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Schistosoma mansoni
cluster # 10889 cluster # 10889       Sequences # 24       consensus # 3


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_10889#0 length = 900 sequences # 22  
consensus_10889#1 length = 747 sequences # 1  
consensus_10889#2 length = 251 sequences # 1  

consensusID : consensus_10889#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 22
consensus length = 900
fasta sequence
                              [CTCGAGGGCCAGAATTCGGCACGAGGTCGCACATATCTTCCAGTATTTTAAAGTGATCGGAGAATGAAAAGTGGCTGGGAGTATATTGGAATCTTTTTGTACATTATGGTGAATATTCTGGATAAACAACGATGTCATTCAGTGCGTTGCTACGTCTGTGATTATTGTCCGATAGTAACAAGCGTATCAATATCAGAAGAGAACAACTGTACATCTTGCTCAACGGCTGGTTATAATTATTCGATTCACAGAATATGCGTGTTT-AAGAATGGCATACCCATTAACTTCCCAAACGAAAATCGAACGCAGTGTAACACTGATTTGTGTAACGGGTTAACAGTTGATAACACTGGAAAAATTCCATCAGTTCCTATAGCAAATCCATTTC-GTTGCTATACGTGTTTGAATTGTACAAAAAGTAA-CCAAAAGGTACTTAGCGGTTGTGGTGC-ATGTGTGACAACTCGTGGTTCTGGAATTATCAGTAAATTTTGTGGAACTACATGTGAAAGATTGTATATTGACGATCAAATTAGTTGTTGCTCAACAGATCTATGTAACGGAATGACAAAATTATCTATTCATCGTCATGTTATTATTGTTCTGTTTGTTTGCATAGGAATCAGTAAATACATTCTATGAATGACTAAGCCCATAATCTTCTGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTTTGGTCATTTTAATTGAAATCTATTCATTATTAAACACTCTACCTT-CTTCCATACACATTCACATATTA-AATTTGTTGTTTCTTGAAATAGTTCACTATGTACTACATATATCGTTCTATTTGTAATAAATTTATAGTTTGAACGTAAAAAAAAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAAAGAAAAA]

[+] EMBL CD079388             [CTCGAGGGCCAGAATTCGGCACGAGGTCGCACATATCTTCCAGTACTTTAAAGTGATCGGAGAATGAAAAGTGGCTGGGAGTATATTGGAATCTTTTTGTACATTATGGTGAATATTCTGGATAAACAACGATGTCATTCAGTGCGTTGCTACGTCTGTGATTATTGTCCGATAGTAACAAGCGTATCAATATCAGAAGAGAACAACTGTACATCTTGCTCAACGGCTGGTTATAATTATTCGATTCACAGAATATGCGTGTTT AAGGATGGCATACCCATTAACTTCCCAAACGAAAATCGAACGCAGTGTAACACTGATTTGTGTAACGGGTTAACAGTTGATAACACTGGAAAAATTCCATCAGTTCCTATAGCAAATCCATTTC GTTGCTATACGTGTTTGAATTGTACAAAAAGTAA CCAAAAGGTACTTAGCGGTTGTGGTGC ATGTGTGACAACTCGTGGTTCTGGAATTATCAGTAAATTTTGTGGAACTACATGTAAAAGATTGTATATTGACGATCAAATTAGTTGTTGCTCAACAGATCTATGTAACGGAATGACAAAATTATCTATTCATCGTCATGTTATTATTGTTCTGTTTGTTTGCATAGGAATCAGTAAATACATTCTATGAATGACTAAGCCCATAATCTTCTGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTNTGGTCATTNTAATTGAAATCTATTCATTATTAAACACTCTACCTT CTTCCATACACATTCACATATTANATTTTGTTGGTTCTTTGAATAGTTCACTATGTACTACATATATCGNTCTATTTGT ATAAATTTATAG                                                                   ]
[+] EMBL CD191935             [                     tGAAGTCGCACATATCTTCCAGTATTTTAAAGTGATCGGAGAATGAAAAGTGGCTGGGAGTATATTGGAATCTTTTTGTACATTATGGTGAATATTCTGGATAAACAACGATGTCATTCAGTGCGTTGCTACGTCTGTGATTATTGTCCGATAGTAACAAGCGTATCAATATCAGAAGAGAACAACTGTACATCTTGCTCAACGGCTGGTTATAATTATTCGATTCACAGAATATGCGTGTTT GAGAATGGCATACCCATTAACTTCCCAAACGAAAATCGAACGCAGTGTAACAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL CD079962             [                           CGCACATATCTTCCAGTACTTTAAAGTGATCGGAGAATGAAAAGTGGCTGGGAGTATATTGGAATCTTTTTGTACATTATGGTGAATATTCTGGATAAACAACGATGTCATTCAGTGCGTTGCTACGTCTGTGATTATTGTCCGATAGTAACAAGCGTATCAATATCAGAAGAGAACAACTGTACATCTTGCTCAACGGCTGGTTATAATTATTCGATTCACAGAATATGCGTGTTT AAGGATGGCATACCCATTAACTTCCCAAACGAAAATCGAACGCAGTGTAACACTGATTTGTGTAACGGGTTAACAGTTGATAACACTGGAAAAATTCCATCAGTTCCTATAGCAAATCCATTTC GTTGCTATACGTGTTTGAATTGTACAAAAAGTAA CCAAAAGGTACTTAGCGGTTGTGGTGC ATGTGTGACAACTCGTGGTTCTGGAATTATCAGTAAATTTTGTGGAACTACATGTGAAAGATTGTATATTGACGATCAAATTAGTTGTTGCTCAACAGATCTATGTAACGGAATGACAAAATTATCTATTCATCGTCATGTTATTATTGTTCTGTTTGTTTGCATAGGAATCAGTAAATACATTCTATGAATGACTAAGCCCATAATCTTCTGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTNTGGTCATTNTAATTGAAATCTATTCATTATTAAACACTCTACCTTNCTT CATACACATTCACATATTT AAATTGNTGNNTC TGAANTAGNTCACTATGTACTACATATATCGNTCTATTTGT ATAAATTat                                                                      ]
[+] EMBL CD082976             [                            cgACATATCTTCCAGTA TTTAAAGTGATCGGAGAATGAAAAGTGGCTGGGAGTATATTGGAATCTTTTTGTACATTATGGTGAATATTCTGGATAAACAACGATGTCATTCAGTGCGTTGCTACGTCTGTGATTATTGTCCGATAGTAACAAGCGTATCAATATCAGAAGAGAACAACTGTACATCTTGCTCAACGGCTGGTTATAATTATTCGATTCACAGAATATGCGTGTTT GAGAATGGCATACCCATTAACTTCCCAAACGAAAATCGAACGCAGTGTAACACTGATTTGTGTAACGGGTTAACAGTTGATAACACTGGAAAAATTCCATCAGTTCCTATAGCAAATCCATTTC GTTGCTATACGTGTTTGAATTGTACAAAAAGTAA CCAAAAGGTACTTAGCGGTTGTGGTGT ATGTGTGACAACTCGTGGTTCTGGAATTATCAGTAAATTTTGTGGAACTACATGTGAAAGATTGTATATTGACGATCAAATTAGTTGTTGCTCAACAGATCTATGTAACGGAATGACANAATTATCTATTCATCGNCATGGTAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL SMAA8338             [                                    CTTCCAGTATTTTAAAGTGATCGGAGAATGAAAAGTGGCTGGGAGTATATTGGAATCTTTTTGTACATTATGGTGAATATTCTGGATAAACAACGATGTCATTCAGTGCGTTGCTACGTCTGTGATTATTGTCCGATAGTAACAAGCGTATCAATATCAGAAGAGAACAACTGTACATCTTGCTCAACGGCTGGTTATAATTATTCGATTCACAGAATATGCGTGTTT GAGAATGGCATACCCATTAACTTCCCAAACGAAAATCGAACGCAGTGAAACACTGATTTGTGTAACGGGTTAACAGTTGATAACACTGGAAAAATTCCATCAGTTCCTATAGCAAATCCATTTCGGTTGCTATACGTGTTTGAATTGTACAAAAAGTAA CCAAAAGGNACTTAGCGGTTGTGGTGC ATGTGTGACA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL SMAA8274             [                                           TATTTTAAAGTGATCGGAGAATGAAAAGTGGCTGGGAGTATATTGGAATCTTTTTGTACATTATGGTGAATATTCTGGATAAACAACGATGTCATTCAGTGCGTTGCTACGTCTGTGATTATTGTCCGATAGTAACAAGCGTATCAATATCAGAAGAGAACAACTGTACATCTTGCTCAACGGCTGGTTATAATTATTCGATTCACAG ATATGCGTGTTT GAGAATGGCATACCCATTAACTTCCCAAACGAAAATCGAACGCAGTGAAACACTGATTTGTGTAACGGGTTAACAGTTGATAACACTGG AAAATTCCATCAGTTCCTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL SMAA8269             [                                           TATTTTAAAGTGATCGGAGAATGAAAAGTGGCTGGGAGTATATTGGAATCTTTTTGTACATTATGGTGAATATTCTGGATAAACAACGATGTCATTCAGTGCGTTGCTACGTCTGTGATTATTGTCCGATAGTAACAAGCGTATCAATATCAGAAGAGAACAACTGTACATCTTGCTCAACGGCTGGTTATAATTATTCGATTCACAGAATATGCGTGTTTGAAGAATGGCATA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL SMAA85822            [                                           TATTTTAAAGTGATCGGAGAATGAAAAGTGGCTGGGAGTATATTGGAATCTTTTTGTACATTATGGTGAATATTCTGGATAAACAACGATGTCATTCAGTGCGTTGCTACGTCTGTGATTATTGTCCGATAGTAACAAGCGTATCAATATCAGAAGAGAACAACTGTACATCTTGCTCAACGGCTGGTTATAATTATTCGATTCACAGAATATGCGTGTTT GAGAATGGCATACCCATTAACTTCCCAAACGAAAATCGAACGCAGTGAAACACTGATTTGTGTAACGGGTTAACAGTTGATAACACTGGAAAAATTCCATCAGTTCCTATAGCAAATCCATTTC GTTGCTATACGTGTTTGAATTGTACAAAAAGTAA CCAAAAGGTACTTAGCGGTTGTGGTGC ATGTGTGAC ACTCGTGGTTCTGGAATTAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ]
[+] EMBL AF029222             [                                                                        GGCTGGGAGTATATTGGAATCTTTTTGTACATTATGGTGAATATTCTGGATAAACAACGATGTCATTCAGTGCGTTGCTACGTCTGTGATTATTGTCCGATAGTAACAAGCGTATCAATATCAGAAGAGAACAACTGTACATCTTGCTCAACGGCTGGTTATAATTATTCGATTCACAGAATATGCGTGTTT AAGGATGGCATACCCATTAACTTCCCAAACGAAAATCGAACGCAGTGTAACACTGATTTGTGTAACGGGTTAACAGTTGATAACACTGGAAAAATTCCATCAGTTCCTATAGCAAATCCATTTC GTTGCTATACGTGTTTGAATTGTACAAAAAGTAA CCAAAAGGTACTTAGCGGTTGTGGTGC ATGTGTGACAACTCGTGGTTCTGGAATTATCAGTAAATTTTGTGGAACTACATGTGAAAGATTGTATATTGACGATCAAATTAGTTGTTGCTCAACAGATCTATGTAACGGAATGACAAAATTATCTATTCATCGTCATGTTATTATTGTTCTGTTTGTTTGCATAGGAATCAGTAAATA                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[-] EMBL CD073663             [                                                                                                                                                        CGTCTGTGA TATTGTCCGATAGTAACAAGCGTATCAATATCAGAAGAGAACAACTGTACATCTTGCTCAACGGCTGGTTATAATTATTCGATTCACAGAATATGCGTGTTT AAGGATGGCATACCCATTAACTTCCCAAACGAAAATCGAACGCAGTGTAACACTGATTTGTGTAACGGGTTAACAGTTGATAACACTGGAAAAATTCCATCAGTTCCTATAGCAAATCCATTTC GTTGCTATACGTGTTTGAATTGTACAAAAAGTAA CCAAAAGGTACTTAGCGGTTGTGGTGC ATGTGTGACAACTCGTGGTTCTGGAATTATCAGTAAATTTTGTGGAACTACATGTAAAAGATTGTATATTGACGATCAAATTAGTTGTTGCTCAACAGATCTATGTAACGGAATGACAAAATTATCTATTCATCGTCATGTTATTATTGTTCTGTTTGTTTGCATAGGAATCAGTAAATACATTCTATGAATGACTAAGCCCATAATATTCTGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTTTGGTCATTTTAATTGAAATCTATTCATTATTAAACACTCTACCTT CTTCCATACACATTCACATATTA AATTTGTTGTTTCTTGAAATAGTTCACTATGTAGTACATATATCGTTCTATATGTAATAAATTTATAGTTTGAACGTAAAAAAAAGT                                                ]
[-] EMBL CD074156             [                                                                                                                                                                                                              CTGTACATCTTGCTCAACGGCTGGTTATAATTATTCGATTCACAGAATATGCGTGTTT AAGGATGGCATACCCATTAACTTCCCAAACGAAAATCGAACGCAGTGTAACACTGATTTGTGTAACGGGTTAACAGTTGATAACACTGGAAAAATTCCATCAGTTCCTATAGCAAATCCATTTC GTTGCTATACGTGTTTGAATTGTACAAAAAGTAA CCAAAAGGTACTTAGCGGTTGTGGTGC ATGTGTGACAACTCGTGGTTCTGGAATTATCAGTAAATTTTGTGGAACTACATGTGAAAGATTGTATATTGACGATCAAATTAGTTGTTGCTCAACAGATCTATGTAACGGAATGACAAAATTATCTATTCATCGTCATGTTATTATTGTTCTGTTTGTTTGCATAGGAATCAGTAAATACATTCTATGAATGACTAAGCCCATAATCTTCTGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTTTGGTCATTTTAATTGAAATCTATTCATTATTAAACACTCTACCTT CTTCCATACACATTCACATATTA AATTTGTTGTTTCTTGAAATAGTTCACTATGTACTACATATATCGTTCTATTTGTAATAAATTTATAG                                                                   ]
[+] EMBL CD127174             [                                                                                                                                                                                                                                                TCGATTCACAGAATATGCGTGTTT GAGAATGGCATACCCATTAACTTCCCAAACGAAAATCGAACGCAGTGTAACACTGATTTGTGTAACGGGTTAACAGTTGATAACACTGGAAAAATTCCATCAGTTCCTATAGCAAATCCATTTC GTTGCTATACGTGTTTGAATTGTACAAAAAGTAA CCAAAAGGTACTTAGCGGTTGTGGTGC ATGTGTGACAACTCGTGGTTCTGGAATTATCAGTAAATTTTGTGGAACTACATGTGAAAGATTGTATATTGACGATCAAATTAGTTGTTGCTCAACAGATCTATGTAACGGAATGACAAAATTATCTATTCATCGNCATGTTATTATTGTTCTGTTTGTTTGCATAGGAATCAGTAAATACATTCTATGAATGACTAAGCCCATAATCTTCTGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTTTGGTCATTNTAATTGAAATCTATTCATTAT                                                                                                                                                                               ]
[-] EMBL SMAA85759            [                                                                                                                                                                                                                                                                                            ACTTCCCAAACG AAATCGAACGCAGTGTAACACTGATTTGTGTAACGGGTTAACAGTTGATAACACTGGGAAAATTCCATCAG TCCTATAGCAAATCCATTTC GTTGCTATACGTGTTTGAATTGTACAAAAAGTAA CCAAAAGGTACTTAGCGGTTGTGGTGC ATGTGTGACAACTCGTGGTTCTGGAATTATCAGTAAATTTTGTGGAACTACATGTGAAAGATTGTATATTGACGATCAAATTAGTTGTTGCTCAACAGATCTATGTAACGGAATGACAAAATTATCTATTCATCGTCATGTTATTATTGTTCTGTTTGTTTGCATAGGAATCAGTAAATACATTCTATGAATGACTAAGCCCATAATCTTCTGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTTTGGTCATTTTAATTGAAATCTATTCATTATTAAACACTCTACCTT CTGCCATACACATTCACATATTA AATTTGTTGTTTCTTGAAATAGTTCACTATGTACTACATATATCGTTCTATTTGTAATAAATTTATAG                                                                   ]
[-] EMBL CD076559             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TGATTTGTGTAACGGGTTAACAGTTGATAACACTGGAAAAATTCCATCAGTTCCTATAGCAAATCCATTTC GTTGCTATACGTGTTTGAATTGTACAAAAAGTAA CCAAAAGGTACTTAGCGGTTGTGGTGT ATGTGTGACAACTCGTGGTTTTGGAATTATCAGTAAATTTTGTGGAACTACATGTGAAAGATTGTATATTGACGATCAAATTAGTTGTTGCTCAACAGATTTATGTAACGGAATGACAAAATTATCTATTCATCGTCATGTTATTATTGTTCTGTTTGTTTGCATAGGAATCAGTAAATACATTTTATGAATGACTAAGCCCATAATCTTCTGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTTTGGTCATTTTAATTGAAATCTATTCATTATTAAACACTTTACCTT TTTCCATACACATTCACATATTA AATTTGTTGTTTCTTGAAATAGTTCACTATGTACTACATATATCGTTCTATTTGTAATAAATTTATAG                                                                   ]
[-] EMBL SMAA85818            [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CAAACCCATTTC G TGCTATACGTGTTTGAATTGTACAAAAAGTAACCCAAAAGGTACTTAGCGGTTGTGGTGC ATGTGTGACAACTCGTGGTTCTGGAATTATCAGTAAATTTTGTGGAACTACATGTGAAAGATTGTATATTGACGATCAAATTAGTTGTTGCTCAACAGATCTATGTAACGGAATGCCAAAATTATCTATTCATCGTCATGTTATTATTGTTCTGTTTGTTTGCATAGGAATCAGTAAATACATTCTATGAATGACTAAGCCCATAATCTTCTGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTTTGGTCATTTTAATTGAAATCTATTCATTATTAAACACTCTACCTT CTTCCATACACATTCACATATTA AATTTGTTGTTTCTTGAAATAGTTCACTATGTACTACATATATCGTTCTATTTGTAATAAATTTATAG                                                                   ]
[-] EMBL SMAA8340             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AAGGTACTTAGCGGTTGTGGTGCAATGTGTGACAACTCGTGGTTCTGGAATTATCAGTAAATTTTGTGGAACTACATGTGAAAGATTGTATATTGACGATCAAATTAGTTGTTGCTCAACAGATCTATGTAACGGAATGACAAAATTATCTATTCATCGTCATGTTATTATTGTTCTGTTTGTTTGCATAGGAATCAGTAAATACATTCTATGAATGACTAAGCCCATAATCTTCTGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTTTGGTCATTTTAATTGAAATCTATTCATTATTAAACACTCTACCTT CTTCCATACACATTCACATATTA AATTTGTTGTTTCTTGAAATAGTTCACTATGTACTACATATATCGTTCTATTTGTAATAAATTTATAG                                                                   ]
[-] EMBL SMAA85832            [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AACTCGTGGTTCTGGAATTATCAGTAAATTTTGTGGAACTACATGTGAAGGATTGTATATTGACGATCAAATTAGTTGTTGCTCAACAGATCTATGTAACGGAATGACAAAATTATCTATTCATCGTCATGTTATTATTGTTCTGTTTGTTTGCATAGGAATCAGTAAATACATTCTATGAATGACTAAGCCCATAATCTTCTGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTTTGGTCATTTTAATTGAAATCTATTCATTATTAAACACTCTACCTT CTTCCATACACATTCACATATTA AATTTGTTGTTTCTTGAAATAGTTCACTATGTACTACATATATCGTTCTATTTGTAATAAATTTATAG                                                                   ]
[+] EMBL AI764864             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AAATACATTCTATGAATGACTAAGCCCATAATCTTCTGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTTTGGTCATTTTAATTGAAATCTATTCATTATTAAACACTCTACCTT CTTCCATACACATTCACATATTA AATTTGTTGTTTCTTGAAATAGTTCACTATGTACTACATATATCGTTCTATTTGTAAAAAATT                                                                        ]
[-] EMBL SMAA85802            [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TAAGCCCATAATCTTCTGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTTTGGTCATTTTAATTGAAATCTATTCATTATTAAACACTCTACCTT CTTCCATACACATTCACATATTA AATTTGTTGTTTCTTGAAATAGTTCACTATGTACTACATATATCGTTCTATTTGTAATAAATTTATAG                                                                   ]
[-] EMBL SMAA85788            [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 atcCTTCTGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTTTGGTCATTTTAATTGAAATCTATTCATTATTAAACACTCTACCTT CTTCCATACACATTCACATATTA AATTTGTTGTTTCTTGAAATAGTTCACTATGTACTACATATATCGTTCTATTTGTAATAAATTTATAG                                                                   ]
[-] EMBL SMAA8292             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CTTCTGTGATGTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTTTGGTCATTTTAATTGAAATCTATTCATTATTAAACACTCTACCTT CTTCCATACACATTCACATATTA AATTTGTTGTTTCTTGAAATAGTTCACTATGTACTACATATATCGTTCTATTTGTAATAAATTTATAG                                                                   ]
[+] EMBL CD134511             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ccT CTTCCATACACATTCACATATTA AATTTGTTGTTTCTTGAAATAGTTCACTATGTACTACATATATCGTTCTATTTGTAATAAATTTATAGTTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAAAGAAAAA]


>consensus_10889#0 CTCGAGGGCCAGAATTCGGCACGAGGTCGCACATATCTTCCAGTATTTTAAAGTGATCGG AGAATGAAAAGTGGCTGGGAGTATATTGGAATCTTTTTGTACATTATGGTGAATATTCTG GATAAACAACGATGTCATTCAGTGCGTTGCTACGTCTGTGATTATTGTCCGATAGTAACA AGCGTATCAATATCAGAAGAGAACAACTGTACATCTTGCTCAACGGCTGGTTATAATTAT TCGATTCACAGAATATGCGTGTTTAAGAATGGCATACCCATTAACTTCCCAAACGAAAAT CGAACGCAGTGTAACACTGATTTGTGTAACGGGTTAACAGTTGATAACACTGGAAAAATT CCATCAGTTCCTATAGCAAATCCATTTCGTTGCTATACGTGTTTGAATTGTACAAAAAGT AACCAAAAGGTACTTAGCGGTTGTGGTGCATGTGTGACAACTCGTGGTTCTGGAATTATC AGTAAATTTTGTGGAACTACATGTGAAAGATTGTATATTGACGATCAAATTAGTTGTTGC TCAACAGATCTATGTAACGGAATGACAAAATTATCTATTCATCGTCATGTTATTATTGTT CTGTTTGTTTGCATAGGAATCAGTAAATACATTCTATGAATGACTAAGCCCATAATCTTC TGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTTTGGTCATTTTAATTGAAATCTAT TCATTATTAAACACTCTACCTTCTTCCATACACATTCACATATTAAATTTGTTGTTTCTT GAAATAGTTCACTATGTACTACATATATCGTTCTATTTGTAATAAATTTATAGTTTGAAC GTAAAAAAAAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAAAGAAAAA



consensusID : consensus_10889#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 747
fasta sequence
                              [TATTTCCACGCTTGTGAGACTAGTTTATTTCTCGGAATTGAAGTCGCACATATCTCCCAGTACTTTAAAGTGATCGGAGAATGAAAAGTGGCTGGANGTATATTGGAATCTTTTTGGTACATTATGGTGAATATTCTGGATAAACAACGATGTCATTCAGTGCGTTGCTACGTCTGTGATTATTGTCCGATAGTAACNAGCGTATCAATATCAGAAGAGAACAACTGTACATCTTGCTCAACGGCTGGTTATAATTATTCGATTCACAGAATATGCGTGTTTAAGGATGGCATACCCATTAACTTCCCAAACGAAAATCGAACGCAGTGTAACACTGATTTGTGTAACGGGTTAACAGTTGATAACACTGGAAAAATTCCATCAGTTCCTATAGCAAATCCATTTCGTTGCTATACGTGTTTGAATTGTACAAAAAGTAACCAAAAGGTACTTAGCGGTTGTGGTGCATGTGTGACAACTCGTGGTTCTGGAATTATCAGTAAATTTTGTGGAACTACATGTGAAAGATTGTATATTGACGATCAAATTAGTTGTTGCTCAACAGATCTATGTAACGGAATGACAAAATTATCTATTCATCGTCATGTTATTATTGTTCTGTTTGTTTGCATAGGAATCAGTAAATACATTCTATGAATGACTAAGCCCATAATCTTCTGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTTTGGTCATTTTAATTGAAATCTATTCATTATTA]

[-] EMBL CD178093             [TATTTCCACGCTTGTGAGACTAGTTTATTTCTCGGAATTGAAGTCGCACATATCTCCCAGTACTTTAAAGTGATCGGAGAATGAAAAGTGGCTGGANGTATATTGGAATCTTTTTGGTACATTATGGTGAATATTCTGGATAAACAACGATGTCATTCAGTGCGTTGCTACGTCTGTGATTATTGTCCGATAGTAACNAGCGTATCAATATCAGAAGAGAACAACTGTACATCTTGCTCAACGGCTGGTTATAATTATTCGATTCACAGAATATGCGTGTTTAAGGATGGCATACCCATTAACTTCCCAAACGAAAATCGAACGCAGTGTAACACTGATTTGTGTAACGGGTTAACAGTTGATAACACTGGAAAAATTCCATCAGTTCCTATAGCAAATCCATTTCGTTGCTATACGTGTTTGAATTGTACAAAAAGTAACCAAAAGGTACTTAGCGGTTGTGGTGCATGTGTGACAACTCGTGGTTCTGGAATTATCAGTAAATTTTGTGGAACTACATGTGAAAGATTGTATATTGACGATCAAATTAGTTGTTGCTCAACAGATCTATGTAACGGAATGACAAAATTATCTATTCATCGTCATGTTATTATTGTTCTGTTTGTTTGCATAGGAATCAGTAAATACATTCTATGAATGACTAAGCCCATAATCTTCTGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTTTGGTCATTTTAATTGAAATCTATTCATTATTA]


>consensus_10889#1 TATTTCCACGCTTGTGAGACTAGTTTATTTCTCGGAATTGAAGTCGCACATATCTCCCAG TACTTTAAAGTGATCGGAGAATGAAAAGTGGCTGGANGTATATTGGAATCTTTTTGGTAC ATTATGGTGAATATTCTGGATAAACAACGATGTCATTCAGTGCGTTGCTACGTCTGTGAT TATTGTCCGATAGTAACNAGCGTATCAATATCAGAAGAGAACAACTGTACATCTTGCTCA ACGGCTGGTTATAATTATTCGATTCACAGAATATGCGTGTTTAAGGATGGCATACCCATT AACTTCCCAAACGAAAATCGAACGCAGTGTAACACTGATTTGTGTAACGGGTTAACAGTT GATAACACTGGAAAAATTCCATCAGTTCCTATAGCAAATCCATTTCGTTGCTATACGTGT TTGAATTGTACAAAAAGTAACCAAAAGGTACTTAGCGGTTGTGGTGCATGTGTGACAACT CGTGGTTCTGGAATTATCAGTAAATTTTGTGGAACTACATGTGAAAGATTGTATATTGAC GATCAAATTAGTTGTTGCTCAACAGATCTATGTAACGGAATGACAAAATTATCTATTCAT CGTCATGTTATTATTGTTCTGTTTGTTTGCATAGGAATCAGTAAATACATTCTATGAATG ACTAAGCCCATAATCTTCTGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTTTGGTC ATTTTAATTGAAATCTATTCATTATTA



consensusID : consensus_10889#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 251
fasta sequence
                              [ACTACATCGTCATGTTATTATTGTTCTGCNTGTTTGCATAGGAAGGCAGTAAATACANTNCTATGANTGGCTAAGCCCATNATCTTCTGTGNTNTANAAANATGCTTTGAANTTANAAANAANNTGGTNNGTTTAATTGAANTCTANTCATTATTAAACACTCTACCTTCTTCCATACACANTCACATAATAAATTTGTTGTTTCTTGAAATAGTTACACTANGTTCTACATATATCGTTNCTATTNGTAA]

[-] EMBL SM840                [ACTACATCGTCATGTTATTATTGTTCTGCNTGTTTGCATAGGAAGGCAGTAAATACANTNCTATGANTGGCTAAGCCCATNATCTTCTGTGNTNTANAAANATGCTTTGAANTTANAAANAANNTGGTNNGTTTAATTGAANTCTANTCATTATTAAACACTCTACCTTCTTCCATACACANTCACATAATAAATTTGTTGTTTCTTGAAATAGTTACACTANGTTCTACATATATCGTTNCTATTNGTAA]


>consensus_10889#2 ACTACATCGTCATGTTATTATTGTTCTGCNTGTTTGCATAGGAAGGCAGTAAATACANTN CTATGANTGGCTAAGCCCATNATCTTCTGTGNTNTANAAANATGCTTTGAANTTANAAAN AANNTGGTNNGTTTAATTGAANTCTANTCATTATTAAACACTCTACCTTCTTCCATACAC ANTCACATAATAAATTTGTTGTTTCTTGAAATAGTTACACTANGTTCTACATATATCGTT NCTATTNGTAA



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_10889#0      ----------CTCGAGGGCCAGAATT------CGGCAC-GAGGTCGCACATATCTTCCAG 43
consensus_10889#1      TATTTCCACGCTTGTGAGACTAGTTTATTTCTCGGAATTGAAGTCGCACATATCTCCCAG 60
consensus_10889#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10889#0      TATTTTAAAGTGATCGGAGAATGAAAAGTGGCTGGGAGTATATTGGAATCTTTTTG-TAC 102
consensus_10889#1      TACTTTAAAGTGATCGGAGAATGAAAAGTGGCTGGANGTATATTGGAATCTTTTTGGTAC 120
consensus_10889#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10889#0      ATTATGGTGAATATTCTGGATAAACAACGATGTCATTCAGTGCGTTGCTACGTCTGTGAT 162
consensus_10889#1      ATTATGGTGAATATTCTGGATAAACAACGATGTCATTCAGTGCGTTGCTACGTCTGTGAT 180
consensus_10889#2      -----------------------ACTACATCGTCATGTTAT-TATTGTTCTGCNTGTTTG 36
                                              ** **   *****    *   *** *  *  ***   

consensus_10889#0      TATTGTCCGATAGTAACAAGCGTATCAATATCAGAAGAGAACAACTGTACATCTTGCTCA 222
consensus_10889#1      TATTGTCCGATAGTAACNAGCGTATCAATATCAGAAGAGAACAACTGTACATCTTGCTCA 240
consensus_10889#2      CATAGGAAGGCAGTAAATACANTNCTATGANTGGCTAAGCCCAT-----NATCTTCTGTG 91
                        ** *   *  *****  *   *   *  *   *   **  **       *****     

consensus_10889#0      ACGGCTGGTTATAATTATTCGATTCACAGAATATG-CGTGTTTAAGAATGGCATACCCAT 281
consensus_10889#1      ACGGCTGGTTATAATTATTCGATTCACAGAATATG-CGTGTTTAAGGATGGCATACCCAT 299
consensus_10889#2      NTNTANAAANATGCTTTGAANTTANAAANAANNTGGTNNGTTTAATTGAANTCTANTCAT 151
                                 **  **      *  * * **  **    ******        **  ***

consensus_10889#0      TAACTTCCCAAACGAAAATCGAACGCAGTGTAACACTGATTTGTGTAACGGGTTAACAGT 341
consensus_10889#1      TAACTTCCCAAACGAAAATCGAACGCAGTGTAACACTGATTTGTGTAACGGGTTAACAGT 359
consensus_10889#2      TA-----TTAAAC----ACTCTACCTTCTTCCATACACANTCACATAATAAATTTGTTGT 202
                       **       ****    *    **    *   * **  * *    ***    **    **

consensus_10889#0      TGATAACACTGGAAAAATTCCATCAGTTCCTATAGCAAATCCATTTCGTTGCTATACGTG 401
consensus_10889#1      TGATAACACTGGAAAAATTCCATCAGTTCCTATAGCAAATCCATTTCGTTGCTATACGTG 419
consensus_10889#2      T-----TCTTGAAATAGTTACACTANGTTCTACA-------TATATCGTTNCTATTNGTA 250
                       *        ** ** * ** **  *  * *** *        ** ***** ****  ** 

consensus_10889#0      TTTGAATTGTACAAAAAGTAACCAAAAGGTACTTAGCGGTTGTGGTGCATGTGTGACAAC 461
consensus_10889#1      TTTGAATTGTACAAAAAGTAACCAAAAGGTACTTAGCGGTTGTGGTGCATGTGTGACAAC 479
consensus_10889#2      A----------------------------------------------------------- 251
                                                                                   

consensus_10889#0      TCGTGGTTCTGGAATTATCAGTAAATTTTGTGGAACTACATGTGAAAGATTGTATATTGA 521
consensus_10889#1      TCGTGGTTCTGGAATTATCAGTAAATTTTGTGGAACTACATGTGAAAGATTGTATATTGA 539
consensus_10889#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10889#0      CGATCAAATTAGTTGTTGCTCAACAGATCTATGTAACGGAATGACAAAATTATCTATTCA 581
consensus_10889#1      CGATCAAATTAGTTGTTGCTCAACAGATCTATGTAACGGAATGACAAAATTATCTATTCA 599
consensus_10889#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10889#0      TCGTCATGTTATTATTGTTCTGTTTGTTTGCATAGGAATCAGTAAATACATTCTATGAAT 641
consensus_10889#1      TCGTCATGTTATTATTGTTCTGTTTGTTTGCATAGGAATCAGTAAATACATTCTATGAAT 659
consensus_10889#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10889#0      GACTAAGCCCATAATCTTCTGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTTTGGT 701
consensus_10889#1      GACTAAGCCCATAATCTTCTGTGATTTATATACTTGCTTTGAATTTATATACATTTTGGT 719
consensus_10889#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10889#0      CATTTTAATTGAAATCTATTCATTATTAAACACTCTACCTTCTTCCATACACATTCACAT 761
consensus_10889#1      CATTTTAATTGAAATCTATTCATTATTA-------------------------------- 747
consensus_10889#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10889#0      ATTAAATTTGTTGTTTCTTGAAATAGTTCACTATGTACTACATATATCGTTCTATTTGTA 821
consensus_10889#1      ------------------------------------------------------------
consensus_10889#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10889#0      ATAAATTTATAGTTTGAACGTAAAAAAAAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 881
consensus_10889#1      ------------------------------------------------------------
consensus_10889#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10889#0      AAAAAGAAGAAAAGAAAAA 900
consensus_10889#1      -------------------
consensus_10889#2      -------------------
                                          




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)