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consensusID : consensus_11397#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 45 consensus length = 644 fasta sequence
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[-] EMBL CD193672 [ gctGGCAGTTGATGTCTCTCCTCTACGCAGAGTAAACCAGGCGATTTATCTTTTGTGTACTGGAGCTCGAGAAGCAGCCTTCAGAAATGTTAAGACCATATCAGAAT ]
[-] EMBL CD136301 [ ATGTCTCTCCTCTACGCAGAGTAAACCAGGCGATTTATCTTTTGTGTACTGGAGCTCGAGAAGCAGCCTTCAGAAATGTTAAGACCATATC ]
[-] EMBL CD095408 [ CTCTCCTCTACGCAGAGTAAACCAGGCGATTTATCTTTTGTGTACTGGAGCTCGAGAAGCAGCCTTCAGAAATGTTAAGACCATATCAGAATGCTTAGCCCATGAACTTCTCAATGCCGCTAAAGGTAGTTCGAATTCCTATGCAATCAAAAAGAAGGACGAGTTGGAACGTGTTGCAAAATCTAACCGGTAACATACGTCTCTAAA]
[-] EMBL AA999352 [ tcCTCCTCTACGCAGAGTAAACCAGGCGATTTATCTTTTGTGTACTGGAGCTCGAGAAGCAGCCTTCAGAAATGTTAAGACCATATCAGAATGCTTAGCCGATGAACTTCTCAATGCCGCTAAAGGTAGTTCGAATTCCTATGCAATCAAAAAGAAGGACGAGTTGGAACGTGTTGCAAAATCTAACCGGTAATATACa ]
consensusID : consensus_11397#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 82 fasta sequence
[AATTCCCGGAGCAGGAAAATCAAGCTCTTCGAAAAGTGGAGTGCAAATGATCTGAATGTACATGATCTCAGTTTAACTGACT]
[+] EMBL CD059782 [AATTCCCGGAGCAGGAAAATCAAGCTCTTCGAAAAGTGGAGTGCAAATGATCTGAATGTACATGATCTCAGTTTAACTGACT]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_11397#1 GTTGTGAGGCGCTCAGTTGGTTGGTAATAGGCGTGTTTGGCTTCATGGATTCC--GAGCA 58
consensus_11397#2 -----------------------------------------------AATTCCCGGAGCA 13
consensus_11397#0 ------------------------------------------------------------
consensus_11397#1 GGAAA-TCAAGCTCTTCGGGAAGTGGAGTGCAGATGATCTGAATGTACATGATCTCAGTT 117
consensus_11397#2 GGAAAATCAAGCTCTTCGAAAAGTGGAGTGCAAATGATCTGAATGTACATGATCTCAGTT 73
consensus_11397#0 ----------------------------------TGATCTGAATGTACATGATCTCAGTT 26
**************************
consensus_11397#1 TAACTGACTACATTAATATCAAGCGAAAAGGAAACCCAATCGTTCCACATACTGCTGGTC 177
consensus_11397#2 TAACTGACT--------------------------------------------------- 82
consensus_11397#0 TAACTGACTACATTAATATCAAGCGAAAAGGAAACCCAATCGTTCCACATACTGCTGGTC 86
*********
consensus_11397#1 GCTATCAAGTTAAGCGCTTTCGTAAAGCACTATGCCCTTTGGTAGAGCGCATGTGCTGTT 237
consensus_11397#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11397#0 GCTATCAAGTTAAGCGCTTTCGTAAAGCACTATGCCCTTTGGTAGAGCGCATGTGCTGTT 146
consensus_11397#1 CACTTATGATGCATGGTCGTAATAATGGAAAAAAGGTCAAGGCGATGAACATTCTAAAAC 297
consensus_11397#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11397#0 CACTTATGATGCATGGTCGTAATAATGGAAAAAAGGTCAAGGCGATGAACATTCTAAAAC 206
consensus_11397#1 ATACATTCGAAATTATACACTTGCTCTCTGGTGAGAACCCAATCCATGTGCTTGTCAATG 357
consensus_11397#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11397#0 ATACATTCGAAATTATACACTTGCTCTCTGGTGAGAACCCAATCCATGTGCTTGTCAATG 266
consensus_11397#1 CCGTGCTTAACAGTGGTGCACGAGAAGATTCAACTCGTATTGGTCGTGGTGGTACTGTCC 417
consensus_11397#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11397#0 CCGTGCTTAACAGTGGTGCACGAGAAGATTCAACTCGTATTGGTCGTGGTGGTACTGTCC 326
consensus_11397#1 GACGTCAGGCAGTTGATGTCTCTCCTCTACGCAGAGTAAACCAGGCGATTTATCTTTTGT 477
consensus_11397#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11397#0 GACGTCAGGCAGTTGATGTCTCTCCTCTACGCAGAGTAAACCAGGCGTGTTTGGCTTCAT 386
consensus_11397#1 GTACTG-GAGCTCGAGAAGCAGCCTTCAGAAATGTTAAGACCATATCA---GAATG---- 529
consensus_11397#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11397#0 GGATTCCGAGCAGGAAATCAAGCTCTTCGGGAAGTGGAGTGCAGATGATCTGAATGTACA 446
consensus_11397#1 ----CTTAGCCGA--TGAACTTCTCAATGCC--GCTAAAGGTAGTTCGAATTCCTATGCA 581
consensus_11397#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11397#0 TGATCTCAGTTTAACTGACTACATTAATATCAAGCGAAAAGGAAACCCAATCGTTCCACA 506
consensus_11397#1 ATCAAAAAGAAG--GACGAGTTGGAACGTGTTGCAAAATCTAAC------CGGTAACATA 633
consensus_11397#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11397#0 TACTGCTGGTCGCTATCAAGTTAAGCGCTTTCGTAAAGCACTATGCCCTTTGGTAGAGCG 566
consensus_11397#1 CGTCTCTAAA-------------------------------------------------- 643
consensus_11397#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11397#0 CATGTGCTGTTCACTTATGATGCATGGTCGTAATAATGGAAAAAAGGTCAAGGCGATGAA 626
consensus_11397#1 ------------------
consensus_11397#2 ------------------
consensus_11397#0 CATTCTAAAACATACATT 644
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||