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consensusID : consensus_11059#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 22 consensus length = 1005 fasta sequence
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[+] EMBL CD093466 [ATCATAACTTTCACGATGATGATGGCTTTCTATATATAAGCTACAGGTGGGGAAAATTCTTTNCGGCTCTGGTTCATAGCCNTTATATTTTCANAAACAAGATATTTTTCNNTGTACTTGTGAAAACTGAACGGTTTAAGTTTACATAATGAAACTATATACAAAATTAAATTTTCAGCTCACNGTTTGCNNTAACTTTAAATAGTTTCNCTTTTTTCATCTAATTCTCCANNAAGCAACAATGTTGTTTACCANATTATGTGCNTTTTTTAAGTGAAGCTTGGAGGTTTTTTCCCTGTTTACNCTTCCGNATTTTGTTGAACCTTNNTCTGCCTCTTTTGCCANGATTTATTTATATANTTATATNCGGTTTTCAGGTTCAGCGAGTTGTGCACAAATGTGTTGTTATTTAATAAATCTGAGCACAATGGGCTTTGATCCTAATCAATAACTTATGTTATTCCTGTTTTGTATGTAATGCTCATTATTAGTATGGAATTTTGCCTTGT]
consensusID : consensus_11059#4 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 433 fasta sequence
[ATCAAGGCCAAGTATCCTAACAGAGTTCCAGTCGTCGTGGAACGTCATCGCCATTCGCAAATACCCGATATTGACAAACATAAGTTTCTTGTTCCGGATGATGTTACAGTCGCTCAGTTTATGTGGATCATTCGAAAACGTATTGATATCTCATCAGAAAAAGCCCTTTTTCTTTTTGTTGAGAAGAATATGCCTCAAACAAGGTATATTAATCAATTTACGAGTTGATTCAGTTTTTAAAGTTCTTGTTTACACAAAATATTATAATCAGATGTTTTCGACTTGATATGCACAATAACTTGAGATGGTGGAGAAGATTTGTAGCTCCGATGAATAATTTTGGTGGAGTCTTGTTCTCTGAGCTGAACAAAACTCCATCAAAATACACGATAACTGTTTGTCTCGTAGACATTTAAAATTCCTATGAATAATC]
[-] EMBL CD086093 [ATCAAGGCCAAGTATCCTAACAGAGTTCCAGTCGTCGTGGAACGTCATCGCCATTCGCAAATACCCGATATTGACAAACATAAGTTTCTTGTTCCGGATGATGTTACAGTCGCTCAGTTTATGTGGATCATTCGAAAACGTATTGATATCTCATCAGAAAAAGCCCTTTTTCTTTTTGTTGAGAAGAATATGCCTCAAACAAGGTATATTAATCAATTTACGAGTTGATTCAGTTTTTAAAGTTCTTGTTTACACAAAATATTATAATCAGATGTTTTCGACTTGATATGCACAATAACTTGAGATGGTGGAGAAGATTTGTAGCTCCGATGAATAATTTTGGTGGAGTCTTGTTCTCTGAGCTGAACAAAACTCCATCAAAATACACGATAACTGTTTGTCTCGTAGACATTTAAAATTCCTATGAATAATC]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_11059#0 GGCCTCGAGCCTTATTCGGCACGAGGCAACGTTCACTAAGAAGTCATGAATTTCAAGTTC 60
consensus_11059#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#1 --------------CCCAGGCCANAATTTGGCACGAGGAGCAGTCATGAATTTCAAGTTC 46
consensus_11059#2 -----------------GCGGGCTACTCACGTTTCACTAAGAAGTCATGATTCAAAGTTC 43
consensus_11059#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#0 AAAGAGACCCATACCTTCGAGCAAAGACAGCAGGACTCCTCCAAAATCAAGGCCAAGTAT 120
consensus_11059#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#1 AAAGAGACCCATACCTTCGAGCAAAGACAGCAGGACTCCTCCAAAATCAAGGCCAAGTAT 106
consensus_11059#2 AAAGAGACCCATACCTTCGAGCAAAGACAGCAGGACTCCTCCAAAATCAAGGCCAAGTAT 103
consensus_11059#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#0 CCTAACAGAGTTCCAGTCGTCGTGGAACGTCATCGCCATTCGCAAATACCCGATATTGAC 180
consensus_11059#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#1 CCTAACAGAGTTCCAGTCGTCGTGGAACGTCATCGCCATTCGCAAATACCCGATATTGAC 166
consensus_11059#2 CCTAACAGAGTTCCAGTCGTCGTGGAACGTCATCGCCATTCGCAAATACCCGATATTGAC 163
consensus_11059#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#0 AAACATAAGTTTCTTGTTCCGGATGATGTTACAGTCGCTCAGTTTATGTGGATCATTCGA 240
consensus_11059#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#1 AAACATAAGTTTCTTGTTCCGGATGATGTTACAGTCGCTCAGTTTATGTGGATCATTCGA 226
consensus_11059#2 AAACATAAGTTTCTTGTTCCGGATGATGTTACAGTCGCTCAGTTTATGTGGATCATTCGA 223
consensus_11059#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#0 AAACGTATTGATATCTCATCAGAAAAAGCCCTTTTTCTTTTTGTTGAGAAGAATATGCCT 300
consensus_11059#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#1 AAACGTATTGATATCTCATCAGAAAAAGCCCTTTTTCTTTTTGTTGAGAAGAATATGCCT 286
consensus_11059#2 AAACGTATTGATATCTCATCAGAAAAAGCCCTTTTTCTTTTTGTTGAGAAGAATATGCCT 283
consensus_11059#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#0 CAAACAAGTGCCACAATAGGTCAACTATATCATAACTTTCACGATGATGATGGCTTTCTA 360
consensus_11059#3 ----------------------------ATCATAACTTTCACGATGATGATGGCTTTCTA 32
consensus_11059#1 CAAACAAGTGCCACAATAGGTCAACTATATCATAACTTTCACGATGATGATGGCTTTCTA 346
consensus_11059#2 CAAACAAGTGCCACAATAGGTCAACTATATCATAACTTTCACGATGATGATGGCTTTCTA 343
consensus_11059#4 -------------------------------------------ATCAAGGCCAAGTATCC 17
** * * *
consensus_11059#0 TATATAAGCTACAG-TGGGGAAAATTCTTTC-GGCTCTGGTTCATAGCCTT-ATATTTTC 417
consensus_11059#3 TATATAAGCTACAGGTGGGGAAAATTCTTTNCGGCTCTGGTTCATAGCCNTTATATTTTC 92
consensus_11059#1 TATATAAGCTACAG-TGGGGAAAATTCTTTC-GGCTCTGGTTCATAGCCTT-ATATTTTC 403
consensus_11059#2 TATATAAGCTACAG-TGGGGAAAATTCTTTC-GGCTCTGGTTCATAGCCTT-ATATTTTC 400
consensus_11059#4 TAACAGAGTTCCAGTCGTCGTGGAACGTCATCGCCATTCGCAAATACCCG--ATATTGAC 75
** ** * *** * * * * * * * * *** ** ***** *
consensus_11059#0 AAAA-CAAGATATTTTTCTGT--ACTTGTGAAAA-TGAA-GGTTTAGTTTAATATGAA-- 470
consensus_11059#3 ANAAACAAGATATTTTTCNNTGTACTTGTGAAAACTGAACGGTTTAAGTTTACATAATGA 152
consensus_11059#1 AAAA-CAAGATATTTTTCTGT--ACTTGTGAAAA-TGAA-GGTTTAGTTTAATATGAA-- 456
consensus_11059#2 AAAA-CAAGATATTTTTCTGT--ACTTGTGAAAA-TGAA-GGTTTAGTTTAACATGAA-- 453
consensus_11059#4 AAACATAAGTTTCTTGTTCCGGATGATGTTACAGTCG------CTCAGTTTATGTGGA-- 127
* * *** * ** * *** * * * * ** * *
consensus_11059#0 ---TATATACAAATT---ATTTTCAGCTTACGTTT---GCTAACTTTAAATAGTTTCC-T 520
consensus_11059#3 AACTATATACAAAATTAAATTTTCAGCTCACNGTTTGCNNTAACTTTAAATAGTTTCNCT 212
consensus_11059#1 ---TATATACAAATT---ATTTTCAGCTTACGTTT---GCTAACTTTAAATAGTTTCC-T 506
consensus_11059#2 ---TATATACAAATT---ATTTTCAGCTTACGTTT---GCTAACTTTAAATAGTTTCC-T 503
consensus_11059#4 ----TCATTCGAAAACGTATTGATATCTCATCAGA---AAAAGCCCTT-----TTTCTTT 175
** * ** *** * ** * * * * **** *
consensus_11059#0 TTTTTCATCTA-TTCTCCAAA--GCAACAATGT-TGTTTACCAA-TTATGTGCTTTTTT- 574
consensus_11059#3 TTTTTCATCTAATTCTCCANNAAGCAACAATGT-TGTTTACCANATTATGTGCNTTTTTT 271
consensus_11059#1 TTTTTCATCTA-TTCTCCAAA--GCAACAATGT-TGTTTACCAA-TTATGTGCTTTTTT- 560
consensus_11059#2 TTTTTCATCTA-TTCTCCAAA--GCAACAATGT-TGTTTACCAA-TTATGTGCTTTTTT- 557
consensus_11059#4 TTGTTGAGAAGAATATGCCTCA---AACAAGGTATATTAATCAATTTACGAGTTGATTC- 231
** ** * * * * ***** ** * ** * ** *** * * **
consensus_11059#0 -AGTGA-GCTTGGAGGTTTTTTCC-TGTTTACC-TTCCGA--TTTGTTGACC---TTTCT 625
consensus_11059#3 AAGTGAAGCTTGGAGGTTTTTTCCCTGTTTACNCTTCCGNATTTTGTTGAACCTTNNTCT 331
consensus_11059#1 -AGTGA-GCTTGGAGGTTTTTTCC-TGTTTACC-TTCCGA--TTTGTTGACC---TTTCT 611
consensus_11059#2 -AGTGA-GCTTGGAGGTTTTT--------------------------------------- 576
consensus_11059#4 -AGT----TTTTAAAGTTCTT-----GTTTACA-CAAAATATTATAATCAGATGTTTTCG 280
*** ** * *** **
consensus_11059#0 GCCTCTTTTGCCAG-ATTTATTTATATATT-ATATC-GGTTTTC-GGTTCAGCG-GTTGT 680
consensus_11059#3 GCCTCTTTTGCCANGATTTATTTATATANTTATATNCGGTTTTCAGGTTCAGCGAGTTGT 391
consensus_11059#1 GCCTCTTTTGCCAG-ATTTATTTATATATT-ATATC-GGTTTTC-GGTTCAGCG-GTTGT 666
consensus_11059#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#4 ACTTGATATGC-ACAATAACTTGAGATGGT-GGAGAAGATTTGTAGCTCCGATGAATAAT 338
consensus_11059#0 GCACAAATGTGTTGTTATTTAATAAATCTGAGCACAATGGGCTTTGATCCTAATCAATAA 740
consensus_11059#3 GCACAAATGTGTTGTTATTTAATAAATCTGAGCACAATGGGCTTTGATCCTAATCAATAA 451
consensus_11059#1 GCACAAATGTGTTGTTATTTA-TAAATCTGAGCACAATGGGCTNTGATCCTAATCAAATA 725
consensus_11059#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#4 TT--TGGTGGAGTCTTGTTC------TCTGAGCTGAACAAAACTCCATCAAAATACACGA 390
consensus_11059#0 CTTATGTTATTCCTGTTT-TGTATGTAATGCTCATTATTAGTATGGAATTTTGCATTGTT 799
consensus_11059#3 CTTATGTTATTCCTGTTT-TGTATGTAATGCTCATTATTAGTATGGAATTTTGCCTTGT- 509
consensus_11059#1 CTTATGTTATTCCTGGTT-TGTATGTAATGCTCATTATTAGTATGGAATTTTGCATTGTN 784
consensus_11059#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#4 TAACTGTTTGTCTCGTAGACATTTAAAATTCCTATGAATAATC----------------- 433
consensus_11059#0 TACCGTTTTTTGTTGTCCACTAAGTGATATTCTCATTGTGTTATATTTTTAGATTTTCTT 859
consensus_11059#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#1 TACCGTTTTTTGNTGTCCACTAAGTGATATTCTCATTGGNGTATATNNTTAGATTTTCTT 844
consensus_11059#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#0 GTTTCTCTGTGTCCAACTGCTATTTTTATTCTGTGTATATTGTTTATGCATTTTAACAAT 919
consensus_11059#3 ------------------------------------------------------------
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consensus_11059#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#0 ATTTGATTGTATTGTTTAATTTTCTCACTACTGAATTACATAAACAGGTGATTATTTATT 979
consensus_11059#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#1 NNTGATGNTAAATTCTACTACTGAATACTAACAGGGATATNTATTAANTNGATCTGAATA 964
consensus_11059#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11059#0 TAAATTTGTATCTGTAAATACACCTG 1005
consensus_11059#3 --------------------------
consensus_11059#1 CAC----------------------- 967
consensus_11059#2 --------------------------
consensus_11059#4 --------------------------
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||