cluster # 10856

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 10856 cluster # 10856 Sequences # 23 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_10856#0 length = 370 sequences # 22

consensus_10856#1 length = 241 sequences # 1

consensusID : consensus_10856#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 22
consensus length = 370
fasta sequence

                              [AAGATAAGAAAAATTG-TTTTTTTTTTTGGTTTAACATGAAAGAATAAAAACAAACTTTTTTTAATTATAAGAATGGAATTTAACAAATTATGTCATTAATACTTTTTTTGGGGGGGGGTTGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTAATGGTGATTAAAAAAAGTGCGATTAAAAATTTAATATGCATTGTAGTTTTGAACTGAATTTG]

[+] EMBL CD144988             [AAGATAAGAAAAATTGTTTTTTTTTTTTGGTTTAACATGAAAGAATAAAAACAAACTTTTTTTAATTATAAAAATGGAATTTAACAAATTATGTCATTAATACTTTTTTTGGGGGGGGGTTGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTGGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATGGGGGGGTTTTTTAAATTTCTTCAAATTCCTTTTTCTCATTTCGGGATTAATCTTGGGCCTTCGGGGAATAAATCACGTTAATGGGGATTAAAAAAAGGGCGATTAAAAATTTAATATGCATTGTAGTTTGGAACGGAATT  ]
[+] EMBL CD145044             [AAGATAAGAAAAATTG TTTTTTTTTTTGGTTTAACATGAAAGAATAAAAACAAACTTTTTTTAATTATAAGAATGGAATTTAACAAATTATGTCATTAATACTTTTTTTGGGGGGGGGTTGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATGGGGGGGTTTTTTAAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGAGATTAATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTAATGGGGATTAAAATAAGTGCGATTAAAAATTTAATATGCATTGTAGTTTTGAACTGAATT  ]
[+] EMBL CD145127             [AAGTTAAGAAAAATTG  TTTTTTTTTTGGTTTAACATGAAAGAATAAAAACAAACTTTTTTTAATTATAAGAATGGAATTTAACAAATTATGTCATTAATACTTTTTTTGGGGGGGGGTTGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGGGGGGTTTTTTTAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGGGATTTATCTTGTGTCTTCTGGGAATAAATCACGTTAATGGTGATTAAAAAAAGTGCGATTAAAAATTTAATATGCATTGTAGTTTTGAACTGAATT  ]
[+] EMBL CD145063             [AAGATAAGAAAAATTG TTTTTTTTTTTGGTTTAACATGAAAGAATAAAAACAAACTTTTTTTAATTATAAGAATGGAATTTAACAAATTATGTCATTAATACTTTTTTTGGGGGGGGGTTGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGGGGGGTTTTTTT                                                                                                                                 ]
[-] EMBL CD145066             [ AGATAAGAAAAATTG TTCTTTTTTTTGGTTTAACATGAAAGAATAAAAACAAACTTTTTTTAATTATAAGAATGGAATTTAACAAATTATGTCATTAATACTTTTTTTGGGGGGGGGTTGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTCTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTAATGGTGATTAAAAAAAGTGCGATTAAAAATTTAATATGCATTGTAGTTTTGAACTGAATTT ]
[-] EMBL CD145005             [ AGATAAGAAAAATTG  TTTTTTTTTTGGTTTAACATGAAAGAATAAAAACAAACTTTTTTTAATTATAAGAATGGAATTTAACAAATTATGTCATTAATACTTTTTTTGGGGGGGGGTTGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTCATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTAATGGTGATTAAAAAAAGTGCGATTAAAAATTTAATATGCATTGTAGTTTTGAACTGAATTT ]
[-] EMBL CD145062             [ AGATAAGAAAAATTG  TTTTTTTTTTGGTTTAACATGAAAGAATAAAAACAAACTTTTTTTAATTATAAGAATGGAATTTAACAAATTATGTCATTAATACTTTTTTTGGGGGGGGGTTGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAACTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTAATGGTGATTAAAAAAAGTGCGATTAAAAATTTAATATGCATTGTAGTTTTGAACTGAATTT ]
[-] EMBL CD145139             [ AGATAAGAAAAATTG TTTTTTTTTTTGGTTTAACATGAAAGAATAAAAACAAACTTTTTTTAATTATAAGAATGGAATTTAACAAATTATGTCATTAATACTTTTTTTGGGGGGGGGTTGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACG                                                                 ]
[-] EMBL CD145057             [                                      GAAAGAATAAAAACAAACTTTTTTTAATAATAAGAATGGAATTTAACAAATTATGTCATTAATACTTTTTTTGGGGGGGGGTTGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTAATGGTGATTAAAAAAAGTGCGATTAAAAATTTAATATGCATTGTAGTTTTGAACTGAA    ]
[+] EMBL CD131472             [                                                                                                                       TTGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTAATGGTGATTAAAAAAAGTGCGATTAAAAATTTAATATGCATTGTAGTTTTGAACTGAATTT ]
[-] EMBL CD131482             [                                                                                                                        TGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTAATGGTGATTAAAAAAAGTGCGATTAAAAATTTAATATGCATTGTAGTTTTGAACTGAATTTG]
[-] EMBL CD131443             [                                                                                                                        TGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTA                                                              ]
[-] EMBL CD131587             [                                                                                                                        TGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGCTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATATATCACGTTA                                                              ]
[-] EMBL CD131497             [                                                                                                                        TGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTA                                                              ]
[-] EMBL CD131521             [                                                                                                                        TGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTA                                                              ]
[-] EMBL CD131697             [                                                                                                                        TGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTA                                                              ]
[-] EMBL CD131496             [                                                                                                                        TGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACAGAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTA                                                              ]
[-] EMBL CD131459             [                                                                                                                        TGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTA                                                              ]
[-] EMBL CD131257             [                                                                                                                        TGATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGCTTTTTTAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTA                                                              ]
[-] EMBL CD141735             [                                                                                                                           TTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCCAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTAATGGTGATTAAAAAAAGTGCGATTAAAAATTTAATATGCATTGTAGTTTTGAACTGAATTTG]
[-] EMBL CD141437             [                                                                                                                              TTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTAATGGTGATTAAAAAAAGTGCGATTAAGAATTTAATATGCATTGTAGTTTTGAACTGAATTT ]
[-] EMBL CD141448             [                                                                                                                                 GGAGTAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTAATGGTGATTAAAAAAAGTGCGATTAAAAATTTAATATGCATTGTAGTTTTGAACTGAATTT ]




>consensus_10856#0
AAGATAAGAAAAATTGTTTTTTTTTTTGGTTTAACATGAAAGAATAAAAACAAACTTTTT
TTAATTATAAGAATGGAATTTAACAAATTATGTCATTAATACTTTTTTTGGGGGGGGGTT
GATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAA
TTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTT
TAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAA
TCACGTTAATGGTGATTAAAAAAAGTGCGATTAAAAATTTAATATGCATTGTAGTTTTGA
ACTGAATTTG

consensusID : consensus_10856#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 241
fasta sequence

                              [ATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGAGGGGGGACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGGTATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCTAATCCATTTCCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTAATGGTGATTAAAAAAAGTNCCATTAACTCTTTAATATGCATTGTAATTTTNAACTNAA]

[-] EMBL CD135431             [ATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGAGGGGGGACATAATTATCAATTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGGTATTGTGGTGTTTTTTTAATTTCTTCTAATCCATTTCCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACGTTAATGGTGATTAAAAAAAGTNCCATTAACTCTTTAATATGCATTGTAATTTTNAACTNAA]




>consensus_10856#1
ATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGAGGGGGGACATAATTATCAATTTT
ATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGGTATTGTGGTGTTTTTTTAAT
TTCTTCTAATCCATTTCCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAATCACG
TTAATGGTGATTAAAAAAAGTNCCATTAACTCTTTAATATGCATTGTAATTTTNAACTNA
A

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_10856#0      AAGATAAGAAAAATTGTTTTTTTTTTTGGTTTAACATGAAAGAATAAAAACAAACTTTTT 60
consensus_10856#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10856#0      TTAATTATAAGAATGGAATTTAACAAATTATGTCATTAATACTTTTTTTGGGGGGGGGTT 120
consensus_10856#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10856#0      GATTATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGATCCAATACATAATTATCAA 180
consensus_10856#1      ----ATTTGGAATAAATGTTTATGGTTTTTTTCTTATTTGAGGGGGGACATAATTATCAA 56
                           *************************************      *************

consensus_10856#0      TTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGATATTGTGGTGTTTTTT 240
consensus_10856#1      TTTTATCTGATAATGCATTGATAACTTTTGTTCTAACTTGTTGGTATTGTGGTGTTTTTT 116
                       ******************************************* ****************

consensus_10856#0      TAATTTCTTCTAATTCCTTTTTCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAA 300
consensus_10856#1      TAATTTCTTCTAAT-CCATTTCCTCATTTCGTGATTTATCTTGTGTCTTCTGTGAATAAA 175
                       ************** ** *** **************************************

consensus_10856#0      TCACGTTAATGGTGATTAAAAAAAGTGCGATTAAAAATTTAATATGCATTGTAGTTTTGA 360
consensus_10856#1      TCACGTTAATGGTGATTAAAAAAAGTNCCATTAACTCTTTAATATGCATTGTAATTTTNA 235
                       ************************** * *****   **************** **** *

consensus_10856#0      ACTGAATTTG 370
consensus_10856#1      ACTNAA---- 241
                       *** **