cluster # 10132

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Schistosoma mansoni
cluster # 10132 cluster # 10132 Sequences # 13 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_10132#0 length = 322 sequences # 6

consensus_10132#1 length = 263 sequences # 5
consensus_10132#2 length = 234 sequences # 2

consensusID : consensus_10132#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 322
fasta sequence

                              [AATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGG]

[+] EMBL CD091802             [AATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGG]
[+] EMBL CD091816             [AATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCAGTGTAGTTGATGTTGTCGG]
[+] EMBL CD091917             [AATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGAGAAGAGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGCTGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTATTTGATGTTGTCGG]
[+] EMBL CD091799             [AATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGG]
[+] EMBL CD091832             [AATCAGTCTGT GATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACAAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGG]
[-] EMBL CD136084             [        TGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCACGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAG                                                                                                                                                          ]




>consensus_10132#0
AATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACTGGACT
GTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATG
GAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCG
GTTCGGATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATG
GCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAG
TCGGTGTAGTTGATGTTGTCGG

consensusID : consensus_10132#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 263
fasta sequence

                              [GATGACTGGGTGTTACTAGGCACGCGGTGTAGTTGATGT-TGTCGGTTCGAATGATTGACTGG-ACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGAATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGT-TGTGTGATCCT]

[+] EMBL CD134273             [GATGACTGGGTG TACTAGGCACGCGGTGTAGTTGATGT TGTCGGTTCGAATGA TGACTGG ACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGAATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGT TGTGTGATC  ]
[+] EMBL CD134215             [          TGTTACTAGGCACGCGGTGTAGTTGATGT TGTCGGTTCGAATGATTGACTGG ACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGAATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGT TGTGTGATC  ]
[+] EMBL CD134316             [          TGTTACTACGCACGCGGTGTCATTGATGTGTG CGGTTCGAATGATTGACTGG ACTGTTCGGACCGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGAATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGT TGTGTGATC  ]
[+] EMBL CD134286             [                            GTATTTGATGT TGTCGGTTCGAATGATTGACTGGCAC GTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGAATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGACGTGGATGGCTCGGT TGTGTGATC  ]
[+] EMBL CD134279             [                                                                                                                                                                                   TGTTGTCGGTTCGAATGATTGACTGGACTGTTCGAACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTATGTGTGATCCT]




>consensus_10132#1
GATGACTGGGTGTTACTAGGCACGCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGAATGATTGACT
GGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATC
CGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGT
TGTCGGTTCGAATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGT
GGATGGCTCGGTTGTGTGATCCT

consensusID : consensus_10132#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 234
fasta sequence

                              [CTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGGTTGTGATGTGGATGTGGTTTGTTGATACTGAGTTGGTTGAGTGATGATATCAGTGGTTGGTGGAATGGATGTGGAATCGGAATGGACACCTGTTTGCATTGN]

[+] EMBL CD092438             [CTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGGTTGTGATGTGGATGTGGTTTGTTGATACTGAGTTGGTTGAGTGATGATATCAGTGGTTGGTGGAATGGATGTGGAATCGGAATGGACACCTGTTTGCATTGN]
[+] EMBL CD092303             [CTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTAAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGGTTGTGATGTGGATGTGGTTTagtg                                                                              ]




>consensus_10132#2
CTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACTGGACTGTTCGGA
CGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACT
AGTCACGATCGGTTGTGATGTGGATGTGGTTTGTTGATACTGAGTTGGTTGAGTGATGAT
ATCAGTGGTTGGTGGAATGGATGTGGAATCGGAATGGACACCTGTTTGCATTGN

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_10132#0      ----AATCAGT-CTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACT 55
consensus_10132#1      GATGACTGGGTGTTACTAGGCACGCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGAATGATTGACT 60
consensus_10132#2      ------------CTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGGTTCGGATGATTGACT 48
                                    *       *  ************************* **********

consensus_10132#0      GGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATC 115
consensus_10132#1      GGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATC 120
consensus_10132#2      GGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGTGGATGGCTCGGTTGTGTGATC 108
                       ************************************************************

consensus_10132#0      CGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGT 175
consensus_10132#1      CGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGGATGAGTCGGTGTAGTTGATGT 180
consensus_10132#2      CGATGGAACACTAGTCACGATCGGTTG--TGATGTGGATGTGGTTTGTTGATACTGA--- 163
                       *********************** *       * **    **  * * **    ***   

consensus_10132#0      TGTCGGTTCGGATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGT 235
consensus_10132#1      TGTCGGTTCGAATGATTGACTGGACTGTTCGGACGGAATGTGTGTGCTGGTTTGTGAAGT 240
consensus_10132#2      -GTTGGTT-GAGTGATGATATCAGTGGTT--GGTGGAATGGATGTG--GAATCG--GAAT 215
                        ** **** *  ****    *     ***  *  ******  ****  *  * *   * *

consensus_10132#0      GGATGGCTCGGTTGTGTGATCCGATGGAACACTAGTCACGATCGATGAATCAGTCTGTGG 295
consensus_10132#1      GGATGGCTCGGTTGTGTGATCCT------------------------------------- 263
consensus_10132#2      GGACA-CCTGTTTGCATTGN---------------------------------------- 234
                       ***   *  * ***  *                                           

consensus_10132#0      ATGAGTCGGTGTAGTTGATGTTGTCGG 322
consensus_10132#1      ---------------------------
consensus_10132#2      ---------------------------