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consensusID : consensus_11450#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 71 consensus length = 1347 fasta sequence
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[+] EMBL CD189725 [ AATGGTA CGGTGAAAAGGTCTATCGGATTCACTCAAATCCAGAAGCTATCATGTTAGAGCTAATGCGTAATGGACCAGTTGAAGTAGATTTTGAAGTGTATGCCGATTTCCCAAATTACAAATCAGGTGTTTATCAACACG TTAGTGGTGCCCTA CTTGGTGGACATGCGGTGCGTTTACTTGGTTGGGG TGAAGAGAATAATGTACCCTA CTGGTTAA TT GCGAA TTCATGGAATAGTGATTGGGGTGATAAAGGTTA TTTTAAAATAGTTCGTGGTAAAAATGAATGCGGGATTGAAAGTGATGTCAATGCTGGAATACCAAAAATA AAAAACTAGA CATTTCGGTAAAATATTTTTATTTGTACATCTACATGTCTGCAAGTGAATTGGCTTTTATAATTCATT ATCATCATCATCATCATCATTATGATT ]
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[-] EMBL CD169477 [ TGGACCAGTTGAAGTAGATTTTGAAGTGTATGCCGATTTCCCAAATTACAAATCAGGTGTTTATCAACACG TTAGTGGTGCCCTA CTTGGTGGACATGCGGTGCGTTTACTTGGTTGGGG TGAAGAGAATAATGTACCCTA CTGGTTAA TT GCGAA TTCATGGAATAGTGATTGGGGTGATAAAGGTTA TTTTAAAATAGTTCGTGGTAAAAATGAATGCGGGATTGAAAGTGATGTCAATGCTGGAATACCAAAAATA AAAAACTAGA CATTTCGGTAAAATATTTTTATTTGTACATCTACATGTCTGCAAGTGAATTGGCTTTTATAATTCATT ATCATCATCATCATCATCATCATcg ]
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[+] EMBL CD167612 [ CGGTGCGTTTACTTGGTTGGGG TGAAGAGAATAATGTACCCTA CTGGTTAA TT GCGAA TTCATGGAATAGTGATTGGGGTGATAAAGGTTA TTTTAAAATAGCTCGTGG AATGTGGATCCTGGAaa ]
[+] EMBL CD166937 [ TTGGTTGGGG TGAAGAGAATAATGTACCCTA CTGGTTAA TT GCGAA TTCATGGAATAGTGATTGGGGTGATAAAGGTTA TTTTAAAATAGTTCGTGGTAAAAATGAATGCGGGATTGAAAGTGATGTCAATGCTGGAATACCAAAAATA AAAAACTAGA CATTTCGGTAAAATATTTTTATTTGTACATCTACATGTCTGCAAGTGAATTGGCTTTTATAATTCATT ATCATCATCATCATCATCATTATG ]
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[+] EMBL AI618794 [ TGGAATAGTGATTGGGGTGATAAAGGTTA TTTTAAAATAGTTCGTGGTAAAAATGAATGCGGGATTGAAAGTGATGTCAATGCTGGAATACCAAAAATA AAAAACTAGA CATTTCGGTAAAATATTTTTATTTGTACATCTACATGTCTGCAAGTGAATTGGCTTTTATAATTCATT ATCATCATCATCATCATCATTATGATTACAATATTTACTTGGACACTGAAGAAAACATGAATAATAATTAAAACCGTACAATTTCTCCAGTATTTTATTTAAAAATGTATTAACCATTTCGAATATTAAGTAACCTTTCTGAATATTTCAAATCATATTTATAAATAT ]
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[CAGTTGAAGTAGATTTTGAAGTGTATGCCGATTTCCCAAATTACAAATCAGGTGTTTATCAACACGTTAGTGGTGCCCTACTTGGTGGACATGCGGNGCGTTTACTTGGTTGGGGTGAAGAGAATAATGTNCCCTACTGGTTAATTGCGAATTCATGGAATAGTGATTGGGGTGATAAAGGTTATTTTAAAATAGTTCGTGGTAAAAATGAATGCGGGATTGAAAGTGATGTCAATGCTGGAATACCAAAAATAAAAAACTAGACATTTCGGTAAAATATTTTTATTTGGTACATCTACATGTCTGCAAGTGAATTGG-CTTT--------TTATNAT--TCATTATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATTATGATTACAATATTTACTTGGGACACTGAAG-AAACATGATTATTAATTAAAACCGTACAATTTCTCCAGTATTTTATTTAAAAATGTATTAACCATTTCGAATATTAAGTAACCTTTCTGAATATTTCAAATC]
[+] EMBL SM529 [CAGTTGAAGTAGATTTTGAAGTGTATGCCGATTTCCCAAATTACAAATCAGGTGTTTATCAACACGTTAGTGGTGCCCTACTTGGTGGACATGCGGNGCGTTTACTTGGTTGGGGTGAAGAGAATAATGTNCCCTACTGGTTAATTGCGAATTCATGGAATAGTGATTGGGGTGATAAAGGTTATTTTAAAATAGTTCGTGGTAAAAATGAATGCGGGATTGAAAGTGATGTCAATGCTGGAATACCAAAAATAAAAAACTAGACATTTCGGTAAAATATTTTTATTTGGTACATCTACATGTCTGCAAGTGAATTGG CTTT TTATNAT TCATTATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATTATGATTACAATATTTACTTGGGACACTGAAG AAACATGATTATT ]
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[AATCAACTTTATCAATTATGAGGCCAATACGACTTGGAAAGCCGCCCCTACTACAAGATTTAGGACAGTTTCTGATATTCGTAGGATGTTAGGTGCACTTCCAGATCCAAATGGGAACAAGGGTACCGGGC]
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consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
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consensus_11450#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#0 GGTAGAATGGCCACATTGTCCTTCTATCTCTGAAATACGTGATCAGTCATCGTGTGGTTC 360
consensus_11450#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#0 TTGTTGGGCATTTGGCGCAGTTGAAGCTATGTCTGATCGTATTTGTATAAAATCAAAAGG 420
consensus_11450#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#0 GAAGCATAAACCATTTTTAAGTGCAGAAAATTTAGTATCTTGTTGTTCATCATGTGGAAT 480
consensus_11450#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#0 GGGTTGTAATGGTGGCTTCCCACATTCAGCATGGTTATATTGGAAAAATCAAGGTATAGT 540
consensus_11450#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#0 GACAGGTGATTTATATAATACAACAAACGGTTGTCAACCTTATGAATTTCCACCGTGTGA 600
consensus_11450#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#0 ACACCATGTGATCGGTCCATTACCTTCATGTGATGGTGATGTTGAAACACCTTCATGTAA 660
consensus_11450#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#0 AACAAATTGCCAACCAGGATATAATATACCATATGAGAAAGATAAATGGTACGGTGAAAA 720
consensus_11450#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#0 GGTCTATCGGATTCACTCAAATCCAGAAGCTATCATGTTAGAGCTAATGCGTAATGGACC 780
consensus_11450#1 -----------------------------------------------------------C 1
consensus_11450#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#0 AGTTGAAGTAGATTTTGAAGTGTATGCCGATTTCCCAAATTACAAATCAGGTGTTTATCA 840
consensus_11450#1 AGTTGAAGTAGATTTTGAAGTGTATGCCGATTTCCCAAATTACAAATCAGGTGTTTATCA 61
consensus_11450#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#0 ACACGTTAGTGGTGCCCTACTTGGTGGACATGCGGTGCGTTTACTTGGTTGGGGTGAAGA 900
consensus_11450#1 ACACGTTAGTGGTGCCCTACTTGGTGGACATGCGGNGCGTTTACTTGGTTGGGGTGAAGA 121
consensus_11450#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#0 GAATAATGTACCCTACTGGTTAATTGCGAATTCATGGAATAGTGATTGGGGTGATAAAGG 960
consensus_11450#1 GAATAATGTNCCCTACTGGTTAATTGCGAATTCATGGAATAGTGATTGGGGTGATAAAGG 181
consensus_11450#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#0 TTATTTTAAAATAGTTCGTGGTAAAAATGAATGCGGGATTGAAAGTGATGTCAATGCTGG 1020
consensus_11450#1 TTATTTTAAAATAGTTCGTGGTAAAAATGAATGCGGGATTGAAAGTGATGTCAATGCTGG 241
consensus_11450#2 ---AATCAACTTTATCAATTATGAGGCC-AATACGACTTGGAAAGC--CGCCCCTACTAC 54
* ** * * * * * *** ** * ***** * * * **
consensus_11450#0 AATACCAAAAATAAAAAACTAGACATTTCGGTAAAATATT---TTTATTTG-TACATCTA 1076
consensus_11450#1 AATACCAAAAATAAAAAACTAGACATTTCGGTAAAATATT---TTTATTTGGTACATCTA 298
consensus_11450#2 AAGATTTAGGACAGTT--TCTGATATTC--GTAGGATGTTAGGTGCACTTC-CAGATCCA 109
** * * * * ** *** *** ** ** * * ** * *** *
consensus_11450#0 CATGTCTGCAAGTGAATTGGCTTTT-ATAATTCATTATCATCATCATCATCATCAT---- 1131
consensus_11450#1 CATGTCTGCAAGTGAATTGGCTTTTTATNATTCATTATCATCATCATCATCATCATCATC 358
consensus_11450#2 AATGGGAACAAGGGTACCGGGC-------------------------------------- 131
*** **** * * **
consensus_11450#0 --------TATGATTACAATATTTACTTGG-ACACTGAAGAAAACATGAATAATAATTAA 1182
consensus_11450#1 ATCATCATTATGATTACAATATTTACTTGGGACACTGAAGAAA-CATGATTATTAATTAA 417
consensus_11450#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#0 AACCGTACAATTTCTCCAGTATTTTATTTAAAAATGTATTAACCATTTCGAATATTAAGT 1242
consensus_11450#1 AACCGTACAATTTCTCCAGTATTTTATTTAAAAATGTATTAACCATTTCGAATATTAAGT 477
consensus_11450#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#0 AACCTTTCTGAATATTTCAAATCATATTTATAAATATACCCCTAAATGCTAAAAAAAAAA 1302
consensus_11450#1 AACCTTTCTGAATATTTCAAATC------------------------------------- 500
consensus_11450#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11450#0 AAAAAAAATTGGAAAAANCCATGCAGCTGCATTACCGTACTGCGT 1347
consensus_11450#1 ---------------------------------------------
consensus_11450#2 ---------------------------------------------
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||