|
These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_10686#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 7 consensus length = 1511 fasta sequence
[GCTATGCTTCGATCTGTTAATTCTAAGTTGGGTGGTTTATTAATTGTTTTGATTTTTCTGTTCGTTTTATGGTTGCCGAGTAGTAAAATAAGTTGTATATATTCTGTTTTTCGGCAGGTTAAATTTTGATTGTTACTAAGGTTCTGTGTAGGGTTAGGGTATATTGGTGCTTGTCATGCTGAATATCCTTATAATCTCATAGCTCAATATTATAGATTTCTGGTGTTGTTTTTATTAACAATTTTTAAGTTTTCAAGTTTTGTTCCGTTACATTATTTTCATATAGCGTAGTCTGTGGTTAAGAAATGATAGGTATTGTATTATTGGGTGGTGGATTATTTATATTAAGCTTGTTATTGTGTCAGTTTCGTTTATTTAAATATATAATTATAGTTGAGAGATTTAAAGTTATCGTGTTATTAGTAAGTTTATTAGATAGAATTAATGGTTGTCGTATGATATTTGTTACGATAATGAGGCTTTTTGTGATAGAAATATCATTAATGTTAATAATTGTAGGTGTAGAGATAAAGGAGGGATGTTTGCGGGTTTCTATTGGTTTATAAAGGGTTTAATTTACAGGTTACTGTTAGGATTGATTGTGTGGTGTCATCAGTATTGTATAGGACTATCCTATTCAA-GGATAAAAATTTGTTTAATAAATGGTTTATTTATACGTGATTGTCTGAGGTTTTTAATGGTATTGTTAGTTGTCACTATAGTTTGAGCTTTTGTAGTGATGGGTTTATCAAGTATAGTGTTATACTTCAGAATGATTAGAGCTATAATAGTATCAGTTGTAAATAAAGCTCTGTTGTTTTGATTTTTTTATGAACTTTCAATTATTAGTGCTT-TGTATTTATTAGTTAAGAAAAGATTATATCCTGAGCGTTATGTCGCTAGATGATATATGATTGGATATGTGTTGTTAAGGGGTGTTCCGTTATTGATTTGTATTCTTTTAGTTAGCTTAAGTGAGGGGGGGTTTAAAATATTATGTTGAGGTAATGATAATAACGAGTTAAGATTACTTTATTTCATAATGGTTAATATGGTTTGTACAAAGATTCCATTAGCTCCTTTTCACAGATGGGTGCCCATAGTTCATGCTGAAGCTAGTAGG-CAGTTAGAGTGATATTAAGAGGGTATATAATGAAGTTAGGTATAGTAGGTGTACTTCGGGTGTGTAGTGGATGGCTAGNTAATGATNATGTATCTAGTGTAGTTGCAGCAATTTTTATGGTNAGCTTAGTATTNATGTGNCGAGCTTATGCTGAAGTTGATCCTAAGCGNTGNATTGGCTGTTTTGAGTTTGTTACATATAGNGGTGAGGGTCGTCCATATCGATTTTCGGGTGANTACAGCCACAGANTTAGTTAGCCNGGNTGTNTTTCCATGGCTCATNGCTGNTCCTGTAAGTNCANCNCCTTATATCCNATATGCATGAGGNCNATNGGTGCATATTGGCCTCGANGGATGNTTAATTTTATCAACTGTATTTNGGTCAGCTA]
[+] EMBL AW016995 [GCTATGCTTCGATCTGTTAATTCTAAGTTGGGTGGTTTATTAATTGTTTTGATTTTTCTGTTCGTTTTATGGTTGCCGAGTAGTAAAATAAGTTGTATATATTCTGTTTTTCGGCAGGTTAAATTTTGATTGTTACTAAGGTTCTGTGTAGGGTTAGGGTATATTGGTGCTTGTCATGCTGAATATCCTTATAATCTCATAGCTCAATATTATAGATTTCTGGTGTTGTTTTTATTAACAATTTTTAAGTTTTCAAGTTTTGTTCCGTTACATTATTTTCATATAGCGTAGTCTGTGGTTAAGAAATGATAGGTATTGTATTATTGGGTGGTGGATTATTTATATTAAGCTTGTTATTGTGTCAGTTTC ]
[+] EMBL BF936523 [ TTAAATTTTGATTGTTACTAAGGTTCTGTGTAGGGTTAGGGTATATTGGTGCTTGTCATGCTGAATATCCTTATAATCTCATAGCTCAATATTATAGATTTCTGGTGTTGTTTTTATTAACAATTTTTAAGTTTTCAAGTTTTGTTCCGTTACATTATTTTCATATAGCGTAGTCTGTGGTTAAGAAATGATAGGTATTGTATTATTGGGTGGTGGATTATTTATATTAAGCTTGTTATTGTGTCAGTTTCGTTTATTTAAATATATAATTATAGTTGAGAGATTTAAAGTTATCGTGTTATTAGTAAGTTTATTAGATAGAATTAATGGTTGTCGTATGATATTTGTTACGATAATGAGGCTTTTTGTGATAGAAATATCATTAATGTTAATAATTGTAGGTGTAGAGATAAAGGAGGGATGTTTGCGGGTTTCTATTGGTTTATAAAGGGTTTAATTTACAGGTTACTGTTAGGATTGATTGTGTGGTGTCATCAGTATTGTATAGGACTATCCTATTCAA GGATAAAAATTTGTTTAATAAATGGTTTATTTATACGTGATTGTCTGAGGTTTTTAATGGTATTGTTAGTTGTCACTATAGTTTGAGCTTTTGTAGTGAT ]
[+] EMBL BF936716 [ TTCGTTTATTTAAATATATAATTATAGTTGAGAGATTTAAAGTTATCGTGTTATTAGTAAGTTTATTAGATAGAATTAATGGTTGTCGTATGATATTTGTTACGATAATGAGGCTTTTTGTGATAGAAATATCATTAATGTTAATAATTGTAGGTGTAGAGATAAAGGAGGGATGTTTGCGGGTTTCTATTGGTTTATAAAGGGTTTAATTTACAGGTTACTGTTAGGATTGATTGTGTGGTGTCATCAGTATTGTATAGGACTATCCTATTCAA GGATAAAAATTTGTTTAATAAATGGTTTATTTATACGTGATTGTCTGAGGTTTTTAATGGTATTGTTAGTTGTCACTATAGTTTGAGCTTTTGTAGTGATGGGTTTATCAAGTATGGTGTTATATTTAAGAATGATTAGAGCTATAATAGTATCAGTTGTAAATAAAGCTCTGTTGTTTTGATTTTTTTATGAACTTTCAATTATTAGTGCTT TGTATTTATTAGTTAAGAAAAGATTATATCCTGAGCGTTATGTCGCTAGATGATATATGATTGGATATGTGTTGTTAAGGGGTGTTCCGTTATTGATTTGTATTCTTTTAGTTAGCTTAAGTGAGGGGGGGTTTAAAATATTATGTTGAGGTAATGATAATAACGAGTTAAGATTACTTTATTTCATAATGGTTAATATGGT ]
[+] EMBL AA559586 [ AGGGTTTAATTTACAGGTTACTGTTAGGGTTGATTGTGTGGTGTCANCAGTATTGTATAGGACTANCCTATNCAAGGGACAAAAATTTGTTTAATAAATGGTTCCTTTATACGTGATTGTCTGAGGTTTTTAATGGTATTGTTAGTTGTTACTATANCTTGAGCTTTTGTAGTGATGGGTTTATCAAGTATAGTGTTATNCTNCANAATGATTAGAGCTATAATAGTATCAGTTGTAAATAAAGCTCTGTTGTTTTGATTTTTTTATGAACTTNCAATTATTA ]
[+] EMBL SM885 [ tcTTTATACGTGATTGTCTGAGGTTTTTAATGGTATTGTTAGTTGTTACTATAGCTTGAGCTTTTGTAGTGATGGGTTTATCAAGTATAGTGTTATACTTCAGAATGATTAGAGCTATAATAGCATCAG ]
[+] EMBL AI021796 [ ACTTTCAATTATTAGTGCTTACGTATTTATTAGTTAAGAAAAGATTATATCCTGAGCGTTATATCGCTAGATGATATATGATTGGATATGTGTTGTTAGGGGGTGTTCCATTATTGATTTGTATTCTTTTAGTTAGTTTGAGTGAGGGGAGGTTTAAAATATTATGTTGAGGTAACGATAGTAACGAGTTAAGGTTACTTTATTTCATAATGGGTATAATGTTTTGTACAAAGATTCCATTAGCTCCTTTTCACAGATGGGTGCCCATAGTTCATGCTGAAGCTAGTAGG CAGTTAGAGTGATATTAAGAGGGTATATA ]
[+] EMBL SM764 [ GGTTGNCCATAGTTCATGCTGAAGCTAGTAGGCCAGTTAGAGTGATATTAAGAGGATATATAATGAAGTTAGGTATAGTAGGTGTACTTCGGGTGTGTAGTGGATGGCTAGNTAATGATNATGTATCTAGTGTAGTTGCAGCAATTTTTATGGTNAGCTTAGTATTNATGTGNCGAGCTTATGCTGAAGTTGATCCTAAGCGNTGNATTGGCTGTTTTGAGTTTGTTACATATAGNGGTGAGGGTCGTCCATATCGATTTTCGGGTGANTACAGCCACAGANTTAGTTAGCCNGGNTGTNTTTCCATGGCTCATNGCTGNTCCTGTAAGTNCANCNCCTTATATCCNATATGCATGAGGNCNATNGGTGCATATTGGCCTCGANGGATGNTTAATTTTATCAACTGTATTTNGGTCAGCTA]
consensusID : consensus_10686#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 8 consensus length = 1362 fasta sequence
[TGGTACGAGATGCCCCCTAAGAAAAATGAACCCTCTAAAAAGAATGCTGAAAAACAGAAGCAGAAGATCGTCGAGGGTAAAACTTTTGGAATGAAAAATAAGAAAGGGGCCAAGCAACAAAAGTTCATTCAACAAGTGCAAAAACAAGTTACTCAAGGTAACAGGTCTGCCAAAGAGTTAGAGCGTGAAAAACAATTGAAGGAAGACAAGAAAAGAGAGAAGCTCGAACTTAATGATTTGTTCAAGCCTGTGTTGGAATTACAAAAGTGTGCGAAAGGGGTTGATCCAAAGTCAGTTCTATGCGTCTTCTTTAAACAGGGTTTATGTGCCAAAGGTGACAAGTGCAAATTTTCCCATGATTTGACTGTTGAACGGAAGGCAGAAAAGCGTGGAATTTATTCTGAGTCTGATAAAACGGATGGTACTATGGATGACTGGGACATAAATAAATTAGAAGAAGTGATTAGCAAAAAGCATGATGCTGATAACAAAGGGTTACCACCCAGTACTATAGTATGTAAGTACTTCATTGAAGCAGTGGAAAATTTCAAGTATGGTTGGTTTTGGGAGTGTCCGAATGGAAAGACATGTCATTACAGACATTCCTTGCCACCTGGTTTCATCTTACAACGAGATAAAAAGAAAATGGAAGAACAAAAGGAGATAATATCCATCGAGGATTTAGTTGAACGGGAGAGGCAAGCTCTTGGACTAAATCAAACCAGAGTTACTTTACATACATTTATGGAATGGAAGAAACGAAAGAGGCTTGAGAAAATCGAGAAACGACATGCTGATAAAGCGATGCGAGAAGCCAGTTATAAACAAGGCCGTTCCGCAGGGATAAGTGGTCGGGAGATCTTTGAGTTTGACCCAGCATTGGTTATGGAGGCGCTGGATGATGATGAGACATCTGGAGTTGTTGACTCTAAAATTCGTGATGATGGAGAAAATGAATATGATGGTCCTGTTAGGGATATTGACTTGAATATGTTTGNGATCGAAGTGCTTGAATATGAGGACAAGGATGATGGAACTGAGTTAACAGGGGATTGTGCTATACCGGAAGTTAGCGAAATTCACGAGAATGGTTATAATACTGATGATGTGGTGATCGATGAAGAATTGTTTGATGAGACAGATCTGGCTGATATTGAAGCTGAGATAACGAATTGGAATTGGAGCGTAGTTNTATCTGCTATATATGTGGNTAGTTTCGNGACATANNGGTNNGTGTCATGGTTATGAGCGATACATATGAGTAGACGAAACTGGCTCATCTAAATGGTNTNCTATTTCAGTCTGTACAAGAGCTNCTTTACTAATNTAATGNGTAATGTGATGCGTTTGACTTGCATTNCA]
[+] EMBL CD151897 [TGGTACGAGATGCCCCCTAAGAAAAATGAACCCTCTAAAAAGAATGCTGAAAAACAGAAGCAGAAGATCGTCGAGGGTAAAACTTTTGGAATGAAAAATAAGAAAGGGGCCAAGCAACAAAAGTTCATTCAACAAGTGCAAAAACAAGTTACTCAAGGTAACAGGTCTGCCAAAGAGTTAGAGCGTGAAAAACAATTGAAGGAAGACAAGAAAAAAGAGAAGCTCGAACTTAATGATTTGTTCAAGCCTGTGTTGGAACTACAAAAGTGTGCGAAAGGGGTTGATCCAAAGTCAGTTCTATGCGTCTTCTTTAAACAGGGTTTATGTGCCAAAGGTGATAAGTGCAAATTTTCCCATGATTTGACTGTTGAACGGAAGGCAGAAAAGCGT ]
[-] EMBL CD180695 [ GGTACGAGATGCCCCCTAAGAAAAATGAACCCTCTAAAAAGAATGCTGAAAAACAGAAGCAGAAGATCGTCGAGGATAAAACTTTTGGAATGAAAAATAAGAAAGGGGCCAAGCAACAAAAGTTCATTCAACAAGTGCAAAAACAAGTTACTCAAGGTAACAGGTCTGCCAAAGAGTTAGAGCGTGAAAAACAATTGAAGGAAGACAAGAAAAAAGAGAAGCTCGAACTTAATGATTTGTTCAAGCCTGTGTTGGAATTACAAAAGTGTGCGAAAGGGGTTGATCCAAAGTCAGTTCTATGCGTCTTCTTTAAACAGGGTTTATGTGCCAAAGGTGATAAGTGCAAATTTTCCC ]
[+] EMBL CD153543 [ TTGAAGGAAGACAAGAAAAGAGAGAAGCTCGAACTTAATGATTTGTTCAAGCCTGTGTTGGAATTACAAAAGTGTGCGAAAGGGGTTGATCCAAAGTCAGTTCTATGCGTCTTCTTTAAACAGGGTTTATGTGCCAAAGGTGACAAGTGCAAATTTTCCCATGATTTGACTGTTGAACGGAAGGCAGAAAAGCGTGGAATTTATTCTGAGTCTGATAAAACGGATGGTACTATGGATGACTGGGACATAAATAAATTAGAAGAAGTGATTAGCAAAAAGCATGATGCTGATAACAAAGGGTTACCACCCAGTACTATAGTATGTAAGTACTTCATTGAAGCAGTGGAAAATTTCAAGTATGGTTGGTTTAGGGAGTGTCCGAATGGAGAGACATGTCATTACAGACATTCCTTGCCACCTGGTTTCATCTTACAACGAGATAAAAAGAAAA ]
[+] EMBL CD153505 [ TTGAAGGAAGACAAGAAAAGAGGGAAGCTCGAACTTAATGATTTGTTCAAGCCTGTGTTGGAATTACAAAAGTGTGCGAAAGGGGTTGATCCAAAGTCAGTTCTATGCGTCTTCTTTAAACAGGGTTTATGTGCCAAAGGTGACAAGTGCAAATTTTCCCATGATTTGACTGTTGAACGGAAGGCAGAAAAGCGTGGAATTTATTCTGAGTCTGATAAAACGGATGGTACTATGGATGACTGGGACATAAATAAATTAGAAGAAGTGATTAGCAAAAAGCATGATGCTGATAACAAAGGGTTACCACCCAGTACTATAGTATGTAAGTACTTCATTGAAGCAGTGGAAAATTTCAAGTATGGTTGGTTTTGGGAGTGTCCGAATGGAAAGACATGTCATTACAGACATTCCTTGCCACCTGGTTTCATCTTACAACGAGATAAAAAGAAAATGGAAGCACA ]
[+] EMBL CD153545 [ TTGAAGGAAGACAAGAAAAGAGAGAAGCTCGAACTTAATGATTTGTTCAAGCCTGTGTTGGAATTACAAAAGTGTGCGAAAGGGGTTGATCCAAAGTCAGTTCTATGCGTCTTCTTTAAACAGGGTTTATGTGCCAAAGGTGACAAGTGCAAATTTTCCCATGATTTGACTGTTGAACGGAAGGCAGAAAAGCGTGGAATTTATTCTGAGTCTGATAAAACGGATGGTACTATGGATGACTGGGACATAAATAAATTAGAAGAAGTGATTAGCAAAAAGCATGATGCTGATAACAAAGGGTTACCACCCAGTACTATAGTATGTAAGTACTTCATTGAAGCAGTGGAAAATTTCAAGTATGGTTGGTTTTGGGAGTGTCCGAATGGAAAGACATGTCATTACAGACATTCCTTGCCACCTGGTTTCATCTTACAAC ]
[+] EMBL CD122101 [ ACTGTTGAACGGAAGGCAGAAAAGCGTGGAATTTATTCTGAGTCTGATAAAACGGATGGTACTATGGATGACTGGGACATAAATAAATTAGAAGAAGTGATTAGCAAAAAGCATGGTGCTGATAACAAAGGGTTACCACCCAGTACTATAGTATGTAAGTACTTCATTGAAGCAGTGGAAAATTTCAAGTATGGTTGGTTTTGGGAGTGTCCGAATGGGAAGACATGTCATTACAGACATTCCTTGCCACCTGGTTTCATCTTACAACGAGATAAAAAGAAAATGGAAGAACAAAAGGAGATAATATCCATCGAGGATTTAGTTGAACGGGAGAGGCAAGCTCTTGGACTAAATCAAACCAGAGTTACTTTGCATACATTTATGGAATGGAAGAAACGAAAGAGGCTTGAGAAAATCGAGAAACGACATGCTGATAAAGCGATGCGAGAAGCCAGTTATAAACAAGGCCGTTCCGCAGGGATAAGTGGTCGGGAGATCTTTGAGTNTGACCCAGCATTGGTTATGGAGGCGCTGGATGATGATGAGACATCTGGAGTTGTTGACTCTAAAATTCGTGATGATGG ]
[+] EMBL CD096484 [ GGGTTACCACCCAGTACTATAGTATGTAAGTACTTCATTGAAGCAGTGGAAAATTTCAAGTATGGTTGGTTTTGGGAGTGTCCGAATGGAAAGACATGTCATTACAGACATTCCTTGCCACCTGGTTTCATCTTACAACGAGATAAAAAGAAAATGGAAGAACAAAAGGAGATAATATCCATCGAGGATTTAGTTGAACGGGAGAGGCAAGCTCTTGGACTAAATCAAACCAGAGTTACTTTACATACATTTATGGAATGGAAGAAACGAAAGAGGCTTGAGAAAATCGAGAAACGACATGCTGATAAAGCGATGCGAGAAGCCAGTTATAAACAAGGCCGTTCCGCAGGGATAAGTGGTCGGGAGATCTTTGAGTTTGACCCAGCATTGGTTATGGAGGCGCTGGATGATGATGAGACATCTGGAGTTGTTGACTCTAAAATTCGTGATGATGGAGAAAATGAATATGATGGTCCTGTTAGGGATATTGACTTGAATATGTTTGNGATCGAAGTGCTTGAATATGAGGACAAGGATGATGGAACTGAGTTAACAGG ]
[+] EMBL CD081961 [ CCCAGTACTATAGTATGTAAGTACTTCATTGAAGCAGTGGAAAATTTCAAGTATTGTTGGTTTTGGGAGTGTCCGAATGGGAAGACATGTCATTACAGACATTCCTTGCCACCTGGTTTCATCTTACAACGAGATAAAAAGAAAATGGAAGAACAAAAGGAGATAATATCCATCGAGGATTTAGTTGAACGGGAGAGGCAAGCTCTTGGACTAAATCAAACCAGAGTTACTTTACATACATTTATGGAATGGAAGAAACGAAAGAGGCTTGAGAAAATCGAGAAACGACATGCTGATAAAGCGATGCGAGAAGCCAGTTATAAACAAGGCCGTTCCGCAGGGATAAGTGGTCGGGAGATCTTTGAGTTTGACCCAGCATTGGTTATGGAGGCGCTGGATGATGATGAGACATCTGGAGTTGTTGACTCTAAAATTCGTGATGATGGAGAAAATGAATATGATGGTCCTGTTAGGGATATTGACTTGAATATGTTTGGGATCGAAGTTCTTGAATATGAGGACAAGGATGATGGAACTGAATTAACAGGGGATTGTGCTATACCGGAAGTTAGCGAAATTCACGAGAATGGTTATAATACTGATGATGTGGTGATCGATGAAGAATTGTTTGATGAGACAGATCTGGCTGATATTGAAGCTGAGATAACGAATTGGAATTGGAGCGTAGTTNTATCTGCTATATATGTGGNTAGTTTCGNGACATANNGGTNNGTGTCATGGTTATGAGCGATACATATGAGTAGACGAAACTGGCTCATCTAAATGGTNTNCTATTTCAGTCTGTACAAGAGCTNCTTTACTAATNTAATGNGTAATGTGATGCGTTTGACTTGCATTNCA]
consensusID : consensus_10686#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 637 fasta sequence
[TTTGTTAACTTACAAGGGAAAAAGAATGATAAGTCTGAAAATCGCAAAATAAACGGGACACTTTCAGTTAACTTACAAGAGAAAAACAGTGGTAAGTGAAACTAATGATCAATTTCATTCCAGTCAAGATAAAACAAACGTTTTCGATGCAAAGACTTCAGGAGAAAGGCTAAAAGTAAACATGCGATGACAGTCACACATCATATTTTCATACCGACTGAGATCAGATGTTGTTATATTCCGGTTTTAACTGCAGTCAAATACATATCTACGACTGTTACCCCTCGTCGAGTGGCATAGGCCGCATACCGGCATTCTCCATTTAATCCTGTCCTGGACAACCCCTTGAAGTTTCGCTCAGTTGTTTTTCTTCCATTTCATATCTGCTTCCATAACATGGCATAATTTGTTCTTTGGCTTTCTTTTCTACACTTCTCTTCCGGATTCCAAGTTAAAGCTTGCCTCGTGATGCAGTTTGGTAATTTTGTTAATGTATGTCCGACCCACTCTCAACGTGTTTTCCTGAATTGCCCTTCAGCTGAAAGCTGATTCGTCTTCTCGTTGCTAAATCTTCCACATATTTACGTTTGTCGGTTCTGATGTTCCTCTTCACTTGCTTGTTTGCCTCTGTATATTC]
[-] EMBL CD154039 [TTTGTTAACTTACAAGGGAAAAAGAATGATAAGTCTGAAAATCGCAAAATAAACGGGACACTTTCAGTTAACTTACAAGAGAAAAACAGTGGTAAGTGAAACTAATGATCAATTTCATTCCAGTCAAGATAAAACAAACGTTTTCGATGCAAAGACTTCAGGAGAAAGGCTAAAAGTAAACATGCGATGACAGTCACACATCATATTTTCATACCGACTGAGATCAGATGTTGTTATATTCCGGTTTTAACTGCAGTCAAATACATATCTACGACTGTTACCCCTCGTCGAGTGGCATAGGCCGCATACCGGCATTCTCCATTTAATCCTGTCCTGGACAACCCCTTGAAGTTTCGCTCAGTTGTTTTTCTTCCATTTCATATCTGCTTCCATAACATGGCATAATTTGTCCTTTGGCTTTCTTTTCTACACTTCTCTTCCGGATTCCAAGTTAAAGCTTGCCTCGTGATGCAGTTTGGTAATTTTGTTAATGTATGTCCGA ]
[+] EMBL CD152739 [ AACGTTTTCGATGCAAAGACTTCAGGAGAAAGGCTAAAAGTAAACATGCGATGACAGTCACACATCATATTTTCATACCGACTGAGATCAGATGTTGTTATATTCCGGTTTTAACTGCAGTCAAATACATATCTACGACTGTTACCCCTCGTCGAGTGGCATAGGCCGCATACCGGCATTCTCCATTTAATCCTGTCCTGGACAACCCCTTGAAGTTTCGCTCAGTTGTTTTTCTTCCATTTCATATCTGCTTCCATAACATGGCATAATTTGTTCTTTGGCCTTCTTTTCTACACTTCTCTTCCGGATTCCAAGTTAAAGCTTGCCTCGTGATGCAGTTTGGTAATTTTGTTAATGTATGTCCGACCCACTCTCAACGTGTTTTCC ]
[+] EMBL CD152704 [ AACGTTTTCGATGCAAAGACTTCAGGAGAAAGGCTAATAGTAAACATGCAATGACAGTCACACATCATATTTTCATACCGACTGAGATCAGATGTTGTTATATTCCGGTTTTAACTGCAGTCAAATACATATCTACGACTGTTACCCCTCGTCGAGTGGCATATGCCGCATACCGGCATTCTCCATTTAATCCTGTCCTGGACAACCCCTTGAAGTTTC ]
[+] EMBL CD146732 [ GTAAACATGCGATGACAGTCACACATCATATTTTCATACCGACTGAGATCAGATGTTGTTATATTCCGGTTTTAACTGCAGTCAAATACATATCTACGACTGTTACCCCTCGTCGAGTGGCATAGGCCGCATACCGGCATTATCCATTTAATCTTGTCCTGGTCAATCCCTTGAAGTTTAGCTCAGTTGTTTTTCTTCCATTTCATATCTGCTTCCATAACATGGCATAATTTGTTCTTTGGCTTTCTTTTCTACACTTCTCTTCCGGATTCCAAGTTAAAGCTTGCCTCGTGATGCAGTTTGGTAATTTTGTTAATGTATGTCCGACCCACTCTCAACGTGTTTTCCTGAATTGCCCTTCAGCTGAAAGCTGATTCGTCTTCTCGTTGCTAAATCTTCCACATATTTACGTTTGTCGGTTCTGATGTTCCTCTTCACTTGCTTGTTTGCCTCTGTATATTC]
consensusID : consensus_10686#3 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 331 fasta sequence
[CATTAATGTTAATAATTGTAGGTGTAGAGATAAAGGAGGGGTGTTTGCGGGTTTCTACTGGTTTATAAAGGGTTTAATNTACAGGTTACTGTTAGGGTTGATTGTGTGGTGTCANCAGTATTGTATAGGACTATCCTATTCAAGGACAAAAATTTGTTTAATAAATNGNTTCTTNATACGTGATTGTCTGAGGTTTTTAATGGTATNGTTAGNTGGNTACTATAGCTTGAGCTTTTGGTAGTGATGGNTTNATCANGTATAGTGTNATACTTCAGAAATGATTAGAGCTATANTAGTATCAGCTGGTAAATAAAGCTCTGNTGGCNTTGGA]
[+] EMBL SM780 [CATTAATGTTAATAATTGTAGGTGTAGAGATAAAGGAGGGGTGTTTGCGGGTTTCTACTGGTTTATAAAGGGTTTAATNTACAGGTTACTGTTAGGGTTGATTGTGTGGTGTCANCAGTATTGTATAGGACTATCCTATTCAAGGACAAAAATTTGTTTAATAAATNGNTTCTTNATACGTGATTGTCTGAGGTTTTTAATGGTATNGTTAGNTGGNTACTATAGCTTGAGCTTTTGGTAGTGATGGNTTNATCANGTATAGTGTNATACTTCAGAAATGATTAGAGCTATANTAGTATCAGCTGGTAAATAAAGCTCTGNTGGCNTTGGA]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_10686#0 GCTATGCTTCGATCTGTTAATTCTAAGTTGGGTGGTTTATTAATTGTTTTGATTTTTCTG 60
consensus_10686#3 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#2 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#0 TTCGTTTTATGGTTGCCGAGTAGTAAAATAAGTTGTATATATTCTGTTTTTCGGCAGGTT 120
consensus_10686#3 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#2 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#0 AAATTTTGATTGTTACTAAGGTTCTGTGTAGGGTTAGGGTATATTGGTGCTTGTCATGCT 180
consensus_10686#3 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#1 TGGTACGAGATGCCCCCTAAGAAAAATGAACCCTCTAAAAAGAATGCTGAAAAACAGAAG 60
consensus_10686#2 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#0 GAATATCCTTATAATCTCATAGCTCAATATTATAGATTTCTGGTGTTGTTTTTATTAACA 240
consensus_10686#3 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#1 CAGAAGATCGTCGAGGGTAAAACTTT-TGGAATGAAAAATAAGAAAGGGGCCAAGCAACA 119
consensus_10686#2 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#0 ATTTTTAAGTTTTCAAGTTTTGTTCCGTTACATTATTTTCATATAGCGTAGTCTGTGGTT 300
consensus_10686#3 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#1 AAAGTTCATTCAACAAGTGCAAAAACAAGTTACTCAAGGTAACAGGTCTGCCAAAGAGTT 179
consensus_10686#2 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#0 AAGAAATGATAGGTATTGTATTATTGGGTGGTGGATTATTTATATTAAGCTTGTTATTGT 360
consensus_10686#3 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#1 AGAGCGTGAAAAACAATTGAAGGAAGACAAGAAAAGAGAGAAGCTCGAACTTAATGATTT 239
consensus_10686#2 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#0 GTCAGTTTCGTTTATTTAAATATATAATTATAGTTGAGAGATTTAAAGTTATCGTGTTAT 420
consensus_10686#3 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#1 GTTCAAGCCTGTGTTGGAATTACAAAAGTGTGCGAAAGGGGTTGATCCAAAGTCAGTTCT 299
consensus_10686#2 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#0 TAGTAAGTTTATTAGATAGAATTAATGGTTGTCGTATGATATTTGTTACGATAATGAGGC 480
consensus_10686#3 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#1 ATGCGTCTTCTTTAAACAGGGTTTATGTGCCAAAGGTGACAAGTGCAAATTTTCCCATGA 359
consensus_10686#2 -TTTGTTAACTTACAAGGGAAAAAGAATGATAAGTCTGAAAATCGCAAAATAAACGGGAC 59
consensus_10686#0 TTT--TTGTGATAGAAATATCATTAA----TGTTAATAATTGTAGGTGTAGAGATAAAGG 534
consensus_10686#3 --------------------CATTAA----TGTTAATAATTGTAGGTGTAGAGATAAAGG 36
consensus_10686#1 TTTGACTGTTGAACGGAAGGCAGAAAAGCGTGGAATTTATTCTGAGTCT-GATAAAACGG 418
consensus_10686#2 ACTTTCAGTT-AACTTACAAGAGAAA--------AACAGTGGTAAGTG--AAACTAATGA 108
* ** * * * ** * ** *
consensus_10686#0 AGGG----ATGTTTG--CGGGTTTCTATTGGTTTATAAAGGGT--TTAATTTACAGGTTA 586
consensus_10686#3 AGGG----GTGTTTG--CGGGTTTCTACTGGTTTATAAAGGGT--TTAATNTACAGGTTA 88
consensus_10686#1 ATGGTACTATGGATGACTGGGACATAAATAAATTAGAAGAAGTGATTAGCAAAAAGCATG 478
consensus_10686#2 TCAATTTCATTCCAG-TCAAGATAAAACAAACGTTTTCGATGC-AAAGACTTCAGGAGAA 166
* * * * * * *
consensus_10686#0 CTGTTAGGATTGATTGTGTGGTGTC-ATCAGTATTGTATAGGACTATCCTATTCAAGGAT 645
consensus_10686#3 CTGTTAGGGTTGATTGTGTGGTGTC-ANCAGTATTGTATAGGACTATCCTATTCAAGGAC 147
consensus_10686#1 ATGCTGATAACAAAGGGTTACCACCCAGTACTATAGTATGTAAGTACTTCATTGAAGCAG 538
consensus_10686#2 AGGCTAAAAGTAAACATGCGATGAC-AGTCACACATCATATTTTCATACCGACTGAGATC 225
* * * * * * ** * **
consensus_10686#0 --AAAAATTTGTTTAATAAATGGTTTATTTA-TACGTGATTGTCTGAG---GTTTTTAAT 699
consensus_10686#3 --AAAAATTTGTTTAATAAATNGNTTCTTNA-TACGTGATTGTCTGAG---GTTTTTAAT 201
consensus_10686#1 TGGAAAATTTCAAGTATGGTTGGTTTTGGGAGTGTCCGAATGGAAAGACATGTCATTACA 598
consensus_10686#2 ---AGATGTTGTTATATT-CCGGTTTTAACTGCAGTCAAATACATATC-----TACGACT 276
* * ** ** * ** * * *
consensus_10686#0 GGTATTGTTAGTTG-TCACTATAGTTTGAGCTTTTG-TAGTGA-----TGGGTTTATCAA 752
consensus_10686#3 GGTATNGTTAGNTGGNTACTATAGCTTGAGCTTTTGGTAGTGA-----TGGNTTNATCAN 256
consensus_10686#1 GACATTCCTTGCCACCTGGTTTCATCTTACAACGAGATAAAAAGAAAATGGAAGAACAAA 658
consensus_10686#2 GTTACCCCTCGTCGAGTGGCATAGGCCGCATACCGG-CATTCT-----CCATTTAATCCT 330
* * * * * * * *
consensus_10686#0 GTATAGTGTTATACTTC-AGAA-TGATTAGAGCTATAATAGTATCAGTTG-TAAATAAAG 809
consensus_10686#3 GTATAGTGTNATACTTC-AGAAATGATTAGAGCTATANTAGTATCAGCTGGTAAATAAAG 315
consensus_10686#1 AGGAGATAATATCCATCGAGGATTTAGTTGAACGGGAGAGGCA--AGCTCTTGGACTAAA 716
consensus_10686#2 GTCCTGGACAACCCCTT-GAAGTTTCGCTCAGTTGTTTTTCTTCCATTTCATATCTGCTT 389
* * * * * * * *
consensus_10686#0 CTCTGTTG-TTTTGATTTTTTTATGAACTTTCAATTATTAGTGCTTTGTATTTATTAGTT 868
consensus_10686#3 CTCTGNTGGCNTTGGA-------------------------------------------- 331
consensus_10686#1 TCAAACCAGAGTTACTTTACATACATTTATGGAATGGAAGAAACGAAAGAGGCTTGAGAA 776
consensus_10686#2 CCATAACA-TGGCATAATTTGTTCTTTGGCTTTCTTTTCTACACTTCTCTTCCGGATTCC 448
consensus_10686#0 AAGAAAAGATTATATCCTGAGCGTTATGTCGCTAGATGATATATGATTGGATATGTGTTG 928
consensus_10686#3 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#1 AATCGAGAAACGACATGCTGATAAAGCGATGCGAGAAGCCAGTTATAAACAAGGCCGTTC 836
consensus_10686#2 AAGTTAAAGCTTGCCTCGTGATGCAGTTTGGTAATTTTGTTAATGTATGTCCGACCCACT 508
consensus_10686#0 TTAAGGGGTGTTCCGTTATTGATTTGTATTCTTTTAGTTAGCTTAAGTGAGGGGGGGTTT 988
consensus_10686#3 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#1 CGCAGGGATAAGTGGTCGGGAGATCTTTGAGTTTGACCCAGCATTGGTTATGGAGGCGCT 896
consensus_10686#2 CTCAACGTGTTTTCCTGAATTGCCCTTCAGCTGAAAGCTG--ATTCGTCTTCTCGTTGCT 566
consensus_10686#0 AAAATATTATGTTGAGGTAATGATAATAACGAGTTAAGATTACTTTATTTCATAA--TGG 1046
consensus_10686#3 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#1 GGATGATGATGAGACATCTGGAGTTGTTGACTCTAAAATTCGTGATGATGGAGAAAATGA 956
consensus_10686#2 AAATCTT--CCACATATTTACGTTTGTCGGTTCTGATGTTCCTCTTCACTTGCTTGTTTG 624
consensus_10686#0 TTAATATGGTTTGTACAAAGATTCCATTAGCTCCTTTTCACAGATGGGTGCCCATAGTTC 1106
consensus_10686#3 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#1 ATATGATGGTCCTGTTAGGGATATTGACTTGAATATGTTTGNGATCGAAGTGCTTGAATA 1016
consensus_10686#2 CCTCTGTATATTC----------------------------------------------- 637
consensus_10686#0 ATGCTGAAGCTAGTAGGCAGTTAGAGTGATATTAAGAGGGTATATAATGAAGTTAGGTAT 1166
consensus_10686#3 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#1 TGAGGACAAGGATGATGGAACTGAGTTAACAGGGGATTGTGCTATACCGGAAGTTAGCGA 1076
consensus_10686#2 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#0 AGTAGGTGTACTTCGGGTGTGTAGTGGATGGCTAGNTAATGATNATGTATCTAGTGTAGT 1226
consensus_10686#3 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#1 AATTCACGAGAATGGTTATAATACTGATGATGTGGTGATCGATGAAGAATTGTTTGATGA 1136
consensus_10686#2 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#0 TGCAGCAATTTTTATGGTNAGCTTAGTATTNATGTGNCGAGCTTATGCTGAAGTTGATCC 1286
consensus_10686#3 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#1 GACAGATCTGGCTGATATTGAAGCTGAGATAACGAATTGGAATTGGAGCGTAGTTNTATC 1196
consensus_10686#2 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#0 TAAGCGNTGNATTGGCTGTTTTGAGTTTGTTACATATAGNGGTGAGGGTCGTCCATATCG 1346
consensus_10686#3 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#1 TGCTATATATGTGGNTAGTTTCGNG------ACATANNGGTNNGTGTCATGGTTATGAGC 1250
consensus_10686#2 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#0 ATTTTCGGGTGANTACAGCCACAGANTTAGTTAGCCNGGNTGTNTTTCCATGGCTCATNG 1406
consensus_10686#3 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#1 GATACATATGAGTAGACGAAACTGGCTCATCTAAATGGTNTNCTATTTCAGTCTGTACAA 1310
consensus_10686#2 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#0 CTGNTCCTGTAAGTNCANCNCCTTATATCCNATATGCATGAGGNCNATNGGTGCATATTG 1466
consensus_10686#3 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#1 GAGCTNCTTTACTAATNTAATGNGTAATGTGATGCGTTTGACTTGCATTNCA-------- 1362
consensus_10686#2 ------------------------------------------------------------
consensus_10686#0 GCCTCGANGGATGNTTAATTTTATCAACTGTATTTNGGTCAGCTA 1511
consensus_10686#3 ---------------------------------------------
consensus_10686#1 ---------------------------------------------
consensus_10686#2 ---------------------------------------------
|
| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||