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These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_10616#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 16 consensus length = 631 fasta sequence
[TTCAAGTAACGCGACCTGTTCATCTAATCTTTCAATAGTTGCTTTTAAATGTGCACGTTCTACAGTTGCATGGGATAAGTGTTCTTTCAAAGTAAGAAACTCTGCATTACTTGCTTTCAACTGATCCGTAGCCATAATCGCTTCCTCTTCAGCTCTTTTTATTCTCTGTAACAACTGAGAATGTAACGAATCTTCACTAACGCTTTGGTTCAGATTAATGAAGTTATCATGCTTTAATTCACTAATTGAATGAAGCATCGAATTTTGATAACTATTTATTACTGCTTCATTGTTATTTCCCATCACTGA-ACTGGTGTGGACTTATTGGATACATGAAGATTATTGAACTGAATCTCACTTAAGATGCGTGGTTCGTTTGCACTACCATATTTTAAACTTTCATCAACCAAAATTTCACCGGATGAAGTTATGTCATTGCCTCGCATATTTTGGTCCAAAGAACAAGTGTTTAGATTTGTTTTACTGAAGGATAATTTGAACTGTTCTAATGAAGCAGTTG-TTTTAGCTAATTGGTTACGCAAATGAGTAATTTCCATATAGGCTTTATGTTTTTGTGCTTCATAATTTTTTTGATGATGACGAATAGCATCTACACTGGAATCCAGTTCAG]
[+] EMBL CD137252 [TTCAAGTAACGCGACCTGTTCATCTAATCTTTCAATAGTTGCTTTTAAATGTGCACGTTCTACAGTTGCATGGGATAAGTGTTCTTTCAAAGTAAGAAACTCTGCATTACTTGCTTTCAACTGATCCGTAGCCATAATCGCTTCCTCTTCAGCTCTTTTTATTCTCTGTAACAACTGAGAATGTAACGAATCTTCACTAACGCTTTGGTTCAGATTAATGAAGTTATCATGCTTTAATTCACTAATTGAATGAAGCATCGAATTTTGATAACTATTTATTACTGCTTCATTGTTATTTCCCATCAATGATACTGGTGTGGACTTATTGGATACATGAAGATTATTGAACTGAATCTCACTTAAGATGCGTGGTTCGTTTGCACTACCATATTTTAAACTTTCATCAACCAAAATTTCACCGGATGAAGTTATGTCATTGCCTCGCATATTTTGGTCCAAAGAACAAGTGTTTAGA ]
[+] EMBL CD132565 [ CTGA ACTGGTGTGGACTTATTGGATACATGAAGATTATTGAACTGAATCTCACTTAAGATGCGTGGTTCGTTTGCACTACCATATTTTAAACTTTCATCAACCAAAATTTCACCGGATGAAGTTATGTCATTGCCTCGCATATTTTGGTCCAAAGAACAAGTGTTTAGATTTGTTTTACTGAAGGATAATTTGAACTGTTCTAATGAAGCAGTTG TTTTAGCTAATTGGTTACGCAAATGAGTAATTTCCATATAGGCTTTATGTTTTTGTGCTTCATAATTTTTTTGATGATGACGAATAGCATCTA ]
[+] EMBL CD132563 [ CTGA ACTGGTGTGGACTTATTGGATACATGAAGATTATTGAACTGAATCTCACTTAAGATGCGTGGTTCGTTTGCACTACCATATTTTAAACTTTCATCAACCAAAATTTCACCGGATGAAGTTATGTCATTGCCTCGCATATTTTGGTCCAAAGAACAAGTGTTTAGATTTGTTTTACTGAAGGATAATTTGAACTGTTCTAATGAAGCAGTTG TTTTAGCTAATTGGTTACGCAAATGAGTAATTTCCATATAGGCTTTATGTTTTTGTGCTTCATAATTTTTTTGATGATGACGAATA ]
[-] EMBL CD132583 [ ATNGGATACATGAANGGTATTGAACTGAATCTCACTTAAGATGCGTGGTTCGTTTGCACTACCATATTTTAAACTTTCATCAACCAAAATTTCACCGGATGAAGTTATGTCATTGCCTCGCATATTTTGGTCCAAAGAACAAGTGTTTAGATTTGTTTTACTGAAGGATAATTTGAGCTGTTCTAATGAAGCAGTTG TTTTAGCTAATTGGTTACGCAAATGAGTAATTTCCATATAGGCTTTATGTTTTTGTGCTTCATAATTTTTTTGATGATGACGAATAGCATCTAC ]
[-] EMBL CD132577 [ AAGATTATTGAACTGAATCTCACTTAAGATGCGTGGTTCGTTTGCACTACCATATTTTAAACTTTCATCAACCAAAATTTCACCGGATGAAGTTATGTCATTGCCTCGCATATTTTGGTCCAAAGAACAAGTGATTAGATTTGTTTTACTGAAGGATAATTTGAACTGTTCTAATGAAGCAGTTG TTTTAGCTAATTGGTTACGCAAATGAGTAATTTCCATATAGGCTTTATGTTTTTGTGCTTCATAATTTTTTTGATGATGACGAATAGCATCTACACTGGAATCCAGTTCAG]
[-] EMBL CD132600 [ AAGATGCGTGGTTCGTTTGCACTACCATATTTTAAACTTTCATCAACCAAAATTTCACCGGATGAAGTTATGTCATTGCCTCGCATATTTTGGTCCAAAGAACAAGTGTTTAGATTTGTTTTACTGAAGGATAATTTGAACTGTTCTAATGAAGCAGTTG TTTTAGCTAATTGGTTACGCAAATGAGTAATTCCCATATAGGCTTTATGTTTTTGTGCTTCATAATTTTTTTGATGATGACGAATAGCATCTAC ]
[-] EMBL CD132566 [ AAGATGCGTGGTTCGTTTGCACTACCATATTTTAAACTTTCACCAACCAAAATTTCACCGGATGAAGTTATGTCATTGCCTCGCATATTTTGGTCCAAAGAACAAGTGTTTAGATTTGTTTTACTGAAGGATAATTTGAACTGTTCTAATGAAGCAGTTG TTTTAGCTAATTGGTTACGCAGATGAGTAATTTCCATATAGGCTTTATGTTTTTGTGCTTCATAATTTTTTTGATGATGACGAATAGCATCTAC ]
[-] EMBL CD132594 [ AAGATGCGTGGTTCGTTTGCACTACCATATTTTAAACTTTCATCAACCAAAATTTCACCGGATGAAGTTATGTCATTGCCTCGCATATTTTGGTCCAAAGAACAAGTGTTTAGATTTGTTTTACTGAAGGATAATTTGAACTGTTCTAATGAAGCAGTTG TTTTAGCTAATTGGTTACGCAAATGAGTAATTTCCATATAGGCTTTATGTTTTTGTGCTTCATAATTTTTTTGATGATGACGAATAGCATCTAC ]
[-] EMBL CD132582 [ AAGATGCGTGGTTCGTTTGCACTACCATATTTTAAACTTTCATCAACCAAAATTTCACCGGATGAAGTTATGTCATTGCCTCGCATATTTTGGTCCAAAGAACAAGTGTTTAGATTTGTTTTACTGAAGAATGATTTGAACTGTTCTAATGAAGCAGTTG TTTTAGCTAATTGGTTACGCAAATGAGTAATTTCCATATAGGCTTTATGTTTTTGTGCTTCATAATTTTTTTGATGATGACGAATAGCATCTAC ]
[-] EMBL CD132552 [ AAGATGCGTGGTTCGTTTGCACTACCATATTTTAAACTTTCATCAACCAAAATTTCACCGGATGAAGTTATGTCATTGCCTCGCATATTTTGGTCCAAAGAACAAGTGTTTAGATTTGTTTTACTGAAGAATGATTTGAACTGTTCTAATGAAGCAGTTG TTTTAGCTAATTGGTTACGCAAATGAGTAATTTCCATATAGGCTTTATGTTTTTGTGCTTCATAATTTTTTTGATGATGACGAATAGCATCTAC ]
[-] EMBL CD132634 [ TTTCATCAACCAAAATTTCTCCGGATGAAGTTATGTCATTGCCTCGCATATTTTGGTCCAAAGAACAAGTGTTTAGATTTGTTTTTCTGAAGAATGATTTGAACTGTTCTAATGAAGCAGTTG TTTTAGCTAATTGGTTACGCAAATGAGTAATTTCCATATAGGCTTTATGTTTTTGTGCCTCATAATTTTTTTGATGATGACGAATAGCATCTACACTGGAATCCAGTTCAG]
[-] EMBL CD132560 [ GGTCCAAAGAACAAGTGTTTAGATTTGTTTTACTGAAGGATAATTTGAACTGTTCTAATGAAGCAGTTG TTTTAGCTAATTGGTTACGCAAGTGAGTAATTTCCATATAGGCTTTATGTTTTTGTGCTTCATAATTTTTTTGATGATGACGAATAGCATCTAC ]
[-] EMBL CD132581 [ tcCTGAAGAAAAATTTGACCTGTT TTATGAAGCAGTTG TTTTAGCTGATTGGTTACGCAAATGAGTAATTTCCATATAGGCTTTATGTTTTTGTGCCTCATAATTTTTTTGATGATGACGAATAGCATCTAC ]
[-] EMBL CD132574 [ TGAACTGTTCTAATGAAGCAGTTG TTTTAGCTAATTGGTTACGCAAATGAGTAATTTCCATATAGGCCTTATGTTTTTGTGCTTCATAATTTTTTTGATGATGACGAATAGCATCTACACTGGAATCCAGTTCAG]
[-] EMBL CD132559 [ TGAACTGTTCTAATGAAGCAGTTG TTTTAGCTGATTGGTTACGCAAATGAGTAATTTCCATATAGGCTTTATGTTTTTGTGCTTCATAATTTTTTTGATGATGACGAATAGCATCTAC ]
[-] EMBL CD132587 [ AGCAGTTGTTTTTAGCTAATTGGTTACGCAAATGAGTAATTTCCATATAGGCTTTATGTTTTTGTGCTTCATAATTTTTTTGATGATGACGAATAGCATCTAC ]
consensusID : consensus_10616#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 346 fasta sequence
[TGTATTTTAATAGATAATTCCGATGTCCTGTTCATCTAATCCTTCAATAGTTGCTTTTAAATTTGCACGTTCTACAGTTGCATGGGATAAGCGTTTTTTTCAAAGTAAGAAACTCTGCATTACTTGCCTTCAACTGATCCATAGCCATAATCGCTTCCTCTTCAGCTCCTTTTATTCTCTGTAACAACTGAGAATGTAACGAATCTTCACTAACACTTTGGTTCGGATTGACGAAGTTATCATGCTTTAATTCACTAATTGAATGAAGTATCGAATTTTGATAACTATTTATTACTGCTTCATTGTTATTTTCCATTAATGATACTGGCGTGGACATATTGGATAC]
[-] EMBL CD137662 [TGTATTTTAATAGATAATTCCGATGTCCTGTTCATCTAATCCTTCAATAGTTGCTTTTAAATTTGCACGTTCTACAGTTGCATGGGATAAGCGTTTTTTTCAAAGTAAGAAACTCTGCATTACTTGCCTTCAACTGATCCATAGCCATAATCGCTTCCTCTTCAGCTCCTTTTATTCTCTGTAACAACTGAGAATGTAACGAATCTTCACTAACACTTTGGTTCGGATTGACGAAGTTATCATGCTTTAATTCACTAATTGAATGAAGTATCGAATTTTGATAACTATTTATTACTGCTTCATTGTTATTTTCCATTAGTGATACTGGCGTGGACATATTGGATAC]
[-] EMBL CD137781 [TGTATTTTAATAGATAATTCCGATGTCCTGTTCATCTAATCCTTCAATAGTTGCTTTTAAATTTGCACGTTCTACAGTTGCATGGGATAAGCGTTTTTTTCAAAGTAAGAAACTCTGCATTACTTGCCTTCAACTGATCCATAGCCATAATCGCTTCCTCTTCAGCTCCTTTTATTCTCTGTAACAACTGAGAATGTAACGAATCTTCACTAACACTTTGGTTCGGATTGACGAAGTTATCATGCTTTAATTCACTAATTGAATGAAGTATCGAATTTTGATAACTATTTATTACTGCTTCATTGTTATTTTCCATTAATGATACTGGCGTGGACATATTGGATAC]
[-] EMBL CD137867 [TGTATTTTAATAGATAATTCCGATGTCCTGTTCATCTAATCCTTCAATAGTTGCTTTTAAATTTGCACGTTCTACAGTTGCATGGGATAAGCGTTTTTTTCAAAGTAAGAAACTCTGCATTACTTGCCTTCAACTGATCCATAGCCATAATCGCTTCCTCTTCAGCTCCTTTTATTCTCTGTAACAACTGAGAATGTAACGAATCTTCACTAACACTTTGGTTCGGATTGACGAAGTTATCATGCTTTAATTCACTAATTGAATGAAGTATCGAATTTTGATAACTATTTATTACTGCTTCATTGTTATTTTCCATTAATGATACTGGCGTGGACATATTGGATAC]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_10616#0 ------------TTCAAGTAACGCGACCTGTTCATCTAATCTTTCAATAGTTGCTTTTAA 48
consensus_10616#1 TGTATTTTAATAGATAATTCCGATGTCCTGTTCATCTAATCCTTCAATAGTTGCTTTTAA 60
** * * *************** ******************
consensus_10616#0 ATGTGCACGTTCTACAGTTGCATGGGATAAGTGTTCTTT-CAAAGTAAGAAACTCTGCAT 107
consensus_10616#1 ATTTGCACGTTCTACAGTTGCATGGGATAAGCGTTTTTTTCAAAGTAAGAAACTCTGCAT 120
** **************************** *** *** ********************
consensus_10616#0 TACTTGCTTTCAACTGATCCGTAGCCATAATCGCTTCCTCTTCAGCTCTTTTTATTCTCT 167
consensus_10616#1 TACTTGCCTTCAACTGATCCATAGCCATAATCGCTTCCTCTTCAGCTCCTTTTATTCTCT 180
******* ************ *************************** ***********
consensus_10616#0 GTAACAACTGAGAATGTAACGAATCTTCACTAACGCTTTGGTTCAGATTAATGAAGTTAT 227
consensus_10616#1 GTAACAACTGAGAATGTAACGAATCTTCACTAACACTTTGGTTCGGATTGACGAAGTTAT 240
********************************** ********* **** * ********
consensus_10616#0 CATGCTTTAATTCACTAATTGAATGAAGCATCGAATTTTGATAACTATTTATTACTGCTT 287
consensus_10616#1 CATGCTTTAATTCACTAATTGAATGAAGTATCGAATTTTGATAACTATTTATTACTGCTT 300
**************************** *******************************
consensus_10616#0 CATTGTTATTTCCCATCACTGA-ACTGGTGTGGACTTATTGGATACATGAAGATTATTGA 346
consensus_10616#1 CATTGTTATTTTCCATTAATGATACTGGCGTGGACATATTGGATAC-------------- 346
*********** **** * *** ***** ****** **********
consensus_10616#0 ACTGAATCTCACTTAAGATGCGTGGTTCGTTTGCACTACCATATTTTAAACTTTCATCAA 406
consensus_10616#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10616#0 CCAAAATTTCACCGGATGAAGTTATGTCATTGCCTCGCATATTTTGGTCCAAAGAACAAG 466
consensus_10616#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10616#0 TGTTTAGATTTGTTTTACTGAAGGATAATTTGAACTGTTCTAATGAAGCAGTTGTTTTAG 526
consensus_10616#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10616#0 CTAATTGGTTACGCAAATGAGTAATTTCCATATAGGCTTTATGTTTTTGTGCTTCATAAT 586
consensus_10616#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10616#0 TTTTTTGATGATGACGAATAGCATCTACACTGGAATCCAGTTCAG 631
consensus_10616#1 ---------------------------------------------
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||