cluster # 9369

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Oryza sativa
cluster # 9369 cluster # 9369 Sequences # 6 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_9369#0 length = 418 sequences # 5

consensus_9369#1 length = 412 sequences # 1

consensusID : consensus_9369#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 418
fasta sequence

                              [CCTCTCCTCTCTCGCCATCTCTCTCTCCTCCGATCTGCGCAGCCAGCCGGAGCCACCGCCGCCTCTCTGTCGCCGCCTCGCCCGCGGGGGCTCCGGCGAACGGGCCGCCCGCCTCGACCTCCCCTCCTTCCCGTCGCCGAGCTAGCCTCTCCACGCTGCGCGGGGCCGCCTCCGGCGA-GCAGGCTGGGCCTCGGGCCTCGGGGCCTCATTCCACCGCCCTGCGCCTCTCGGTTCGGATCGGCTTGAAGGTGAAGGTATGGACTTCGGTGATTCTAGACGCAAGCCTAATGTCGTCGGGAAGTTCACCGTAGCTGTTGCACTCACGGTCATGTGCATCATTGTGTTGAAACAGTCGCCTGGTTTTACCAGTACAAGTGTGTTCTCTCGCCATGAAATTGGTGTGACTCATGTGTTGGTG]

[+] EMBL CB651700             [CCTCTCCTCTCTCGCCATCTCTCTCTCCTCCGATCTGCGCAGCCAGCCGGAGCCACCGCCGCCTCTCTGTCGCCGCCTCGCCCGCGGGGGCTCCGGCGAACGGGCCGCCCGCCTCGACCTCCCCTCCTTCCCGTCGCCGAGCTAGCCTCTCCACGCTGCGCGGGGCCGCCTCCGGCGA GCAGGCTGGGCCTCGGGCCTCGGGGCCTCATTCCACCGCCCTGCGCCTCTCGGTTCGGATCGGCTTGAAGGTGAAGGTATGGACTTCGGTGATTCTAGACGCAAGCCTAATGTCGTCGGGAAGTTCACCGTAGCTGTTGCACTCACGGTCATGTGCATCATTGTGTTGAAACAGTCGCCTGGTTTTACCAGTACAAGTGTGTTCTCTCGCCATGAAATTGGTGTGACTCATGTGTTGGTG]
[+] EMBL OSC29071             [             GCCATCTCTCTCTCCTCCGATCTGCGCAG CAGCCGGAGCCACCGCCGCCTCTCTGTCGCCGCCTCGCCCGCGGGGGCTCCGGCGAACGGGCCGNCCGCCTCGACCTCCCCTCCTTCCCGTCGCCGAGCTAGCCTCTCCACGCTGCG GGGGCCGCCTCCGG GATGCAGGCTGGGCCTCGGGACTCGGGGCCTCATTCCACCGNCCTGCGCCTCTCGGTTCGGATCGGCTTGAAGGTGAAGGTATGGACTTCGGTGATTCTAGACGCAAGCCTAATGTCGTC                                                                                                                           ]
[+] EMBL CB662313             [                 TCTCTCTCTCCTCCGATCTGCGCAGCCAGCCGGAGCCACCGCCGCCTCTCTGTCGCCGCCTCGCCCGCGGGGGCTCCGGCGAACGGGCCGCCCGCCTCGACCTCCCCTCCTTCCCGTCGCCGAGCTAGCCTCTCCACGCTGCGCGGGGCCGCCTCCGGCGA GCAGGCTGGGCCTCGGGCCTCGGGGCCTCATTCCACCGCCCTGCGCCTCTCGGTTCGGATCGGCTTGAAGGTGAAGGTATGGACTTCGGTGATTCTAGACGCAAGCCTAATGTCGTCGGGAAGTTCACCGTAGCTGTTGCACTCACGGTCATGTGCATCATTGTGTTGAAACAGTCGCCTGGTTTTACCAGTACAAGTGTGTTCTCTCGCCATGAAATTGGTGTGACTCATGTGTTGGTG]
[+] EMBL CB662314             [                 TCTCTCTCTCCTCCGATCTGCGCAGCCAGCCGGAGCCACCGCCGCCTCTCTGTCGCCGCCTCGCCCGCGGGGGCTCCGGCGAACGGGCCGCCCGCCTCGACCTCCCCTCCTTCCCGTCGCCGAGCTAGCCTCTCCACGCTGCGCGGGGCCGCCTCCGGCGA GCAGGCTGGGCCTCGGGCCTCGGGGCCTCATTCCACCGCCCTGCGCCTCTCGGTTCGGATCGGCTTGAAGGTGAAGGTATGGACTTCGGTGATTCTAGACGCAAGCCTAATGTCGTCGGGAAGTTCACCGTAGCTGTTGCACTCACGGTCATGTGCATCATTGTGTTGAAACAGTCGCCTGGTTTTACCAGTACAAGTGTGTTCTCTCGCCATGAAATTGGTGTGACTCATGTGTTGGTG]
[+] EMBL CB662315             [                 TCTCTCTCTCCTCCGATCTGCGCAGCCAGCCGGAGCCACCGCCGCCTCTCTGTCGCCGCCTCGCCCGCGGGGGCTCCGGCGAACGGGCCGCCCGCCTCGACCTCCCCTCCTTCCCGTCGCCGAGCTAGCCTCTCCACGCTGCGCGGGGCCGCCTCCGGCGA GCAGGCTGGGCCTCGGGCCTCGGGGCCTCATTCCACCGCCCTGCGCCTCTCGGTTCGGATCGGCTTGAAGGTGAAGGTATGGACTTCGGTGATTCTAGACGCAAGCCTAATGTCGTCGGGAAGTTCACCGTAGCTGTTGCACTCACGGTCATGTGCATCATTGTGTTGAAACAGTCGCCTGGTTTTACCAGTACAAGTGTGTTCTCTCGCCATGAAATTGGTGTGACTCATGTGTTGGTG]




>consensus_9369#0
CCTCTCCTCTCTCGCCATCTCTCTCTCCTCCGATCTGCGCAGCCAGCCGGAGCCACCGCC
GCCTCTCTGTCGCCGCCTCGCCCGCGGGGGCTCCGGCGAACGGGCCGCCCGCCTCGACCT
CCCCTCCTTCCCGTCGCCGAGCTAGCCTCTCCACGCTGCGCGGGGCCGCCTCCGGCGAGC
AGGCTGGGCCTCGGGCCTCGGGGCCTCATTCCACCGCCCTGCGCCTCTCGGTTCGGATCG
GCTTGAAGGTGAAGGTATGGACTTCGGTGATTCTAGACGCAAGCCTAATGTCGTCGGGAA
GTTCACCGTAGCTGTTGCACTCACGGTCATGTGCATCATTGTGTTGAAACAGTCGCCTGG
TTTTACCAGTACAAGTGTGTTCTCTCGCCATGAAATTGGTGTGACTCATGTGTTGGTG

consensusID : consensus_9369#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 412
fasta sequence

                              [TCTCTCTCCTCCGATCTGCGCAGCCGGAGCCACCGCCACCGCCACCGCCGCCTCTCTCGCCGCCTCGCGCGCGGGGGCTCCGGCGAACGGGCCGGCCGCGCCTCGTCTTGACCTCCCCTCCTTCCCGTCGCCGAGCTAGCCTCTCCACGCTGCGCGGGGCCTCCTCCGGCGAGCAGGCTGGGCCTCGGGCCTCGGGGCCTCATTCCACCGCCTTGCGTGGCTGCGTCTTGGTTCGGATCGGCTTGAAGGTATGGACTTCGGTGATTCTAGACGCAAGCCTAGTGTCGTCGGGAAGTTCACCGTAGCTGTTGCACTCACGGTCATGTGCATCATTGTGTTGAAACAGTCGCCTGGTTTTACCAGTACAAGTGTGTTCTCTCGCCATGAAATTGGTGTGACTCATGTGTTGGTG]

[+] EMBL CB631055             [TCTCTCTCCTCCGATCTGCGCAGCCGGAGCCACCGCCACCGCCACCGCCGCCTCTCTCGCCGCCTCGCGCGCGGGGGCTCCGGCGAACGGGCCGGCCGCGCCTCGTCTTGACCTCCCCTCCTTCCCGTCGCCGAGCTAGCCTCTCCACGCTGCGCGGGGCCTCCTCCGGCGAGCAGGCTGGGCCTCGGGCCTCGGGGCCTCATTCCACCGCCTTGCGTGGCTGCGTCTTGGTTCGGATCGGCTTGAAGGTATGGACTTCGGTGATTCTAGACGCAAGCCTAGTGTCGTCGGGAAGTTCACCGTAGCTGTTGCACTCACGGTCATGTGCATCATTGTGTTGAAACAGTCGCCTGGTTTTACCAGTACAAGTGTGTTCTCTCGCCATGAAATTGGTGTGACTCATGTGTTGGTG]




>consensus_9369#1
TCTCTCTCCTCCGATCTGCGCAGCCGGAGCCACCGCCACCGCCACCGCCGCCTCTCTCGC
CGCCTCGCGCGCGGGGGCTCCGGCGAACGGGCCGGCCGCGCCTCGTCTTGACCTCCCCTC
CTTCCCGTCGCCGAGCTAGCCTCTCCACGCTGCGCGGGGCCTCCTCCGGCGAGCAGGCTG
GGCCTCGGGCCTCGGGGCCTCATTCCACCGCCTTGCGTGGCTGCGTCTTGGTTCGGATCG
GCTTGAAGGTATGGACTTCGGTGATTCTAGACGCAAGCCTAGTGTCGTCGGGAAGTTCAC
CGTAGCTGTTGCACTCACGGTCATGTGCATCATTGTGTTGAAACAGTCGCCTGGTTTTAC
CAGTACAAGTGTGTTCTCTCGCCATGAAATTGGTGTGACTCATGTGTTGGTG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9369#0      CCTCTCCTCTCTCGCCATCTCTCTCTCCTCCGATCTGCGCAGCC--AGCCGGAGCCACCG 58
consensus_9369#1      -------------------TCTCTCTCCTCCGATCTGCGCAGCCGGAGCCACCGCCACCG 41
                                         *************************  ****   *******

consensus_9369#0      CCGCC----TCTCTGTCGCCGCCTCGCCCGCGGGGGCTCCGGCGAACGGGCCGCCCGC-- 112
consensus_9369#1      CCACCGCCGCCTCTCTCGCCGCCTCGCGCGCGGGGGCTCCGGCGAACGGGCCGGCCGCGC 101
                      ** **     **** ************ ************************* ****  

consensus_9369#0      -----CTCGACCTCCCCTCCTTCCCGTCGCCGAGCTAGCCTCTCCACGCTGCGCGGGGCC 167
consensus_9369#1      CTCGTCTTGACCTCCCCTCCTTCCCGTCGCCGAGCTAGCCTCTCCACGCTGCGCGGGGCC 161
                           ** ****************************************************

consensus_9369#0      GCCTCCGGCGAGCAGGCTGGGCCTCGGGCCTCGGGGCCTCATTCCACCGCCCTGCGCCTC 227
consensus_9369#1      TCCTCCGGCGAGCAGGCTGGGCCTCGGGCCTCGGGGCCTCATTCCACCGCCTTGCGTGGC 221
                       ************************************************** ****   *

consensus_9369#0      T-CGGTTCGGATCGGCTTGAAGGTGAAGGTATGGACTTCGGTGATTCTAGACGCAAGCCT 286
consensus_9369#1      TGCGTCTTGGTTCGGATCGGCT-TGAAGGTATGGACTTCGGTGATTCTAGACGCAAGCCT 280
                      * **  * ** **** * *    *************************************

consensus_9369#0      AATGTCGTCGGGAAGTTCACCGTAGCTGTTGCACTCACGGTCATGTGCATCATTGTGTTG 346
consensus_9369#1      AGTGTCGTCGGGAAGTTCACCGTAGCTGTTGCACTCACGGTCATGTGCATCATTGTGTTG 340
                      * **********************************************************

consensus_9369#0      AAACAGTCGCCTGGTTTTACCAGTACAAGTGTGTTCTCTCGCCATGAAATTGGTGTGACT 406
consensus_9369#1      AAACAGTCGCCTGGTTTTACCAGTACAAGTGTGTTCTCTCGCCATGAAATTGGTGTGACT 400
                      ************************************************************

consensus_9369#0      CATGTGTTGGTG 418
consensus_9369#1      CATGTGTTGGTG 412
                      ************