Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 10945 cluster # 10945       Sequences # 26       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_10945#0 length = 570 sequences # 25  
consensus_10945#1 length = 73 sequences # 1  

consensusID : consensus_10945#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 25
consensus length = 570
fasta sequence
                              [CTCTTGTGATTTGTTGCATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCCTTTCTGTACCACAAATAAAATACATAATCTTTCCAACATAAAATTCAGCATAATTTAACTATTTATCGAGTATATTTCCAAACGTTTTGTTTGATTTTTTAAACATTATTGAAATCTTTCGATGTTGTTTTGTTTTATAATGTTAAAAATAACATATTTATCAGCCCATAATGTCCTATTTATCTGTAATGTAATATTTGCTAAAATTTCTTTTATCATTTAATGAAAGTAAAGGCATGGTTGAAAAAGTATCTATTGTTTTCCATCCAATTTGTTCTTGTGTTTTTTACTTAACTTTGTTGATTGTTTTAATGTATAATCAATTTAATATCAATATATGATAT]

[+] EMBL CD199985             [CTCTTGTGATTTGTTACATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[-] EMBL CD199930             [ TCTTGTGATTTGTTGCATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AI977165             [ TCTTGTGATTTGTTGCATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCCTTTCTGTACCACAAATAAAATACATAATCTTTCCAACATAAAATTCAGCATAATTTAACTATTTATCGAGTATATTTCCAAACGTTTTGCTTGATTTTTTAAACATTATTGAAATCTTTCGATGTTGTTTCGTTTTATAATGTTAAAAATAACATATTTATCAGCCCATAATGTCCTATTTATCTGTAATGTAATATTTGCTAAAATTTCTTTTATCATTTAATGAAAGTAAAGGC                                                                                                            ]
[-] EMBL CD199826             [ TCTTGTGATCTGTTGCATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGGATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[-] EMBL CD199944             [ TCTTGTGATTTGTTGCATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[-] EMBL CD199871             [ TCTTGTGAGTTGTTGCATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTACGCTGAANCATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL CD140251             [                 ATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCGAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL CD196305             [                 ATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGGGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL CD196291             [                 ATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGAATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCCTTTCTGTACCACAAgagtnan                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL CD196290             [                 ATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL CD140205             [                 ATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCGGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[-] EMBL CD196308             [                  TGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL CD196275             [                  TGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL CD196289             [                  TGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGGTTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL CD140173             [                  TGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL CD140200             [                  TGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL CD196256             [                  TGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL CD196265             [                  TGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL CD196278             [                  TGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[-] EMBL CD140079             [                  TGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGAATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL CD196339             [                  TGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL CD196337             [                  TGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL AI764902             [                                                               GAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATNCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCNNGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCCTTTCTGTACCACAAATAAAATACATAATCTTTCCAACATAAAATTCAGCATAATTTAACTATTTATCGAGTATATTTCCAAACGTTTTGTTTGATTTTTTAAACATTATTGAAATCTTTCGATGTTGTTTTGTTTTATAATGTTAAAAATAACATATTTATCAGCCCATAATGTCCTATTTATCTGTAATGTAATATTTGCTAAAATTTCTTTTATCATTTAATGAAAGTAAAGGCATGGTTGAAAAAGTATCTATTGTTTTCCATCCAATTTGTTCTTGTGTTTTTTACTTAACTTTGTTGATTGTTTTAATGTATAATCAATTTAATATCAATATATGATAT]
[-] EMBL AI764804             [                                                                                                                                                             tGATCCTGGACAAGA AAGAATATCTATCGA GTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCCTTTCTGTACCACAAATAAAATACATAATCTTTCCAACATAAAATTCAGCATAATTTAACTATTTATCGAGTATATTTCCAAACGTTTTGTTTGATTTTTTAAACATTATTGAAATC TTCGATGTTGTTTTGTTTTATAATGTTAAAAATAACATATTTATCAGCCCATAATGTCCTA TTATCTGTAATGTAATA  TGCTAAA  TTC TTTATCA TTAA G AAGT AAGGCATGTTGGAAggtacatg                                                                                           ]
[-] EMBL CD192803             [                                                                                                                                                                             GGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCCTTTCTGTACCACAAATAAAATACATAATCTTTCCAACATAAAATTCAGCATAATTTAACTATTTATCGAGTATATTTCCAAACGTTTTGTTTGATTTTTTAAACATTATTG                                                                                                                                                                                                                                         ]


>consensus_10945#0 CTCTTGTGATTTGTTGCATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATA TCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCC TAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTA TCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCCTTTCTGTACCACAA ATAAAATACATAATCTTTCCAACATAAAATTCAGCATAATTTAACTATTTATCGAGTATA TTTCCAAACGTTTTGTTTGATTTTTTAAACATTATTGAAATCTTTCGATGTTGTTTTGTT TTATAATGTTAAAAATAACATATTTATCAGCCCATAATGTCCTATTTATCTGTAATGTAA TATTTGCTAAAATTTCTTTTATCATTTAATGAAAGTAAAGGCATGGTTGAAAAAGTATCT ATTGTTTTCCATCCAATTTGTTCTTGTGTTTTTTACTTAACTTTGTTGATTGTTTTAATG TATAATCAATTTAATATCAATATATGATAT



consensusID : consensus_10945#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 73
fasta sequence
                              [AGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTTGATCCTGCTAACGCATTCACTTTAT]

[+] EMBL SMRAP141             [AGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTTGATCCTGCTAACGCATTCACTTTAT]


>consensus_10945#1 AGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTTGATCCTGCTAAC GCATTCACTTTAT



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_10945#0      CTCTTGTGATTTGTTGCATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATA 60
consensus_10945#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10945#0      TCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCC 120
consensus_10945#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10945#0      TAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTA 180
consensus_10945#1      -------------------------------------------------AGATGGGATTA 11
                                                                        ***********

consensus_10945#0      TCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCCTTTCTGTACCACAA 240
consensus_10945#1      TCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTTGATCCTGCTAACGCATTCACTTT 71
                       ************************************  *   * *       * *     

consensus_10945#0      ATAAAATACATAATCTTTCCAACATAAAATTCAGCATAATTTAACTATTTATCGAGTATA 300
consensus_10945#1      AT---------------------------------------------------------- 73
                       **                                                          

consensus_10945#0      TTTCCAAACGTTTTGTTTGATTTTTTAAACATTATTGAAATCTTTCGATGTTGTTTTGTT 360
consensus_10945#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10945#0      TTATAATGTTAAAAATAACATATTTATCAGCCCATAATGTCCTATTTATCTGTAATGTAA 420
consensus_10945#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10945#0      TATTTGCTAAAATTTCTTTTATCATTTAATGAAAGTAAAGGCATGGTTGAAAAAGTATCT 480
consensus_10945#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10945#0      ATTGTTTTCCATCCAATTTGTTCTTGTGTTTTTTACTTAACTTTGTTGATTGTTTTAATG 540
consensus_10945#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10945#0      TATAATCAATTTAATATCAATATATGATAT 570
consensus_10945#1      ------------------------------
                                                     




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)