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[+] EMBL BG932215 [ gcGGGTTTGGCGGTAAATTAAATTCGTCC GGGGGAA CGTGTACATTAAAGAGATGG T CCGCTAAATATTTCACTATAATTAGATTTGTTAGTGTATATC CGTTTGTATATTTAC ATTTAGAGATAATAAGTGAGTAAATATTCGGTAATTT AAGACAGGTCTATATGCTGCT AATATTATAGGTTGTTATGCGTTACATTTATAAAAATAGTAGATGAAATTTACTCAGATTTAGGACTCGGAAGTAGGGGTTTAATAGTATGTTATCTCGAAGGTTGAAATAGTTTAC GTACACATCGGCCGACAATC TCGACAATAAGTTGAGTTAAGTC GC ]
[+] EMBL BG932178 [ gcGGGTTTGGCGGTAAATTAAATTCGTCC GGGGGAA CGTGTACATTAAAGAGATGG T CCGCTAAATATTTCACTATAATTAGATTTGTTAGTGTATATC CGCTTGTATATTTAC ATTTAGAGATAATAAGTGAGTAAATATTCGGTAATTT AAGACAGGTCTATATGCTGCT AATATTATAGGTTGTTATGCGTTACATTTATAAAAATAGTAGATGAAATTTACTCAGATTTAGGACTCGGAAGTAGGGGTTTAATAGTATGTTATCTCGAAGGTTGAAATAGTTTAC GTACACATCGCCCGACAATC TCGACAATAAGTTGAGTTAAGTC GCAACAgat ]
[+] EMBL BG932223 [ gCGTCC GGGGGAA CGTGTACATTAAAGAGATGG T CTTCTAAATATTTCACTATAATTAGATTTGTTAGTGTATATC CGTTTGTATATTTAC ATTTAGAGATAATAAGTGAGTAAATATTCGGTAATTT AAGACAGGTCTATATGCTGCT AATATTATAGGTTGTTATGCGTTACATTTATAAAAATAGTAGATGAAATTTACTCGGATTTAGGACTTGGAAGTAGGGGTTTAATAGTATGTTATCTCGAAGGTTGAAATAGTTTAC GTACACATCGCCCGACAATC TCGACAATAAGTTGAGTTAAGTC G ]
[+] EMBL AA566188 [ GCTAAATATTTCACTATAATTAGATTTGTTAGTGTATATC CGTTTGTATATTTAC ATTTAGAGATAATAAGTGAGTAAATATTAGGTAATTT AAGACAGGTCTATATGCTGCT AATATTATAGGTTGTTATGCGTTACATTTACAAAAATAGTAAATGAAATTTACTCAGATTTAGGACTCGGAAGTAGGGGTTTAATAGTACGTTATCTCGAAGG ]
[+] EMBL SM7241 [ ATATTTCACTATAATTAGATTTGTTAGTGTATANC CGTTTGTATATTTACTNTTTAGAGATAATNAGTGAGTAAATATTAGGTAATTTAAAGACAGGTCTATATGCTGCT AANATTATAGGTTGTTATGCGTTACATTTACNNANATAGTAAATGANNTTTACTCAGNTTTAGGACTCGGAAGNAGGNGTTTAATAGTACGTTATCTCGAAGGTTGAAATAGTTTAC GTACACATCGCCCGACAATC TCGACAATANGTTGAGTTAAGTC GTAACATG GTAGTGCTTGAA ]
[+] EMBL SM911 [ GTTAGTGTATATC CGNTTGTATATTTAC ATNTAGAGATAATAAGTGAGTAAATATTAGGTAATTT ANGACAGGTCTATATGNTGNT AATATTATNGGTTGTTATGCGTTACATNTACAAAAATAGTAANTGAAATTTACTCAGATTTAGGACTCGGAAGTAGGGGTTTAATAGTACGTTATCTCGAAGGTTGAAATAGTTTAC GTACACATCGCCCGACAATC TCGACAATAAGTTGAGTTAA ]
[-] EMBL AA999311 [ TAATAAGTGAGTAAATATTAGGTAATTT AAGACAGGTCTATATGCTGCT AATATTATAGGTTGTTATGCGTTACATTTACAAAAATAGTAAATGAAATTTACTCAGATTTAGGACTCGGAAGTAGGGGTTTAATAGTACGTTATCTCGAAGGTTGAAATAGTTTAC GTACACATCGCCCGACAATC TCGACAATAAGTTGAGTTAAGTC GTAACATG GTAGTGCTTGAAGAA]
[-] EMBL AA999612 [ gggGTAAATATTGGGTAATTT AAGACAGGTCTATAGGCTGCTAAATATTATAGGTTGTTATGCGTTACATTTACAAAAATGGTAAATGAAATTTACTCAGATTTAGGACTCGGAAGTAGGGGTTTAATAGTACGTTATCTCGAAGGTTGAAATAGTTTAC GTACACATCGCCCGACAATC TCGACAATAAGTTGAGTTAAGTC GTAACATG GTAGTGCTTGAAGAA]
consensusID : consensus_11333#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 584 fasta sequence
[TTGATTAAGTATAAATTAAAAATTTTTAAATAGTAGTAGTTAGGACTGTTAGTATAAAGAGATTTAATGATGGTTACTAGTCGTTAGAAGAGGCTAAGTCACAGTGCCAGCAGTCGCGGTTAAACTGTCTTCTTCTCATTTTATTTGTTGGTTGAAATAATTATTGAGTAAATTAGGAAGTGTGTTGGTAAAATAGGTTTCTGTTGGAAAATAATTCAATAATGTATAGAAGATCTGAGCAAATAGGGATTGGAGACCCTTTATTAGATTATAAAGTTTTTGTCACAGTTATAACTGAAAGGGTTTGGCGGTAATTAAATTCGTCCGGGGGGACGTGTACATTAAAGAGATGGTCCGCTAAATATTTCACTATAATTAGATTTGTTAGTGTATATCCGTTTGTATATTTACATTTAGAGATATAAGTGAGTAATATTCGGTAATTTAGACAGGTCTATATGCTGCTAATATATAGGTTGTTATGCGTTACAATGTGTGATTATCGATTAGATCGAGTAGGTTATGAGTACCAGTGATGTTCGTACATGCGCATCCGCATAGTGAGTAGTCGTACATGAGTCTGA]
[+] EMBL SMAA28915 [TTGATTAAGTATAAATTAAAAATTTTTAAATAGTAGTAGTTAGGACTGTTAGTATAAAGAGATTTAATGATGGTTACTAGTCGTTAGAAGAGGCTAAGTCACAGTGCCAGCAGTCGCGGTTAAACTGTCTTCTTCTCATTTTATTTGTTGGTTGAAATAATTATTGAGTAAATTAGGAAGTGTGTTGGTAAAATAGGTTTCTGTTGGAAAATAATTCAATAATGTATAGAAGATCTGAGCAAATAGGGATTGGAGACCCTTTATTAGATTATAAAGTTTTTGTCACAGTTATAACTGAAAGGGTTTGGCGGTAATTAAATTCGTCCGGGGGGACGTGTACATTAAAGAGATGGTCCGCTAAATATTTCACTATAATTAGATTTGTTAGTGTATATCCGTTTGTATATTTACATTTAGAGATATAAGTGAGTAATATTCGGTAATTTAGACAGGTCTATATGCTGCTAATATATAGGTTGTTATGCGTTACAATGTGTGATTATCGATTAGATCGAGTAGGTTATGAGTACCAGTGATGTTCGTACATGCGCATCCGCATAGTGAGTAGTCGTACATGAGTCTGA]
consensusID : consensus_11333#3 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 346 fasta sequence
[GGTAAAATAGGTTTCTGTTGGAAAATAACTCAATAATGTNTAGAAGAATCTGAGCAAAATAGGGATTGGCGACCCCTTTATTAGATTATAANGTTTGGGNCCACAGTTATAACTGAAAGGGTTNGGCGGTAAATTAACTCCGCCCGGGGGGAACGTGTACATTAAAGAGATGGNCCNCTAAATATTTCACTATAATTAGATTGGTTAGNGTATATCCNTTNGTTTATNTACATTTAGAGATAATAAGTGAGTNAATATTAGGTAANTNAAGACAGGNCTATATTGCTGCTAATATTATAGGTTGGCTATGCGTTACATTCACAAAAAATAGTAAATNAAATTTTAC]
[+] EMBL SM284 [GGTAAAATAGGTTTCTGTTGGAAAATAACTCAATAATGTNTAGAAGAATCTGAGCAAAATAGGGATTGGCGACCCCTTTATTAGATTATAANGTTTGGGNCCACAGTTATAACTGAAAGGGTTNGGCGGTAAATTAACTCCGCCCGGGGGGAACGTGTACATTAAAGAGATGGNCCNCTAAATATTTCACTATAATTAGATTGGTTAGNGTATATCCNTTNGTTTATNTACATTTAGAGATAATAAGTGAGTNAATATTAGGTAANTNAAGACAGGNCTATATTGCTGCTAATATTATAGGTTGGCTATGCGTTACATTCACAAAAAATAGTAAATNAAATTTTAC]
consensusID : consensus_11333#4 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 156 fasta sequence
[TTCTTCAAGCACTAGCATGTTACGACTTAAGCTCAACTTATTGCTCGCAGATTGTCGGGAAAAAGATGTTACGCTAAACTATTTCAACCCTTCGAGAATAACATACTATTAAACCCCTACTGTCCGAGGTCCTAAATCTGAGGTAAATTTCATCTA]
[+] EMBL AI740215 [TTCTTCAAGCACTAGCATGTTACGACTTAAGCTCAACTTATTGCTCGCAGATTGTCGGGAAAAAGATGTTACGCTAAACTATTTCAACCCTTCGAGAATAACATACTATTAAACCCCTACTGTCCGAGGTCCTAAATCTGAGGTAAATTTCATCTA]
consensusID : consensus_11333#5 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 146 fasta sequence
[TTGAATTACATTTAGAGATAATAAGTGAGTAAATATAGGTAATTTAATGACAGGTCTATAGTCTGCTAATATTATAGGTTTTGTTGTCGTTACATTTACTAAAAATAGAAATGAAATTACTCAGATTAGGACTCGGAAGAGGGGTT]
[+] EMBL AA801620 [TTGAATTACATTTAGAGATAATAAGTGAGTAAATATAGGTAATTTAATGACAGGTCTATAGTCTGCTAATATTATAGGTTTTGTTGTCGTTACATTTACTAAAAATAGAAATGAAATTACTCAGATTAGGACTCGGAAGAGGGGTT]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_11333#0 GATTCCGCCACGAACCGGCCACGAGGTGATTAGTAAAGCTACATACGGATATTATATGGT 60
consensus_11333#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#1 --------------AAAGTAGAAATGTGATTAGTAGAGCTACATACGGATATTATATGGT 46
consensus_11333#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#2 -----------------------------------------------------------T 1
consensus_11333#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#0 TGGTTAAGTATGAATTAAAAATTTTTAATTGGTAGTAGTTAGGACTGTTAGTATAAAGAG 120
consensus_11333#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#1 TGATTAAGTATAAATTAAAAATTTTTAAATAGTAGTAGTTAGGACTGTTAGTATAAAGAG 106
consensus_11333#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#2 TGATTAAGTATAAATTAAAAATTTTTAAATAGTAGTAGTTAGGACTGTTAGTATAAAGAG 61
consensus_11333#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#0 ATTTAATGATGGTTACTAGTCGTTAGAANAGGCTAAGTCACAGTGCCAGCAGTCGCGGTT 180
consensus_11333#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#1 ATTTAATGATGGTTACTAGTCGTTAGAAGAGGCTAAGTCACAGTGCCAGCAGTCGCGGTT 166
consensus_11333#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#2 ATTTAATGATGGTTACTAGTCGTTAGAAGAGGCTAAGTCACAGTGCCAGCAGTCGCGGTT 121
consensus_11333#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#0 AAACTGTCTCCTCCTCATTTTATTTGTTGGTTGAAATAATTATTGAGTAAGTTAGGAAGT 240
consensus_11333#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#1 AAACTGTCTTCTTCTCATTTTATTTGTTGGTTGAAATAATTATTGAGTAAATTAGGAAGT 226
consensus_11333#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#2 AAACTGTCTTCTTCTCATTTTATTTGTTGGTTGAAATAATTATTGAGTAAATTAGGAAGT 181
consensus_11333#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#0 GTGTTGGTAAAATAGGTTTCTGTTGGAAAATAACTCAATAATGTATAGAANAATCTGAGC 300
consensus_11333#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#1 GTGTTGGTAAAATAGGTTTCTGTTGGAAAATAATTCAATAATGTATAGAAGAATCTGAGC 286
consensus_11333#3 -----GGTAAAATAGGTTTCTGTTGGAAAATAACTCAATAATGTNTAGAAGAATCTGAGC 55
consensus_11333#2 GTGTTGGTAAAATAGGTTTCTGTTGGAAAATAATTCAATAATGTATAGAAGA-TCTGAGC 240
consensus_11333#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#0 AAAATAGGGATTGGAGACCCCTTTATTAGATTATAAAGTTTTTGTCCACAGTTATAACTG 360
consensus_11333#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#1 AAAATAGGGATTGGAGACCCCTTTATTAGATTATAAAGTTTTTGTCCACAGTTATAACTG 346
consensus_11333#3 AAAATAGGGATTGGCGACCCCTTTATTAGATTATAANGTTTGGGNCCACAGTTATAACTG 115
consensus_11333#2 AAA-TAGGGATTGGAGACCC-TTTATTAGATTATAAAGTTTTTGTC-ACAGTTATAACTG 297
consensus_11333#4 ----------------------------------------------TTCTTCAAGCACTA 14
consensus_11333#0 AAAGGGTTNGGCGGTAAATTAAATNCGNCCGGGGGAAACGTGTACATTAAAGAGATGGTC 420
consensus_11333#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#1 AAAGGGTTTGGCGGTAAATTAAATTCGTCCGGGGGAA-CGTGTACATTAAAGAGATGGTC 405
consensus_11333#3 AAAGGGTTNGGCGGTAAATTAACTCCGCCCGGGGGGAACGTGTACATTAAAGAGATGGNC 175
consensus_11333#2 AAAGGGTTTGGCGGTAA-TTAAATTCGTCCGGGGGGA-CGTGTACATTAAAGAGATGGTC 355
consensus_11333#4 GCATGTTACGACTTAAGCTCAACTTATTGCTCGCAGATTGT---CGGGAAAAAGATGTTA 71
consensus_11333#0 CGCTAAA-TATTNCACTATAATTAGATTTGTTAGTGTATANCCGTTTGTATATTTACATT 479
consensus_11333#5 ------------------------------------------------TTGAATTACATT 12
consensus_11333#1 CGCTAAA-TATTTCACTATAATTAGATTTGTTAGTGTATATCCGTTTGTATATTTACATT 464
consensus_11333#3 CNCTAAA-TATTTCACTATAATTAGATTGGTTAGNGTATATCCNTTNGTTTATNTACATT 234
consensus_11333#2 CGCTAAA-TATTTCACTATAATTAGATTTGTTAGTGTATATCCGTTTGTATATTTACATT 414
consensus_11333#4 CGCTAAACTATTTCAACCC-------TTCGAGAATA-ACATACTATTAAACCCCTACTGT 123
*** *
consensus_11333#0 TAGAGATAATAAGT---GAGTAAATATTAGGTAATTTAA-GACAGGTCTATATG-CTGCT 534
consensus_11333#5 TAGAGATAATAAGT---GAGTAAATAT-AGGTAATTTAATGACAGGTCTATAGT-CTGCT 67
consensus_11333#1 TAGAGATAATAAGT---GAGTAAATATTCGGTAATTTAA-GACAGGTCTATATG-CTGCT 519
consensus_11333#3 TAGAGATAATAAGT---GAGTNAATATTAGGTAANTNAA-GACAGGNCTATATTGCTGCT 290
consensus_11333#2 TAGAGATA-TAAGT---GAGTAA-TATTCGGTAATTTAG--ACAGGTCTATATG-CTGCT 466
consensus_11333#4 CCGAGGTCCTAAATCTGAGGTAAATTTCATCTA--------------------------- 156
*** * *** * ** * * * **
consensus_11333#0 AATATTATAGGTTGTTATG-CGTTACATTTACAAAAATAGT-AAATGAAATTTACTCNNA 592
consensus_11333#5 AATATTATAGGTTTTGTTGTCGTTACATTTACTAAAAATAG-AAATGAAATT-ACTCAGA 125
consensus_11333#1 AATATTATAGGTTGTTATG-CGTTACATTTATAAAAATAGT-AGATGAAATTTACTCAGA 577
consensus_11333#3 AATATTATAGGTTGGCTATGCGTTACATTCACAAAAAATAGTAAATNAAATTTTAC---- 346
consensus_11333#2 AATAT-ATAGGTTGTTATG-CGTTACAATGTGTGATTATCG---ATTAGATCGAGTAGGT 521
consensus_11333#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#0 ATTTAGGACTCCGAAGTAGGGGTTTAATANTACCTNANCTCNAAGGTTGAAATANTTTAC 652
consensus_11333#5 --TTAGGACTCGGAAG-AGGGGTT------------------------------------ 146
consensus_11333#1 -TTTAGGACTCGGAAGTAGGGGTTTAATAGTATGTTATCTCGAAGGTTGAAATAGTTTAC 636
consensus_11333#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#2 TATGAGTACCAGTGAT-----GTTCGTACATGCGCATCCGCATAGTGAGTAGTCGTACAT 576
consensus_11333#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#0 GTACCCNCCCCCCGACAATCNCNACAATAA-TTGAATTAAGTCCTAACATGGTAANGCCT 711
consensus_11333#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#1 GTACACATCGCCCGACAATCTCGACAATAAGTTGAGTTAAGTCGCAACATGGTAGTGCTT 696
consensus_11333#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#2 GAGTCTGA---------------------------------------------------- 584
consensus_11333#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11333#0 GA---- 713
consensus_11333#5 ------
consensus_11333#1 GAAGAA 702
consensus_11333#3 ------
consensus_11333#2 ------
consensus_11333#4 ------
|
| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||