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consensusID : consensus_11157#5 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 107 fasta sequence
[GAGTTTGCATGACATAAGTAATAAGTAAGTAGATAGAAAGTTATTGTTTACAAACNTCATANTACNNTAAATATATGCTTGCAACATAGTTCATCCCANAGATCAAT]
[+] EMBL AA559452 [GAGTTTGCATGACATAAGTAATAAGTAAGTAGATAGAAAGTTATTGTTTACAAACNTCATANTACNNTAAATATATGCTTGCAACATAGTTCATCCCANAGATCAAT]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_11157#0 TTCGGCACGAGCNTGAAACTTAGGCATATATACATACCGCTTTTACAGTCGGCTTAGCCG 60
consensus_11157#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#0 CTTCCAGCTGGTTTAGTTGTTTTCATGATTAGTGCATTTTTTCATGAAATACTTGTTTCG 120
consensus_11157#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#0 GTCCCATTGAAAATGCTAAGATTCTGGGCCTTCTTTGGTATGCTAAGTCAAGTACCATAT 180
consensus_11157#1 -----------------------------CTTCTTTGGTATGCTAAGTCAAGTACCATAT 31
consensus_11157#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#0 GCCTACATAGTTTCACTCTTATTCCCAAATGGTGGTCAAGGTGGTAACTTAGCCGTATGG 240
consensus_11157#1 GCCTACATAGTTTCACTCTTATTCCCAAATGGTGGTCAAGGTGGTAACTTAGCCGTATGG 91
consensus_11157#3 -----------------------------------NNNNNNNNNNNNNNNAGCCGTATGG 25
consensus_11157#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#2 ---------------------------------------GCCAGTATNTCGGCACGAGGG 21
consensus_11157#0 CTTACGTTAATAATTGGTCAACCATTAGCTATTCTCGCTTATTTCCATGACTATTTCATA 300
consensus_11157#1 CTTACGTTAATAATTGGTCAACCATTAGCTATTCTCGCTTATTTCCATGACTATTTCATA 151
consensus_11157#3 CTTACGTTAATAATTGGTCAACCATTAGCTATTCTCGCTTATTTCCATGACTATTTCATA 85
consensus_11157#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#2 GTTTAAGCCCGCGTCACATTCCGATTATTCGGCACGGTGGCGATGTTGAACCATTCGTTG 81
consensus_11157#0 ACACATTATAATGTTGGTGGAATATAAACAACTACAATCAATAAATCAGTAAATAAGATT 360
consensus_11157#1 ACACATNNNNNGGTTGGTGGAATATAAACAACTACAATCAATAAATCAGTAAATAAGATT 211
consensus_11157#3 ACACATTATAATGTTGGTGGAATATAAACAACTACAATCAATAAATCAGTAAATAAGATT 145
consensus_11157#4 --------------------------AACAACTACAATCAATAAATCAGTAAATAAGATT 34
consensus_11157#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#2 TATCCTGAAAACTATCGACAGATAGGTGAAAGTTTCGTAATGGAGTACTACGATACAATG 141
consensus_11157#0 TTTTGTTATTTGGTTTTTTTT-GATATTCTTTCCTTACTCGTTGTACAGTGA-AGACTTA 418
consensus_11157#1 TTTTGTTATTTGGTTTTTTTTTGATATTCTTTCCTTACTCGTTGTACAGTGA-AGACTTA 270
consensus_11157#3 TTTTGTTATTTGGTTTTTTTTTGATANNNNNNNNTTACTCGTTGTACAGTGA-AGACTTA 204
consensus_11157#4 TTTTGTTATTTGGTTTTTTTT-GATATTCTTTCCTTACTCGTTGTACAGTGA-AGACTTA 92
consensus_11157#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#2 CAGCGAGATAGAAGTTCTCTCAAACTGTTTTATCACAATCAAGCAAGGATGACATATGAA 201
consensus_11157#0 TCCATTTAATTAGATATTTACACTCGACTATATCAA--------TGTTGTTTTTTTGACT 470
consensus_11157#1 TCCATTTAATTAGATATTTACACTCGACTATATCAA--------TGTTNNNNNNNNNNNN 322
consensus_11157#3 TCCATTTAATTAGATATTTACACTCGACTATATCAA--------TGTTGTTTTTCTGACT 256
consensus_11157#4 TCCATTTAATTAGATATTTACACTCGACTATATCAA--------TGTTGTTTTTCTGACT 144
consensus_11157#5 ---------------------------------GAG--------TTTGCATGACATAAGT 19
consensus_11157#2 GGTGATGTGTTAGAAGGTCAAGATAAAATCGGTGAAAAATTCCTTTCACTTCCTGCTAAC 261
* *
consensus_11157#0 AGTAA-TTAATGGGT-TGCTCATTTTTAATGTTGACTAGTTTGTCGAT-TGATAACTGTT 527
consensus_11157#1 NNNNAATTAATGGGT-TGCTCATTTTTAATGTTGACTAGTTTGTCGAT-TGATAACTGTT 380
consensus_11157#3 AGTAA-TTAATGGGT-TGCTCATTTTTAATGTTGACTAGTTTGTCGAT-TGATAACTGTT 313
consensus_11157#4 AGTAA-TTAATGGGT-TGCTCATTTTTAATGTTGACTAGTTTGTCGAT-TGATAACTGTT 201
consensus_11157#5 AATAAGTAAGTAGAT-AG---AAAGTTATTGTTTACAAACNTCATANTACNNTAAATAT- 74
consensus_11157#2 AAAATTCAAGTGGGTATAACTAATGTTGATGTTCATCCGAACGAAAATTCTGTCCTTATT 321
* * * * * ** **** * * * * *
consensus_11157#0 -AAATTCCTA---AAAGTGATTGTCTGGTTATTCAT-TATCCTATCTATGCCATTCAACT 582
consensus_11157#1 -AAATTCCTA---AAAGTGATTGTCTGGTTATTCAT-TATCCTATCTATGCCATTCAACT 435
consensus_11157#3 -AAATTCCTA---AANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNCTATGCCATTCAACT 368
consensus_11157#4 -AAATTCCTA---AAAGTGATTGTCTGGTTATTCAT-TATCCTATCTATGCCATCCAACT 256
consensus_11157#5 -ATGCTTGCA---ACATAGTTCATCCCANAGATCAA-T---------------------- 107
consensus_11157#2 TTTGTCTGTGGACAAGTACAGTGTGATGAAGACCAGGTACTACCGTTTTGCGAAGTGTTT 381
*
consensus_11157#0 TTCTTGCCTAACTTTC-CTTTTTCTTGCTTGTCGTTTCTCCTAGTTCTGGCTATTTTTTA 641
consensus_11157#1 TTCTTGCCTAACTTTC-CTTTTTCTTGCTTGTCGTTTCTC-------------------- 474
consensus_11157#3 TTCTTGCCTAACTTTC-CTTTTTCTTGCTTGTCGTTTCTCCTAGTTCTGGCTATTTTTTA 427
consensus_11157#4 TTCTTGCCTAACTTTC-CTTTTTCTTGCTTGTCGTTTCTCCTAGTTCTGGCTATTTTTTA 315
consensus_11157#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#2 TTCCTTCGCAAATTCAACAATTGTTTCCTCATCACTGATTCTATGTTTCGTTTGGGTTTG 441
consensus_11157#0 TTCTGGTGTACAAATACTATTAAAGCAACGAAAAACTCTTGTCATTAATCTAATTTTTTG 701
consensus_11157#1 -----------AAATACTATTAAAGCAACGAAAAACTCTTGTCATTAATCTAATTTTTTG 523
consensus_11157#3 TTCTGGTGTACAAATACTATTAAAGCAACGAAAAACTCTTGTCATTAATCTAATTTTTTG 487
consensus_11157#4 TTCTGGTCT-TCATCACACTGTACTTGTCCACAGACAAAAATAAGGA--CAGAATTTTCG 372
consensus_11157#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#2 CATAATTTCTAACATGATTTTTATTATAACACGTATTCAACTATCCTAATACTTGTTACA 501
consensus_11157#0 CTTCTATTCTTATCATTGTAATTTATTTTCCCTTTCAATTGAATTTTTACTTTTGATGTC 761
consensus_11157#1 CTTCTATTCTTATCATTGTAATTTATTTTCCCTTTCAATTGAATTTTTACTTTTGATGTC 583
consensus_11157#3 CTTCTATTCTTATCATTGTAATTTATTTTCCCT--------------------------- 520
consensus_11157#4 TTCGGATGAACATCAACAT----------------------------------------- 391
consensus_11157#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#2 TTTGCATGTGCTTGTTAATCATTGGTGTCCTGTTGCAGCAGAAAATTGATCTCTTGGATA 561
consensus_11157#0 ATTACAACCATACTGTCGGTACAATGTGTTTAATTGATTCAGTATCTGTGTTAGTGTTAA 821
consensus_11157#1 ATTACAACCATACTGTCGGTACAATGTGTTTAATTGATTCAGTATCTGTGTTAGTGTTAA 643
consensus_11157#3 -----------ACTGTCGGTACAATGTGTTTAATTGATTCAGTATCTGTGTTAGTGTTAA 569
consensus_11157#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#2 A-----ACTATGTTGCAAGCATATATTTATTGTACTATGATGTTTGTAAACAATAACTTT 616
consensus_11157#0 CTATTTATAAATATTATTCTTACACATAAAAGTTTGTGAACAAAAGTTCATATTTTTAGG 881
consensus_11157#1 CTAT-----------------------------------------AGTCATATTTCTAGG 662
consensus_11157#3 CTATTTATAAATATTATTCTTAACACATANAGTTTGTGAACAAA-ATTCATATTTCTAGG 628
consensus_11157#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#2 CTATCTACTTCTTATTACTTATGTCATGCAAACTTACTCGAATACAGAAACACATGCGAT 676
consensus_11157#0 TTGGATTTATGGCATCAGTGCTTTCAGATACGAAAAATAGAGAAGTAAAAGCGTTTTTCA 941
consensus_11157#1 TTGGATT-ATGGCATCAGTGCTT-CAGATACGAAAA-TAGAGAAGTAAA-GCGTTTTTCA 718
consensus_11157#3 TTGGATT-ATGGCATCAGTGCTTTCAGATACGAAAA-TAGAGAAGTAAA-GCGTTTTTCA 685
consensus_11157#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#2 TAGATTTTGCTTCATT--TGGTCCAAAATTTACTACTTACACACTATGATGTGCTTTTCA 734
consensus_11157#0 TTCCATTTGGAACTATTTGAAATGCTTGTAAGAACTTTTGTTTTAATTTGAACAGACAGT 1001
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consensus_11157#3 TTC-ATTTGGAACTATT-GAAATG--CTGTAGAACTTT-GTCTTAATTCGA-CAGACAGT 739
consensus_11157#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#2 TCAATCACAGCAGCAAAAGCAAGCTGACNCACAGTAGATGCTTTGATCCTATCATGTTCT 794
consensus_11157#0 TTCAGAGTATTTGGGTCCCTAGTCAATGTAGGACATTAAAAAGGAAACTATATTTGTAAA 1061
consensus_11157#1 TTCAGAGTATTTGGGTCC-TAGTCA-TGGTGGACATTAAAAGG--AACTAT-TTTGTAAA 832
consensus_11157#3 ATTATCGT--TCAGTTAAATAATCA----------------------------------- 762
consensus_11157#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11157#2 CGTTCTCTCAGTGGATCTCCGCATTATTTTTAATCCTATTGTTATAATA----------- 843
consensus_11157#0 AATTTTCATCGTTTCAAGTTAAAATAAATCCAATG 1096
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consensus_11157#3 -----------------------------------
consensus_11157#4 -----------------------------------
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consensus_11157#2 -----------------------------------
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||