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[-] EMBL AI395449 [ AAGATTCTGAAGCTGTTGTAAACAAGGTTTTTAGAAGAGCTTGGCATCGATCTTAATGCACAGTTGAGTAATCTCCCAACAGCTAAGGATACGATTGGAAGTACAGTGCCAAGTGCAGTCCGACCTCATGCAGTCGCTACT GATCCTACCCCAATAAC GGGACCTGGGCCTAATTCTGATTCTATTGATCCTATTGATGAAAATAACTTGGAAGCTCGTTTAG AACGTCTCAAAAGAAAATAAAATCTTAATTCACTTATGGGTGCACGTCAGCTTTCAGTTCTAACATCTATATCACCTCATGTTTATATAAACA TA TTTCACAATCCAGCATAATAATGCTTCAAACTTAA TTATCATATAGATAATATT TTTGGACTTTTTGTTTCCTCATACTATCAAACTATTGCAAATAATTTTTAGAAAAATACTGTTTGGTGCTCTATGATGTAAATCTCTGCAGTTTACAATTTAAAAGTATTCTTAATAAAAGATTTTTGTTACTAAAAAAAAAAAAAAAAAA ]
[-] EMBL AI395052 [ AGCACAGTGCCAAGTGCAGTCCGACCTCATGCAGTCGCTACTAGATCGTACCCCAATAACGGGGACCTGGGCCTAATTCTGATTCTATTGATCCTATTGATGAAAATAACTTGGAAGCTCGTTTAG AACGTCTCAAAAGAAAATAAAATCTTAATTCACTTATGGGTGCACGTCAGCTTTCAGTTCTAACATCTATATCACCTCATGTTTATATAAACA TA TTTCACAATCCAGCATAATAATGCTTTAAACTTAA TTATCATATAGATAATATT TTTGGACTTTTTGTTTCCTCATACTATCAAACTATTGCAAATAATTTTTAGAAAAATACTGTTTGGTGCTCTATGATGTAAATCTCTGCAGTTTACAATTTAAAAGTATTCTTAATAAAAGATTTTTGTTACTAAAAAAAAAAAAAAAAA ]
[-] EMBL AI395837 [ CAGTCGGACCTCATGCAGTCACTACT GATCGTACCCCACTAAC GGGACCTGGGCCTATTTCTGATTCTATTCATCCTACTGATGAAAATAACTTGGAAGCTCGTTTAG AACGTCTCAAAGGAAAATCAAATCTTAATTCACTTATGGGTGCACGTCAGCTTTCAGTGCTCACATCTATATCACCTCATGTTTATATAAACA TA TTTCACAATCCAGCATAATAATGCTTTAAACTTAA TTGTCATCTAGATAATATT TTTGGACTTTTTGTTTCCTCATCCTATCAAACTATTGCAATTAATTTTTAGAAAAATACTGTTTGGTGCTCTATGATGTAAATCTCTGCAGTTTACAATTTAAAAGTATTCTTAATAAAAGATTTTTGTTACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[-] EMBL AI395620 [ CGCTACT GATCCTA CCCAATAAC GGG CCTGG CTAATTCTGATTCTATTGATCCTATTGATG AAATAACTTGGAAGCTCGTTTAG AACGTCTCAAAAGAAAATAAAATCTTAATTCACTTATGGGTGCACGTCAGCTTTCAGTTCTAACATCTATATCACCTCATGTTTATATAAACA TA TTTCACAATCCAGCATAATAATGCTTTAAACTTAA TTATCATATAGATAATATT TTTGGACTTTTTGTTTCCTCATACTATCAAACTATTGCAAATAATTTTTAGAAAAATACTGTTTGGTGCTCTATGATGTAAATCTCTGCAGTTTACAATTTAAAAGTATTCTTAATAAAAGATTTTTGTTTCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[-] EMBL CD167102 [ C GGGACTTGGGCCTAATTCTGATTCTATTGATCCTATTGATGAAAATAACTTGGAAGCTCGTTTAG AACGTCCCCAAGGAAAATAAAATCTTAATTCACTTATGGGAGCACGTCAGCTTTCAGTTCTAAC ]
consensusID : consensus_11284#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 611 fasta sequence
[GGAACGCACTCGAATAACAAATGAAATTCGTATGTTGGCAAAGCGTGGTCAGATTGATGCCGTCAGAGTAATGGCGAAGCAGTTAGTTCGAACAGACAGTTACATCAAAAAGTTTTCCTTGATGCACTCAAATATTACAGTTTGTCACGTTTTATCAGTCGTGTATTTTCTAATAATAGGCGTTGTCAATGAAAATTCAGACTTTAAAATCAACTGCCACGATGGCTTCAGCTATGAAACAGGTTGCGCTAACAATGAGAAAAATGAATACAACTATGCAGTTACCTCAGTTCCAAAAGGTCATGATGGAGTTTGAAAAACAAGCTGAAACGATGGAAATGAAACAGGATATGATGTCGGATGTGATAGATGATGCTATTGGAGATCAGGATGACATTGAAGACTCTGAAGCTGTTGTAAACAAGGTTAGTGCCGGTTTTTATTCGTAGTCTAATCATGCACTCCAAGCCGAGTCGACATATCCTAGAGATCGAACTCCAGCAAGTTCTAATCAGTTCGTAAGTAATTTGACCAAGATAACAAAATATTATACTGTGCAACGTCTGACCTCAAGTATTGTTCGTTTGACAACACCTTGTCATTCCCCGACT]
[+] EMBL CD170923 [GGAACGCACTCGAATAACAAATGAAATTCGTATGTTGGCAAAGCGTGGTCAGATTGATGCCGTCAGAGTAATGGCGAAGCAGTTAGTTCGAACAGACAGTTACATCAAAAAGTTTTCCTTGATGCACTCAAATATTACAGTTTGTCACGTTTTATCAGTCGTGTATTTTCTAATAATAGGCGTTGTCAATGAAAATTCAGACTTTAAAATCAACTGCCACGATGGCTTCAGCTATGAAACAGGTTGCGCTAACAATGAGAAAAATGAATACAACTATGCAGTTACCTCAGTTCCAAAAGGTCATGATGGAGTTTGAAAAACAAGCTGAAACGATGGAAATGAAACAGGATATGATGTCGG ]
[+] EMBL CD139846 [ ATGGAGTTTGAAAAACAAGCTGAAACGATGGAAATGAAACAGGATATGATGTCGGATGTGATAGATGATGCTATTGGAGATCAGGATGACATTGAAGACTCTGAAGCTGTTGTAAACAAGGTTAGTGCCGGTTTTTATTCGTAGTCTAATCATGCACTCCAAGCCGAGTCGACATATCCTAGAGATCGAACTCCAGCAAGTTCTAATCAGTTCGTAAGTAATTTGACCAAGATAACAAAATATTATACTGTGCAACGTCTGACCTCAAGTATTGTTCGTTTGACAACACCTTGTCATTCCCCGACT]
consensusID : consensus_11284#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 601 fasta sequence
[CACGAGGCGAACTATTGCAAGAACACTTAGAGAGATAGAAAGAGAAAAAGGTCAGTTGGAGAGGGAACGCACTCGAATAACAAATGAAATTCGTATGTTGGCAAAGCGTGGTCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCAGTTAGTTCGAACAGACAGTTACATCAAAAAGTTCTCCTTGATGCACTCAAATATTACAGCGTTGTCAATGAAAATTCAGACTTTAAAATCAACTGCCACGATGGCTTCAGCTATGAAACGAATGCAACTATGCAGTTACCTCAGTTCCAAAAGGTCATGATGGAGTTTGAAAAACAAGCTGAAACGATGGAAATGAAACAGGATATGATGTCGGATGTGATAGATGATGCTATTGGAGATCAGGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTAAACAAGGTTTTAGAAGAGCTTGGCATCGATCTTAATGCACAGTTGAGTAATCTCCCAACAGCTAAGGATACGATTGGAAGTACAGTGCCAAGTGCAGTCCGACCTCATGCAGTCGCTACTGATCCTACCCCAATTTGATCCTATTGATGANAATAACTTGGAAGCTCGTTTAGAACGTCTCANA]
[+] EMBL CD081056 [CACGAGGCGAACTATTGCAAGAACACTTAGAGAGATAGAAAGAGAAAAAGGTCAGTTGGAGAGGGAACGCACTCGAATAACAAATGAAATTCGTATGTTGGCAAAGCGTGGTCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCAGTTAGTTCGAACAGACAGTTACATCAAAAAGTTCTCCTTGATGCACTCAAATATTACAGCGTTGTCAATGAAAATTCAGACTTTAAAATCAACTGCCACGATGGCTTCAGCTATGAAACGAATGCAACTATGCAGTTACCTCAGTTCCAAAAGGTCATGATGGAGTTTGAAAAACAAGCTGAAACGATGGAAATGAAACAGGATATGATGTCGGATGTGATAGATGATGCTATTGGAGATCAGGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTAAACAAGGTTTTAGAAGAGCTTGGCATCGATCTTAATGCACAGTTGAGTAATCTCCCAACAGCTAAGGATACGATTGGAAGTACAGTGCCAAGTGCAGTCCGACCTCATGCAGTCGCTACTGATCCTACCCCAATTTGATCCTATTGATGANAATAACTTGGAAGCTCGTTTAGAACGTCTCANA]
consensusID : consensus_11284#3 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 285 fasta sequence
[ATGTGTGAGAACACGTATGGGTTCATGGCAGTGTTCAGTACTGACAAGCTATAACTCGTCATGTTTATATAAACTGATGTCCCAATCCAGCATAGTAATGCTGTAAACTGTAATTATCATATAGATAATAGTTGTGGACGGATTGTTCCCTCATACTATCAAGCTATTGCAAATAATTTTTAGAAAAATACTGTTTGGTGCTCTATGATGTAAATCTCTGCAGTACACAATTTAAAAGTATTCTTAGTAAAAGATTTGTGTTTCTAAAAAAAAATAAAATAAATA]
[-] EMBL AI395392 [ATGTGTGAGAACACGTATGGGTTCATGGCAGTGTTCAGTACTGACAAGCTATAACTCGTCATGTTTATATAAACTGATGTCCCAATCCAGCATAGTAATGCTGTAAACTGTAATTATCATATAGATAATAGTTGTGGACGGATTGTTCCCTCATACTATCAAGCTATTGCAAATAATTTTTAGAAAAATACTGTTTGGTGCTCTATGATGTAAATCTCTGCAGTACACAATTTAAAAGTATTCTTAGTAAAAGATTTGTGTTTCTAAAAAAAAATAAAATAAATA]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_11284#0 CGTAACTGTCGGGGCTACTTCCGTGAGGACGTTCTTCAATGAGTTTTCTTTTTGGAGCCA 60
consensus_11284#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#0 GGAAAACACCTGAAGAGCAGCTAAGAGATAGCAAACGAACTATTGCAAGAACACTTAGAG 120
consensus_11284#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#0 AGATAGAAAGAGAAAAAGGTCAGTTGGAGAGGGAACGCACTCGAATAACAAATGAAATTC 180
consensus_11284#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#0 GTATGTTGGCAAAGCGTGGTCAGATTGATGCCGTCAGAGTAATGGCGAAGCAGTTAGTTC 240
consensus_11284#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#0 GAACAGACAGTTACATCAAAAAGTTCTCCTTGATGCACTCAAATATTACAGCGTTGTCAA 300
consensus_11284#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#0 TGAAAATTCAGACTTTAAAATCAACTGCCACGATGGCTTCAGCTATGAAACAGGTTGCGC 360
consensus_11284#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#0 TAACAATGAGAAAAATGAATGCAACTATGCAGTTACCTCAGTTCCAAAAGGTCATGATGG 420
consensus_11284#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#0 AGTTTGAAAAACAAGCTGAAACGATGGAAATGAAACAGGATATGATGTCGGATGTGATAG 480
consensus_11284#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#0 ATGATGCTATTGGAGATCAGGATGACATTGAAGACTCTGAAGCTGTTGTAAACAAGGTTT 540
consensus_11284#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#0 TAGAAGAGCTTGGCATCGATCTTAATGCACAGTTGAGTAATCTCCCAACAGCTAAGGATA 600
consensus_11284#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#0 CGATTGGAAGTACAGTGCCAAGTGCAGTCCGACCTCATGCAGTCGCTACTGATCCTACCC 660
consensus_11284#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#0 CAATAACGGGACCTGGGCCTAATTCTGATTCTATTGATCCTATTGATGAAAATAACTTGG 720
consensus_11284#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#2 ------------CACGAGGCGAACTATTGCAAGAACACTTAGAGAGATAGAAAGAGAAAA 48
consensus_11284#0 AAGCTCGTTTAGAACGTCTCAAAAGAAAATAAAATCTTAATT-CACTTATGGGTGCACGT 779
consensus_11284#3 -------------------------------ATGTGTGAGAA-CACGTATGGGTTCATGG 28
consensus_11284#1 ---------------GGAACGCACTCGAATAACAAATGAAATTCGTATGTTGGCAAAGCG 45
consensus_11284#2 AGGTCAGTTGGAGAGGGAACGCACTCGAATAACAAATGAAATTCGTATGTTGGCAAAGCG 108
* * * * * * ** *
consensus_11284#0 CAGC--TTTCAGTTCTAACAT-CTATATCACCTCATGTTTATATAAACATATTTCACAAT 836
consensus_11284#3 CAGT--GTTCAGTACTGACAAGCTATAACTCGTCATGTTTATATAAACTGATGTCCCAAT 86
consensus_11284#1 TGGTCAGATTGATGCCGTCAGAGTAATGGCGAAGCAGTTAGTTCGAACAGACAGTTACAT 105
consensus_11284#2 TGGTCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCAGTTAGTTCGAACAGACAGTTACAT 168
* *** * *** * **
consensus_11284#0 CCAGCATAATAATGCTTCAAACT-TAATTATCATA--TAGATAATATTT-TGGACTTTTT 892
consensus_11284#3 CCAGCATAGTAATGCTGTAAACTGTAATTATCATA--TAGATAATAGTTGTGGACGGATT 144
consensus_11284#1 CAAAAAGTTTTCCTTGATGCACT-CAAATATTACAGTTTGTCACGTTTTATCAGTCGTGT 164
consensus_11284#2 CAAAAAGTTCTCCTTGATGCACT-CAAATATTACAG------------------------ 203
* * * *** ** *** * *
consensus_11284#0 GTTTCCTCATACTA--TCAAACTATTGCAAAT--AATTTTTAGAAAAATACTGTT-TGGT 947
consensus_11284#3 GTTCCCTCATACTA--TCAAGCTATTGCAAAT--AATTTTTAGAAAAATACTGTT-TGGT 199
consensus_11284#1 ATTTTCTAATAATAGGCGTTGTCAATGAAAATTCAGACTTTAAAATCA-ACTGCCACGAT 223
consensus_11284#2 ----------------CGTTGTCAATGAAAATTCAGACTTTAAAATCA-ACTGCCACGAT 246
* ** **** * **** ** * **** * *
consensus_11284#0 GCTCTATGATGTAAATCT--CTGCA-----------------GTTTACAATTTAAAAGTA 988
consensus_11284#3 GCTCTATGATGTAAATCT--CTGCA-----------------GTACACAATTTAAAAGTA 240
consensus_11284#1 GGCTTCAGCTATGAAACAGGTTGCGCTAACAATGAGAAAAATGAATACAACTATGCAGTT 283
consensus_11284#2 GGCTTCAGCTATGAAAC-------------------------GAATGCAACTATGCAGTT 281
* * * * * ** * * *** * ***
consensus_11284#0 TTCTTAAT---AAAAGAT-----TTTTGTTACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 1040
consensus_11284#3 TTCTTAGT---AAAAGAT-----TTGTGTTTCTAAAAAAAAATAAAATAAATA------- 285
consensus_11284#1 ACCTCAGTTCCAAAAGGTCATGATGGAGTTTGAAAAACAAGCTGAAACGATGGAAATGAA 343
consensus_11284#2 ACCTCAGTTCCAAAAGGTCATGATGGAGTTTGAAAAACAAGCTGAAACGATGGAAATGAA 341
** * * ***** * * *** **** ** *** *
consensus_11284#0 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#1 ACAGGATATGATGTCGGATGTGATAGATGATGCTATTGGAGATCAGGATGACATTGAAGA 403
consensus_11284#2 ACAGGATATGATGTCGGATGTGATAGATGATGCTATTGGAGATCAGGATNNNNNNNNNNN 401
consensus_11284#0 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#1 CTCTGAAGCTGTTGTAAACAAGGTT------------AGTGCCGGTTTTTATTCGTAGTC 451
consensus_11284#2 NNNNNNNNNNNNTGTAAACAAGGTTTTAGAAGAGCTTGGCATCGATCTTAATGCACAGTT 461
consensus_11284#0 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#1 TAATCATGCACTCCAAGCCGAGT---CGACATATCCTAGAGATCGAACTCCAGCAAGTTC 508
consensus_11284#2 GAGTAATCTCCCAACAGCTAAGGATACGATTGGAAGTACAGTGCCAAGTGCAGTCCGACC 521
consensus_11284#0 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11284#1 TAATCAGTTCGTAAGTAATTTGACCAAGATAACAAAATATTATACTGTGCAACGTCTGAC 568
consensus_11284#2 TCATGCAGTCGCTACTGATCCTACCCCAATTTGATCCTATTGATGANAATAACTTGGAAG 581
consensus_11284#0 -------------------------------------------
consensus_11284#3 -------------------------------------------
consensus_11284#1 CTCAAGTATTGTTCGTTTGACAACACCTTGTCATTCCCCGACT 611
consensus_11284#2 CTC--GTTTAGAACGTCTCANA--------------------- 601
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||