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consensusID : consensus_11299#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 45 consensus length = 1417 fasta sequence
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[-] EMBL CD136900 [ TCCATCCGCCCCACCAGTAACTAAACAATCAGTTGCTGAATCAATACATAATGTTCTTATTGGTGCATCATGAGCTGAGAATTTATGCAACACTTTTGGATTTCGCATATCCACAGTACATATATCACCATTTTTAGTACCGACAATAACAGTTCTATGATTAGTAGTGAAGATTCGTTTTGAATTAACTCCAGTAGTTAGTGAATTTATAATATTGTTACTAGAATAAATGTTTATATTGGATGGCCAACTACTGGTGTTTGTAATTGATCCACAGTAGGCAATCGATGTGCATGGAGCATCCAATTCTGGGTCAAGAACACGAATAACACCACATCGATTAGCTGGTAATAAAGTATCCCATAAAGTTAAATGTGATGCATCTTGATCTGTATTACCAGTTCCACCGGAATAACTGATACCACCACCTCCGCCGCCGCT ]
[-] EMBL CD136911 [ TCCATCCGCCCCACCAGTAACTAAACAATCAGTTGCTGAATCAATACATAATGTTCTTATTGGTGCATCATGAGCTGAGAATTTATGCAACACTTTTGGATTTCGCATATCCACAGTACATATATCACCATTTTTAGTACCGACAATAACAGTTCTATGATTAGTAGTGAAGATTCGTTTTGAATTAACTCCAGTAGTTAGTGAATTTATAATATTGTTACTAGAATAAATGTTTATATTGGATGGCCAACTACTGGTGTTTGTAATTGATCCACAGTAGGCAATCGATGTGCATGGAGCATCCAATTCTGGGTCAAGAACACGAATAACACCACATCGATTAGCTGGTAATAAAGTATCCCATAAAGTTAAATGTGATGCATCTTGATCTGTATTACCAGTTCCACCGGAATAACTGATACCACCACCTCCGCCGCCGCT ]
[-] EMBL CD120439 [ TCCATCCGCTCCACCAGTAACTAAACAATCAGTTGCTGAATCAATACATAATGTTCTTATTGGTGCATCATGAGCTGAGAATTTATGCAACACTTTTGGATTTCGCATATCCACAGTACATATATCACCATTTTTAGTTCCGACAATAACAGTTCTATGATTAGTAGTGAAGATTCGTTTTGAATTAACTCCAGTAGTTAGTGAATTTATAATATTGTTACTAGAATAAATGTTTATATTGGATGGCCAACTACTGGTGTTTGTAATTGATCCACAGTAGGCAATCGATGTGCATGGAGCATCCAATTCTGGGTCAAGAACACGAATAACACCACATCGATTAGCTGGTAATAAAGTATCCCATAA ]
[-] EMBL CD137118 [ TCCATCCGCCCCACCAGTAACTAAACAATCAGTTGCTGAATCAATACATAATGTTCTTATTGGTGCATCATGAGCTGAGAATTTATGCAACACTTTTGGATTTCGCATATCCACAGTACATATATCACCATTTTTAGTACCGACAATAACAGTTCTATGATTAGTAGTGAAGATTCGTTTTGAATTAACTCCAGTAGTTAGTGAATTTATAATATTGTTACTAGAATAAATGTTTATATTGGATGGCCAACTACTGGTGTTTGTAATTGATCCACAGTAGGCAATCGATGTGCATGGAGCATCTAATTCTGGGTCAAGAACACGAATAACACCACATCGATTAGCTGGTAATAAAGTATCCCATAAAGTTAAATGTGATGCATCTTGATCTGTATTACCAGTTCCACCGGAATAACTGATACCACCACCTCCGCCGCCGCT ]
[-] EMBL CD136878 [ GAGCTGAGAATTTATGCAACACTTTTGGATTTCGCATATCCACAGTACATATATCACCATTTTTAGTACCGACAATAACAGTTCTATGATTAGTAGTGAAGATTCGTTTTGAATTAACTCCAGTAGTTAGTGAATTTATAATATTGTTACTAGAATAAATGTTTATATTGGATGGCCAACTACTGGTGTTTGTAATTGATCCACAGTAGGCAATCGATGTGCATGGAGCATCCAATTCTGGGTCAAGAACACGAATAACACCACATCGATTAGCTGGTAATAGAGTATCCCATAAAGTTAAATGTGATGCATCTTGATCTGTATTACCAGTTCCACCGGAATAACTGATACCACCACCTCCGCCGCCGCTACTACCACCTATGAAGAc ]
[-] EMBL CD159637 [ CGTATCACACCACATCGATTAGCTGGTAATAAAGTATCCCATAAAGTTAAATGTGACGCATCTGGATATGTATCACCAGTTCCACCGGAAAAACTGATACCACCACCTCCGCCGCCGATACTACCACCTATGATATTGGCAGAACTGTAGTATGTTGGACTCACCTACACCAATGTTGTTCACAGCATAAGTAAGAGCACTACCAATACCACTTACACCAGCTCCACTGACATGTATTCCACTAACAATATGTGGAGTTGTTGTAGTCATTCCGCCATTAGCCAACTGTAGCTATTAAACTACTACAGCCAAGGAAACAAAAATCCGCTAAACCTTTAGCATGGCAACGACAACGAAAATATGGTAATTTGCCTGGCATCGTTGAATATAAATTCCATAAACC]
[+] EMBL CD159585 [ ATAACACCACATCGATTAGCTGGTAATAAAGTATCCCATAAAGTTAAATGTGATGCATCTTGATCTGTATTACCAGTTCCACCGGAATAACTGATACCACCACCTCCGCCGCCGCTACTACCACCTATGATATTGGCAGAAGTGTAGTATGTTGG CCCACCAACACCAATGTTGTTGCCAGCATAATTAAGACCACTACCAATACCACTTACACCAGCTCCACTGACATCCATTCCACTAACAATATGTGGAGTTGTTGTAGTCATTCCGCCATT GCCAACTGTAGCTATTAAACTACTACAGCCAAGGAAACAAAAATCTGCTAAACCTTTTGCATGGCAACGACAACGAAAATATGGTAATTTGCCTGGCATCG ]
consensusID : consensus_11299#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 388 fasta sequence
[TTTTTTTATTTTTTTTTCGGTGCATAGATAATTCAGTTTATTGGAGTAAAATTAAAGGATAACAATGCACACACTTACATAAATAAATGAAAAAGTGTACCAAAATCGTATGATCATAAGTAAGCATAACAATAAGTAGTATAAGTATAAGTAGTATGGAATGCTTTCAATAAATGATAAGTAGGATAGATAATATGCAGTATATAATATTATGCTTTGTGTTTTTTATTCTTCTATTTGACTCTTTCGTTAACAGACTATGGATGGTTTTGGTCGAACAACTAATGAACGCATACGTAGCCCACCGTCAGCACCACAACTTAAAAATCGACAAGCTGTTGATGCGGCAGTCATTGAACATTTCTGATCATGATAAAAAGTGTAATAT]
[+] EMBL AI394843 [TTTTTTTATTTTTTTTTCGGTGCATAGATAATTCAGTTTATTGGAGTAAAATTAAAGGATAACAATGCACACACTTACATAAATAAATGAAAAAGTGTACCAAAATCGTATGATCATAAGTAAGCATAACAATAAGTAGTATAAGTATAAGTAGTATGGAATGCTTTCAATAAATGATAAGTAGGATAGATAATATGCAGTATATAATATTATGCTTTGTGTTTTTTATTCTTCTATTTGACTCTTTCGTTAACAGACTATGGATGGTTTTGGTCGAACAACTAATGAACGCATACGTAGCCCACCGTCAGCACCACAACTTAAAAATCGACAAGCTGTTGATGCGGCAGTCATTGAACATTTCTGATCATGATAAAAAGTGTAATAT]
consensusID : consensus_11299#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 385 fasta sequence
[ATATCCACAGTACATATATCACCCTTTTTAGTACCGACAATAACAGTTCTATGATTAGTAGTGAAGATTCGTTTTGAATTAACTCCAGTAGTTAGTGAATTTATAATATTGTTACTAGAATAAATGTTTATATTGGATGGCCAACTACTGGTGTTTGTAATTGATCCACAGTAGGCAATCGATGTGCATGGAGCATCCAATTCTGGGTCAAGAACACGAATAACACCACATCGATTAGCTGGTAATAAAGTATCCCATAAAGTTAAATGTGATGCATCTTGATCTGTATTACCAGTTCCACCGGAATAACTGATACCACCACCTCCGCCGCCGCTACTACCACCTATGAAAAGCTACTGTGTGAATCGAATTCCGCGGACCGCCA]
[-] EMBL CD136664 [ATATCCACAGTACATATATCACCCTTTTTAGTACCGACAATAACAGTTCTATGATTAGTAGTGAAGATTCGTTTTGAATTAACTCCAGTAGTTAGTGAATTTATAATATTGTTACTAGAATAAATGTTTATATTGGATGGCCAACTACTGGTGTTTGTAATTGATCCACAGTAGGCAATCGATGTGCATGGAGCATCCAATTCTGGGTCAAGAACACGAATAACACCACATCGATTAGCTGGTAATAAAGTATCCCATAAAGTTAAATGTGATGCATCTTGATCTGTATTACCAGTTCCACCGGAATAACTGATACCACCACCTCCGCCGCCGCTACTACCACCTATGAAAAGCTACTGTGTGAATCGAATTCCGCGGACCGCCA]
[-] EMBL CD137044 [ ATTGTTACTAGAATAAATGTTTATATTGGATGGCCAACTACTGGTGTTTGTAATTGATCCACAGTAGGCAATCGATGTGCATGGAGCATCCAATTCTGGGTCAAGAACACGAATAACACCACATCGATTAGCTGGTAATAAAGTATCCCATAAAGTTAAATGTGATGCATCTTGATCTGTATTACCAGTTCCACCGGAATAACTGATACCACCACCTCCGCCGCCGCTACTACCACCTATGAAGAG GACAGTGTGAATTGTATTC ]
consensusID : consensus_11299#3 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 295 fasta sequence
[AACAATATGTGGAGACAGGTGTATATCAGTTCCTTACTATTGCCAACATGTGGCATATTAAACTACTACACCCAAGGAAACAAAAATCTGCTAAACCTTTTGCATGGCAACGACAACGAAAATATGGTAATTTGCCTGGCATCGTTGAATATAAATTCCATAAACCGAAATTTACTTCATAATCTCCACAACCAAAACGATATCCACTATCATCAAATTGTAATGCTGTAACACATGCACCTCTAGAACCAGCTGGAAATTGACCTGACATACTAGCACTTGTTAAACTGTATGT]
[+] EMBL CD192501 [AACAATATGTGGAGACAGGTGTATATCAGTTCCTTACTATTGCCAACATGTGGCATATTAAACTACTACACCCAAGGAAACAAAAATCTGCTAAACCTTTTGCATGGCAACGACAACGAAAATATGGTAATTTGCCTGGCATCGTTGAATATAAATTCCATAAACCGAAATTTACTTCATAATCTCCACAACCAAAACGATATCCACTATCATCAAATTGTAATGCTGTAACACATGCACCTCTAGAACCAGCTGGAAATTGACCTGACATACTAGCACTTGTTAAACTGTATGT]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_11299#0 GAATGTTTTTATTTTTTTAAAAATAACTAAGATGATGATATTCGGTGCATAGATAATTCA 60
consensus_11299#1 ---TTTTTTTATTTTTTT----------------------TTCGGTGCATAGATAATTCA 35
consensus_11299#2 -----------------------------------ATATCCACAGTACATATATCACCCT 25
consensus_11299#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#0 GTTTATTGG----AGTAAAA--TTAAAGGATAACAATGCACACACTCACATAAATAAATG 114
consensus_11299#1 GTTTATTGG----AGTAAAA--TTAAAGGATAACAATGCACACACTTACATAAATAAATG 89
consensus_11299#2 TTTTAGTACCGACAATAACAGTTCTATGATTAGTAGTGAAGATTCGTTTTGAATTAACTC 85
consensus_11299#3 -------------AACAATA----TGTGGAGACAGGTGTATATCAGTTCCTTACTATTGC 43
* ** * * * ** * * * **
consensus_11299#0 AAAAAGTGTACCAAAATCGTATGATCATAAGTAAGCATAACAATAAGTAGTATAAGTATA 174
consensus_11299#1 AAAAAGTGTACCAAAATCGTATGATCATAAGTAAGCATAACAATAAGTAGTATAAGTATA 149
consensus_11299#2 CAGTAGT-TAGTGAATTTATAATATTGTTACTA-GAATAAATGTTTATATTGGATGGCCA 143
consensus_11299#3 CAACA-TGTGGCATA-TTAAACTACTACACCCAAGGAAACAAAAATCTGCTAAACCTTTT 101
* * * * * * * * * * * * * * *
consensus_11299#0 AGTAGTATGGAATGCTTTCAATAAATGATAAGTAGGATAGATA-ATATGCAGTATATAAT 233
consensus_11299#1 AGTAGTATGGAATGCTTTCAATAAATGATAAGTAGGATAGATA-ATATGCAGTATATAAT 208
consensus_11299#2 ACTACTGGTGTTTGTAATTGATCCACAGTAGGCA--ATCGATGTGCATGGAGCATCCAAT 201
consensus_11299#3 GC--ATGGCAACGACAACGAAAATATGGTAATT----TGCCTG-----GCATCGTTGAAT 150
* * * ** * * * * * ***
consensus_11299#0 ATTATGCTTTGTGTTTTTTATTCTTCTATTTGA-CTCTTTCGTTAACAAACTATGG-ATG 291
consensus_11299#1 ATTATGCTTTGTGTTTTTTATTCTTCTATTTGA-CTCTTTCGTTAACAGACTATGG-ATG 266
consensus_11299#2 TCTG-GGTCAAGAACACGAATAACACCACATCG-ATTAGCTGGTAATAAAGTATCCCATA 259
consensus_11299#3 ATAA-ATTCCATAAACCGAAATTTACTTCATAATCTCCACAACCAAAACGATATCCACTA 209
* * * * * ** * *** *
consensus_11299#0 GTTTTGG-TCGAACAACTAATGAACGCATACGTAGCCCACCGTCAGCACCACAACTTAAA 350
consensus_11299#1 GTTTTGG-TCGAACAACTAATGAACGCATACGTAGCCCACCGTCAGCACCACAACTTAAA 325
consensus_11299#2 AAGTTAA-ATGTGATGCATCTTGATCTGTAT-TA--CCAGTTCCACCGGAATAACTGATA 315
consensus_11299#3 TCATCAAATTGTAATGCTGTAACACATGCACCT---CTAGAACCAGCTGGA-AATTGACC 265
* * * * * * * * ** * * ** * *
consensus_11299#0 AATCGACAA--GCTGTTGATGCGGCAGTCATTGAACATTTCTGATCATGAGAAGAATGTG 408
consensus_11299#1 AATCGACAA--GCTGTTGATGCGGCAGTCATTGAACATTTCTGATCATGATAAAAA-GTG 382
consensus_11299#2 CCACCACCTCCGCCGCCGCTACTACCACCTATGAAAAGCTACTGTGTGAATCGAATTCCG 375
consensus_11299#3 TGAC-ATACTAGCACTTGTTA-AACTGTATGT---------------------------- 295
* * ** * * * *
consensus_11299#0 TAATAGGCATTTGGTTATTTAGATTTGTCGAACAATCATTATTTTTAGTAGAATTACTAT 468
consensus_11299#1 TAATAT------------------------------------------------------ 388
consensus_11299#2 CGGACCGCCA-------------------------------------------------- 385
consensus_11299#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#0 CATTAATATTATTATTGTTATTGACATGAATCAATGCTGCTCCTGTAACCGTCGGCAATA 528
consensus_11299#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#0 GACGAATATCTGAAATGCCTGGATTAGTAGCAGCAATTATAGCTGCTGATTGATTGCCTC 588
consensus_11299#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_11299#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#0 TGAATAGAGCGGCGGCAGCGACAGCTGCTGCACCACGACTTGGATGCAGGTCACCAGAAA 648
consensus_11299#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_11299#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#0 AACTAGTCAATAATTCTCGTTCAGATAGCCTCCATATTTTAACGATTCCATCCGCCCCAC 708
consensus_11299#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#0 CAGTAACTAAACAATCAGTTGCTGAATCAATACATAATGTTCTTATTGGTGCATCATGAG 768
consensus_11299#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#0 CTGAGAATTTATGCAACACTTTTGGATTTCGCATATCCACAGTACATATATCACCATTTT 828
consensus_11299#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#0 TAGTACCGACAATAACAGTTCTATGATTAGTAGTGAAGATTCGTTTTGAATTAACTCCAG 888
consensus_11299#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_11299#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#0 TAGTTAGTGAATTTATAATATTGTTACTAGAATAAATGTTTATATTGGATGGCCAACTAC 948
consensus_11299#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#0 TGGTGTTTGTAATTGATCCACAGTAGGCAATCGATGTGCATGGAGCATCCAATTCTGGGT 1008
consensus_11299#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#0 CAAGAACACGAATAACACCACATCGATTAGCTGGTAATAAAGTATCCCATAAAGTTAAAT 1068
consensus_11299#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_11299#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#0 GTGATGCATCTTGATCTGTATTACCAGTTCCACCGGAATAACTGATACCACCACCTCCGC 1128
consensus_11299#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#0 CGCCGCTACTACCACCTATGAAGATGGCAGAACTGTAGTATGTTGGCTCACCTACACCAA 1188
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consensus_11299#0 TGTTGTTCACAGCATAAGTAAGAGCACTACCAATACCACTTACACCAGCTCCACTGACAT 1248
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consensus_11299#0 GTATTCCACTAACAATATGTGGAGTTGTTGTAGTCATTCCGCCATTGCCAACTGTAGCTA 1308
consensus_11299#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_11299#0 TTAAACTACTACAGCCAAGGAAACAAAAATCCGCTAAACCTTTAGCATGGCAACGACAAC 1368
consensus_11299#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11299#0 GAAAATATGGTAATTTGCCTGGCATCGTTGAATATAAATTCCATAAACC 1417
consensus_11299#1 -------------------------------------------------
consensus_11299#2 -------------------------------------------------
consensus_11299#3 -------------------------------------------------
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||