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consensusID : consensus_11555#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 96 consensus length = 1182 fasta sequence
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[GCCTTTGACTCGAGCAGTTTTATTAGTTTTGGTCTCTTTTATAGTAAGTCTTTGGGTATTTAAGGTTTTTAGTTTTAGTTGATACTTTTTATTATTTGTTTTGATTTATGTTGGTGGTATCTATGTTATATTAATTTATATAAGTATGGCGTTTCCTAATTTTAGG--TT-ATTTAGATTTAAACTACGAGGTTGAGTAGGTTTCGTAGTTTTATTA-TTTTTGTTATTTGGGGTGTGGAGAGATACGAGTGTTACGGATGAAGGGTTAATAGAGAATAGATTTTATTTATGTGGAGTTTCTGAAGTTTTAATCTATTTGTTTTTATGTTTAGTGTTGATGATTGGTTTAGTATTTATAAATTTTATTGTTGGGTTTTCTATTAGTAGATATTTTCGTTAATCGTATCTGCTCCATC]
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[-] EMBL AA999621 [ TTTAGG TT ATTTAGATTTAAACTACGAGGTTGAGTAGGTTTCGTAGTTTTATTA TTTTTGTTATTTGGGGTGTGGAGAGATACGAGTGTTACGGATGAAGGGTTAATAGAGAATAGATTTTATTTATGTGGAGTTTCTGAAGTTTTAATCTATTTGTTTTTATGTTTAGTGTTGATGATTGGTTTAGTATTTATAAATTTTATTGTTGGGTTTTCTATTAGTAGATATTTTCGTTA ]
[-] EMBL AA999356 [ TTTAGG TT ATTTAGATTTAAACTACGAGGTTGAGTAGGTTTCGTAGTTTTATTA TTTTTGTTATTTGGGGTGTGGAGAGATACGAGTGTTACGGATGAAGGGTTAATAGAGAATAGATTTTATTTATGTGGAGTTTCTGAAGTTTTAATCTATTTGTTTTTATGTTTAGTGTTGATGATTGGTTTAGTATTTATAAATTTTATTGTTGGGTTTTCTATTAGTAGATATTTTCGTTA ]
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[-] EMBL AA999509 [ TGGAGAGATACGAGTGTTACGGATGAAGGGTTAATAGAGAATAGATTTTATTTATGTGGAGTTTCTGAAGTTTTAATCTATTTGTTTTTATGTTTAGTGTTGATGATTGGTTTAGTATTTATAAATTTTATTGTCGGGTTTTCTATTAGTAGATATTTTCGTTA ]
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[TATATATAAAGATGGTTGCAGNNCCAGGTCGGAATTAATTGTTTAGGGGTAATATTAAGTCGNNTAGGGGTGTTTAGAGGTTATTGTTCAGATTTATGCGGTGTGGGTCATGCTTATATGCCTATAGTAGTCGAAGTTGTAATGAATAACAAGATGTAAATAGTAGAAATCTTTATGATGTCAATTTTATTATCTATGGTTTTACTTGGGTTTACTTTTAAAGGTAGGCCTTTGACTCGAGCAGTTTTATTAGTT-TTGGTTTCTTTTATA-TAAGTCTTGGG]
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[ATCGGGCGATAGCCCAGGTCGAATTAATTGTTTAGGGGTAATATTAAGTCGTTTAGGGGTATTTACAGGTTATTGTTCAGAGTTATGCGGTGTGGGTCATGCTTATATGCCTATAGTGGTCGAAGTTGTAATGAATAAAAAGATGTAACAGTAGAAATCTTTATGATGTTAGTTTTATTATCGATAGTTTTATTCGGATTTACTTTTAAGGTAAGGCTTTGACTCGAGCAGTTTTATTGGGTTTGGTTTC]
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[CTTGGGGTNTGGAGAGATGTGAGCGTTATGGATGAAGGGTTGATGGAGAATAGATTTTATTTATGTGGAGTTTCTGAAGTTTTAATCTATCTGTTTTTATGTTTAGTGTTGATGATTAGTTTAGTATTTATAAATTTTATTGTTGGGTTTTCTACTAGTAGATATANNNCCGTTA]
[-] EMBL SMAA40570 [CTTGGGGTNTGGAGAGATGTGAGCGTTATGGATGAAGGGTTGATGGAGAATAGATTTTATTTATGTGGAGTTTCTGAAGTTTTAATCTATCTGTTTTTATGTTTAGTGTTGATGATTAGTTTAGTATTTATAAATTTTATTGTTGGGTTTTCTACTAGTAGATATANNNCCGTTA]
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[GAAGAGATTTATTTATGTGGAGTTTCGAAGCCTAATCTATTTGGTTTTTATGTTTAGTGTTGATGATTGGTTTAGTATTTATAAATTTTATTGTTGGGTTTTCTATTAGTAGATATTTTTTTTAATTGTGATT]
[-] EMBL AA566150 [GAAGAGATTTATTTATGTGGAGTTTCGAAGCCTAATCTATTTGGTTTTTATGTTTAGTGTTGATGATTGGTTTAGTATTTATAAATTTTATTGTTGGGTTTTCTATTAGTAGATATTTTTTTTAATTGTGATT]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
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consensus_11555#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#0 CCAGTTAAGGTGATAGGTCATCAGTGGTATTGATCTTATGAATTATCAAGGGGGGCAAAG 360
consensus_11555#2 ----------------------------------------------GCCTTTGACTCGAG 14
consensus_11555#8 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#7 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#1 --------------------------------------------------------AATT 4
consensus_11555#6 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#0 TATGATTCATTTATGACTGATTTGATAGGTGGTGTTAATAAGCCTTTACGATTATTAATG 420
consensus_11555#2 CAGTTTTATTAGTTTTGGTCTCTTTTATAGTAAGTCTTTGGGTATTTAAGGTTTTTAGTT 74
consensus_11555#8 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#7 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#1 CGGCACGAGAGTTTATTATGATTTAATATTATATGTTTTAGGAATGAGGGTTTTTATTCC 64
consensus_11555#6 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#4 ------------------------------------------GATGAGGGTTTTTATNCC 18
consensus_11555#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#0 AAGGTGCCATATTCATTACTTGTAACATCTAGAGATGTTATACATTCTTTTTCAGTTCCT 480
consensus_11555#2 TTAGTTGATACTTTTTATTATTTGTTTTGATTTATGTTGGTGGTATCTATGTTATATTAA 134
consensus_11555#8 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#7 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#1 GTTATGATGTGTTATAGTAATGTGTTATCAGATATATGAGTCTTTTCAAGTAAGTATAAT 124
consensus_11555#6 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#4 GTTATGATGTGTTATAGTAATGTGTTATCANATATATGAGTCTTTNCAAGTAAGTATAAT 78
consensus_11555#3 ----TATATATAAAGATGGTTGCAGNNCCAGGTCGG-AATTAATTGTTTAGGGGTAATAT 55
consensus_11555#5 --------------ATCGGGCGATAGCCCAGGTCG--AATTAATTGTTTAGGGGTAATAT 44
consensus_11555#0 GATTTATATATAAAGATGGATGCGGTTCCAGGTCG--AATTAATTGTTTAGGGGTAATAT 538
consensus_11555#2 TTTATATAAGTATGGCGTTTCCTAATTTTAGGTTATTTAGATTTAAACTACGAGGTTGAG 194
consensus_11555#8 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#7 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#1 TATTCCAAGTGAATCTCGGTTATTGGAATTTGTTTGGACCTTGGTTCCATCTTTTATAGT 184
consensus_11555#6 -------------------------------------------------TCTTTTATAGT 11
consensus_11555#4 TATNCCGAGTGAATCTCGGTTATTGGAGTTTGTTTGGACCTTGATNCCANCTTTTATAGT 138
consensus_11555#3 TAAGTCGNNTAGGGGTGTTTAGAGGTTATTGTTCAGATTTATGCGGTGTGGGTCATGCTT 115
consensus_11555#5 TAAGTCGTTTAGGGGTATTTACAGGTTATTGTTCAGAGTTATGCGGTGTGGGTCATGCTT 104
consensus_11555#0 TAAGTCGTTTAGGGGTATTTACAGGTTATTGTTCAGAGTTATGCGGTGTGGGTCATGCTT 598
consensus_11555#2 TAGGTTTCGTAGTTTTATTATTTTTGTTATTTGGGGTGTGGAGAGATACGAGTGTTACGG 254
consensus_11555#8 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#7 -----------------------------CTTGGGGTNTGGAGAGATGTGAGCGTTATGG 31
consensus_11555#1 TTTAGTATTATGCTTTTTT-AACTTGAAATATTTAGTTTATTATAGTTCGTTTTGTTTTT 243
consensus_11555#6 TTTAGTATTATGCTTTTTT-AACTTGAAATATTTAGTT-ATTATAGTTCGTTC-GTTTTT 68
consensus_11555#4 TTTAGTATTATGCTTTTTTTAACTTGAAATATTTAGTTTATNATAGTNCGTTNCGTTTTN 198
consensus_11555#3 ATATGCCTATAGTAGTCGA-AGTTGTAATGAATAACAAGATGTAAATAGTAGAAATCTTT 174
consensus_11555#5 ATATGCCTATAGTGGTCGA-AGTTGTAATGAATAAAAAGATGTAA-CAGTAGAAATCTTT 162
consensus_11555#0 ATATGCCTATAGTGGTTGA-AGTTGTAATGAATAAAAAGATGTAAACAGTAGAAATTTTT 657
consensus_11555#2 ATGAAGGGTTAATAGAGAATAGATTTTATTTATGTGGAGTTTCTG-AAGTTTTAATCTAT 313
consensus_11555#8 ----------------GAAGAGATTT-ATTTATGTGGAGTTTC-G-AAGCCT-AATCTAT 40
consensus_11555#7 ATGAAGGGTTGATGGAGAATAGATTTTATTTATGTGGAGTTTCTG-AAGTTTTAATCTAT 90
consensus_11555#1 CTGATCCAGTTAAGGTGATAGGTCATCAGTGGTATTGATCTTATG-AATTATCAAGGGGG 302
consensus_11555#6 CTGATCCAGTTAAGGTAGTAGGTCATCAGTGGTATTGAC----TA-GACTATCAAGGGGG 123
consensus_11555#4 CTGATCCAGTTAAGGTAGTAGGTCNNCAGTGGTATTGANCTTATG-AACTANCAAGGGGG 257
* * * * * **
consensus_11555#3 ATGATGTCAAT-TTTATTATCTATGGTTTTACTTGGGTTTAC---TTTTAAAGGTAGGCC 230
consensus_11555#5 ATGATGTTAGT-TTTATTATCGATAGTTTTATTCGGATTTAC---TTTTAA-GGTAAGGC 217
consensus_11555#0 ATGATGTTAGT-TTTATTATCTATAGTTTTATTCGGGTTTAC---TTTTAAAGGTAGGCC 713
consensus_11555#2 TTG-TTTTTATGTTTAGTGTTGATGATTGGTTTAGTATTTATAAATTTTATTGTTGGGTT 372
consensus_11555#8 TTGGTTTTTATGTTTAGTGTTGATGATTGGTTTAGTATTTATAAATTTTATTGTTGGGTT 100
consensus_11555#7 CTG-TTTTTATGTTTAGTGTTGATGATTAGTTTAGTATTTATAAATTTTATTGTTGGGTT 149
consensus_11555#1 GCAAAGTATGATTCATTTATGACTGATTTGATAGGTGGTG-TTAATAAGCCTTTACGATT 361
consensus_11555#6 ATAAAGTATGATTCATTTATGACTGATTTGATAGGTGGTGGTTAATAAGCCTTTACGGTT 183
consensus_11555#4 AATA-------------------------------------------------------- 261
consensus_11555#3 TTTGACTCGAGCAG-TTTTATTAGTTTTGGTTTCTTTTATA-TAAGTCTTGGG------- 281
consensus_11555#5 TTTGACTCGAGCAG-TTTTATTGGGTTTGGTTTC-------------------------- 250
consensus_11555#0 TTTGACTCGAGCAG-TTTTATTGGTTTTGGTTTCTTTTATAGTAAGTCTTTGGATATTTA 772
consensus_11555#2 TTCTATT--AGTAG-ATAT--TTTCGTTAATCGTATCTGCTCCATC-------------- 413
consensus_11555#8 TTCTATT--AGTAG-ATAT--TTTTTTTAATTGTGATT---------------------- 133
consensus_11555#7 TTCTACT--AGTAG-ATATANNNCCGTTA------------------------------- 175
consensus_11555#1 ATTAATGAAGGTGCCATATTCATTACTTG-TAACATCTAGAGATGTTATACATTCTTTTT 420
consensus_11555#6 ATTAATGAAGGTGCCGTATTCAATACTTGGTAACATCTAGGGATGTC------------- 230
consensus_11555#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#0 AGGTTTTTAGTTTTAGTTGATACTTTTTATTATTTGTTTTGGTTTATGTTGGTGGTATCT 832
consensus_11555#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#8 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#7 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#1 CAGTTCCTGATTTATATATAAAGATGGATGCGGTTCCAGGTCGAATTAATTGTTTAGGGG 480
consensus_11555#6 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#0 ATGTTATATTAATTTATGTAAGTATGGCGTTTCCTAAATTTAGATTATTTAGATTTAAAC 892
consensus_11555#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#8 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#7 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#1 TAATATTAAGTCGTTTAGGGGTATTTACAGGTTATTGTTCAGAGTTATGCGGTGTGGGTC 540
consensus_11555#6 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#0 TGCGAGGTTGAGCAGGTTTCGTAGTTTTATTATTTTTGTTACTTGGGGTGTGGAGAGATG 952
consensus_11555#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#8 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#7 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#1 ATGCTTATATGCCTATAGTGGTTGAAGT-------------------------------- 568
consensus_11555#6 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#4 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#3 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#0 TGAGCGTTATGGATGAAGGGTTGATGGAGAATAGATTTTATTTATGTGGAGTTTCTGAAG 1012
consensus_11555#2 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#8 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#7 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_11555#5 ------------------------------------------------------------
consensus_11555#0 TTTTAATCTATCTGTTTTTATGTTTAGTGTTGATGATTAGTTTAGTATTTATAAATTTTA 1072
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consensus_11555#0 TTGTTGGGTTTTCTACTAGTAGATATTTTCGTTAATCGCAATTAAACTGGCTTAGTATAA 1132
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consensus_11555#0 GGGGAGTATGGCAAATTGTAAATTTGTAGGTAGAGTTAGTCTAGTCGGGA 1182
consensus_11555#2 --------------------------------------------------
consensus_11555#8 --------------------------------------------------
consensus_11555#7 --------------------------------------------------
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consensus_11555#4 --------------------------------------------------
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||