cluster # 1021

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Schistosoma mansoni
cluster # 1021 cluster # 1021 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_1021#0 length = 616 sequences # 1

consensus_1021#1 length = 335 sequences # 1

consensusID : consensus_1021#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 616
fasta sequence

                              [GAAACATTATATGTCAACATTTAACTGTAAATGCTATTATTCATTCATTCATCGCTGAGTCTTTTGGATTAATTTTATTTAAACATTTTGATCTGAATAAATGCTGATTGTTATTTCTGTTTCAATAATTATATTTATTTACTGTACATTTTAGTGCTTGCATCTTGTATAAAATCAATAAAATACATCATACTGTTAACTATTTCATAAACGTGTCACTATTGTAATTTACACTATTTATCTTTTCGCTGTAAGTTTTGGACACGTTTACAATGTGAATATCAGTTATGATTAGAATTATTATTGTATTTCAGTGCCTTATCGAATTATCAGCTTATATCCATCTATCTATTTACGCTGTGTGTGTATGAAACTGTTTTGTGAATGTTTAAGGTATTTCCGTTTTGTATGTTTCTGCCGCTTTTACTGTTCTCATTGTTTAAAATTTTGACACCTATAGCATTTTCGTTGGCAGTTGTTGTTCAAACTTGTTATACGATTGAAACGAAGAGAGAGGGTCGGTACAGAGTTCCGTTGTTCATGCGTTATTTTATTTAATCTTAATTATAACAATAATGATTTTTGCTTGTAGAAAAAAACCCACTTCAGCCCCACA]

[+] EMBL CD082126             [GAAACATTATATGTCAACATTTAACTGTAAATGCTATTATTCATTCATTCATCGCTGAGTCTTTTGGATTAATTTTATTTAAACATTTTGATCTGAATAAATGCTGATTGTTATTTCTGTTTCAATAATTATATTTATTTACTGTACATTTTAGTGCTTGCATCTTGTATAAAATCAATAAAATACATCATACTGTTAACTATTTCATAAACGTGTCACTATTGTAATTTACACTATTTATCTTTTCGCTGTAAGTTTTGGACACGTTTACAATGTGAATATCAGTTATGATTAGAATTATTATTGTATTTCAGTGCCTTATCGAATTATCAGCTTATATCCATCTATCTATTTACGCTGTGTGTGTATGAAACTGTTTTGTGAATGTTTAAGGTATTTCCGTTTTGTATGTTTCTGCCGCTTTTACTGTTCTCATTGTTTAAAATTTTGACACCTATAGCATTTTCGTTGGCAGTTGTTGTTCAAACTTGTTATACGATTGAAACGAAGAGAGAGGGTCGGTACAGAGTTCCGTTGTTCATGCGTTATTTTATTTAATCTTAATTATAACAATAATGATTTTTGCTTGTAGAAAAAAACCCACTTCAGCCCCACA]




>consensus_1021#0
GAAACATTATATGTCAACATTTAACTGTAAATGCTATTATTCATTCATTCATCGCTGAGT
CTTTTGGATTAATTTTATTTAAACATTTTGATCTGAATAAATGCTGATTGTTATTTCTGT
TTCAATAATTATATTTATTTACTGTACATTTTAGTGCTTGCATCTTGTATAAAATCAATA
AAATACATCATACTGTTAACTATTTCATAAACGTGTCACTATTGTAATTTACACTATTTA
TCTTTTCGCTGTAAGTTTTGGACACGTTTACAATGTGAATATCAGTTATGATTAGAATTA
TTATTGTATTTCAGTGCCTTATCGAATTATCAGCTTATATCCATCTATCTATTTACGCTG
TGTGTGTATGAAACTGTTTTGTGAATGTTTAAGGTATTTCCGTTTTGTATGTTTCTGCCG
CTTTTACTGTTCTCATTGTTTAAAATTTTGACACCTATAGCATTTTCGTTGGCAGTTGTT
GTTCAAACTTGTTATACGATTGAAACGAAGAGAGAGGGTCGGTACAGAGTTCCGTTGTTC
ATGCGTTATTTTATTTAATCTTAATTATAACAATAATGATTTTTGCTTGTAGAAAAAAAC
CCACTTCAGCCCCACA

consensusID : consensus_1021#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 335
fasta sequence

                              [GGACCAATTTATAAAATAATGATTTTGTCCATAATTCTGAAGGGATGCAGTAAATCCCTAAACCAGCTTAAAGTTTCATCCTTTTAAAATAAAAAAATTTTCCTTAAGTGGGGGGTATTTTCAATTGAAAATAGGGTATGATGCAATTCGTTAGGGGGCGTTTTTTTCGCAAACATATCCTTGTTGATTAGTGGCCCCAACCAAAAACAGGGGGTCCTAAAAGTCCAATTTTGAATGGGCACCAAAATGAAAATAAGGGGAGACATTTTAAAATTTTTTTAGGAAAATGATGCTTAGTCTAAGTAAATTACAATTTTATTGCTTTTAACATTGAT]

[+] EMBL CD075741             [GGACCAATTTATAAAATAATGATTTTGTCCATAATTCTGAAGGGATGCAGTAAATCCCTAAACCAGCTTAAAGTTTCATCCTTTTAAAATAAAAAAATTTTCCTTAAGTGGGGGGTATTTTCAATTGAAAATAGGGTATGATGCAATTCGTTAGGGGGCGTTTTTTTCGCAAACATATCCTTGTTGATTAGTGGCCCCAACCAAAAACAGGGGGTCCTAAAAGTCCAATTTTGAATGGGCACCAAAATGAAAATAAGGGGAGACATTTTAAAATTTTTTTAGGAAAATGATGCTTAGTCTAAGTAAATTACAATTTTATTGCTTTTAACATTGAT]




>consensus_1021#1
GGACCAATTTATAAAATAATGATTTTGTCCATAATTCTGAAGGGATGCAGTAAATCCCTA
AACCAGCTTAAAGTTTCATCCTTTTAAAATAAAAAAATTTTCCTTAAGTGGGGGGTATTT
TCAATTGAAAATAGGGTATGATGCAATTCGTTAGGGGGCGTTTTTTTCGCAAACATATCC
TTGTTGATTAGTGGCCCCAACCAAAAACAGGGGGTCCTAAAAGTCCAATTTTGAATGGGC
ACCAAAATGAAAATAAGGGGAGACATTTTAAAATTTTTTTAGGAAAATGATGCTTAGTCT
AAGTAAATTACAATTTTATTGCTTTTAACATTGAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1021#0      GAAACATTATATGTCAACATTTAACTGTAAATGCTATTATTCATTCATTCATCGCTGAGT 60
consensus_1021#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1021#0      CTTTTGGATTAATTTTATTTAAACATTTTGATCTGAATAAATGCTGATTGTTATTTCTGT 120
consensus_1021#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1021#0      TTCAATAATTATATTTATTTACTGTACATTTTAGTGCTTGCATCTTGTATAAAATCAATA 180
consensus_1021#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1021#0      AAATACATCATACTGTTAACTATTTCATAAACGTGTCACTATTGTAATTTACACTATTTA 240
consensus_1021#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1021#0      TCTTTTCGCTGTAAGTTTTGGACACGTTTACAATGTGA--ATATCAGTTATGATTA-GAA 297
consensus_1021#1      -------------------GGACCAATTTATAAAATAATGATTTTGTCCATAATTCTGAA 41
                                         ****   **** **  * *  ** *     ** ***  ***

consensus_1021#0      TTATTATTGTA--TTTCAGTGCCTTATCGAATTATCAGCTTATATCCATCTATCTATTTA 355
consensus_1021#1      GGGATGCAGTAAATCCCTAAACCAGCTTAAAGTTTCATCCTTTTAAAATAAAAAAATTTT 101
                          *   ***  *  *    **   *  ** * *** * * *    **  *   **** 

consensus_1021#0      CGCTGTGTGTGTATGAAACTGTTTTGTGAAT---GTTTAAGGTATTTCCGTTTTGTATGT 412
consensus_1021#1      CCTTAAGTGGGGGGTATTTTCAATTGAAAATAGGGTATGATGCAATTCGTTAGGGGGCGT 161
                      *  *  *** *    *   *   ***  ***   ** * * * * ***  *   *   **

consensus_1021#0      TTCTGCCGCTTTTACTGTTCTCATTGTTTAAAATTTTGACACCTATAGCATTTTCGTTGG 472
consensus_1021#1      TTTTTTCGCAAACA-TATCCTTGTTGATTAGTGGCCCCA-ACCAAAAACA-----GGGGG 214
                      ** *  ***    * * * **  *** ***        * *** * * **     *  **

consensus_1021#0      CAGTTGTTGTTCAAACTTGTTATACGATTGAAACGAAGAGAGAGGGT--CGGTACAGAGT 530
consensus_1021#1      TCCTAAAAGTCCAATTTTGAATGGGCACCAAAATGAAAATAAGGGGAGACATTTTAAAAT 274
                         *    ** ***  ***       *   *** *** * *  ***   *  *  * * *

consensus_1021#0      TCCGTTGTTCATGCGTTATTTTATTTAATCTTAATTATAACAATAATGATTTTTGCTTGT 590
consensus_1021#1      TTTTTTAGGAAAATGATGCTTAGTCTAAG-TAAATTACAATTTTATTGCTTTTAACATTG 333
                      *   **    *   * *  **  * ***  * ***** **   ** ** ****  * *  

consensus_1021#0      AGAAAAAAACCCACTTCAGCCCCACA 616
consensus_1021#1      AT------------------------ 335
                      *