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consensusID : consensus_11155#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 14 consensus length = 1356 fasta sequence
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[+] EMBL CD079216 [ GTTCC CACATTCGTCTTCGGAGGCAACTGCTACAGAGTCTGCTAGTACAGTATCACCGAAATCTGGATTTATATTTCAATAGATCTACCATTTTGTTGTATAATTCAATAGTAGACTTTGTTTACTGTCTTCCATTCATGCTTGTGTATATAAAAATAATCACGCTAGTGTACTATT CAATAATAACAACAA CAATAGGGATCCTCA TAGTTTATCAGCATTCCCTTCTATATTCATCTTGATTTTATTAGTAATGTTTTTCGCTTTTTAATTATTACTTCATATTAGTTATGTAAAAAGAAAGTTAACTCTTATGACAGTGTATACATAGATCTACTTCACTGTTGTTGAAAGCATTTTCAGGTTGTTTGAATATTTCTATTATCAACTTCATCCTACTTGTGTCAACTTTGCGTTGTCTGTAGACTAATCTGTTTTTATAAAGGTACAT TGGTATTAGAATTTGTATCATGTTTACTGTTATTTCTTCACAAGTTGGTTGATTGCTTCTGTTGTTTTGTCATTNTTCCCCATCCTTGCGTTCATGCACATTCTTTGAACTCTTACTTTATTCGTATTAACCTCGTTTTCGTCTCTCCTACAAGTTAGTCATCCATCTTTGAGCTNTCGCATATAATAGTANAATGT ]
[-] EMBL CD074334 [ TATTCCCAATAATAACAACAACCAATAGGGATCCTCANTAGTTTATCAGCATTCCCTTCTATATTCATCTTGATTTTATTAGTAATGTTTTTCGCTTTTTAATTATTACTTCATATTAGTTATGTAAAAAGAAAGTTAACTCTTATGACAGTGTATACATAGATCTACTTCACTGTTGTTGAAAGCATTTTCAGGTTGTTTGAATATTTCTATTATCAACTTCATCCTACTTGTGTCAACTTTGCGTTGTCTGTAGACTAATCTGTTTTTATAAAGGTACAT TGGTATTAGAATTTGTATCATGTTTACTGTTATTTCTTCACAAGTTGGTTGATTGCTTCTGTTGTTTTGTCATTTTTCCCCATCCTTGCGTTCATGCACATTCTTTGAACTCTTACTTTATTCGTATTAACCTCGTTTTCGTCTCTCCTACAAGTTAGTCATCCATCTTTGAGCTTTCGCATATAATAGTAAAATGTCAATATAACGATA ]
[-] EMBL CD138674 [ AGTTTATCAGCATTCCCTTCTATATTCATCTTGATTTTATTAGTAATGTTTTTCGCTTTTTAATTATTACTTCATATTAGTTATGTAAAAAGAAAGTTAACTCTTATGACAGTGTATACATAGATCTACTTCACTGTTGTTGAAAGCATTTTCAGGTTGTTTGAATATTTCTATTATCAACTTCATCCTACTTGTGTCAACTTTGCGTTGTCTGTAGACTAATCTGTTTTTATAAAGGTACAT TGGTATTAGAATTTGTATCATGTTTACTGTTATTTCTTCACAAGTTGGTTGATTGCTTCTGTTGTTTTGTCATTTTTCCCCATCCTTGCGTTCATGCACATTCTTTGAACTCTTACTTTATTCGTATTAAC ]
[-] EMBL CD164559 [ CTATATTCATCTTGATTTTATTAGTAATGTTTTTCGCTTTTTAATTATTACTTCATATTAGTTATGTAAAAAGAAAGTTAACTCTTATGACAGTGTATACATAGATCTACTTCACTGTTGTTGAAAGCATTTTCAGGTTGTTTGAATATTTCTATTATCAACTTCATCCTACTTGTGTCAACTTTGCGTTGTCTGTAGACTAATCTGTTTTTATAAAGGTACAT TGGTATTAGAATTTGTATCATGTTTACTGTTATTTCTTCACAAGTTGGTTGATTGCTTCTGTTGTTTTGTCATTTTTCCCCATCCTTGCGTTCATGCACATTCTTTGAACTCTCCCTTTATTCGTATTAACCTCGTTTTCGTCTCgtgt ]
[-] EMBL CD138664 [ CTATATTCATCTTGATTTTATTAGTAATGTTTTTCGCTTTTTAATTATTACTTCATATTAGTTATGTAAAAAGAAAGTTAACTCTTATGACAGTGTATACATAGATCTACTTCACTGTTGTTGAAAGCATTTTCAGGTTGTTTGAATATTTCTATTATCAACTTCATCCTACTTGTGTCAACTTTGCGTTGTCTGTAGACTAATCTGTTTTTATAAAGGTACATATGGTATTAGAATTTGTATAATGTTTACTGTTA ]
[-] EMBL CD136508 [ TTGTCTGTAGACTAATCTGTTTTTATAAAGGTACAT TGGTATTAGAATTTGTATCATGTTTACTGTTATTTCTTCACAAGTTGGTTGATTGCTTCTGTTGTTTTGTCATTTTTCCCCATCCTTGCGTTCATGCACATTCTTTGAACTCTTACTTTATTCGTAga ]
[-] EMBL CD130321 [ TAAAGGTACAT TGGTATTAGAATTTGTATCATGTTTACTGTTATTTCTTCACAAGTTGGTTGATTGCTTCTGCTGTTTTGTCATTTTTCCCCATCCTTGCGTTCATGCACATTCTTTGAACTCTTACTTTATTCGTATTAACCTCGTTTTCGTCTCTCCTACAAGTTAGTCAga ]
consensusID : consensus_11155#3 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 461 fasta sequence
[GAGCAATCGACAGCAGTAAACACTCCACCCCATATAGCGAACCCTCCACCCGTGATTGGTGCACGTGACGACTGTACCAATTGGCGCCTTTAACTAAGKTTTTTTTTTBGGTGGTAAACCCCCSGAAAGGAAGGCCGTTTTAACCGAATWAGCCCCTCCTTGTTAAGAAAAATTTTTWAAAAACCWMCTTAAHCCCGGCCCGTTWAAGACMAGGGCCCCCCCCTTTTGGCTTYCAACAWTCCATTGGGTAACCCGAAGRCCTCCGGAAWTTTCCGGTGAAATTCCAVGGGGGTBCCMAWWAAGGSCTGGTGTTTYCCCYKGTTGGTGGAAAAATTTTGKTTTAATCCCCGGCCTCCAACAAAWTTTCCCMACCAMCCAAACCWTTTAWCCGGAGDGCCCGGGAGAAAGCCWATTAAAAAAGKTGTGTDAAAAAAGCCCCTTGGGGGGGTTKGCCCYTAAAA]
[+] EMBL BE519439 [GAGCAATCGACAGCAGTAAACACTCCACCCCATATAGCGAACCCTCCACCCGTGATTGGTGCACGTGACGACTGTACCAATTGGCGCCTTTAACTAAGKTTTTTTTTTBGGTGGTAAACCCCCSGAAAGGAAGGCCGTTTTAACCGAATWAGCCCCTCCTTGTTAAGAAAAATTTTTWAAAAACCWMCTTAAHCCCGGCCCGTTWAAGACMAGGGCCCCCCCCTTTTGGCTTYCAACAWTCCATTGGGTAACCCGAAGRCCTCCGGAAWTTTCCGGTGAAATTCCAVGGGGGTBCCMAWWAAGGSCTGGTGTTTYCCCYKGTTGGTGGAAAAATTTTGKTTTAATCCCCGGCCTCCAACAAAWTTTCCCMACCAMCCAAACCWTTTAWCCGGAGDGCCCGGGAGAAAGCCWATTAAAAAAGKTGTGTDAAAAAAGCCCCTTGGGGGGGTTKGCCCYTAAAA]
consensusID : consensus_11155#4 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 331 fasta sequence
[CTCGCGGCCAGNAATTCGGTCCGAGGGGGAGCTGCTCTGGCTGTTCGTCATGGTCCAACAGCTATGGTCGGTCAAGCATTTGTTGGTGGCGTTATATTGGCAATTATCGAGGGACTTGGAATCATGATAAATAGATTCGCTCCTATGCTGATGCAAGCTCCGCCAGACTCTGTACCAAATCCACAAAACGATCAGTCATCAGGTCCAGGAAGCTCGCCTGGTAGTGGCGGGAGTGGATTTTACGACTTTTTTGGGTCCAGTTCCACACATTCGTCTTCGGAGGCAACTGCTACAGAGTCTGCTAGTACAGTATCACCGAAATCTGGATTTA]
[+] EMBL CD077820 [CTCGCGGCCAGNAATTCGGTCCGAGGGGGAGCTGCTCTGGCTGTTCGTCATGGTCCAACAGCTATGGTCGGTCAAGCATTTGTTGGTGGCGTTATATTGGCAATTATCGAGGGACTTGGAATCATGATAAATAGATTCGCTCCTATGCTGATGCAAGCTCCGCCAGACTCTGTACCAAATCCACAAAACGATCAGTCATCAGGTCCAGGAAGCTCGCCTGGTAGTGGCGGGAGTGGATTTTACGACTTTTTTGGGTCCAGTTCCACACATTCGTCTTCGGAGGCAACTGCTACAGAGTCTGCTAGTACAGTATCACCGAAATCTGGATTTA]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_11155#0 CTCGNAGGCCAAAATTCGGCACGAGGTGTATCCTCATTGTTCCCATCATTACTATTACTG 60
consensus_11155#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#0 CTATTATTATTATTATTATTATTATCACTACTATTTTTAGTGTAATTCATCCATTCTCTC 120
consensus_11155#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#1 ----------------------------------------GACGAGTTCAGCAGAGATCC 20
consensus_11155#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#0 TTTTATTTCTTAATCTTGTGCAAATATTATCACTTCAACCTGTTTGGTTAGTGTTGTTGA 180
consensus_11155#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#1 CTGTCCGTTTCGTATCGTCAGCGATTGTGGAGCTGCATTTGCTATGGGTACTATCGGTGG 80
consensus_11155#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#0 GTTTCTGCTGTCGGTATATCGTTTTTATTAGTTATATGCTACATCCAATTTTAGAAAATA 240
consensus_11155#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#1 TAGTGTTTTACATTTCTACAGAGGCTATCGTAACGCTCCTTCGGGTTATACAAAAAAACT 140
consensus_11155#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#0 TTTTAAACTATTCTTATGCAGTATACTCTTGTTTTGTAGTTTGGTCCTTAACTTTACATC 300
consensus_11155#2 ---------------------------CACGTTCTTNTTTCTTGTCCTT---TTTGATCC 30
consensus_11155#1 AGTAAGCGCAATGGTTAACAGTCGTCAACGTGCACCAATCACGGGTGGAGGGTTCGCTAT 200
consensus_11155#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#0 TGAACATTTAGAAAAGAGTAGTTGTGTTTACAACTCACACATCTTTCAGTATCATATGAT 360
consensus_11155#2 CGGAGGTCGGAGTAGTAGCCATAAATACTTCGACTGTGATGCTATACTG-ACTAAAAGAT 89
consensus_11155#1 ATGGGGTGGAGTGTTTACTGCTGTCGATTGCTCTTTAGTTCTTGCTCGT--CGAAAAGAG 258
consensus_11155#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#0 ATT-TATATTTAGTAACAACACATGCAAAAGATCTATATAACTGAGGGAGATTTTTTTGT 419
consensus_11155#2 GTCATCCCTCTCGTCATGATTATTGTCA----CCTGCAAGTCTAANTNAGAATTTGTTG- 144
consensus_11155#1 GATCCGTGGAATTCCATCACTAGTGGGG-----------CTATAACGGGAGCTGCTCTGG 307
consensus_11155#4 ---------CTCGCGGCCAGNAATTCGG-----------TCCGAGGGGGAGCTGCTCTGG 40
consensus_11155#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#0 GTGTATCGTTGAATTACTAATTATATTTAAAAACCGTTGATTTCCAGAAACAAACTTGTA 479
consensus_11155#2 ATGTGATACATAAT--------------AAAAACCGT-GATTC----AGACAAACTGTNA 185
consensus_11155#1 CTGTTCGTCATGGTC------------CAACAGCTATGGTCGGTCAAGCATTTGTTGGTG 355
consensus_11155#4 CTGTTCGTCATGGTC------------CAACAGCTATGGTCGGTCAAGCATTTGTTGGTG 88
consensus_11155#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#0 AAGTTATACATGTGTAAAACGTCTTTTAGTTTCTTGAATTAATCAATGCCGATTAACTGT 539
consensus_11155#2 ATATCAT------GGTAAACGTCTTT-AGTTC--TGAAT-AATCAATGC-GATTACNTGT 234
consensus_11155#1 GCGTTATAT---TGGCAATTATCGAGGGACTT--GGAATCATGATAAATAGATTCGCT-C 409
consensus_11155#4 GCGTTATAT---TGGCAATTATCGAGGGACTT--GGAATCATGATAAATAGATTCGCT-C 142
consensus_11155#3 --------------------------------GAGCAATCGACAGCAGTAAACACTCCAC 28
*** *
consensus_11155#0 ATTTTGTTTCAGAAGCTCCGCCAGACTCTGTACCAAATCCACAAAACGATCAGTCACCAG 599
consensus_11155#2 ATTT-GTTTCAGAAGCTCCGCCAGACTCTGTANCCAATCCACANAACGATCAGTCANCAG 293
consensus_11155#1 CTATGCTGATGCAAGCTCCGCCAGACTCTGTACCAAATCCACAAAACGATCAGTCATCAG 469
consensus_11155#4 CTATGCTGATGCAAGCTCCGCCAGACTCTGTACCAAATCCACAAAACGATCAGTCATCAG 202
consensus_11155#3 CCCATATAGCGAACCCTCCACCCGTGATTGGTGCACGTG-ACGACTGTACCAATTGGCGC 87
* * **** ** * ** * * ** * ** * *
consensus_11155#0 GTCCAG--GAAGCTCGCCTGGTAGTGGCGGGAGT--GGATTNTACGACTNTTTTGGTTCC 655
consensus_11155#2 GTCCAG--AAAGCTCGCCTGGTAGTGGCNGGAGT--GGATTT-ACGACTTTTTTGGTTCC 348
consensus_11155#1 GTCCAG--GAAGCTCGCCTGGTAGTGGCGGGAGT--GGATTTTACGACTTTTTTGGTTCC 525
consensus_11155#4 GTCCAG--GAAGCTCGCCTGGTAGTGGCGGGAGT--GGATTTTACGACTTTTTTGGGTCC 258
consensus_11155#3 CTTTAACTAAGKTTTTTTTTTBGGTGGTAAACCCCCSGAAAGGAAGGCCGTTTTAA--CC 145
* * * * * **** ** * * * **** **
consensus_11155#0 AGTTCCACACATTCGTCTTCGGAGGCAACTGCTACAGAGTCTGCT-AGTACTGTATCACC 714
consensus_11155#2 AGTTCCACACATTCGTCTTCGGAGGCAACTGCTACAGAGTCTGCT-AGTACAGTATCACC 407
consensus_11155#1 AGTTCCACACATTCGTCTTCGGAGGCAACTGCTACAGAGTCTGCT-AGTACAGTATCACC 584
consensus_11155#4 AGTTCCACACATTCGTCTTCGGAGGCAACTGCTACAGAGTCTGCT-AGTACAGTATCACC 317
consensus_11155#3 GAATWAGCCCCTCCTTGTTAAGAAA-AATTTTTWAAAAACCWMCTTAAHCCCGGCCCGTT 204
* * * * * * ** ** ** * * * * * ** * * * *
consensus_11155#0 GAA-ATCTGGATTTATATTTCAATAGATCTACCATTTTGTTGTATAATTCAATAGTAGAC 773
consensus_11155#2 GAA-ATCTGGATTTATATTTCAATAGATCTACCATTTTGTTGTATAATTCAATAGTAGAC 466
consensus_11155#1 GAA-ATCTGGATTTATATTTCAATAGATCTACCATTTTGTTGTATAATTCAATAGTAGAC 643
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consensus_11155#3 WAAGACMAGGGCCCCCCCCTTTTGGCTTYCAACAWTCCATTGGGTAACCCGAAGRCCTCC 264
** * **
consensus_11155#0 TTTGTTTACTGTCTTCCATTCATGCTTGTGTATATAAAAATAATCACGCTAGTGTACTAT 833
consensus_11155#2 TTTGTTTACTGTCTTCCATTCATGCTTGTGTATATAAAAATAATCACGCTAGTGTACTAT 526
consensus_11155#1 TTTGTTTACTGTCTTCCATTCATGCTTGTGTATATAAAAATAATCACGCTAGTGTACTAT 703
consensus_11155#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#3 GGAAWTTTCCGGTGAAATTCCAVGGGGGTBCCMAWWAAGG-------SCTGGTGTTTYCC 317
consensus_11155#0 TCAATAATAACGACAACAATAGG--GATCCTCATAGTTTATCAGCATTCCCTTCTATATT 891
consensus_11155#2 TCAATAATAACAACAACAATAGG--GATCCTCATAGTTTATCAGCATTCCCTTCTATATT 584
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consensus_11155#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#3 CYKGTTGGTGGAAAAATTTTGKTTTAATCCCCGGCCTCCAACAAAWTTTCCC-----MAC 372
consensus_11155#0 CATCTTGATTTTATTAGTAATGTTTTTCGCTTTTTAATTATTACTTCATATT-AGTTATG 950
consensus_11155#2 CATCTTGATTTTATTAGTAATGTTTTTCGCTTTTTAATTATTACTTCATATT-AGTTATG 643
consensus_11155#1 CATCTTGATTTTATTAGTAATGTTTTTCGCTTTTTAATTATTACTTCATATNTAGTTATG 821
consensus_11155#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#3 CAMCCAAACCWTTTAWCCGGAGDGCCCGGGAGAAAGCCWATTA------AAAAAGKTGTG 426
consensus_11155#0 TAAAAA-GAAAGTTAACT-CTTATGACAG-TGTATACATAGATCTAC---TTCACTGTTG 1004
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consensus_11155#1 TAAAANAGAAAGTTAACTTCTTATGACAGGTGTATACATAGTATTCTACTTTCACTGTTG 881
consensus_11155#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#3 TDAAAA-------AAGCCCCTTGGGGGGG-TTKGCCCYTAAAA----------------- 461
consensus_11155#0 TTGA-AAGCATTTTCAGGTTGTTTGAATATTTCTATTATCAACTTCATCCTACTTGTGTC 1063
consensus_11155#2 TTGA-AAGCATTTTCAGGTTGTTTGAATATTTCTATTATCAACTTCATCCTACTTGTGTC 756
consensus_11155#1 TTNNGAAAGACATTTTCANNGGTTGTTTGNNAATATTTTCTATATATCAACTTTCATTCC 941
consensus_11155#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#3 ------------------------------------------------------------
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consensus_11155#1 TACTTGTGNTTCAACTTTGCNGTTGTTCTGTAGACATAATTCTGTTTNTTATAAAGGTCA 1001
consensus_11155#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#0 TATCATGTTTACTGTTATTTCTTCACAAGTTG-GTTGATTGCTTCTGTTGTTTTGTCATT 1182
consensus_11155#2 TATCATGTTTACTGTTATTTCTTCACAAGTTG-GTTGATTGCTTCTGTTGTTTTGTCATT 875
consensus_11155#1 CATATGGTATATAGAAATTTGTATACATGTTGTACTGTTATCTTCTATCACCAAGTTGGT 1061
consensus_11155#4 ------------------------------------------------------------
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consensus_11155#0 TTTCCCCATCCTTGC-GTTCATGCACATTCTTTGAACTCTTACTTTATTCGTATTAACCT 1241
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consensus_11155#1 ATGATTGCTCTCTGTTGTGTTTGTACATTTTTCCGCCATGCCTTGCGTTCATCGCACATT 1121
consensus_11155#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#3 ------------------------------------------------------------
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consensus_11155#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11155#0 ATGTCAATATAACGATACTATCTCTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 1356
consensus_11155#2 ATGTCAATATAACGATAC------------------------------------- 1012
consensus_11155#1 -------------------------------------------------------
consensus_11155#4 -------------------------------------------------------
consensus_11155#3 -------------------------------------------------------
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||