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consensusID : consensus_11387#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 58 consensus length = 656 fasta sequence
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consensusID : consensus_11387#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 322 fasta sequence
[TCAGCTTCAAATTCATCTTTGGACGTCTTTTACTTATTTATCATAAATTGACGTGACTGAGTGATACTACTGTGTTCACAAACAGTTTATTGATTATTCCACCAATTTATTATATGACTAAATACATAATAACAATATTTTCATGATTTTACTGCCGCTTTATTGAGACTGATATTCACAGATGCAGAACAAGGTACACGGCTTAAATGCTTTTCATTATGAAGAGCACCACGATTATATTGTTAGTCGCTCAATGAATCCTGAACACAATCAAGCTATAGGTAAAATCGACGTTTACAGACGAAGTCACAGACAGTCTCTT]
[+] EMBL CD113103 [TCAGCTTCAAATTCATCTTTGGACGTCTTTTACTTATTTATCATAAATTGACGTGACTGAGTGATACTACTGTGTTCACAAACAGTTTATTGATTATTCCACCAATTTATTATATGACTAAATACATAATAACAATATTTTCATGATTTTACTGCCGCTTTATTGAGACTGATATTCACAGATGCAGAACAAGGTACACGGCTTAAATGCTTTTCATTATGAAGAGCACCACGATTATATTGTTAGTCGCTCAATGAATCCTGAACACAATCAAGCTATAGGTAAAATCGACGTTTACAGACGAAGTCACAGACAGTCTCTT]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_11387#1 ---------TCAGCTTCAAATTCATCTTTGGACGTCTTTTACTTATTTATCATAAATTGA 51
consensus_11387#2 ---------TCAGCTTCAAATTCATCTTTGGACGTCTTTTACTTATTTATCATAAATTGA 51
consensus_11387#0 TCACTAACGTCA-TTGCAGGCTGATATTAGCGATGAGTCTATTCTTCTGGAACAAAAGGA 59
*** * ** * ** ** * * ** * * * * *** **
consensus_11387#1 CGTGACTGAGT--GATACTACTGTGTTCACAAACAGTTTATTGATTATTCCACCAATTTA 109
consensus_11387#2 CGTGACTGAGT--GATACTACTGTGTTCACAAACAGTTTATTGATTATTCCACCAATTTA 109
consensus_11387#0 ACTCCAAAAGCTCAAAGTCTCCTTAGCTGAAGATGGCTCACCGTTTGCTCCTCTAATCAA 119
* ** * * * * * * * * * ** *** * *** *
consensus_11387#1 -TTATATGACTAAATACATAATAACAATATTTTCATGATTTTACTGT-GCTTTATTTAG- 166
consensus_11387#2 -TTATATGACTAAATACATAATAACAATATTTTCATGATTTTACTGCCGCTTTATTGAGA 168
consensus_11387#0 GTTGTGTATCACATTTGACCAGGCTAAAAGTCTTGTCCAATT-CTGT-GCTTC-TTTGGC 176
** * * * * * * * ** * * * * ** *** **** ** *
consensus_11387#1 TTGTTTTTCACAGTTATAGAACAAGTTTCAGTACTCTCG-GTTTGTACTGATGTGTAAAT 225
consensus_11387#2 CTGATATTCACAGATGCAGAACAAGGTACACGGCT-TAA-ATGCTTTTCATTATGAAGAG 226
consensus_11387#0 TTCGGCTTCACAGTTACAAAATAAGGGTTGCAATAAAAGTACTCAGGTTGCTACCTCCCT 236
* ******* * * ** *** *
consensus_11387#1 CAACCAAACTGATTCTCTAAAACTACTTATTTGGTTTGTACCTACAACAGAAATGTTG-T 284
consensus_11387#2 CACCACGATTATATTGTTAG--TCGCTCAATGAATCCTGAAC-ACAATCAAGCTATAGGT 283
consensus_11387#0 GGCTATGGCAAACTCTCTTCTTTCCTCGATCGGAGCTGGGAC--TAAGGAAACTAGTAGC 294
* * * * ** * *
consensus_11387#1 ACTTTGAAGATT-TCATGGAAGC----AATTGAAAATATGCCATTTGAGCTAAATGAAAG 339
consensus_11387#2 AAAATCGACGTT-T-ACAGACGA----AGTCACAGACAGTCTCTT--------------- 322
consensus_11387#0 TCATCGGCCTTTGTTGTTGTAACCTCCGGTAGAGGCCGGGGTAAGTCTGCAGCACTGGGA 354
** * * *
consensus_11387#1 CCTTACAAATGTTCGACAGCTAGACCTA-CAAGCCCAAA----ATATTTTAGATTCATTA 394
consensus_11387#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11387#0 CTTGGATTAGCTGCTGCTTTTGAAACTGGTATGCCCAACTTGTATGTTACTGCACCCAGT 414
consensus_11387#1 TCAGAAACCATCCAGACATTTTTTGAAA--ACTGCAGGTTCGGTAAACTCTTAGAATATG 452
consensus_11387#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11387#0 CCGGAAAACCTAAATACACTTATGCAGTTTGTTGTAAACGGTTTAAATGCTTTTCAT-TA 473
consensus_11387#1 AGAAAAGTACTCAGATTCTTAATATTACCCGGGAATATGAGCGAGCACTCAATCA--TTG 510
consensus_11387#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11387#0 TGAAGAGCAC-CAGGATTATATTGTTAGTCGCTCAATGAATCCTGAACACAATCAAGCTA 532
consensus_11387#1 CAAGGACAAACGAGAAATAGTGGAAAATATATATAGCATATATCGTAAATTAGT------ 564
consensus_11387#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11387#0 TAGTTAAAATCGACGTTTACAGACGAAGTCACAGACAGTCTCTTATATATTTACCGCCAT 592
consensus_11387#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11387#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11387#0 GGGAAATGGCTGCCCTCTCGAATGTCAAACAAGCAGATCTAGTATGTGTAGACGAAGCTG 652
consensus_11387#1 ----
consensus_11387#2 ----
consensus_11387#0 CTGC 656
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||