|
These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_10515#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 16 consensus length = 852 fasta sequence
[CGATAGTATCATAACTGTAACTTGTGTAACACAAATGGATCATTGCTACAGTCATGTGCTTTTCCTTGTAGTCTTCCTTCTACAGAGTCTACAGAAAAATTGATGACAAATTCCCCGACATATGATAATTGGATACAGGCTAAAAAGGTATCCGAACACAATGCTATCTATTCAGACACTTTATTTCCATCCATTCCTGCTGTGCTACCCGATATTAGTAATGCATTGAAACAA-GATGATTTACCTCCAC-ATTTATCTA-GTCAGTTCATGACCAACATATTTAATGCTGTTTTTAATTCCCAATCGAGTATGAACAATAATGAATCAACTGGAGCATATGACAAATCCTCAACAAAATCTCCAGCTTCTGTGTTTGACTTCAGTCAGTTTGTTAACCATCTTTATCATCAATCCTCTGGGTTTTTAGATATAAATGCCCATAATCCTAATCAGTGGTCCACTAGGGTCAATATACCATTTGTTTGTACACAAAGTGAGGTTTTAGATGCTTCTATTTATTCAAGTTCATTAGCACCAATCTCTAACACATTAACTTTTGGAAAATATGGATCTAA-AATGAGTTCTCTACCT-ACTAGCAATGACTATCAACAACATCAGAAAGTGGCCTTTAGCACAAATAATAATAATTCTACTAATA-CTAATAATAGTAGTTTCTGCTGCAACACAGGCCTAACCGATATGGATTCACATCCTACTTCAACTAATTCAGCTTTCTCATTTACATGGCAACTCGACGATCCCGCTATCGTATCTAGTCGGTTATCAACTTCAAATTCTACAGTGAAAAATAATCAAATCTCATCTACATGGAAATATCTACAGATTTACTAG]
[+] EMBL CD113902 [CGATAGTATCATAACTGTAACTTGTGTAACACAAATGGATCATTGCTACAGTCATGTGCTTTTCCTTGTAGTCTTCCTTCTACAGAGTCTACAGAAAAATTGATGACAAATTCCCCGACATATGGTAATTGGATACAGGCTAAAAAGGTATCCGAACACAATGCTATCTATTCAGACACTTTATTTCCATCCATTCCTGCTGTGCTACCCGATATTAGTAATGCATTGAAACAA GATGATTTACCTCCAC ATTTATCTA GTCAGTTCATGACCAACATATTTAATGCTGTTTTTAATTCCCAATCGAGTATGAACAATAATGAATCAACAGGAGCATATGACAAATCCTCAACAAAATCTCCAGCTTCTGTGTTTGACTTCAGTCAGTTTGTTAACCATCTTTATCATCAATCCCCTGGGTTTTTAGATATAAATGCCCATAATCCTAATCAGTGGTCCACTAGGGTCAATATACCATTTGTTTGTACACAAAGTGAGGTTTTAGATGCTTCTATTTATTCAAGT ]
[+] EMBL CD113709 [ GTAACCTGTGTAAC CAAATGGATCATTGCTACAGTCATGTGCTTTTCCTTGTAGTCTTCCTTCTACAGAGTCTACAGAAAAATTGATGACAAATTCCCCGACATATGATAATTGGATACAGGCTAAAAAGGTATCCGAACACAATGCTATCTATTCAGAAACTTTATTTCCATCCATTCCTGCTGTGCTACCCGATATTAGTAATGCATTGAAACAA GATGATTTACCTCCAC ATTTATCTA GTCAGTTCATGACCAACATATTTAATGCTGTTTTTAATTCCCAATCGAGTATGAACAATAATGAATCAACTGGAGCATATGACAAATCCTCAACAAAATCTCCAGCTTCTGTGTTTGACTTCAGTCAGTTTGTTAACCATCTTTATCATCAATCCTCTGGGTTTTTAGATATAAATGCCCATAATCCTAATCAGTGGTCCACTAGGGTCAATATACCATTTGTTTGTACACCAAGTGAGGTTTTAGATGCTTCTATTTATTCCAG ]
[+] EMBL CD113839 [ TACCTTGTGTAACACAAATGGATCATTGCTACAGTCATGTGCTTTTCCTTGTAGTCTTCCTTCTACAGAGTCTACAGAAAAATTGATGACAAATTCCCCGACATATGATAATTGGATACAGGCTAAAAAGGTATACGAACACAATGCTATCTATTCAGACACTTTATTTCCATCCATTCCTGCTGTGCTACCCGATATTAGTAATGCATTGAAACAA GATGATTTACCTCCAC ATTTATCTA GTCAGTTCATGACCAACATATTTAATGCTGTTTTTAATTCCCAATCGAGTATGAACAATAATGAATCAACTGGAGCATATGACAAATCCTCAACAAAATCTCCAGCTTCTGTGTTTGACTTCAGTCAGTTTGTTAACCATCTTTATCATCAATCCTCTGGGTTTTTAGATATAAATGCCCATAATCCTAATCAGTGGTCCACT ]
[+] EMBL CD113721 [ GGATCATTGCTACAGTCATGTGCTTTTCCTTGTAGTCTTCCTTCTACAGAGTCTACAGAAAAATTGATGACAAATTCCCCGACATATGATAATTGGATACAGGCTAAAAAGGTATCCGAACACAATGCTATCTATTCAGACAATTTATTTCCATCCATTCCTGCTGTGCTACCCGATATTAGTAATGCATTGAAACAA GATGATTTACCTCCAC ATTTATCTA GTCAGTTCATGACCAACATATTTAATGCTGTTTTTAATTCCCAATCGAGTATGAACAATAATGAATCAACTGGAGCATATGACAAATCCTCAACAAAATCTCCAGCTTCTGTGTTTGACTTCAGTCAGTTTGTTAACCATCTTTATCATCAATCCTCTGGGTTTTTAGATATAAATGCCCATAATCCTAATCAGTGGTCCACTAGGGTCAATATACCATTTGTTTGTACACAAAGTGAGGTTTTAGATGCTTC ]
[+] EMBL BF936882 [ ATCATTGCTACAGTCATGTGCTTTTCCTTGTAGTCTTCCTTCTACAGAGTCTACAGAAAAATTGATGACAAATTCCCCGACATATGATAATTGGATACAGGCTAAAAAGGTATCCGAACACAATGCTATCTATTCAGACACTTTATTTCCATCCATTCCTGCTGTGCTACCCGATATTAGTAATGCATTGAAACAA GATGATTTACCTCCAC ATTTATCTA GTCAGTTCATGACCAACATATTTAATGCTGTTTTTAATTCCCAATCGAGTATGAACAATAATGAATCAACTGGAGCATATGACAAATCCTCAACAAAATCTCCAGCTTCTGTGTTTGACTTCAGTCAGTTTGTTAACCATCTTTATCATCAATCCTCTGGGTTTTTAGATATAAATGCCCATAATCCTAATCAGTGGTCCACTAGGGTCAATATACCATTTGTTTGTACACAAAGTGAGGTTTTAGATGCTTCTATTTATTCAAGTTCATTAGCACCAATCTCTAACACATTAACTTTTGGAAAATATGGATCTAA AATGAGTTCTCTACCT ACTAGCAATGACTATCAACAACATCAGAAAGTGGCCTTTAGCACAAATAATAATAATTCTACTAATACCTAAT ATAGTAGTTTCTGCTGCAACACAAGCCTAACCGATATGGATTCACATCCTACTTCAACTAATTCAGCTTTCTCATTTACATGGCAACTCGA ]
[+] EMBL AI976405 [ ATCATTGCTACAGTCATGTGCTTTTCCTTGTAGTCTTCCTTCTACAGAGTCTACAGAAAAATTGATGACAAATTCCCCGACATATGATAATTGGATACAGGCTAAAAAGGTATCCGAACACAATGCTATCTATTCAGACACTTTATTTCCATCCATTCCTGCTGTGCTACCCGATATTAGTAATGCATTGAAACAA GATGATTTACCTCCAC ATTTATCTA GTCAGTTCATGACCAACATATTTAATGCTGTTTTTAATTCCCAATCGAGTATGAACAATAATGAATCAACTGGAGCATATGACAAATCCTCAACAAAATCTCCAGCTTCTGTGTTTGACTTCAGTCAGTTTGTTAACCATCTTTATCATCAATCCTCTGGGTTTTTAGATATAAATGCCCATAATCCTAATCAGTGGTCCACTAGGGTCAATATACCATTTGTTTGTACACAAAGTGAGGTTNTAGATGCTTCTATNTATTCAAGTTCATTAGCACCAATCTCTAACACATTAACTNTTGGAAAATATGGATCTAANAATGAG TCTCTACCTNACTAGC ATGACTATC ]
[-] EMBL CD163796 [ GATGACAAATTCCCCGACATATGATAATTGGATACAGGCTAAAAAGGTATCCGAACACAATGCTATCTATTCAGACACTTTATTTCCATCCATTCCTGCTGTGCTACCCGATATTAGTAATGCATTGAAACAA GATGATTTACCTCCAC ATTTATCTA GTCAGTTCATGACCAACATATTTAATGCTGTTTTTAATTCCCAATCGAGTATGAACAATAATGAATCAACTGGAGCATATGACAAATCCTCAACAAAATCTCCAGCTTCTGTGT ]
[-] EMBL CD163900 [ GATGACAAATTCCCCGACATATGATAATTGGATACAGGCTAAGAAGGTATCCGAACACAATGCTATCTATTCAGACACTTTATTTCCATCCATTCCTGCTGTGCTACCCGATATTAGTAATGCATTGAAACAA GATGATTTACCTCCAC ATTTATCTA GTCAGTTCATGACCAACATATTTAATGCTGTTTTTAATTCCCAATCGAGTATGAACAATAATGAATCAACTGGAGCATATGACAAATCCTCAACAAAATCTCCAGCTTCTGTGT ]
[-] EMBL CD163877 [ GATGACAGATTCCCCGACATATGACAATTGGATACAGGCTAAAAAGGTATCCGAACACAATGCTATCTATTCAGACACTTTATTTCCATCCATTCCTGCTGTGCTACCCGATATTAGTAATGCATTGAAACAA GATGATTTACCTCCAT ATTTATCTA GTCAGTTCATGACCAACATATTTAATGCTGTTTTTAATTCCCAATCGAGTATGAACAATAATGAATCAACTGGAGCATATGACAAATCCTCAACAAAATCTCCAGCTTCTGTGT ]
[-] EMBL CD163804 [ GATGACAAATTCCCCGACATATGATAATTGGATACAGGCTAAAAAGGTATCCGAACACAATGCTATCTATTCAGACACTTTATTTCCATCCATTCCTGCTGTGCTACCCGATATTAGTAATGCATTGAAACAA GATGATTTACCTCCAC ATTTATCTA GTCAGTTCATGACCAACATATTTAATGCTGTTTTTAATTCCCAATCGAGTATGAACAATAATGAATCAACTGGAGCATATGACAAATCCTCAACAAAATCTCCAGCTTCTGTGT ]
[+] EMBL AI974957 [ AATTCCCCGACATATGATAATTGGATACAGGCTAAAAAGGTATCCGAACACAATGCTATCTATTCAGACACTTTATTTCCATCCATTCCTGCTGTGCTACCCGATATTAGTAATGCATTGAAACAA GATGATTTACCTCCAC ATTTATCTA GTCAGTTCATGACCAACATATTTAATGCTGTTTTTAATTCCCAATCGAGTATGAACAATAATGAATCAACTGGAGCATATGACAAATCCTCAACAAAATCTCCAGCTTCTGTGTTTGACTTCAGTCAGTTTGTTAACCATCTTTATCATCAATCCTCTGGGTTTTTAGATATAAATGCCCATAATCCTAATCAGTGGTCCACTAGGGTCAATATACCATTTGTTTGTACACAAAGTGAGGTTTTAGATGCTTCTATTTATTCAAGTTCATTAGCACCAATCTCTAACACATTAACTTTTGGAAAATATGGATCTAA AATGAGTTCTCTACCT ACTAGCAATGACTATCAACAACATCAGAAAGTGGCCTTTAGCACAAATAATAATAATTCTACTAATA CTAATAATAGTAGTTTCTGCTGCAACACAGGCCTAACCGATATGGATTCACATNCTACT ]
[+] EMBL AI976662 [ AATTCCCCGACATATGATAATTGGATACAGGCTAAAAAGGTATCCGAACACAATGCTATCTATTCAGACACTTTATTTCCATCCATTCCTGCTGTGCTACCCGATATTAGTAATGCATTGAAACAA GATGATTTACCTCCAC ATTTATCTA GTCAGGTCATGACCAACATATTTAAAGCTGGTTTTAATTCCCAATCGAGTATGAACAATAATGAATCAACTGG ]
[+] EMBL CD113901 [ TGCTATCTATTCAGACACTTTATTTCCATCCATTCCTGCTGTGCTACCCGATATTAGTAATGCTTTGAAACAC GATGATTTACCTCCAC ATTTATCTA GTCAGTTCATGACCAACATATTTAATGCTGTTTTAAATTCCCAATCGAGTATGAACAATAATGAATCAACAGGAGCATATGACAAATCCTCAACAAAATCTCCAGCTTCTGTGTTTGACTTCAGTCAGTTTGTTAACCATCTTTATCATCAATCCc ]
[+] EMBL CD113850 [ AACAANGATGATTTACCTCCACNATTTATCTANGTCAGTTCATGACCAACATATTTAATGCTGTTTTTAATTCCCAATCGAGTATGAACAATAATGAATCAACAGGAGCATATGACAAATCCTCAACAAAATCTCCAGCTTCTGTGTTTGACTTCAGTCAGTTTGTTAACCATCTTTATCATCAATCCCCTGGGTTTTTAGATATTAATGGCCATAATCCTAATCAGTGGTCCACTAGGGT ]
[-] EMBL CD123399 [ AGGGTCAATATACCATTTGTTTGTACACAAAGTGAGGTTTTAGATGCTTCTATTTATTCAAGTTCATTAGCACCAACCTCTAACACATTAACTTTTGGAAAATACGGATCTAA AATGAGTTCTCTACC ]
[-] EMBL CD186333 [ CAACAACATCAGAAAGTGGCCTTTAGCACAAATAATAATAATTCTACTAATA CTAATAATAGTAGTTTCTGCTGCAACACAGGCCTAACCGATATGGATTCACATCCTACTTCAACTAATTCAGCTTCCTCATTTACATGGCAACTCGACGATCCCGCTATCGTATCTAGTCGGTTATCAACTTCAAATTCTACAGTGAAAAATAATCAAATCTCATCTACATGGAAATATCTACAGATTTACTAG]
consensusID : consensus_10515#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 263 fasta sequence
[CGGCACGAGGAATAATAATAATTCTACTAATACTAATAATAGTAGTTTCTGCTGCAACACAGGCCTAACCGATATGGATTCACATCCTACTTCAACTAATTCAGCTTCCTCATTTACATGGCAACTCGACGATCCCGCTATCGTATCTAGTCGGTTATCAACTTCAAATTCTACAGTGAAAAATAATCAAATCTCATCTACATGGAAATTATCTACAGATNTACTAGAACAAATTTGGCGAACCACTCCACATTTCCAATCAT]
[+] EMBL CD078205 [CGGCACGAGGAATAATAATAATTCTACTAATACTAATAATAGTAGTTTCTGCTGCAACACAGGCCTAACCGATATGGATTCACATCCTACTTCAACTAATTCAGCTTCCTCATTTACATGGCAACTCGACGATCCCGCTATCGTATCTAGTCGGTTATCAACTTCAAATTCTACAGTGAAAAATAATCAAATCTCATCTACATGGAAATTATCTACAGATNTACTAGAACAAATTTGGCGAACCACTCCACATTTCCAATCAT]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_10515#0 CGATAGTATCATAACTGTAACTTGTGTAACACAAATGGATCATTGCTACAGTCATGTGCT 60
consensus_10515#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10515#0 TTTCCTTGTAGTCTTCCTTCTACAGAGTCTACAGAAAAATTGATGACAAATTCCCCGACA 120
consensus_10515#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10515#0 TATGATAATTGGATACAGGCTAAAAAGGTATCCGAACACAATGCTATCTATTCAGACACT 180
consensus_10515#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10515#0 TTATTTCCATCCATTCCTGCTGTGCTACCCGATATTAGTAATGCATTGAAACAAGATGAT 240
consensus_10515#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10515#0 TTACCTCCACATTTATCTAGTCAGTTCATGACCAACATATTTAATGCTGTTTTTAATTCC 300
consensus_10515#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10515#0 CAATCGAGTATGAACAATAATGAATCAACTGGAGCATATGACAAATCCTCAACAAAATCT 360
consensus_10515#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10515#0 CCAGCTTCTGTGTTTGACTTCAGTCAGTTTGTTAACCATCTTTATCATCAATCCTCTGGG 420
consensus_10515#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10515#0 TTTTTAGATATAAATGCCCATAATCCTAATCAGTGGTCCACTAGGGTCAATATACCATTT 480
consensus_10515#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10515#0 GTTTGTACACAAAGTGAGGTTTTAGATGCTTCTATTTATTCAAGTTCATTAGCACCAATC 540
consensus_10515#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10515#0 TCTAACACATTAACTTTTGGAAAATATGGATCTAAAATGAGTTCTCTACCTACTAGCAAT 600
consensus_10515#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10515#0 GACTATCAACAACATCAGAAAGTGGCCTTTAGCACAAATAATAATAATTCTACTAATACT 660
consensus_10515#1 --------------------------CGGCACGAGGAATAATAATAATTCTACTAATACT 34
* * * ************************
consensus_10515#0 AATAATAGTAGTTTCTGCTGCAACACAGGCCTAACCGATATGGATTCACATCCTACTTCA 720
consensus_10515#1 AATAATAGTAGTTTCTGCTGCAACACAGGCCTAACCGATATGGATTCACATCCTACTTCA 94
************************************************************
consensus_10515#0 ACTAATTCAGCTTTCTCATTTACATGGCAACTCGACGATCCCGCTATCGTATCTAGTCGG 780
consensus_10515#1 ACTAATTCAGCTTCCTCATTTACATGGCAACTCGACGATCCCGCTATCGTATCTAGTCGG 154
************* **********************************************
consensus_10515#0 TTATCAACTTCAAATTCTACAGTGAAAAATAATCAAATCTCATCTACATGGAAAT-ATCT 839
consensus_10515#1 TTATCAACTTCAAATTCTACAGTGAAAAATAATCAAATCTCATCTACATGGAAATTATCT 214
******************************************************* ****
consensus_10515#0 ACAGATTTACTAG------------------------------------ 852
consensus_10515#1 ACAGATNTACTAGAACAAATTTGGCGAACCACTCCACATTTCCAATCAT 263
****** ******
|
| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||