cluster # 10706

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Schistosoma mansoni
cluster # 10706 cluster # 10706 Sequences # 20 consensus # 3

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consensus_10706#0 length = 522 sequences # 7

consensus_10706#1 length = 367 sequences # 11
consensus_10706#2 length = 295 sequences # 2

consensusID : consensus_10706#0
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Sequences nbr = 7
consensus length = 522
fasta sequence

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[+] EMBL CD146765             [                           AACAATAGTAAATTCAGCTAATTGAGAAGTTACACCATGACTAAGACCAGGACCATATGCAGTAATTCGACCAGTGCCAGCAGTATCCACATAAAATTTATATGGACTTCCTTGTAATGGCATAGTGATTGTACTATCTGGTGAACCAGATTTTACAGGTGAATGAACATTTATACGTAATTCATGCATTCCATGTTCAACAGGATCATATGTTATAGTAATTGTTTCATCATCATTAATTTTAACTGGAACTTGTTGTTGTAAACCTGACGGACGTAATACAATAGCTTCAATATTTGCTTTATTTCGAGGAGCTGGTAAACGAAATACAACAGGTCGGTACATAGATGAATGTGAATTATCATCTGTTATATCTTCAGGGGAGACTACTTTCTGCACAAATTCACCATTAGGAATCAGCTGACCACCATAACGCAGTTCTACATTTAATTCA CTTAATTGT                                ]
[-] EMBL CD188006             [                                                                                                                                                                                                                         CCATGTTCAACAGGATCATATGTTATAGTAATTGTTTCATCATCATTAATTTTAACTGGAACTTGTTGTTGTAAACCTGACGGACGTAATACAATAGCTTCAATATTTGCTTTATTTCGAGGAGCTGGTAAACGAAATACAACAGGTCGGTACATAGATGAATGTGAATTATCATCTGTAATATCTTCAGGGGAGACTACTTTCTGCACAAATTCACCATTAGGAATCAGCTGACCACCATAACGCAGTTCTACATTTAATTCAGCTTAATTGTGTTGGTGTATAATACACACA            ]




>consensus_10706#0
CAAACCACCAACACCAGCTTCTTTAGTAACAATAGTAAATTCAGCTAATTGAGAAGTTAC
ACCATGACTAAGACCAGGACCATATGCAGTAATTCGACCAGTGCCAGCAATATCCACATA
AAATTTATATGGACTTCCTTGCAATGGCATAGTGATTGTACTATCTGGTGAACCAGATTT
TACAGGTGAATGAACATTTATACGTAATTCATGCATTCCATGTTCAACAGGATCATATGT
TATAGTAATTGTTTCATCATCATTAATTTTAACTGGAACTTGTTGTTGTAAACCTGACGG
ACGTAATACAATAGCTTCAATATTTGCTTTATTTCGAGGAGCTGGTAAACGAAATACAAC
AGGTCGGTACATAGATGAATGTGAATTATCATCTGTAATATCTTCAGGGGAGACTACTTT
CTGCACAAATTCACCATTAGGAATCAGCTGACCACCATAACGCAGTTCTACATTTAATTC
ACTTAATTGTGTTGGTGTATAATACACACATGTAGTACCGTC

consensusID : consensus_10706#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 11
consensus length = 367
fasta sequence

                              [ATCCACTTTAATCACATTTTCTTTACCAACTGGTATAGTTTTCTTTATACCACTTTTAATTTCGCATAAATCAGCTCGACCGGTAGCTACACTGTGAACAGTGAATGGACTATCAACCACTTCAGAATCAGCAAACATAACATGAATATTATGGGGTCCTATTAAATATGGTTCATAAGTACAAGATAATAATCCGGTATCACTGACATCACCAGAGGCTAAACTTGTTACAGATGGAACTACTCCATTAGTAGCAACAGATTCACTATCTACAGGTACTGATACAACTCGAACTGGAACAGATTGTCCCTTAGGATCAGTAATTCCTAGAGTTAAATCTCCCATACCAGCTTCACGAGCATCAACT]

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[+] EMBL CD147006             [ATCCACTTTAATCACATTTTCTTTACCAACTGGTATAGTTTTCTTTATACCACTTTTAATTTCGCATAAATCAGCTCGACCGGTAGCTACACTGTGAACAGTGAATGGACTATCAACCACTTCAGAATCAGCAAACATAACATGAATATTATGGGGTCCTATTAAATATGGTTCATAAGTACAAGATAATAGTCCGGTATCACTGACATCACCAGAGGCTAAACTTGTTACAGATGGAACTACTCCATTAGTAGCAACAGATTCACTATCTACAGGTACTGATACAACTCGAACTGGAACAGATTGTCCCTTAGGATCAGTAATTCCTAGAGTTAAATCTCCCATACCAGCTTCACGAGCATCAAC ]
[+] EMBL CD070236             [ATCCACTTTAATCACATTTTCTTTACCAACTGGTATAGTTTTCTTTATACCACTTTTAATTTCGCATAAATCAGCTCGACCGGTAGCTACACTGTGAACAGTGAATGGACTATCAACCACTTCAGAATCAGCAAACATAACATGAATATTATGGGGTCCTATTAAATATGGTTCATAAGTACAAGATAATAATCCGGTATCACTGACATCACCAGAGGCTAAACTTGTTACAGATGGAACTACTCCATTAGTAGCAACAGATTCACTATCTACAGGTACTGATACAACTCGAACTGGGACAGATTGTCCCTTAGGATCAGTAATTCCTAGAGTTAAATCTCCCATACCAGCTTCACGAGCAT     ]
[+] EMBL CD146923             [ATCCACTTTAATCACATTTTCTTTACCAACTGATATAGTTTTCTTTATACCACTTTTAATTTCGCATAAATCAGCTCGACCGGTAGCTACACTGTGAACAGTGAATGGACTATCAACCACTTCAGAATCAGCAAACATAACATGAATATTACGGGGTCCTATTAAATATGGTTCATAAGTACAAGATAATAATCCGGTATCACTGACATCACCAGAGGCTAAACTTGTTACAGATGGAACTACTCCATTAGTAGCAACAGATTCACTATCTACAGGTACTGATACAACTCGAACTGGAACAGATTGTCCCTTAGGATCAGTAATTCCTAGAGTTAAATCTCCCATACCAGCTTCACGAGCATCAAC ]
[+] EMBL CD146908             [ATCCACTTTAATCACATTTTCTTTACCAACTGATATAGTTTTCTTTATACCACTTTTAATTTCGCATAAATCAGCTCGACCGGTAGCTACACTGTGAACAGTGAATGGACTATCAACCACTTCAGAATCAGCAAACATAACATGAATATTACGGGGTCCTATTAAATATGGTTCATAAGTACAAGATAATAATCCGGTATCACTGACATCACCAGAGGCTAAACTTGTTACAGATGGAACTACTCCATTAGTAGCAACAGATTCACTATCTACAGGTACTGATACAACTCGAACTGGAACAGATTGTCCCTTAGGATCAGTAATTCCTAGAGTTAAATCTCCCATACCAGCTTCACGAGCATCAAC ]
[+] EMBL CD146702             [ATCCACTTTAATCACATTTTCTTTACCAACTGGTATAGTTTTCTTTATACCACTTTTAATTTCGCATAAATCAGCTCGACCGGTAGCTACACTGTGAACAGTGAATGGACTATCAACCACTTCAGAATCAGCAAACATAACATGAATATTATGGGGTCCTATTAAATATGGTTCATAAGTACAAGATAATAATCCGGTATCACTGACATCACCAGAGGCTAAACTTGTTACAGATGGAACTACTCCATTAGTAGCAACAGATTCACTATCTACAGGTACTGATACAACTCGAACTGGAACAGATTGTCCCTTAGGATCAGTAATTCCTAGAGTTAAATCTCCCATACCAGCTTCACGAGCATCAAC ]
[+] EMBL CD146753             [ATCCACTTTAATCACATTTTCTTTACCAACTGGTATAGTTTTCTTTATACCACTTTTAATTTCGCATAAATCAGCTCGACCGGTAGCTACACTGTGAACAGTGAATGGACTATCAACCACTTCAGAATCAGCAAACATAACATGAATATTATGGGGTCCTATTAAATATGGTTCATAAGTACAAGATAATAATCCGGTATCACTGACATCACCAGAGGCTAAACTTGTTACAGATGGAACTACTCCATTAGTAGCAACAGATTCACTATCTACAGGTACTGATACAACTCGAACTGGAACAGATTGTCCCTTAGGATCAGTAATTCCTAGAGTTAAATCTCCCATACCAGCTTCACGAGCATCAAC ]
[-] EMBL CD096265             [ TCCACTTTAATCACATTTTCTTTACCAACTGGTATAGTTTTCTTTATACCACTTTTAATTTCGCATAAATCAGCTCGACCGGTAGCTACACTGTGAACAGTGAATGGACTATCAACCACTTCAGAATCAGCAAACATAACATGAATATTATGGGGTCCTATTAAATATGGTTCATAAGTACAAGATAATAATCCGGTATCACTGACATCACCAGAGGCTAAACTTGTTACAGATGGAACTACTCCATTAGTAGCAACAGATTCACTATCTACAGGTACTGATACAACTCGAACTGGAACAGATTGTCCCTTAGGATCAGTAATTCCTAGAGTTAAATCTCCCATACCAGCTTCACGAGCATCAACT]
[-] EMBL CD146810             [ TCCACCTTAATCACATTTTCTTTACCAACTGGTATAGTTTTCTTTATACCACTTTTAATTTCGCATAAATCAGCTCGACCGGTAGCTACACTGTGAACAGTGAATGGACTATCAACCACTTCAGAATCAGCAAACATAACACGAATATTATGGGGTCCTATTAAATATGGTTCATAAGTACAAGATAATAATCCGGTATCACTGACATCACCAGAGGCTAAACTTGTTACAGATGGAACTACTCCATTAGTAGCAACAGATTCACTATCTACAGGTACTGATACAACTCGAACTGGAACAGATTGTCCCTTAGGATCAGTAATTCCTAGAGTTAAATCTCCCATACCAGCTTCACGAGCATCAACT]
[-] EMBL CD070188             [                     ttannCAACTGGTATAGTTTTCTTTATACCACTTTTAATNTCGCATAAATCAGCTCGACCGGTAGCTACACTGTGAACAGTGAATGGACTATCAACCACTTCAGAATCAGCAAACATAACATGAATATTATGGGGTCCTATTAAATATGGTTCATAAGTACAAGATAATAATCCGGTATCACTGACATCACCAGAGGCTAAACTTGTTACAGATGGAACTACTCCATTAGTAGCAACAGATTCACTATCTACAGGTACTGATACAACTCGAACTGGAACAGATTGTCCCTTAGGATCAGTAATTCCTAGAGTTAAATCTCCCATACCAGCTTCACGAGCATCAACT]
[+] EMBL BG931383             [                                                                                                                                                            TCCTATTAAATATGGTTCATAAGTACAAGATAATAATCCGGTATCACTGACATCACCAGAGGCTAAACTTGTTACAGATGGAACTACTCC                                                                                                                         ]




>consensus_10706#1
ATCCACTTTAATCACATTTTCTTTACCAACTGGTATAGTTTTCTTTATACCACTTTTAAT
TTCGCATAAATCAGCTCGACCGGTAGCTACACTGTGAACAGTGAATGGACTATCAACCAC
TTCAGAATCAGCAAACATAACATGAATATTATGGGGTCCTATTAAATATGGTTCATAAGT
ACAAGATAATAATCCGGTATCACTGACATCACCAGAGGCTAAACTTGTTACAGATGGAAC
TACTCCATTAGTAGCAACAGATTCACTATCTACAGGTACTGATACAACTCGAACTGGAAC
AGATTGTCCCTTAGGATCAGTAATTCCTAGAGTTAAATCTCCCATACCAGCTTCACGAGC
ATCAACT

consensusID : consensus_10706#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 295
fasta sequence

                              [CTTGACAAGTTAAGCGACCTTTACCACCCAATGAAGTATCCACTTTAATCACATTTTCTTTACCAACTGGTATAGTTTTCTTTATACCACTTTTAATTTCGCATAAATCAGCTCGACCGGTAGCTACACTGTGAACAGTGAATGGACTATCAACCACTTAATTGTGTTGGTGTATAATACACACATGTAGTACCGTCACCATTATGTTCTGTTTCAACTGGGAGAAGAGTAGCCGCAGATGAAGATTGATTAATTGGATGCTGAATAACTTGACAAGTTAAGCGACCTTTACCAC]

[+] EMBL CD124933             [CTTGACAAGTTAAGCGACCTTTACCACCCAATGAAGTATCCACTTTAATCACATTTTCTTTACCAACTGGTATAGTTTTCTTTATACCACTTTTAATTTCGCATAAATCAGCTCGACCGGTAGCTACACTGTGAACAGTGAATGGACTATCAACCACTTAATTGTGTTGGTGTATAATACACACATGTAGTACCGTCACCATTATGTTCTGTTTCAACTGGGAGAAGAGTAGCCGCAGATGAAGATTGATTAATTGGATGCTGAATAACTTGACAAGTTAAGCGACCTTTACCAC]
[+] EMBL CD124845             [CTTGACAAGTTAAGCGACCTTTACCACCCAATGAAGTATCCACTTTAATCACATTTTCTTTACCAACTGGTATAGTTTTCTTTATACCACTTTTAATTCCGCATAAATCAGCTCGACCGGTAGCTACACTGTGAACAGTGAATGGACTATCAACCACTTAATTGTGTTGGTGTATAATACACACATGTAGTACCGTCACCATTATGTTCTGTTTCAACTGGGAGAAGAGTAGCCGCAGATGAAGATTGATTAATTGGATGCTGAATAACTTGACAAGTTAAGCGACCTTTACCAC]




>consensus_10706#2
CTTGACAAGTTAAGCGACCTTTACCACCCAATGAAGTATCCACTTTAATCACATTTTCTT
TACCAACTGGTATAGTTTTCTTTATACCACTTTTAATTTCGCATAAATCAGCTCGACCGG
TAGCTACACTGTGAACAGTGAATGGACTATCAACCACTTAATTGTGTTGGTGTATAATAC
ACACATGTAGTACCGTCACCATTATGTTCTGTTTCAACTGGGAGAAGAGTAGCCGCAGAT
GAAGATTGATTAATTGGATGCTGAATAACTTGACAAGTTAAGCGACCTTTACCAC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_10706#1      ------------------------------------------------------ATCCAC 6
consensus_10706#2      -----------------CTTGACAAGTTAAGCGACCTTTACCACCCAATGAAGTATCCAC 43
consensus_10706#0      CAAACCACCAACACCAGCTTCTTTAGTAACAATAGTAAATTCAGCTAATTGAGAAGTTAC 60
                                                                             *   **

consensus_10706#1      TTTAATCACATTTTCTTTACCAACTGGTATAGTTTTCTTTATACCACTTTTAATTTCGCA 66
consensus_10706#2      TTTAATCACATTTTCTTTACCAACTGGTATAGTTTTCTTTATACCACTTTTAATTTCGCA 103
consensus_10706#0      ACCATGACTAAGACCAGGACCATATGCAGTAATTCGACCAGTGCCAGCAATATCCACATA 120
                          *     *    *   ****  **   ** **       * ***    **    *  *

consensus_10706#1      TAAATCAGCTCGACCGGTAGCTACACTGTGAACAGTGAATGGACTATC-----AACCAC- 120
consensus_10706#2      TAAATCAGCTCGACCGGTAGCTACACTGTGAACAGTGAATGGACTATC-----AACCAC- 157
consensus_10706#0      AAATTTATATGGACT--TCCTTGCAATG-GCATAGTGATTGTACTATCTGGTGAACCAGA 177
                        ** * *  * ***   *   * ** ** * * ***** ** ******     *****  

consensus_10706#1      TTCA--GAATCAGCAAACATA-ACATGAATATTATGGGGTC-CTATTAAATATGGTTCAT 176
consensus_10706#2      TTAATTGTGTTGGTGTATAAT-ACACACATGTAGTACCGTCACCATTATGTTCTGTTT-C 215
consensus_10706#0      TTTTACAGGTGAATGAACATTTATACGTAATTCATGCATTCCATGTTCAACA-GGATCAT 236
                       **       *      * *   * *   *  *  *    **    **       * *   

consensus_10706#1      AAGTACAAGATAATAATCCGGTATCACTGACATCACCAGAGGCTAAACTTGTTACA---G 233
consensus_10706#2      AACTGGGAGAAGAGTAGCCG-------------CAGATGAAGATTGATTAATTGGA---T 259
consensus_10706#0      ATGTTATAGTAATTGTTTCATCATCATTAATTTTAACTGGAACTTGTTGTTGTAAACCTG 296
                       *  *   **         *               *   *    *        *  *    

consensus_10706#1      ATGGAACTACTCCATTAGTAGCAACAGATTCACTATCTACAGGTACTGATACAACTCGAA 293
consensus_10706#2      GCTGAATAACTTGACAAGTTAAGCGACCTTTACCAC------------------------ 295
consensus_10706#0      ACGGACGTAATACAATAGCTTCAATATTTGCTTTATTTCGAGGAGCTGGTAAACGAAATA 356
                          **   * *  *  **       *  *     *                         

consensus_10706#1      CTGGAACAGATTGTCCCTTAGGATCAGTAATTCCTAGAGTTAAATCTCCCATACCAGCTT 353
consensus_10706#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10706#0      CAACAGGTCGGTACATAGATGAATGTGAATTATCATCTGTAATATCTTCAGGGGAGACTA 416
                                                                                   

consensus_10706#1      CACGAGCATCAACT---------------------------------------------- 367
consensus_10706#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10706#0      CTTTCTGCACAAATTCACCATTAGGAATCAGCTGACCACCATAACGCAGTTCTACATTTA 476
                                                                                   

consensus_10706#1      ----------------------------------------------
consensus_10706#2      ----------------------------------------------
consensus_10706#0      ATTCACTTAATTGTGTTGGTGTATAATACACACATGTAGTACCGTC 522