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[+] EMBL SMAA25553 [CTTTATTAATAGTAGCATTTTTTTTTACTTTAATCATAGGATCTATAACATTTTATGTTTTAGGATTTAGATTTTCATTAGATCACTATATTAGACTTAAGGAGTGGTATAGTAGATTTGAGTGCGGGTTTCTGAGGCATGGTTACAAAGAGAATTTTTTTAGGTTTCCTTACTTAAATTTATTAGTATATATTGTGTAGTATCGCGATTTTGGAAGTCCTTATGCAAGTCTATTGAGGATGGTAAACATATGATGTATTCTTTCTCTCTGTGTGTTTTTGTGTATAGATAGAGTAGTGTGGTATATAAGTGGATGTAGTATTG]
consensusID : consensus_11163#4 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 306 fasta sequence
[ACATAGGACCTAAAACCACTTTATGTTTTAGGATTTAGATTTTCATTAGATCACTATATTAGACTTAAGGAGTGGTATAGTAGATTTGAGTGCGGGTCTCTGAGGCATGGTTACAAAGAGAATGCTTTTAGGCGTCTGACCTGAAAGTTATTAGTATCATTTGTAGTATTCGATTTGGAAGTTTCTCTATTGCTAAAAGTCGTATTTGATGGATTTGGCTTATACATATTGATGTATCTCTCTTTCTCTGTTTGTTTTTTTTGTATTGATAGAGGTAGGTTTGGTATATAAGTGATGAGTATTGTT]
[-] EMBL SMAA25552 [ACATAGGACCTAAAACCACTTTATGTTTTAGGATTTAGATTTTCATTAGATCACTATATTAGACTTAAGGAGTGGTATAGTAGATTTGAGTGCGGGTCTCTGAGGCATGGTTACAAAGAGAATGCTTTTAGGCGTCTGACCTGAAAGTTATTAGTATCATTTGTAGTATTCGATTTGGAAGTTTCTCTATTGCTAAAAGTCGTATTTGATGGATTTGGCTTATACATATTGATGTATCTCTCTTTCTCTGTTTGTTTTTTTTGTATTGATAGAGGTAGGTTTGGTATATAAGTGATGAGTATTGTT]
consensusID : consensus_11163#5 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 204 fasta sequence
[ATTTTTTAGGTTTCCTACCTATAAATTTTTAGTATAATTGTTAGTATTCGATTTGAAGTTTCTTTATTGCTAAAAGTCGTATTTGATGGGATTTGGTTTTATACATATTGATGTTATTTCTTTATTTTCTTTATCGTTTTATTTTAGTTATTTGATAGAGGTCGGTTTTGGGTATATAAAGTGGATGTAGTATTTGTTTTGAGT]
[-] EMBL BE431253 [ATTTTTTAGGTTTCCTACCTATAAATTTTTAGTATAATTGTTAGTATTCGATTTGAAGTTTCTTTATTGCTAAAAGTCGTATTTGATGGGATTTGGTTTTATACATATTGATGTTATTTCTTTATTTTCTTTATCGTTTTATTTTAGTTATTTGATAGAGGTCGGTTTTGGGTATATAAAGTGGATGTAGTATTTGTTTTGAGT]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_11163#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#0 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#1 TGTTTTCATCTTTTAAACCACCAGCAACAACTGATGCGAATGTATTGACCTTACCAGTTG 60
consensus_11163#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#2 ---------------------------------------------------TGTCGAGTA 9
consensus_11163#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#0 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#1 TAACAACGCCTGGATTACTGCCACTGGATAAATTGACAGTTGTAGCAACAGACGCTGGTA 120
consensus_11163#3 ---------------------------------------------------CTTTATTAA 9
consensus_11163#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#2 TATTGCGACCTGTCGGATATAAAGTTGCTTGTATGAGTAGTAGTCTGTTAGCTTTATTAA 69
consensus_11163#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#0 ----------------------AGTTGCTTGTATGAGTAGTAGTCTGTTAGCTTTATTAA 38
consensus_11163#1 ATGCATAAACACCTGGTTGTTGCGGCCCGCCAGTTCGAATACAATTGACATTTTTAGATG 180
consensus_11163#3 TAGTAGCATTTTTTTTTACTTTAATCATAGGATCTATAAC-ATTTTATGTTTTAGGATTT 68
consensus_11163#4 ------------------------ACATAGGACCTAAAACCACTTTATGTTTTAGGATTT 36
consensus_11163#2 TAGTAGCATTTTTTTTTACTTTAATCATAGGATCTATAAC-ATTTTATGTTTTAGGATTT 128
consensus_11163#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#0 TAGTAGCATTTTTTTTTACTTTAATCATAGGATCTATAAC-ATTTTATGTTTTAGGATTT 97
consensus_11163#1 CATTACCATCTCCGGTAAAAATATTAGTATTACTGTTAGTAATATTAGATGCTGGGAG-- 238
consensus_11163#3 AGATTTTCATTAGATCACTATATTAGACTTAAGGAGTG-GTATAGTAGATTTGAGTGCGG 127
consensus_11163#4 AGATTTTCATTAGATCACTATATTAGACTTAAGGAGTG-GTATAGTAGATTTGAGTGCGG 95
consensus_11163#2 AGATTTTCATTAGATCACTATATTAGACTTAAGGAGTG-GTATAGTAGATTTGAGTGCGG 187
consensus_11163#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#0 AGATTTTCATTAGATCACTATATTAGACTTAAGGAGTG-GTATAGTAGATTTGAGTGCGG 156
consensus_11163#1 AGAGTTTGAATCGTACGGTGAATTAGGATTCATTGCTACAGATGATATACTAGTTGGCTG 298
consensus_11163#3 GTTTCTGAGGCATGGTTACAAAGAGAATTTTTTTAGGTTTCCTTACTTAAATTTATTAGT 187
consensus_11163#4 GTCTCTGAGGCATGGTTACAAAGAGAATGCTTTTAGGCGTCTGACCTGAAAGTTATTAGT 155
consensus_11163#2 GTTTCTGAGGCATGGTTACAAAGAGAATTTTTTTAGGTTTTCTAACT-AAATTTATGAGT 246
consensus_11163#5 ---------------------------ATTTTTTAGGTTTCCTACCTATAAATTTTTAGT 33
consensus_11163#0 GTTTCTGAGGCATGGTTACAAAGAGAATTTTTTTAGGTTTTCTTACTTAAATTTATTAGT 216
consensus_11163#1 ATTATTTGTTGAAAGTGGAGATAGTAATCTTTGAGTTCTTATTAAAACACCTTCTCCACC 358
** * * *
consensus_11163#3 ATATATTGTGT-AGTATCGCGATTTTG---GAAGTCCTTA-------TGCAAGTC----- 231
consensus_11163#4 AT-CATT-TGT-AGTATT-CGATTTGG---AAGTTTCTCTATTGC--TAAAAGTCGTATT 206
consensus_11163#2 AT--AATTTGT-AGTATC-CGATTGGG---AAGTTCCTTATTGGC--TA-AAGTCGTATT 296
consensus_11163#5 AT--AATTGTT-AGTATT-CGATTT-G---AAGTTTCTTTATTGC--TAAAAGTCGTATT 83
consensus_11163#0 AT--TATTTGT-AGTATT-CGATTTGG---AAGTTTCTTTATTGC--TAAAAGTCGTATT 267
consensus_11163#1 GTTGACTGGATCAATAGAGAAAATATGCACAAGACCGTCTAGGCCAGCGACAATTAATCG 418
* * * * ** * * * * * * *
consensus_11163#3 TATTGAGGAT-GG---TAAACATAT-GATGTAT-TCTTTC--TCTCTGTG-TGTTTTTGT 282
consensus_11163#4 TGATGGATTT-GGCT-TATACATATTGATGTATCTCTCTT--TCTCTGTT-TGTTTTTTT 261
consensus_11163#2 TGATGGGATT-GGTTTTACACTAATGGAGGTAA-----CC--CCTCTGTG-CCCTTTTG- 346
consensus_11163#5 TGATGGGATTTGGTTTTATACATATTGATGTTATTTCTTTATTTTCTTTA-TCGTTTTAT 142
consensus_11163#0 TGATGGGATTTGGTTTTATACATATTGATGTTATTTCTTTTTTTTCTTTT-TTGTTTTTT 326
consensus_11163#1 TGGTTGATTTTGATAATAAACAAGAGCGGCCACTTTCCTTTGCCCCGGTGACAATTGCAT 478
* * * * ** ** * * **
consensus_11163#3 -GTA-----TAGATAGAG---TAGTGTGGTATATA---AGTGGATGTAGTATTG------ 324
consensus_11163#4 TGTA-----TTGATAGAG-GTAGGTTTGGTATATA---AGTG-ATG-AGTATTGTT---- 306
consensus_11163#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#5 TTTAGTTATTTGATAGAG-GTCGGTTTTGGGTATATAAAGTGGATGTAGTATTTGTTTTG 201
consensus_11163#0 TTTG-TTATTTGATAGAG-GTAGGTTTTGGGTATATAAAGTGGATGTAGTATTTGTTTTA 384
consensus_11163#1 AAGACTACCTTGAGGAATTGAAGGTGTCGAACCAACATAATTAAGATTAACCAACTCTCC 538
consensus_11163#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#5 AGT--------------------------------------------------------- 204
consensus_11163#0 AGTGGAGATAGTAATCTTTGAGTTCTTATTAAAACACCTTCTCCACCGTTGACTGGATCA 444
consensus_11163#1 GGTTGGAGTCATGGTCACAGGACTACCACTGCCTGNTGGA-------------------- 578
consensus_11163#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#0 ATAGAGAAAATATGCACAAGACCGTCTAGGCCAGCGACAATTAATCGTGGTTGATTTTGA 504
consensus_11163#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#0 TAATAAACAAGAGCGGCCACTTTCCTTTGCCCCGGTGACAATTGCATAAGACTACCTTGA 564
consensus_11163#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#0 GGAACTGAAGGTGTCGAACCAACATAATTAAGATTAACCAACTCTCCGGTTGGAGTCATG 624
consensus_11163#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11163#3 ----------
consensus_11163#4 ----------
consensus_11163#2 ----------
consensus_11163#5 ----------
consensus_11163#0 GTCACAGGAC 634
consensus_11163#1 ----------
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||