cluster # 1191

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Schistosoma mansoni
cluster # 1191 cluster # 1191 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_1191#0 length = 651 sequences # 1

consensus_1191#1 length = 301 sequences # 1

consensusID : consensus_1191#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 651
fasta sequence

                              [AATAACACTATTGTATATGTATAATAATCCTCTTGATTGAATAGACTAATTCTTCTTCTTATTATTATGTCAACAAATTATCAAAAAGATACAACTTTAACAAAATTTTTGTTGGTGGATTACCATATCATACAACTGATGAAAGTTTACGTTGTTTTTTTGATCAATTTGGTCCAATTGATGAAGCTGTTGTAATCACTGATAGACAAACAGGAAAAAGTCGAGGTTATGGATTTGTAACTATGACTCGCACTGAAGATGCCTTACTTGCTATTCGTGATCCTAATCCATGTATTGATGGTCGTAAAGCCAATGTGAACTTAGCAGTACTTGGAGCTAAACCTCGTCTTATGCCTGGAACTAATACTGCTGTACCGGGATTTTTTCCGCTTCAAACTGGGTTACCTATAGATGCTAATCATGCAGGTTTCTATAATAATCCTGCTACTGCTGCAGTTGTTACCAATTCTTTAATGAATCCTTTAATGAATGCAGGTTTATTAACAGGTTTTAATATGCCAAATGCTGCAACATTGTCACCAGGTATGAATGGTATGCTACAAACACCAACTAATCACATATCATCTGTAGCTACTGATCCAACATCTGATAATCGATTACAGGCACAGCTACCATTGAATCCACTTGCTA]

[+] EMBL CD059717             [AATAACACTATTGTATATGTATAATAATCCTCTTGATTGAATAGACTAATTCTTCTTCTTATTATTATGTCAACAAATTATCAAAAAGATACAACTTTAACAAAATTTTTGTTGGTGGATTACCATATCATACAACTGATGAAAGTTTACGTTGTTTTTTTGATCAATTTGGTCCAATTGATGAAGCTGTTGTAATCACTGATAGACAAACAGGAAAAAGTCGAGGTTATGGATTTGTAACTATGACTCGCACTGAAGATGCCTTACTTGCTATTCGTGATCCTAATCCATGTATTGATGGTCGTAAAGCCAATGTGAACTTAGCAGTACTTGGAGCTAAACCTCGTCTTATGCCTGGAACTAATACTGCTGTACCGGGATTTTTTCCGCTTCAAACTGGGTTACCTATAGATGCTAATCATGCAGGTTTCTATAATAATCCTGCTACTGCTGCAGTTGTTACCAATTCTTTAATGAATCCTTTAATGAATGCAGGTTTATTAACAGGTTTTAATATGCCAAATGCTGCAACATTGTCACCAGGTATGAATGGTATGCTACAAACACCAACTAATCACATATCATCTGTAGCTACTGATCCAACATCTGATAATCGATTACAGGCACAGCTACCATTGAATCCACTTGCTA]




>consensus_1191#0
AATAACACTATTGTATATGTATAATAATCCTCTTGATTGAATAGACTAATTCTTCTTCTT
ATTATTATGTCAACAAATTATCAAAAAGATACAACTTTAACAAAATTTTTGTTGGTGGAT
TACCATATCATACAACTGATGAAAGTTTACGTTGTTTTTTTGATCAATTTGGTCCAATTG
ATGAAGCTGTTGTAATCACTGATAGACAAACAGGAAAAAGTCGAGGTTATGGATTTGTAA
CTATGACTCGCACTGAAGATGCCTTACTTGCTATTCGTGATCCTAATCCATGTATTGATG
GTCGTAAAGCCAATGTGAACTTAGCAGTACTTGGAGCTAAACCTCGTCTTATGCCTGGAA
CTAATACTGCTGTACCGGGATTTTTTCCGCTTCAAACTGGGTTACCTATAGATGCTAATC
ATGCAGGTTTCTATAATAATCCTGCTACTGCTGCAGTTGTTACCAATTCTTTAATGAATC
CTTTAATGAATGCAGGTTTATTAACAGGTTTTAATATGCCAAATGCTGCAACATTGTCAC
CAGGTATGAATGGTATGCTACAAACACCAACTAATCACATATCATCTGTAGCTACTGATC
CAACATCTGATAATCGATTACAGGCACAGCTACCATTGAATCCACTTGCTA

consensusID : consensus_1191#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 301
fasta sequence

                              [GCTGTACCGGGATTTTTTCCGCTTCAAACTGGGATTGGGTACGTGGATGATATTTCTTAAATCTTTCACATTATTGTGAATTCTTTCCTGGTTACCTATAGATGCTAATCATGCAGGTTTCTATAATAATCCTGCTACTGCTGCAGTTGTTACCAATTCTTTAATGAATCCTTTAATGAATGCAGGTTTATTAACAGGTTTTAATATGCCAAATGCTGCAACATTGTCACCAGGTATGAATGGTATGCTACAAACACCAACTAATCACATATCATCTGTAGCTACTGATCCAACATCTGAT]

[-] EMBL CD189788             [GCTGTACCGGGATTTTTTCCGCTTCAAACTGGGATTGGGTACGTGGATGATATTTCTTAAATCTTTCACATTATTGTGAATTCTTTCCTGGTTACCTATAGATGCTAATCATGCAGGTTTCTATAATAATCCTGCTACTGCTGCAGTTGTTACCAATTCTTTAATGAATCCTTTAATGAATGCAGGTTTATTAACAGGTTTTAATATGCCAAATGCTGCAACATTGTCACCAGGTATGAATGGTATGCTACAAACACCAACTAATCACATATCATCTGTAGCTACTGATCCAACATCTGAT]




>consensus_1191#1
GCTGTACCGGGATTTTTTCCGCTTCAAACTGGGATTGGGTACGTGGATGATATTTCTTAA
ATCTTTCACATTATTGTGAATTCTTTCCTGGTTACCTATAGATGCTAATCATGCAGGTTT
CTATAATAATCCTGCTACTGCTGCAGTTGTTACCAATTCTTTAATGAATCCTTTAATGAA
TGCAGGTTTATTAACAGGTTTTAATATGCCAAATGCTGCAACATTGTCACCAGGTATGAA
TGGTATGCTACAAACACCAACTAATCACATATCATCTGTAGCTACTGATCCAACATCTGA
T

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1191#0      AATAACACTATTGTATATGTATAATAATCCTCTTGATTGAATAGACTAATTCTTCTTCTT 60
consensus_1191#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1191#0      ATTATTATGTCAACAAATTATCAAAAAGATACAACTTTAACAAAATTTTTGTTGGTGGAT 120
consensus_1191#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1191#0      TACCATATCATACAACTGATGAAAGTTTACGTTGTTTTTTTGATCAATTTGGTCCAATTG 180
consensus_1191#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1191#0      ATGAAGCTGTTGTAATCACTGATAGACAAACAGGAAAAAGTCGAGGTTATGGATTTGTAA 240
consensus_1191#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1191#0      CTATGACTCGCACTGAAGATGCCTTACTTGCTATTCGTGATCCTAATCCATGTATTGATG 300
consensus_1191#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1191#0      GTCGTAAAGCCAATGTGAACTTAGCAGTACTTGGAGCTAAACCTCGTCTTATGCCTGGAA 360
consensus_1191#1      --------GCTGTACCGGGATTTTTTCCGCTTCAAACTGGGATTGGGTACGTGGATGATA 52
                              **      *   **       ***  * **     * *     **  **  *

consensus_1191#0      CTAATACTGCTGTACCGGGATTTTTTCCGCTTCAAACTGGGTTACCTATAGATGCTAATC 420
consensus_1191#1      TT--TCTTAAATCTTTCACATTATTGTGAATTCTTTCCTGGTTACCTATAGATGCTAATC 110
                       *  *  *           *** **     ***   *  *********************

consensus_1191#0      ATGCAGGTTTCTATAATAATCCTGCTACTGCTGCAGTTGTTACCAATTCTTTAATGAATC 480
consensus_1191#1      ATGCAGGTTTCTATAATAATCCTGCTACTGCTGCAGTTGTTACCAATTCTTTAATGAATC 170
                      ************************************************************

consensus_1191#0      CTTTAATGAATGCAGGTTTATTAACAGGTTTTAATATGCCAAATGCTGCAACATTGTCAC 540
consensus_1191#1      CTTTAATGAATGCAGGTTTATTAACAGGTTTTAATATGCCAAATGCTGCAACATTGTCAC 230
                      ************************************************************

consensus_1191#0      CAGGTATGAATGGTATGCTACAAACACCAACTAATCACATATCATCTGTAGCTACTGATC 600
consensus_1191#1      CAGGTATGAATGGTATGCTACAAACACCAACTAATCACATATCATCTGTAGCTACTGATC 290
                      ************************************************************

consensus_1191#0      CAACATCTGATAATCGATTACAGGCACAGCTACCATTGAATCCACTTGCTA 651
consensus_1191#1      CAACATCTGAT---------------------------------------- 301
                      ***********