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These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_10945#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 25 consensus length = 570 fasta sequence
[CTCTTGTGATTTGTTGCATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCCTTTCTGTACCACAAATAAAATACATAATCTTTCCAACATAAAATTCAGCATAATTTAACTATTTATCGAGTATATTTCCAAACGTTTTGTTTGATTTTTTAAACATTATTGAAATCTTTCGATGTTGTTTTGTTTTATAATGTTAAAAATAACATATTTATCAGCCCATAATGTCCTATTTATCTGTAATGTAATATTTGCTAAAATTTCTTTTATCATTTAATGAAAGTAAAGGCATGGTTGAAAAAGTATCTATTGTTTTCCATCCAATTTGTTCTTGTGTTTTTTACTTAACTTTGTTGATTGTTTTAATGTATAATCAATTTAATATCAATATATGATAT]
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[-] EMBL CD199930 [ TCTTGTGATTTGTTGCATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTA ]
[+] EMBL AI977165 [ TCTTGTGATTTGTTGCATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCCTTTCTGTACCACAAATAAAATACATAATCTTTCCAACATAAAATTCAGCATAATTTAACTATTTATCGAGTATATTTCCAAACGTTTTGCTTGATTTTTTAAACATTATTGAAATCTTTCGATGTTGTTTCGTTTTATAATGTTAAAAATAACATATTTATCAGCCCATAATGTCCTATTTATCTGTAATGTAATATTTGCTAAAATTTCTTTTATCATTTAATGAAAGTAAAGGC ]
[-] EMBL CD199826 [ TCTTGTGATCTGTTGCATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGGATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTA ]
[-] EMBL CD199944 [ TCTTGTGATTTGTTGCATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTA ]
[-] EMBL CD199871 [ TCTTGTGAGTTGTTGCATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTACGCTGAANCATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTA ]
[+] EMBL CD140251 [ ATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCGAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTC ]
[+] EMBL CD196305 [ ATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGGGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTC ]
[+] EMBL CD196291 [ ATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGAATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCCTTTCTGTACCACAAgagtnan ]
[+] EMBL CD196290 [ ATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTC ]
[+] EMBL CD140205 [ ATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCGGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTC ]
[-] EMBL CD196308 [ TGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCC ]
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[-] EMBL CD140200 [ TGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCC ]
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[-] EMBL CD196278 [ TGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAA ]
[-] EMBL CD140079 [ TGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGAATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCC ]
[-] EMBL CD196339 [ TGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCC ]
[-] EMBL CD196337 [ TGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATATCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCC ]
[+] EMBL AI764902 [ GAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATNCTAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCNNGGACGAGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCCTTTCTGTACCACAAATAAAATACATAATCTTTCCAACATAAAATTCAGCATAATTTAACTATTTATCGAGTATATTTCCAAACGTTTTGTTTGATTTTTTAAACATTATTGAAATCTTTCGATGTTGTTTTGTTTTATAATGTTAAAAATAACATATTTATCAGCCCATAATGTCCTATTTATCTGTAATGTAATATTTGCTAAAATTTCTTTTATCATTTAATGAAAGTAAAGGCATGGTTGAAAAAGTATCTATTGTTTTCCATCCAATTTGTTCTTGTGTTTTTTACTTAACTTTGTTGATTGTTTTAATGTATAATCAATTTAATATCAATATATGATAT]
[-] EMBL AI764804 [ tGATCCTGGACAAGA AAGAATATCTATCGA GTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCCTTTCTGTACCACAAATAAAATACATAATCTTTCCAACATAAAATTCAGCATAATTTAACTATTTATCGAGTATATTTCCAAACGTTTTGTTTGATTTTTTAAACATTATTGAAATC TTCGATGTTGTTTTGTTTTATAATGTTAAAAATAACATATTTATCAGCCCATAATGTCCTA TTATCTGTAATGTAATA TGCTAAA TTC TTTATCA TTAA G AAGT AAGGCATGTTGGAAggtacatg ]
[-] EMBL CD192803 [ GGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTAAACATTTCCTTTCTGTACCACAAATAAAATACATAATCTTTCCAACATAAAATTCAGCATAATTTAACTATTTATCGAGTATATTTCCAAACGTTTTGTTTGATTTTTTAAACATTATTG ]
consensusID : consensus_10945#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 73 fasta sequence
[AGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTTGATCCTGCTAACGCATTCACTTTAT]
[+] EMBL SMRAP141 [AGATGGGATTATCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTTGATCCTGCTAACGCATTCACTTTAT]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_10945#0 CTCTTGTGATTTGTTGCATGGATCCCGCAATTATAAAGAAGCTCAATTTAGCTCCAGATA 60
consensus_10945#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10945#0 TCAGAGATGATTATGCTGAATTATTTCAAATCACACTATGGACTAGCATAGCACTGATCC 120
consensus_10945#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10945#0 TAGTTGTATGGGGCGTTTCTTGGGGTATCTGGAATATGGATCCTGGACGAGATGGGATTA 180
consensus_10945#1 -------------------------------------------------AGATGGGATTA 11
***********
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consensus_10945#1 TCTATCGAGGTACAATGACAAGACCTAAACAAGATTTGATCCTGCTAACGCATTCACTTT 71
************************************ * * * * *
consensus_10945#0 ATAAAATACATAATCTTTCCAACATAAAATTCAGCATAATTTAACTATTTATCGAGTATA 300
consensus_10945#1 AT---------------------------------------------------------- 73
**
consensus_10945#0 TTTCCAAACGTTTTGTTTGATTTTTTAAACATTATTGAAATCTTTCGATGTTGTTTTGTT 360
consensus_10945#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10945#0 TTATAATGTTAAAAATAACATATTTATCAGCCCATAATGTCCTATTTATCTGTAATGTAA 420
consensus_10945#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10945#0 TATTTGCTAAAATTTCTTTTATCATTTAATGAAAGTAAAGGCATGGTTGAAAAAGTATCT 480
consensus_10945#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10945#0 ATTGTTTTCCATCCAATTTGTTCTTGTGTTTTTTACTTAACTTTGTTGATTGTTTTAATG 540
consensus_10945#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10945#0 TATAATCAATTTAATATCAATATATGATAT 570
consensus_10945#1 ------------------------------
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||