAAGAATCTAGACCACAAACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTTTATCAAGATATATTCTTATAAGTAATTTTTATTCCACAAAATTTTCTAAAGGACATACTGTGACACTTGGCATTAATCTAAACATATAGACTATTGTTTAACATTGCATAAATATTGACTTAGGCCGAGTTTAGTTCCAAATTTTTTCTTCAAACTTTTAACTTTTCTATCACATCAAAACTTTCCTGCACACATAACTTTCCAACTTTTCCATCACATCGTTCTAATTTTAACCAAACTTTTAATTTTAGCGTGAACTAAACACACCCTTAGCAAAGTTGAGCTACAAACCAAACCAACCCTCGTTTGCCCAATTGGATTTCAGCACAGTTGGTGTCCCGTTTTGATTCTTGAGGCCCATGTAGCAAATAC] [+] EMBL CF304034 [TTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACTTTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTTTAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCATCCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAGCTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACATAAATTTCTTAAGAAGAATCTAGACCACAAACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTTTATCAAGATATATTCTTATAAGTAATTTTTATTCCACAAAATTTTCTAAAGGACATACTGTGACACTTGGCATTAATCTAAACATATAGACTATTGTTTAACATTGCATAAATATTGACTTAGGCCGAGTTTAGTTCCAAATTTTTTCTTCAAACTTTTAACTTTTCTATCACATCAAAACTTTCCTGCACACATAACTTTCCAACTTTTCCATCACATCGTTCTAATTTTAACCAAACTTTTAATTTTAGCGTGAACTAAACACACCCTTAGCAAAGTTGAGCTACAAACCAAACCAACCCTCGTTTGCCCAATTGGATTTCAGCACAGTTGGTGTCCCGTTTTGATTCTTGAGGCCCATGTAGCAAATAC] [+] EMBL CF305021 [TTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACTTTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTTTAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCATCCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAGCTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACATAAATTTCTTAAGAAGAATCTAGACCACAAACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTTTATCAAGATATATTCTTATAAGTAATTTTTATTCCACAAAATTTTCTAAAGGACATACTGTGACACTTGGCATTAATCTAAACATATAGACTATTGTTTAACATTGCATAAATATTGACTTAGGCCGAGTTTAGTTCCAAATTTTTTCTTCAAACTTTTAACTTTTCTATCACATCAAAACTTTCCTGCACACATAACTTTCCAACTTTTCCATCACATCGTTCTAATTTTAACCAAACTTTTAATTTTAGCGTGAACTAAACACACCCTTAGCAAAGTTGAGCTACAAACCAAACCAACCCTCGTTTGCCCAATTGGATTTCAGCACAGTTGGTGTCCCGTTTTGATTCTTGAGGCCCATGTAGCAAATAC] [+] EMBL CF304838 [TTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACTTTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTTTAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCATCCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAGCTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACATAAATTTCTTAAGAAGAATCTAGACCACAAACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTTTATCAAGATATATTCTTATAAGTAATTTTTATTCCACAAAATTTTCTAAAGGACATACTGTGACACTTGGCATTAATCTAAACATATAGACTATTGTTTAACATTGCATAAATATTGACTTAGGCCGAGTTTAGTTCCAAATTTTTTCTTCAAACTTTTAACTTTTCTATCACATCAAAACTTTCCTGCACACATAACTTTCCAACTTTTCCATCACAT ] [+] EMBL CF303583 [ CTACTTTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTTTAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCATCCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAGCTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACATAAATTTCTTAAGAAGAATCTAGACCACAAACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTTTATCAAGATATATTCTTATAAGTAATTTTTATTCCACAAAATTTTCTAAAGGACATACTGTGACACTTGGCATTAATCTAAACATATAGACTATTGTTTAACATTGCATAAATATTGACTTAGGCCGAGTTTAGTTCCAAATTTTTTCTTCAAACTTTTAACTTTTCTATCACATCAAAACTTTCCTGCACACATAACTTTCCAACTTTTCCATCACATCGTTCTAATTTTAACCAAACTTTTAATTTTAGCGTGAACTAAACACACCCTTAGCAAAGTTGAGCTACAAACCAAACCAACCCTCGTTTGCCCAATTGGATTTCAGCACAGTTGGTGTCCCGT ] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_8946#0 CAACCTTTTGGGGGTCAACCGAAACAGGGTTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACT 60 consensus_8946#1 -----------------------------TTAGATCTGCCTCTGCCCAGCTCCACCTACT 31 ******************************* consensus_8946#0 TTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTTTAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCAT 120 consensus_8946#1 TTCAAGTTGTTAATTTTGATTTCCGTTTTTAGCATATGTAATTTGGTTACTGAATCTCAT 91 ************************************************************ consensus_8946#0 CCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAGCTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACG 180 consensus_8946#1 CCAAACACCCTTAGAACGAAAAATGTAAGCTCACATAATTTGTACTCATCCAAACTCACA 151 *********************************************************** consensus_8946#0 TAAATTTCTTAAGAAGAATCTATACCACAAACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTCT 240 consensus_8946#1 TAAATTTCTTAAGAAGAATCTAGACCACAAACTACCCATAGTCACACAAAATATCTTTTT 211 ********************** *********************************** * consensus_8946#0 ATCAAGGTATATTCTTATAAGTAATTTTTATTCCACAAAATTTTCTAAAGGATATACTGT 300 consensus_8946#1 ATCAAGATATATTCTTATAAGTAATTTTTATTCCACAAAATTTTCTAAAGGACATACTGT 271 ****** ********************************************* ******* consensus_8946#0 GACACTTGGCATTAATCTAATTTAACTTTTTTTTCTTTATCAGGTTATAAATTTTCTAAG 360 consensus_8946#1 GACACTTGGCATTAATCTAAACATATAGACTATTGTTTAACATTGCATAAATATTG---- 327 ******************** * * ** **** ** ****** ** consensus_8946#0 ACATTTGTGCCACTTGGCATGAATCTAATTTAACATTCTTTCTTTATCAGGTTATAAATT 420 consensus_8946#1 -----------ACTTAGGCCGAGTTTAGTTCCAAATTTTTTCTTCA--AACTTTTAACTT 374 **** * ** * ** ** * *** ****** * * ** *** ** consensus_8946#0 GAAACCATTGAACGTACTTGTCTTCCCGTCCCTAAAACATTGTGATATATCTATAATATT 480 consensus_8946#1 TT--CTATC--ACATCAAAACTTTCCTGCACACATAACTTTCCAACTTTTCCATCACATC 430 * ** ** * **** * * * *** ** * * ** ** * ** consensus_8946#0 TTAATATTTTTAATTTTAAAAATAATTTAGACT--AATAATATAGATATTTAAATTAGGT 538 consensus_8946#1 GTTCTAATTTTAACCAAACTTTTAATTTTAGCGTGAACTAAACACACCCTTAGCAAAGTT 490 * ** ****** * ****** * ** * * * * *** ** * consensus_8946#0 AATTAATAAATTCAAATCAACTATAGTTTAG--AATAAAAAAACAAAATGATATATGTCA 596 consensus_8946#1 GAGCTACAAAC-CAAACCAACCCTCGTTTGCCCAATTGGATTTCAGCACAGTTGGTGTCC 549 * * *** **** **** * **** *** * ** * * **** consensus_8946#0 AGTACAATCTAATAACAATATAATGTTAGAAACAATATGAATTCAATATTTTTATAAATT 656 consensus_8946#1 CGTTTTGATTCTTGAGGCCCATGTAGCAAATAC--------------------------- 582 ** * * * * * * ** consensus_8946#0 TTAAGTATGATTCATACATAAAACTAAAGAGAAATATAGATTTATATATAGGTGAGAACA 716 consensus_8946#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8946#0 TAATAAAATGTAAGTTAAAATTATTAAAGGAAAAATATTATTAATAAACAATGATGTTGA 776 consensus_8946#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8946#0 TCTATTACGTATTATTTATTAAGTGTCAATAATTGAAATGGATGATTTACCATGTGACAG 836 consensus_8946#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8946#0 ATTAATTATTAAAATTATAAAATTATATTGTTTTCATCCGTTGCAATGCACGGGTATTTT 896 consensus_8946#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8946#0 GCTAGTAAAATAAAAAAATACTAGGATTACAAAATAACAAAATTACCTTTTTTTTTCTTT 956 consensus_8946#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8946#0 TGCAAATTTAGAATGGCAACAACCATGCTCAAACTAACCTACTCTTAAAACCCCTAATTA 1016 consensus_8946#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8946#0 AGCCCCTTTGTCCCGAGACCCGACGCAAAGTGGAAAAGCTCTCCCGATACTACCTCCTTT 1076 consensus_8946#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8946#0 CCTTTTCCTCCGCTCGGCGCGACCCATCTCCGATGGCGATTCCGGCGGAGGTGCGCCGCT 1136 consensus_8946#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8946#0 ACTGGCTGCCCATCCTCCTCGCCGCCGTCGGGTTCCTCTTCCAGCTCCTCGTCC 1190 consensus_8946#1 ------------------------------------------------------ |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||