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consensusID : consensus_11315#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 47 consensus length = 1155 fasta sequence
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[+] EMBL CD198170 [ TGACATAGTCATCAGTGAATGGGTGGGTTACTG TCTTTTTTACGAGTCAATGTTGAATACTGTTATTTATGCTAGAGACAAATGGTTGGCACCTGGTGGCATAATTATGCCTGATCGTGCAACTCTGTATGTTTGTGCTATCGAAGATAGACAGTACAAAGAT GAAAAAATTAATTGGTGGGACAGCGTGTACGGCTTCGACATGAGTTGTATAAGGAAAGTTGCACTTACAGAACCTTTGGTTGATGTTGTTGATCCTAACCAGGTTGTGACTAATTGCTGTTTAGTCAAGGAAGTGGACATGTACACTATCACAGTCCCCGAGTTAACATTCAGTGCACCATTTACACTTACCTGCAAAAGAAATGATTATATTCAAGCCTTGGTTACGTTTTTCAATATAGACTTCACTTCTTGCCATAAACCTACAGGATTTTCAACAG ]
[-] EMBL CD111979 [ GACATAGTCATCAGTGAATGGATGGGTTACTG TCTTTTTTACGAGTCAATGTTGAATACTGTTACTTATGCTAGAGACAAATGGTTGGCACCTGGTGGCATAATTATGCCTGATCGTGCAACTCTGTATGTTTGTGCTATCGAAGATAGACAGTACAAAGAT GAAAAAATTAATTGGTGGGACAGCGTGTACGGCTTCGACATGAGTTGTATAAGGAAAGTTGCACTTACAGAACCTTTGGTTGATGTTGTTGATCCTAACCAGGTTGTGACTAATTGCTGTTTAGTCAAGGAAGTGGACATGTACACTATCACAGTCCCCGAGTTAACATTCAGTGCACCATTTACACTTACCTGCAAAAGAAATGATTATATTCAAGCCTTGGTTACGTTTTTCAATATAGACTTCACTTCTTGCCATAAACCTACAGGATTTTCAACA ]
[-] EMBL CD193379 [ TACTGTTATGTATGCTAGAGACAAATGGTTGGCACCTGGTGGCATAATTATGCCTGATCGTGCAACTCTGTATGTTTGTGCTATCGAAGATAGACAGTACAAAGAT GAAAAAATTAATTGGTGGGACAGCGTGTACGGCTTCGACATGAGTTGTATAAGGAAAGTTGCACTTACAGAACCTTTGGTTGATGTTGTTGATCCTAACCAGGTTGTGACTAATTGCTGTTTAGTCAAGGAAGTGGACATGTACACTATCACAGTCCCCGAGTTAACATTCAGTG ]
[-] EMBL CD116971 [ ATGGTTGGCACCTGGTGGCATAATTATGCCTGATCGTGCAACTCTGTATGTTTGTGCTATCGAAGATAGACAGTACAAAGAT GAAAAAATTAATTGGTGGGACAGCGTGTACGGCTTCGACATGAGTTGTATAAGGAAAGTTGCACTTACAGAACCTTTGGTTGATGTTGTTGATCCTAACCAGGTTGTGACCAATTGCTGTTTAGTCAAGGAAGTGGACATGTACACTATCACAGTCCCCGAGTTAACATTCAGTGCACCATTTACACTTACCTGCAAAAGAAATGATTATATTCAAGCCTTGGTTACGTTTTTCAATATAGACTTCACTTC ]
[+] EMBL AI976366 [ GTGGCATAATTATGCCTGATCGTGCAACTCTGTATGTTTGTGCTATCGAAGATAGACAGTACAAAGAT GAAAAAATTAATTGGTGGGACAGCGTGTACGGCTTCGACATGAGTTGTATAAGGAAAGTTGCACTTACAGAACCTTTGGTTGATGTTGTTGATCCTAACCAGGTTGTGACTAATTGCTGTTTAGTCAAGGAAGTGGACATGTACACTATCACAGTCCCCGAGTTAACATTCAGTGCACCATTTACACTTACCTGCAAAAGAAATGATTATATTCAAGCCTTGGTTACGTTTTTCAATATAGACTTCACTTCTTGCCATAAACCTACAGGATTTTCAACAGGTCCTGATGAGCGCCGCTACACACATTGGAAACAAACAGTTTTTTATCTTGATAATGGCGATGACGACTGTCT AACTGTCAAGA AAGGAGAACAAATTAATGGTGTGATGTCTATTAAACCGAATGAACGAAATAACCGTGATCTTGATATCAACATCAAAGTAGAATTCGAGGGAGAAC]
[+] EMBL CD136579 [ TGTACGGCTTCGACATGAGTTGTATAAGGAAAGTTGCACTTACAGAACCTTTGGTTGATGTTGTTGATCCTAACCAGGTTGTGACTAATTGCTGTTTAGTCAAGGAAGTGGACATGTACACTATCACAGTCCCCGAGTTAACATTCAGTGCACCATTTACACTTACCTGCAAAAGAAATGATTATATTCAAGCCTTGGTTACGGTTCTCAATATAGACTTCACTTCTTGCCATAAACCTACAGGATTTTCATCAGGTCCTGATGAGCGCCGCTACACACATTGGAAACAAACAGTTTTTTATCTTGATAATGGCGATGACGACTGTCTAAACTG CCAGANANNGAGAca ]
consensusID : consensus_11315#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 718 fasta sequence
[TTGTATAAGGAAAGTTGCACTTACAGAACCTTTGGTTGATGTTGTTGATCCTAACCAGGTTGTGACTAATTGCTGTTTAGTCAAGGAAGTGGACATGTACACTATCACAGTCCCCGAGTTAACATTCAGTGCACCATTTACACTTACCTGCAAAAGAAATGATTATATTCAAGCCTTGGTTACGTTTTTCAATATAGACTTCACTTCTTGCCATAAACCTACAGGATTTTCAACAGGTCCTGATGAGCGCCGCTACACACATTGGAAACAAACAGTTTTTTATCTTGATAATGGCGATGACGACTGTCTAACTGTCAAGAAAGGAGAACAAATTAATGGTGTGATGTCTATTAAACCGAATGAACGAAATAACGTGAGTTGATTTAATTTTAGCTTCTAATTGTTAAAGCCATTCTGCTGAATCCCGTAATATTGTACTTACATCAAACACTGCATCACACTTGCATATTTTTCAACACCATTAGGAAATAGTGAACAGATTTATTCAGCATTATCGATCATAGTATAATTTCTGAAGGTTCCTTAATCAGAGTAAGTTTCTGGATTTTCTTACTAATTAAGTTTTAAGCTCTAATTCAGTGTGCTTATGAAGTCTGATTTACTGCCGACAAGAAATGGTTTGAAGCANTACTGTACTGAAGATACTTTTCAACGTGTTATACTGAAATACTTTACTGCATGTCTCGGCAGTTCAAAA]
[+] EMBL CD115848 [TTGTATAAGGAAAGTTGCACTTACAGAACCTTTGGTTGATGTTGTTGATCCTAACCAGGTTGTGACTAATTGCTGTTTAGTCAAGGAAGTGGACATGTACACTATCACAGTCCCCGAGTTAACATTCAGTGCACCATTTACACTTACCTGCAAAAGAAATGATTATATTCAAGCCTTGGTTACGTTTTTCAATATAGACTTCACTTCTTGCCATAAACCTACAGGATTTTCAACAGGTCCTGATGAGCGCCGCTACACACATTGGAAACAAACAGTTTTTTATCTTGATAATGGCGATGACGACTGTCTAACTGTCAAGAAAGGAGAACAAATTAATGGTGTGATGTCTATTAAACCGAATGAACGAAATAACGTGAGTTGATTTAATTTTAGCTTCTAATTGTTAAAGCCATTCTGCTGAATCCCGTAATATTGTACTTACATCAAACACTGCATCACACTTGCATATTTTTCAACACCATTAGGAAATAGTGAACAGATTTATTCAGCATTATCGATCATAGTATAATTTCTGAAGGTTCCTTAATCAGAGTAAGTTTCTGGATTTTCTTACTAATTAAGTTTTAAGCTCTAATTCAGTGTGCTTATGAAGTCTGATTTACTGCCGACAAGAAATGGTTTGAAGCANTACTGTACTGAAG ]
[+] EMBL CD192897 [ ACATTCAGTGCACCATTTACACTTACCTGCAAAAGAAATGATTATATTCAAGCCTTGGTTACGTTTTTCAATATAGACTTCACTTCTTGCTATAAACCTACAGGATTTTCAACAGGTCCTGATGAGCGCCGCTACACACATTGGAAACAAACAGTTTTTTATCTTGATAATGGCGATGACGACTGTCTAACTGTCAAGAAAGGAGAACAAA ]
[+] EMBL CD092442 [ CCTTAATCAGAGTAAGTTTCTGGATTTTCTTACTAATTAAGTTTTAAGCTCTAATTCAGTGTGCTTATGAAGTCTGATTTACTGCCGACAAGAAAGGGTTTGAAGCAATAATGTACTGAAGATACTTTTCAACGTGTTATACTGAAATACTTTACTGCATGTCTCGGCAGTTCAAAA]
consensusID : consensus_11315#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 462 fasta sequence
[TTAGTCCCTTGTCGGTCGTTTCGTCTCCCTATGACCGGAAAAGTGGGGCCGGTGATATAATCCAGTGTCTCCTAAGTACATCATGTGAGTCTACCACTGAATCGTCAGATATGACCTCAAAGGATTATTATTTTGACTCATACGCGCATTTCGGAATTCATGAGGAAATGCTAAAGGATGAAATTAGAACACTCACCTACCGCAGTGCTTTAATTCACAACAAACACCTTGTAAGAGATAAGGTAGTGCTTGATGTAGGTTGTGGAACCGCCATCCTCCTGTTTGTTTGCAATTAAAGCCGGGGCCAAGCATGCTATTGGAGTAATTGTGTTTCTGGTTCATATTAGTTTTAGATTGACTGTTCTAACATTATCGACCGGGCAATGGAAGTCGTCCGAGCTAACAATATGGCGGACCGTATCACTCTGATCAAAGGAAAAGTAGAAGAGGTGGAACTACCTC]
[-] EMBL CD125590 [TTAGTCCCTTGTCGGTCGTTTCGTCTCCCTATGACCGGAAAAGTGGGGCCGGTGATATAATCCAGTGTCTCCTAAGTACATCATGTGAGTCTACCACTGAATCGTCAGATATGACCTCAAAGGATTATTATTTTGACTCATACGCGCATTTCGGAATTCATGAGGAAATGCTAAAGGATGAAATTAGAACACTCACCTACCGCAGTGCTTTAATTCACAACAAACACCTTGTAAGAGATAAGGTAGTGCTTGATGTAGGTTGTGGAACCGCCATCCTCCTGTTTGTTTGCAATTAAAGCCGGGGCCAAGCATGCTATTGGAGTAATTGTGTTTCTGGTTCATATTAGTTTTAGATTGACTGTTCTAACATTATCGACCGGGCAATGGAAGTCGTCCGAGCTAACAATATGGCGGACCGTATCACTCTGATCAAAGGAAAAGTAGAAGAGGTGGAACTACCTC]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_11315#0 NTCGGACGACCCTAGAGGATCTCCTCATAGGTTCGCAGGGATAACGGCGCGTAACCAATA 60
consensus_11315#2 ------------------------------------------------------------
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consensus_11315#0 GTAGGTCGTCGCGCGTGGTTGTCCTGTTAGTCCTTTGTCGGTCGTTTCGTCTCACTATG- 119
consensus_11315#2 --------------------------TTAGTCCCTTGTCGGTCGTTTCGTCTCCCTATG- 33
consensus_11315#1 ACTTACAGAACCTTTGGTTGATGTTGTTGATCCTAACCAGGTTGTGACTAATTGCTGTTT 78
** *** *** ** * * ** *
consensus_11315#0 AACGGGAAAAGTGG----GGCCGGTGATAAAAATC---AGTGTTCTCCTAGTACATCATG 172
consensus_11315#2 A-CCGGAAAAGTGG----GGCCGGTGATATAATCC---AGTGTCTCCTAAGTACATCATG 85
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* ****** * * * * * * *** *** ** ***
consensus_11315#0 TGAGTCTACCACTGAATCGTCAGATATGACCTCAAAGGATTACTATTTTGACTCATACGC 232
consensus_11315#2 TGAGTCTACCACTGAATCGTCAGATATGACCTCAAAGGATTATTATTTTGACTCATACGC 145
consensus_11315#1 TACACTTACCTGCAAA-----AGAAATGATTATATTCAAGCCTTGGTTACGTTTTTCAAT 193
* **** ** *** **** * * * ** * *
consensus_11315#0 GCATTTCGGAATTCATGAGGAAATGCTAAAGGATGAAATTAGAACACTCACCTACCGCAG 292
consensus_11315#2 GCATTTCGGAATTCATGAGGAAATGCTAAAGGATGAAATTAGAACACTCACCTACCGCAG 205
consensus_11315#1 ATAGACTTCACTTCTTGCCATAAACCTACAGGATTTTCAACAGGTCCTGATGAGCGCCGC 253
* * *** ** ** *** ***** ** * * *
consensus_11315#0 TGCTTTAATTCACAACAAACACCTTGTAAGA--GATAA-GGTAGTGCTTGATGTA-GGTT 348
consensus_11315#2 TGCTTTAATTCACAACAAACACCTTGTAAGA--GATAA-GGTAGTGCTTGATGTA-GGTT 261
consensus_11315#1 TACACACATTGGAAACAAACAGTTTTTTATCTTGATAATGGCGATGACGACTGTCTAACT 313
* * *** ******** ** * * ***** ** ** *** *
consensus_11315#0 GT------GGAACCGCCATCCTC-TGTTTGTTTGCAATTAAAGCCG--GGGCCAAGCA-T 398
consensus_11315#2 GT------GGAACCGCCATCCTCCTGTTTGTTTGCAATTAAAGCCG--GGGCCAAGCA-T 312
consensus_11315#1 GTCAAGAAAGGAGAACAAATTAATGGTGTGATGTCTATTAAACCGAATGAACGAAATAAC 373
** * * * * ** ** * * ****** * * * ** *
consensus_11315#0 GCTATTGGA----------------------------------ATTGACTGTTCTAACAT 424
consensus_11315#2 GCTATTGGAGTAATTGT--GTTTCTGGTTCATATTAGTTTTAGATTGACTGTTCTAACAT 370
consensus_11315#1 GTGAGTTGATTTAATTTTAGCTTCTAATTGTTAAAGCCATTCTGCTGAATCCCGTAATAT 433
* * * ** *** * *** **
consensus_11315#0 TATCG----ACCGGGCAATGGAAGTCGTCCGAGC------TAACA--------ATATGGC 466
consensus_11315#2 TATCG----ACCGGGCAATGGAAGTCGTCCGAGC------TAACA--------ATATGGC 412
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* * * * ** ** * * * **** * ** *
consensus_11315#0 GGACCGTATCACTCTGATCAAAGGA--AAAGTAGAAGAGGTGGAACTACCTCCAGAATAC 524
consensus_11315#2 GGACCGTATCACTCTGATCAAAGGA--AAAGTAGAAGAGGTGGAACTACCTC-------- 462
consensus_11315#1 GAACAGATTTATTCAGCATTATCGATCATAGTATAATTTCTGAAGGTTCCTTAATCAGAG 553
* ** * * * ** * * ** * **** ** ** * * ***
consensus_11315#0 CCCAAGGTTGACATAGTCATCAGTGAATGGATGGGTTACTGTCTTTTTTACGAGTCAATG 584
consensus_11315#2 ------------------------------------------------------------
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consensus_11315#0 TTGAATACTGTTATTTATGCTAGAGACAAATGGTTGGCACCTGGTGGCATAATTATGCCT 644
consensus_11315#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11315#1 TCTGATTTACTGCCGACAAGAAATGGTTTGAAGCANTACTGTACTGAAGATACTTTTCAA 673
consensus_11315#0 GATCGTGCAACTCTGTATGTTTGTGCTATCGAAGATAGACAGTACAAAGATGAAAAAATT 704
consensus_11315#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11315#1 CGTGTTATACTGAAATACTTTACTGCATGTCTCGGCAGTTCAAAA--------------- 718
consensus_11315#0 AATTGGTGGGACAGCGTGTACGGCTTCGACATGAGTTGTATAAGGAAAGTTGCACTTACA 764
consensus_11315#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11315#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_11315#2 ------------------------------------------------------------
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consensus_11315#2 ------------------------------------------------------------
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consensus_11315#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11315#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_11315#2 -------------------------------
consensus_11315#1 -------------------------------
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||