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consensusID : consensus_11508#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 8 consensus length = 405 fasta sequence
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consensusID : consensus_11508#4 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 282 fasta sequence
[TAGAGTGCTCACTCTGAAGTATTTGCCACACGCAGTCCCAAGATCGCGGTTGGTTCCGTTGTAGTGATGAACTCCAGTTTTTGACAACATCGCATAGTATTCTATTTCAGTTTTCCTAAACATGATTTAATAACATACTTAACG-GCGGAGCATTGTTGGCAATGATTATCAATCTTGCTCCACC-TTTGCGTAAAAGACGAAGTGTTTGCCGTAATCCAATAGAACATTTCCCACTTTTCATCACCAGAGCTAAGCAACTATTAATGGATTCCAAAGCTTTAG]
[-] EMBL CD164107 [TAGAGTGCTCACTCTGAAGTATTTGCCACACGCAGTCCCAAGATCGCGGTTGGTTCCGTTGTAGTGATGAACTCCAGTTTTTGACAACATCGCATAGTATTCTATTTCAGTTTTCCTAAACATGATTTAATAACATACTTAACG GCGGAGCATTGTTGGCAATGATTATCAATCTTGCTCCACC TTTGCGTAAAAGACGAAGTGTTTGCCGTAATCCAATAGAACATTTCCCACTTTTCATCACCAGAGCTAAGCAACTATTAATGGATTCCAAAGCTTTAG]
[-] EMBL CD138447 [ nncTAACGCGGGGAGCATTGTGNGCAATGATTATCAATCTTGCTCCACC TTTGCGTAAAAGACGAAGTGTTTGCCGTAATCCAATAGAACATTTCCCACTTTTCATCACCAGAGCTAAGCAACTATTAATGGATTCCAAAGCTTTAG]
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[-] EMBL CD138458 [ TGCTCCACC TTTGCGTAAAAGACGAAGTGTTTGCCGTAATCCAATAGAACATTTCCCACTNTTCATCACCAGAGCTAAGCAACTATTAATGGATTCCAAAGCTTTAG]
[-] EMBL CD138491 [ nnCCACC TTTGCGTAAAAGACGAAGTGTTGNCCGTAATCCAATAGAACATTTCCCACTTTTCATCACCAGAGCTAAGCAACTATTAATGGATTCCAAAGCTTTAG]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_11508#0 ------------------------------------------------------------
consensus_11508#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11508#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11508#3 ------------------------------------------------------GATGCA 6
consensus_11508#1 AAAATGATTTATTGAGTTATTACCTTTGTCCCTNCCTCGTGTGGCGCAGAACGGATGATG 60
consensus_11508#0 -----GTCACCTGGATCTTCAATGGCTAGAGTGCTCACTCTGAAGTATTTGCCACACGCA 55
consensus_11508#2 -------------------------CTAGAGTGCTCACTCTGAAGTATTTGCCACACGCA 35
consensus_11508#4 --------------------------TAGAGTGCTCACTCTGAAGTATTTGCCACACGCA 34
consensus_11508#3 CCTTGATGACCTGGATCTTCAATGGCTAGAGTGCTCACTCTGAAGTATTTGCCACACGCA 66
consensus_11508#1 TCGGAGTCACCTGGATCTTCAATGGCTAGAGTGCTCACTCTGAAGTATTTGCCACACGCA 120
**********************************
consensus_11508#0 GTCCCAAGATCGCGGTTGGTTCCGTTGTAGTGATGAACTCCAGTTTTTGACAACATCGCA 115
consensus_11508#2 GTCCCAAGATCGCGGTTGGTTCCGTTGTAGTGATGAACTCCAGTTTTTGACAACATCGCA 95
consensus_11508#4 GTCCCAAGATCGCGGTTGGTTCCGTTGTAGTGATGAACTCCAGTTTTTGACAACATCGCA 94
consensus_11508#3 GTCCCAAGATCGCGGTTGGTTCCGTTGTAGTGATGAACTCCAGTTTTTGACAACATCGCA 126
consensus_11508#1 GTCCCAAGATCGCGGTTGGTTCCGTTGTAGTGATGAACTCCAGTTTTTGACAACATCGCA 180
************************************************************
consensus_11508#0 TAGTATTCTATTTCAGTTTTCCTAAACATGATTTAATAACATACTCCGTTAATAATATCT 175
consensus_11508#2 TAGTACTCTATTTCAGTTTTCCTAAACATGATTTAATAACATACTCCGTTAATAATATCC 155
consensus_11508#4 TAGTATTCTATTTCAGTTTTCCTAAACATGATTTAATAACATACT--------------- 139
consensus_11508#3 TAGTATTCTATTTCAGTTTTCCTTAAC--------------------------------- 153
consensus_11508#1 TAGTATTCTATTTCAGTTTTCCTTAAC--------------------------------- 207
***** ***************** ***
consensus_11508#0 AACTAATAGAAATATTATCTTATGTCTTCGTAACCCTTACTGGGCTCAGACAGAAGCAAA 235
consensus_11508#2 AACTAATAGAAATATTATCTTATGTCTTCGTAACCCTTA--------------------- 194
consensus_11508#4 ------------------------------TA---------------------------- 141
consensus_11508#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11508#1 ------------------------------------------------------------
consensus_11508#0 CCAACATACCTTAACGGCGGAGCATTGTTGGCAATGATTATCAATCTTGCTCCACCTTTG 295
consensus_11508#2 -------------ACGGCGGAGCATTGTTGGCAATGATTATCAATCTTGCTCCACCTTTG 241
consensus_11508#4 -------------ACGGCGGAGCATTGTTGGCAATGATTATCAATCTTGCTCCACCTTTG 188
consensus_11508#3 ---------------GGCGGAGCATTGTTGGCAATGATTATCAATCTTGCTCCACCTTTG 198
consensus_11508#1 ---------------GGCGGAGCATTGTTGGCAATGATTATCAATCTTGCTCCACCTTTG 252
*********************************************
consensus_11508#0 CGTAAAAGACGAAGTGTTTGCCGTAATCCAATAGAACATTTCCCACTTTTCATCACCAGA 355
consensus_11508#2 CGTAAAAGACGAAGTGTTTGCCGTAATCCAATAGAACATTTCCCACTTTTCATCACCAGA 301
consensus_11508#4 CGTAAAAGACGAAGTGTTTGCCGTAATCCAATAGAACATTTCCCACTTTTCATCACCAGA 248
consensus_11508#3 CGTAAAAGACGAAGTGTTTGCCGTAATCCAATAGAACATTTCCCACTTTTCATCACCAGA 258
consensus_11508#1 CGTAAAAGACGAAGTGTTTGCCGTAATCCAATAGAACATTTCCCACTTTTCATCACCAGA 312
************************************************************
consensus_11508#0 GCTAAGCAACTATTAATGGATTCCAAAGCTTTAGCTTTTTTACATCCAGT---------- 405
consensus_11508#2 GCTAAGCAACTATTAATGGATTCCAAAGCTTTA--------------------------- 334
consensus_11508#4 GCTAAGCAACTATTAATGGATTCCAAAGCTTTAG-------------------------- 282
consensus_11508#3 GCTAAGCAACTATTAATGGATTCCAAAGCTTTAG-------------------------- 292
consensus_11508#1 GCTAAGCAACTATTAATGGATTCCAAAGCTTTAGCTTTTTTACATCCAGTTGCTGACTTC 372
*********************************
consensus_11508#0 --------------------------------
consensus_11508#2 --------------------------------
consensus_11508#4 --------------------------------
consensus_11508#3 --------------------------------
consensus_11508#1 GCAGTCGGAGCCATCTCAAGCGTGACAAATTA 404
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||