cluster # 10076

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 10076 cluster # 10076 Sequences # 13 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_10076#0 length = 595 sequences # 9

consensus_10076#1 length = 484 sequences # 4

consensusID : consensus_10076#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 9
consensus length = 595
fasta sequence

                              [CTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGATGATGATTCGAATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGTTACGGATGTTGATGATATGGATGATAATGATGACGATAATGATGATGATGGAGATGATTCATATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATAAGTTGGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATAATGAC]

[+] EMBL CD118113             [CTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGACTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGACTTTGATGATGGACATGATGGTATGAATGGTGTTGA                                                                                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL CD118093             [CTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGACTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGACTTTGATGATGGAGATGATGGTATGAATGGTGTTGA                                                                                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL CD088730             [    ACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATGGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATCTTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL CD088804             [    ACGATGAGGGCGAATCTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATGGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATGGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL CD155461             [                  TTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATGGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAACAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGACTTTGATGATGGAGATGATGGTATGAATGGTGTCGATGATGATGTGAGTGGAGAAGAGGACGATAAGCGTGA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[-] EMBL CD085648             [                   TTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATG                                                                                                                                                                                                                                            ]
[-] EMBL CD085620             [                   TTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATG                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL CD193346             [                                agGTGACTTTGATGATGGAGATGATGGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ]
[+] EMBL CD195186             [                                                                                                GACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATGGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGACGGAGATGATTGTATGAATGGTGATGATGATGATGATGATGATTCGAATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGTTACGGATGTTGATGATATGGATGATAATGATGACGATAATGATGATGATGGAGATGATTCATATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATAAGTTGGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATAATGAC]




>consensus_10076#0
CTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGT
ATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATC
CTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAAT
GTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAG
ACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGA
TGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGG
TGTTGATGATGATGATGATGATTCGAATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGTTAC
GGATGTTGATGATATGGATGATAATGATGACGATAATGATGATGATGGAGATGATTCATA
TGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGA
TAAGTTGGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATAATGAC

consensusID : consensus_10076#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 484
fasta sequence

                              [TTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGACTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGA-GAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGA-TGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCT-T-GAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGACTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACCAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGCATGA]

[+] EMBL CD191807             [TTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGACTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGA GAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGA TGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCT T GAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGACTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACCAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGCATGA]
[+] EMBL CD134640             [                                       TGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGA GAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGA TGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCT T GAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATGGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTT                                           ]
[+] EMBL CD166291             [                                                                                                                gnatcccccAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTTCTGGA GAATGTGATTTCGATGGTGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGA TGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCT T GAAGATGACCTTG                                                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL CD064133             [                                                                                                                                    tCGATGAGGGCGAATTTATAGCTGGACGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGAGTGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTCTGGAAGATGACCTTGACGATCAGGGCGAATT                                                                                                                                                                                              ]




>consensus_10076#1
TTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGACTGTATGAATGGTGTTGATGAT
GATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTG
AAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAG
ATGATTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATG
GTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGC
TGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGACTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAG
TGGAGAAGACGACCAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGAC
CTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGC
ATGA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_10076#0      CTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGT 60
consensus_10076#1      ------------------TTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGACTGT 42
                                         ************************************** ***

consensus_10076#0      ATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATC 120
consensus_10076#1      ATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAGACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATC 102
                       ************************************************************

consensus_10076#0      CTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAAT 180
consensus_10076#1      CTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAAT 162
                       ************************************************************

consensus_10076#0      GTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAG 240
consensus_10076#1      GTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGGTGTTGATGATGATGTGAGTGGAGAAG 222
                       ************************************************************

consensus_10076#0      ACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGA 300
consensus_10076#1      ACGACGAAAAGCGTGATGGTGTGATCCTCTTCACAATGACCTTGAAGATGACCTTGACGA 282
                       ************************************************************

consensus_10076#0      TGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGTATGAATGG 360
consensus_10076#1      TGAGGGCGAATTTATTGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGACTGTATGAATGG 342
                       ************************************************ ***********

consensus_10076#0      TGTTGATGATGATGATGATGATTCGAATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGTTAC 420
consensus_10076#1      TGTTGATGATGATG---------TGAGTGGAGAAGACGACCAAAAGCGTGATGGTGT--- 390
                       **************          ** **  ** ** **  *  *   ***** ***   

consensus_10076#0      GGATGTTGATGATATGGATGATAATGATGACGATAATGATGATGATGGAGATGATTCATA 480
consensus_10076#1      -GATCCTCTTCACA---ATGACCTTGAAGATGACCTTGACGATGAGGGCGA--ATTTAT- 443
                        ***  *  * * *   ****   *** ** **   *** ***** ** **  *** ** 

consensus_10076#0      TGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGA 540
consensus_10076#1      TGCTGGAGAATGTGATTTTGATGATGGAGATGATTGC-ATGA------------------ 484
                       ** **  **   ****  ********  ******    ****                  

consensus_10076#0      TAAGTTGGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATAATGAC 595
consensus_10076#1      -------------------------------------------------------