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Oryza sativa
cluster # 9183 cluster # 9183       Sequences # 6       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_9183#0 length = 1161 sequences # 6  

consensusID : consensus_9183#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 1161
fasta sequence
                              [TGAAGGAGTAGAAAAACAGTAGTGAAGCATTTGCAGGGGTTACAGCTGGTGCTCCATTTTCTGTTGAATCTGGAGTTAGGCTGGTGCCGCATAGAACAGTGGTTGCTGTGCCTGCTGGCATCAGTCATCCTCCTTCAATGTCTTCTAGTGGAGTTGGTATTATCTACCCACTGTTTGCCAGAATTCAACAAAGAGCATACACTAACGCTCAAGTTGCCCATAGTGCTAATCAGATACCGAATCCACAGACATCTCAGTATCATGAAGCAGGTACCCTAGGATCTCCTGTTGATATCAATGCGGAAAACGGCACTCAGACTTCCCCTGGGGAGCAGAATGGCCAGGGGCCTTTTTCTCAGTTGATGGATAGTATCCCTTGGATTGCATCACTCCTTTCTGGGGAAAA-TCTCGAGTAAATGGCACAAATCAGCATGCACCGGCTTCTGCTGAGCAGGTAGATGGTAGAAATCATGGAGCACCAGAAGTGTCAGGAGTCAGTGATGAGGGTCTACGGTTCGCTAGCTTAGTTCGCCAAATTATGCCATTTATTTCCCAAGTTGAGTCACATCATCAAAGAGCCTCAGCAGTCAGTAGCAGCACCCC--TTCACAGGCTGCACATGGGAACTTGAATACTGCAAGAGCTGGTCCAAGTCATTCCAGGAGTTCACATCAACATAACCGTGATCCAGTTGATGGACCTAATTCTAAAAGGCAAAGAACAAGTGAGTGATAAAGATCTTCATGTCCTCCGGGGTCACCGTTTTGCAAGATAAGCCGAGAATTTTGCCGATTCTCACTGCGAGGATGGACTGTCATGAATGTCTTGACAGAGTTGAGGGCAGTGGATTATTATTATTTGGCAGTGTATAGTTGGCATCCGGTTCATTAGTCAAGGCACCATC----TTTTTTTTTTGCCCATTTCCTGCGGATCGGTTGTAATGTTATTTTACTATCCTATCTGTAGAAATTCGATTCAATTGGGGTTAAATTATGCCTGCAATTAACCAAAAGCTTCGTTTGGTAGTAATTGCTGTAGCATGTGGAGAATTTTTGCCACTTAATAATACCCTCTATGATTTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL CF328624             [TGAAGGAGTAGAAAAACAGTAGTGAAGCATTTGCAGGGGTTACAGCTGGTGCTCCATTTTCTGTTGAATCTGGAGTTAGGCTGGTGCCGCATAGAACAGTGGTTGCTGTGCCTGCTGGCATCAGTCATCCTCCTTCAATGTCTTCTAGTGGAGTTGGTATTATCTACCCACTGTTTGCCAGAATTCAACAAAGAGCATACACTAACGCTCAAGTTGCCCATAGTGCTAATCAGATACCGAATCCACAGACATCTCAGTATCATGAAGCAGGTACCCTAGGATCTCCTGTTGATATCAATGCGGAAAACGGCACTCAGACTTCCCCTGGGGAGCAGAATGGCCAGGGGCCTTTTTCTCAGTTGATGGATAGTATCCCTTGGATTGCATCACTCCTTTCTGGGGAAAA TCTCGAGTAAATGGCACAAATCAGCATGCACCGGCTTCTGCTGAGCAGGTAGATGGTAGAAATCATGGAGCACCAGAAGTGTCAGGAGTCAGTGATGAGGGTCTACGGTTCGCTAGCTTAGTTCGCCAAATTATGCCATTTATTTCCCAAGTTGAGTCACATCATCAAAGAGCCTCAGCAGTCAGTAGCAGCACCCC  TTCACAGGCTGCACATGGGAACTTGAATACTGCAAGAGCTGGTCCAAGTCATTCCAGGAGTTCACAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL AK062297             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ATTGCATCACTCTTTTCTGGGGAAAATTCTCGAGTAAATGGCACAAATCAGCATGCACCGGCTTCTGCTGAGCAGGTAGATGGTAGAAATCATGGAGCACCAGAAGTGTCAGGAGTCAGTGATGAGGGTCTACGGTTCGCTAGCTTAGTTCGCCAAATTATGCCATTTATTTCCCAAGTTGAGTCACATCATCAAAGTGCCTCAGCAGTCAGTAGCAGCACCCC  TTCACAGGCTGCACATGGGAACTTGAATACTGCAAGAGCTGGTCCAAGTCATTCCAGGAGTTCACATCAACATAACCGTGATCCAGTTGATGGACCTAATTCTAAAAGGCAAAGAACAAGTGAGTGATAAAGATCTTCATGTCCTCCGGGGTCACCGTTTTGCAAGATAAGCCGAGAATTTTGCCGATTCTCACTGCGAGGATGGACTGTCATGAATGTCTTGACAGAGTTGAGGGCAGTGGATTATTATTATTTGGCAGTGTATAGTTGGCATCCGGTTCATTAGTCAAGGCACCATCTT  TTTTTTTTTTGCCCATTTCCTGCGGATCGGTTGTAATGTTATTTTACTATCCTATCTGTAGAAATTCGATTCAATTGGGGTTAAATTATGCCTGCAATTAACCAAAAGCTTCGTTTGGTAGTAATTGCTGTAGCATGTGGAGAATTTTTGCCACTTAATAATACCCTCTA                                                                                         ]
[-] EMBL CF328625             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GGTAGAAATCATGGAGCACCAGAAGTGTCAGGAGTCAGTGATGAGGGTCTACGGTTCGCTAGCTTAGTTCGCCAAATTATGCCATTTATTTCCCAAGTTGAGTCACATCATCAAAGAGCCTCAGCAGTCAGTAGCAGCACCCCCTTTCACAGGCTGCACATGGGAACTTGAATACTGCAAGAGCTGGTCCAAGTCATTCCAGGAGTTCACATCAACATAACCGTGATCCAGTTGATGGACCTAATTTTAAAAGGCAAAGAACAAGTGAGTGATAAAGATCTTCATGTCCTCCGGGGTCACCGTTTTGCAAGATAAGCCGAGAATTTTGCCGATTCTCACTGCGAGGATGGACTGTCATGAATG  TTGACAGAGTTGAGGGCAGTGGATTATTATTATTTGGCAGTGTATAGTTGGCATCCGGTTCATTAGTCAAGGCACCATCTTCTTTTTTTTTTTGCCCATTTCCTGCGGATCGGTTGTAATGTTATTTTACTATCCTATCTGTAGAAATTCGATTCAATTGGGGTTAAATTATGCCTGCAATTAACCAAAAGCTTCGTTTGGTAGTAATTGCTGTAGCATGTGGAGAATTTTTGCCACTTAATAATACCCTCTATGATTTGTAAAAAAAAAAA                                                                      ]
[-] EMBL CF331720             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ATGGGAACTTGAATACTGCAAGAGCTGGTCCAAGTCATTCCAGGAGTTCACATCAACATAACCGTGATCCAGTTGATGGACCTAATTTTAAAAGGCAAAGAACAAGTGAGTGATAAAGATCTTCATGTCCTCCGGGGTCACCGTTTTGCAAGATAAGCCGAGAATTTTGCCGATTCTCACTGCGAGGATGGACTGTCATGAATGTCTTGACAGAGTTGAGGGCAGTGGATTATTATTATTTGGCAGTGTATAGTTGGCATCCGGTTCATTAGTCAAGGCACCATC    TTTTTTTTTTGCCCATTTCCTGCGGATCGGTTGTAATGTTATTTTACTATCCTATCTGTAGAAATTCGATTCAATTGGGGTTAAATTATGCCTGCAATTAACCAAAAGCTTCGTTTGGTAGTAATTGCTGTAGCATGTGGAGAATTTTTGCCACTTAAAAAaaaaaaaa                                                                                          ]
[+] EMBL CF331719             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ATGGGAACTTGAATACTGCAAGAGCTGGTCCAAGTCATTCCAGGAGTTCACATCAACATAACCGTGATCCAGTTGATGGACCTAATTCTAAAAGGCAAAGAACAAGTGAGTGATAAAGATCTTCATGTCCTCCGGGGTCACCGTTTTGCAAGATAAGCCGAGAATTTTGCCGATTCTCACTGCGAGGATGGACTGTCATGAATGTCTTGACAGAGTTGAGGGCAGTGGATTATTATTATTTGGCAGTGTATAGTTGGCATCCGGTTCATTAGTCAAGGCACCATC    TTTTTTTTTTGCCCATTTCCTGCGGATCGGTTGTAATGTTATTTTACTATCCTATCTGTAGAAATTCGATTCAATTGGGGTTAAATTATGCCTGCAATTAACCAAAAGCTTCGTTTGGTAGTAATTGCTGTAGCATGTGGAGAATTTTTGCCACTTAAAAAaa                                                                                                ]
[+] EMBL CF327008             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CAGTGGATTATTATTATTTGGCAGTGTATAGTTGGCATCCGGTTCATTAGTCAAGGCACCATC     TTTTTTTTTGCCCATTTCCTGCGGATCGGTTGTAATGTTATTTTACTATCCTATCTGTAGAAATTCGATTCAATTGGGGTTAAATTATGCCTGCAATTAACCAAAAGCTTCGTTTGGTAGTAATTGCTGTAGCATGTGGGGAATTTTTGCCACTTAATAATACCCTCTATGATTTGTACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]


>consensus_9183#0 TGAAGGAGTAGAAAAACAGTAGTGAAGCATTTGCAGGGGTTACAGCTGGTGCTCCATTTT CTGTTGAATCTGGAGTTAGGCTGGTGCCGCATAGAACAGTGGTTGCTGTGCCTGCTGGCA TCAGTCATCCTCCTTCAATGTCTTCTAGTGGAGTTGGTATTATCTACCCACTGTTTGCCA GAATTCAACAAAGAGCATACACTAACGCTCAAGTTGCCCATAGTGCTAATCAGATACCGA ATCCACAGACATCTCAGTATCATGAAGCAGGTACCCTAGGATCTCCTGTTGATATCAATG CGGAAAACGGCACTCAGACTTCCCCTGGGGAGCAGAATGGCCAGGGGCCTTTTTCTCAGT TGATGGATAGTATCCCTTGGATTGCATCACTCCTTTCTGGGGAAAATCTCGAGTAAATGG CACAAATCAGCATGCACCGGCTTCTGCTGAGCAGGTAGATGGTAGAAATCATGGAGCACC AGAAGTGTCAGGAGTCAGTGATGAGGGTCTACGGTTCGCTAGCTTAGTTCGCCAAATTAT GCCATTTATTTCCCAAGTTGAGTCACATCATCAAAGAGCCTCAGCAGTCAGTAGCAGCAC CCCTTCACAGGCTGCACATGGGAACTTGAATACTGCAAGAGCTGGTCCAAGTCATTCCAG GAGTTCACATCAACATAACCGTGATCCAGTTGATGGACCTAATTCTAAAAGGCAAAGAAC AAGTGAGTGATAAAGATCTTCATGTCCTCCGGGGTCACCGTTTTGCAAGATAAGCCGAGA ATTTTGCCGATTCTCACTGCGAGGATGGACTGTCATGAATGTCTTGACAGAGTTGAGGGC AGTGGATTATTATTATTTGGCAGTGTATAGTTGGCATCCGGTTCATTAGTCAAGGCACCA TCTTTTTTTTTTGCCCATTTCCTGCGGATCGGTTGTAATGTTATTTTACTATCCTATCTG TAGAAATTCGATTCAATTGGGGTTAAATTATGCCTGCAATTAACCAAAAGCTTCGTTTGG TAGTAATTGCTGTAGCATGTGGAGAATTTTTGCCACTTAATAATACCCTCTATGATTTGT AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)