cluster # 9227

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Oryza sativa
cluster # 9227 cluster # 9227 Sequences # 6 consensus # 2

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consensus_9227#0 length = 1076 sequences # 5

consensus_9227#1 length = 606 sequences # 1

consensusID : consensus_9227#0
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Sequences nbr = 5
consensus length = 1076
fasta sequence

                              [TCCTCTTCGCAAGCCTCCCCCACCTTCATCTCCTCCTCCGCCTCCTCGCCTCCCCACCCCTTCTAGAACCTTCCAGAACCCCAGAGAGGC-GGCGAGATGCAC-GGC-GTCCTCACCTCCCCGTGCCTGCGCCCCCCTCCCCTCCTCCGCCGCGCCTTCCCGAGCCCCGCCACCCGCCTCCTCCCGCCCCAAACCCTAGCCCTCCGCCCGCTCCCCCTCCCCCGCGGCCTCCGCTCGTCGCCGCCGCCGCCGCGCGCCGCGGCGGAGGCGGCGGCTTCGGCGGTGGGCGGGCTGCTGGCCCCGCTCTCGACGCTGGAGGTCGGCCTGCGGAGCGTCAACCTCGCGCCGCTGCGGGCGCCGGTGGCCGCGGCGATGTCGGCGGTGGTGCGGTGGCTGGGGGTGTACAGGGAGGTGCTGCTCGTCGGCGTGCTCTTCTCGTGGTTCCCCAACATCCCCTGGGACCGCCAGCCATTCTCCGCGCTGCGCGACCTCTGCGACCCCTTCCTCGCGCTCTGCCGCGAGGTCATGCCCCCCGTGTTCGGCCGCAAGCTCGACCTCAGCCCGCTCATCGCGTTCATGGCCATTGACATCATCATCATGATCCTTCGCCCGCAGCCACGCATGTGATTGCTCCCGGTGGTTATGGGATTGGAGGATGCTGGTTGGTAAATTAGGTTTACTATCGGGGCACAGGCTATTTTCGGTCAATCAACAAGGGATGGTGCTGCTGAATTTTGCAAGACAAGAAATGGTTGGTTGAGTAAAGTTGCAAAGCCAATATAGTTCTTCTAAAGGTAGCTCAATTTGAGTAATTTCGAGAAGTTTGTTTTCAAGTGTAGCTCTTCTATGTATGGCACTCGAGGATTGTACAAGTAGTATATGTGCTAGCTACATTTTTTTTTTGTTTTCTTTGCAAATCTTGCTCTCTGCTCGGATTGGCAGTACATCCTGCACATGCGTTTAATGTGATTTCAAATTATTGTATCTTAAGCGTCTAGGCTCATGTTCCTCAACGGTTTGTGACAATTCTTCTGGAATCTCAATTAACACAGGCACGAGCTTATATATTCATATACGCT]

[+] EMBL AK071133             [TCCTCTTCGCAAGCCTCCCCCACCTTCATCTCCTCCTCCGCCTCCTCGCCTCCCCACCCCTTCTAGAACCTTCCAGAACCCCAGAGAGGC GGCGAGATGCAC GGC GTCCTCACCTCCCCGTGCCTGCGCCCCCCTCCCCTCCTCCGCCGCGCCTTCCCGAGCCCCGCCACCCGCCTCCTCCCGCCCCAAACCCTAGCCCTCCGCCCGCTCCCCCTCCCCCGCGGCCTCCGCTCGTCGCCGCCGCCGCCGCGCGCCGCGGCGGAGGCGGCGGCTTCGGCGGTGGGCGGGCTGCTGGCCCCGCTCTCGACGCTGGAGGTCGGCCTGCGGAGCGTCAACCTCGCGCCGCTGCGGGCGCCGGTGGCCGCGGCGATGTCGGCGGTGGTGCGGTGGCTGGGGGTGTACAGGGAGGTGCTGCTCGTCGGCGTGCTCTTCTCGTGGTTCCCCAACATCCCCTGGGACCGCCAGCCATTCTCCGCGCTGCGCGACCTCTGCGACCCCTTCCTCGCGCTCTGCCGCGAGGTCATGCCCCCCGTGTTCGGCCGCAAGCTCGACCTCAGCCCGCTCATCGCGTTCATGGCCATTGACATCATCATCATGATCCTTCGCCCGCAGCCACGCATGTGATTGCTCCCGGTGGTTATGGGATTGGAGGATGCTGGTTGGTAAATTAGGTTTACTATCGGGGCACAGGCTATTTTCGGTCAATCAACAAGGGATGGTGCTGCTGAATTTTGCAAGACAAGAAATGGTTGGTTGAGTAAAGTTGCAAAGCCAATATAGTTCTTCTAAAGGTAGCTCAATTTGAGTAATTTCGAGAAGTTTGTTTTCAAGTGTAGCTCTTCTATGTATGGCACTCGAGGATTGTACAAGTAGTATATGTGCTAGCTACATTTTTTTTTTGTTTTCTTTGCAAATCTTGCTCTCTGCTCGGATTGGCAGTACATCCTGCACATGCGTTTAATGTGATTTCAAATTATTGTATCTTAAGCGTCTAGGCTCATGTTCCTCAACGGTTTGTGACAATTCTTCTGGAATCTCAATTAACACAGGCACGAGCTTATATATTCATATACGCT]
[+] EMBL AU182241             [                               CCTCCTCCGCCTCCTCGCCTCCCCACCCCTTCTAGAACCTTCCAGAACCCCAGAGAGGCAGGCGAGATGCACAGGCAGTCCTCACCTCCCCGTGCCTGCGCCCCCCTCCCCTCCTCCGCCGNGCCTTCCCGAGCCCCGCCACCCGCCTCCTCCCGCCCCAAACCCTAGCCCTCCGCCCGCTCCCCCTCCCCCGCGGCCTCCGCTCGTCGCCGCCGCCGCCGCGCGCCGAGGCGGAGGCGGCGGCTTCGGCGGTGGGCGGGCTGCTGGCCCCGCTCTCGACGCTGGAGGTCGGCCTGCGGAGCGTCAACCTCGCGCCGCTGCGGGCGCCGGTGGCCGCGGCGATGTCGGCGGTGGTGCGGTGGCTGGGGGTGTACAGGGAGGTGCTGCTCGTCGGCGTGCTCTTCTCGTGGTTCCCCAACATCCCCTGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[-] EMBL CB665041             [                                                                                                                                                                                                  CCTAGCCCTCCGCCCGCTCCCCCTCCCCCGCGGCCTCCGCTTGTCGCCGCCGCCGCCGCGCGCCGCGGCGGAGGCGGCGGCTTCGGCGGTGGGCGGGCTGCTGGCCCCGCTCTCGACGCTGGAGGTCGGCCTGCGGAGCGTCAACCTCGCGCCGCTGCGGGCGCCGGTGGCCGCGGCGATGTCGGCGGTGGTGCGGTGGCTGGGGGTGTACAGGGAGGTGCTGCTCGTCGGCGTGCTCTTCTCGTGGTTCCCCAACATCCCCTGGGACCGCCAGCCATTCTCCGCGCTGCGCGACCTCTGCGACCCCTTCCTCGCGCTCTGCCGCGAGGTCATGCCCCCCGTGTTCGGCCGCAAGCTCGACCTCAGCCCGCTCATCGCGTTCATGGCCATTGACATCATCATCATGATCCTTCGCCCGCAGCCACGCATGTGATTGCTCCCGGTGGTTATGGGATTGGAGGATGCTGGTTGGTAAATTAGGTTTACTATCGGGGCACAGGCTATTTTCGGTCAATCAACAAGGGATGGTGCTGCTGAATTTTGCAAGACAAGAAATGGTTGGTTGAGTAAAGTTGCAAAGCCAATATAGTTCTTCTAAAGGTAGCTCAATTTGAGTAATTTCGAGAAGTTTGTTTTCAAGTGTAGCTCTTCTATGTATGGCACTCGAGGATTGTACAAGTAGTATATGTGCTAGCTACATTTTTTTTTTGTTTTCTTTGCAAATCTTGCTCTCTGCTCGGATTGGCAGTACATCCTGCACATGCGTTTAATGTGATTTCAAATTATTGTATC                                                                                             ]
[+] EMBL CF332517             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CGGTGGTGCGGTGGCTGGGGGTGTACAGGGAGGTGCTGCTCGTCGGCGTGCTCTTCTCGTGGTTCCCCAACATCCCCTGGGACCGCCAGCCATTCTCCGCGCTGCGCGACCTCTGCGACCCCTTCCTCGCGCTCTGCCGCGAGGTCATGCCCCCCGTGTTCGGCCGCAAGCTCGACCTCAGCCCGCTCATCGCGTTCATGGCCATTGACATCATCATCATGATCCTTCGCCCGCAGCCACGCATGTGATTGCTCCCGGTGGTTATGGGATTGGAGGATGCTGGTTGGTAAATTAGGTTTACTATCGGGGCACAGGCTATTTTCGGTCAATCAACAAGGGATGGTGCTGCTGAATTTTGCAAGACAAGAAATGGTTGGTTGAGTAAAGTTGCAAAGCCAATATAGTTCTTCTAAAGGTAGCTCAATTTGAGTAATTTCGAGAAGTTTGTTTTCAAGTGTAGCTCTTCTATGTATGGCACTCGAGGATTGTACAAGTAGTATATGTGCTAGCTACATTTTTTTTTTGTTTTCTTTGCAAATCTTGCTCTCTGCTCGGATTGGCAGTACATCCTGCACATGCGTTTAATGTGATTTCAAATTATTGTATCTTAAGCGTCTAGGCTCATGTTCCTCAACGGTTTGTGACAATTCTTCTGGAATCTCAATTAACACAGGCACG                      ]
[-] EMBL CF332518             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CATGCCCCCCGTGTTCGGCCGCAAGCTCGACCTCAGCCCGCTCATCGCGTTCATGGCCATTGACATCATCATCATGATCCTTCGCCCGCAGCCACGCATGTGATTGCTCCCGGTGGTTATGGGATTGGAGGATGCTGGTTGGTAAATTAGGTTTACTATCGGGGCACAGGCTATTTTCGGTCAATCAACAAGGGATGGTGCTGCTGAATTTTGCAAGACAAGAAATGGTTGGTTGAGTAAAGTTGCAAAGCCAATATAGTTCTTCTAAAGGTAGCTCAATTTGAGTAATTTCGAGAAGTTTGTTTTCAAGTGTAGCTCTTCTATGTATGGCACTCGAGGATTGTACAAGTAGTATATGTGCTAGCTACATTTTTTTTTTGTTTTCTTTGCAAATCTTGCTCTCTGCTCGGATTGGCAGTACATCCTGCACATGCGTTTAATGTGATTTCAAATTATTGTATCTTAAGCGTCTAGGCTCATGTTCCTCAACGGTTTGTGACAATTCTTCTGGAATCTCAATTAACACAGGCACGAGCTTATATAaaaaaaaa    ]




>consensus_9227#0
TCCTCTTCGCAAGCCTCCCCCACCTTCATCTCCTCCTCCGCCTCCTCGCCTCCCCACCCC
TTCTAGAACCTTCCAGAACCCCAGAGAGGCGGCGAGATGCACGGCGTCCTCACCTCCCCG
TGCCTGCGCCCCCCTCCCCTCCTCCGCCGCGCCTTCCCGAGCCCCGCCACCCGCCTCCTC
CCGCCCCAAACCCTAGCCCTCCGCCCGCTCCCCCTCCCCCGCGGCCTCCGCTCGTCGCCG
CCGCCGCCGCGCGCCGCGGCGGAGGCGGCGGCTTCGGCGGTGGGCGGGCTGCTGGCCCCG
CTCTCGACGCTGGAGGTCGGCCTGCGGAGCGTCAACCTCGCGCCGCTGCGGGCGCCGGTG
GCCGCGGCGATGTCGGCGGTGGTGCGGTGGCTGGGGGTGTACAGGGAGGTGCTGCTCGTC
GGCGTGCTCTTCTCGTGGTTCCCCAACATCCCCTGGGACCGCCAGCCATTCTCCGCGCTG
CGCGACCTCTGCGACCCCTTCCTCGCGCTCTGCCGCGAGGTCATGCCCCCCGTGTTCGGC
CGCAAGCTCGACCTCAGCCCGCTCATCGCGTTCATGGCCATTGACATCATCATCATGATC
CTTCGCCCGCAGCCACGCATGTGATTGCTCCCGGTGGTTATGGGATTGGAGGATGCTGGT
TGGTAAATTAGGTTTACTATCGGGGCACAGGCTATTTTCGGTCAATCAACAAGGGATGGT
GCTGCTGAATTTTGCAAGACAAGAAATGGTTGGTTGAGTAAAGTTGCAAAGCCAATATAG
TTCTTCTAAAGGTAGCTCAATTTGAGTAATTTCGAGAAGTTTGTTTTCAAGTGTAGCTCT
TCTATGTATGGCACTCGAGGATTGTACAAGTAGTATATGTGCTAGCTACATTTTTTTTTT
GTTTTCTTTGCAAATCTTGCTCTCTGCTCGGATTGGCAGTACATCCTGCACATGCGTTTA
ATGTGATTTCAAATTATTGTATCTTAAGCGTCTAGGCTCATGTTCCTCAACGGTTTGTGA
CAATTCTTCTGGAATCTCAATTAACACAGGCACGAGCTTATATATTCATATACGCT

consensusID : consensus_9227#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 606
fasta sequence

                              [CTTCATCTCCTCCTCCGCCTCCTCGCCTCCCCACCCCTTCTAGAACCTTCCAGAACCCCACAGAGGCGGCGAGATGCACGGCGTCCTCACCTCCCCGTGCCTGCGCCCCCCTCCCCTCCTCCGCCGCGCCTTCCCGAGCCCCGCCACCCGCCTCCTCCCGCCCCAAACCCTAGGCCTCCGCCCGCTCCACCTCCCCCGCGGACTCCGCTCGTCGCCGACGTCGACGTGCGACGCGGCGGAAGACGCCGGATTCGGAGGTGGGAGGGGTGCTGAACCCGCTCTCGACGCTGGACGCCGACCTGCGCAGAGACAACCTCGGGTCGTTGCGCCCACCGGTGTCTCCCGATATGTCGATGTAGTAGCGGAGGCTGCTTCCTTCCTCCGTATCGATGCTCGCCCGCCGGCTCCTTGCCGTTTCATGAGTTCCCGCGTTCACTCGCGTCGCTTTCTCGCGCGGCCACACCTCTGCGACCTCTTCGCCCGTCCTGACCCCTCCCCATGCCCCCCGCGGCCGCCCGCAGACTCCAACTCTGTTCGCTGTGCAGTTCCTCCGCACCCGGCCGATCGCCTGGCCCTCACCCCCCTGTGCGCCTGTCACGCCCGCCT]

[+] EMBL CA754360             [CTTCATCTCCTCCTCCGCCTCCTCGCCTCCCCACCCCTTCTAGAACCTTCCAGAACCCCACAGAGGCGGCGAGATGCACGGCGTCCTCACCTCCCCGTGCCTGCGCCCCCCTCCCCTCCTCCGCCGCGCCTTCCCGAGCCCCGCCACCCGCCTCCTCCCGCCCCAAACCCTAGGCCTCCGCCCGCTCCACCTCCCCCGCGGACTCCGCTCGTCGCCGACGTCGACGTGCGACGCGGCGGAAGACGCCGGATTCGGAGGTGGGAGGGGTGCTGAACCCGCTCTCGACGCTGGACGCCGACCTGCGCAGAGACAACCTCGGGTCGTTGCGCCCACCGGTGTCTCCCGATATGTCGATGTAGTAGCGGAGGCTGCTTCCTTCCTCCGTATCGATGCTCGCCCGCCGGCTCCTTGCCGTTTCATGAGTTCCCGCGTTCACTCGCGTCGCTTTCTCGCGCGGCCACACCTCTGCGACCTCTTCGCCCGTCCTGACCCCTCCCCATGCCCCCCGCGGCCGCCCGCAGACTCCAACTCTGTTCGCTGTGCAGTTCCTCCGCACCCGGCCGATCGCCTGGCCCTCACCCCCCTGTGCGCCTGTCACGCCCGCCT]




>consensus_9227#1
CTTCATCTCCTCCTCCGCCTCCTCGCCTCCCCACCCCTTCTAGAACCTTCCAGAACCCCA
CAGAGGCGGCGAGATGCACGGCGTCCTCACCTCCCCGTGCCTGCGCCCCCCTCCCCTCCT
CCGCCGCGCCTTCCCGAGCCCCGCCACCCGCCTCCTCCCGCCCCAAACCCTAGGCCTCCG
CCCGCTCCACCTCCCCCGCGGACTCCGCTCGTCGCCGACGTCGACGTGCGACGCGGCGGA
AGACGCCGGATTCGGAGGTGGGAGGGGTGCTGAACCCGCTCTCGACGCTGGACGCCGACC
TGCGCAGAGACAACCTCGGGTCGTTGCGCCCACCGGTGTCTCCCGATATGTCGATGTAGT
AGCGGAGGCTGCTTCCTTCCTCCGTATCGATGCTCGCCCGCCGGCTCCTTGCCGTTTCAT
GAGTTCCCGCGTTCACTCGCGTCGCTTTCTCGCGCGGCCACACCTCTGCGACCTCTTCGC
CCGTCCTGACCCCTCCCCATGCCCCCCGCGGCCGCCCGCAGACTCCAACTCTGTTCGCTG
TGCAGTTCCTCCGCACCCGGCCGATCGCCTGGCCCTCACCCCCCTGTGCGCCTGTCACGC
CCGCCT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9227#0      TCCTCTTCGCAAGCCTCCCCCACCTTCATCTCCTCCTCCGCCTCCTCGCCTCCCCACCCC 60
consensus_9227#1      -----------------------CTTCATCTCCTCCTCCGCCTCCTCGCCTCCCCACCCC 37
                                             *************************************

consensus_9227#0      TTCTAGAACCTTCCAGAACCCCAGAGAGGCGGCGAGATGCACGGCGTCCTCACCTCCCCG 120
consensus_9227#1      TTCTAGAACCTTCCAGAACCCCACAGAGGCGGCGAGATGCACGGCGTCCTCACCTCCCCG 97
                      *********************** ************************************

consensus_9227#0      TGCCTGCGCCCCCCTCCCCTCCTCCGCCGCGCCTTCCCGAGCCCCGCCACCCGCCTCCTC 180
consensus_9227#1      TGCCTGCGCCCCCCTCCCCTCCTCCGCCGCGCCTTCCCGAGCCCCGCCACCCGCCTCCTC 157
                      ************************************************************

consensus_9227#0      CCGCCCCAAACCCTAGCCCTCCGCCCGCTCCCCCTCCCCCGCGGCCTCCGCTCGTCGCCG 240
consensus_9227#1      CCGCCCCAAACCCTAGGCCTCCGCCCGCTCCACCTCCCCCGCGGACTCCGCTCGTCGCCG 217
                      **************** ************** ************ ***************

consensus_9227#0      CCGCCGCCGCGCGCCGCGGCGGAGG-CGGCGGCTTCGGCGGTGGGCGGGCTGCTGGCCCC 299
consensus_9227#1      ACGTCGACGTGCGACGCGGCGGAAGACGCCGGATTCGGAGGTGGGAGGGGTGCTGAACCC 277
                       ** ** ** *** ********* * ** *** ***** ****** *** *****  ***

consensus_9227#0      GCTCTCGACGCTGGAGGTCGGCCTGCGGAGCGTCAACCTCGCGCCGCTGCGGGCGCCGGT 359
consensus_9227#1      GCTCTCGACGCTGGACGCCGACCTGCGCAGAGACAACCTCGGGTCGTTGCGCCCACCGGT 337
                      *************** * ** ****** ** * ******** * ** ****  * *****

consensus_9227#0      GGCCGCGGCGATGTCGGCGGTGGTGCGGTGGCTGGGGGTGTACAGGGAGGTGCTGCTCGT 419
consensus_9227#1      GTCTCCCGATATGTCGATGTAGTAGCGGAGGCTGCTTCCTTCCTCCGTATCGATGCTCGC 397
                      * *  * *  ******  *  *  **** *****      * *   *    * ****** 

consensus_9227#0      CGGCGTGCTCTTCTCGTGGTTCCCCAACATCCCCTGGGACCGCCAGCCATTCTC-CGCGC 478
consensus_9227#1      CCGCCGGCTC--CTTGCCGTTTCATGAGTTCCCGCGTTCACTCGCGTCGCTTTCTCGCGC 455
                      * **  ****  ** *  *** *   *  ****  *    * *  * *  * ** *****

consensus_9227#0      TGCGCGACCTCTGCGACCCCTTCCTCGCGCTCTGCCGCGAGGTCATGCCCCCCGTGTTCG 538
consensus_9227#1      GGCCACACCTCTGCGACCTCTTCGCC-CGTCCTGACCCCTCCCCATGCCCCCCGCGGCCG 514
                       **   ************ ****  * **  *** * *     *********** *  **

consensus_9227#0      GCCGCAAGCTCGACCTCAGCCCGCTCATCGCGTTCATGGCCATTGACATCATCATCATGA 598
consensus_9227#1      CCCGCAGACTCCAACTCTGTTCGCT-GTGCAGTTCCTCCGCACCCGGCCGATCGCCTGG- 572
                       *****  *** * *** *  ****  *   **** *   **        ***  *  * 

consensus_9227#0      TCCTTCGCCCGCAGCCACGCATGTGATTGCTCCCGGTGGTTATGGGATTGGAGGATGCTG 658
consensus_9227#1      -CCCTCACCCCCCTGTGCGCCTGTCACGCCCGCCT------------------------- 606
                       ** ** *** *     *** *** *   *  **                          

consensus_9227#0      GTTGGTAAATTAGGTTTACTATCGGGGCACAGGCTATTTTCGGTCAATCAACAAGGGATG 718
consensus_9227#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9227#0      GTGCTGCTGAATTTTGCAAGACAAGAAATGGTTGGTTGAGTAAAGTTGCAAAGCCAATAT 778
consensus_9227#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9227#0      AGTTCTTCTAAAGGTAGCTCAATTTGAGTAATTTCGAGAAGTTTGTTTTCAAGTGTAGCT 838
consensus_9227#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9227#0      CTTCTATGTATGGCACTCGAGGATTGTACAAGTAGTATATGTGCTAGCTACATTTTTTTT 898
consensus_9227#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9227#0      TTGTTTTCTTTGCAAATCTTGCTCTCTGCTCGGATTGGCAGTACATCCTGCACATGCGTT 958
consensus_9227#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9227#0      TAATGTGATTTCAAATTATTGTATCTTAAGCGTCTAGGCTCATGTTCCTCAACGGTTTGT 1018
consensus_9227#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9227#0      GACAATTCTTCTGGAATCTCAATTAACACAGGCACGAGCTTATATATTCATATACGCT 1076
consensus_9227#1      ----------------------------------------------------------