These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_12#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 519 fasta sequence [AAACTCAAATTATCGAGTGGTCAAAAGAAAACTCAATTAAATTCCCCCTTAGAAATCACATTTTGAACTCAGATTATGTTTATTTGTTTGCTTTTTTTCTGTATTTGTTTACAATAACTTAAAGATTAGTCAAATTTATGTATATGCTATTTGATTACTTTATAAGAACTGAAAAATTTCCTTTTCAGTTATATATGTACAGTTATATGGATCCATGAACTAATGACACTACTGATAATGATAATAATGATAATGATAAAGCTTGATTCATACATATTTATAAGATGTTATTCATTCAATTGTTTTCTCATTTCAAAGCATGCTCACCCTCTTAAAAAAATGAAAAAACTGTATGAACATATGAACAGCTAGTTGTTCAATGTTTTAATTGAAATGATCATTGGTCAATTAATGTATCATTAAATTTTCTTCTACTTTAGTTTTATCTAATAATCAAAGTACCTTCTCTTTTTGGGTTATACAATTATTGTCTTTATTGTACTTAAATACAATATAAAT] [+] EMBL AI381063 [AAACTCAAATTATCGAGTGGTCAAAAGAAAACTCAATTAAATTCCCCCTTAGAAATCACATTTTGAACTCAGATTATGTTTATTTGTTTGCTTTTTTTCTGTATTTGTTTACAATAACTTAAAGATTAGTCAAATTTATGTATATGCTATTTGATTACTTTATAAGAACTGAAAAATTTCCTTTTCAGTTATATATGTACAGTTATATGGATCCATGAACTAATGACACTACTGATAATGATAATAATGATAATGATAAAGCTTGATTCATACATATTTATAAGATGTTATTCATTCAATTGTTTTCTCATTTCAAAGCATGCTCACCCTCTTAAAAAAATGAAAAAACTGTATGAACATATGAACAGCTAGTTGTTCAATGTTTTAATTGAAATGATCATTGGTCAATTAATGTATCATTAAATTTTCTTCTACTTTAGTTTTATCTAATAATCAAAGTACCTTCTCTTTTTGGGTTATACAATTATTGTCTTTATTGTACTTAAATACAATATAAAT] consensusID : consensus_12#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 476 fasta sequence [AAACTCAAATTATAGTGGTCAAAAGAAAACTCAATTAAATTCCCCCTTAGAAATCACATTTTGAACTCAGATTATGTTTATTTGTTTGCTTTTTTTCTGTATTTGTTTACAATAACTTAAAGATTAGTCAAATTTATGTATATGCTATTTGATTACTTTATAAGAACTGAAAAATTTCCTTTTCAGTTATATATGTACAGTTATATGGATCCATGAACTAATGACACTACTGATAATGATAATAATGATAATGATAACGCTTGATTCATACATATTTATAAGATGTTATTCATTCAATTGTTCTCTCATTACAAAGCATGCTCCTCTCTTAAAAAAATGAAAAAACTGTATGAACCATAAGCAGCGCTAGGTGCTCATGTTATAAGTGAAATGATCATGGCGCAATAGAGTGAACATTAATCTCTCCGCCATGTGATTATAAGCCAATAACAAGCCTCTCCGTTGGGGGATAACAT] [+] EMBL AI723342 [AAACTCAAATTATAGTGGTCAAAAGAAAACTCAATTAAATTCCCCCTTAGAAATCACATTTTGAACTCAGATTATGTTTATTTGTTTGCTTTTTTTCTGTATTTGTTTACAATAACTTAAAGATTAGTCAAATTTATGTATATGCTATTTGATTACTTTATAAGAACTGAAAAATTTCCTTTTCAGTTATATATGTACAGTTATATGGATCCATGAACTAATGACACTACTGATAATGATAATAATGATAATGATAACGCTTGATTCATACATATTTATAAGATGTTATTCATTCAATTGTTCTCTCATTACAAAGCATGCTCCTCTCTTAAAAAAATGAAAAAACTGTATGAACCATAAGCAGCGCTAGGTGCTCATGTTATAAGTGAAATGATCATGGCGCAATAGAGTGAACATTAATCTCTCCGCCATGTGATTATAAGCCAATAACAAGCCTCTCCGTTGGGGGATAACAT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_12#0 AAACTCAAATTATCGAGTGGTCAAAAGAAAACTCAATTAAATTCCCCCTTAGAAATCACA 60 consensus_12#1 AAACTCAAATTAT--AGTGGTCAAAAGAAAACTCAATTAAATTCCCCCTTAGAAATCACA 58 ************* ********************************************* consensus_12#0 TTTTGAACTCAGATTATGTTTATTTGTTTGCTTTTTTTCTGTATTTGTTTACAATAACTT 120 consensus_12#1 TTTTGAACTCAGATTATGTTTATTTGTTTGCTTTTTTTCTGTATTTGTTTACAATAACTT 118 ************************************************************ consensus_12#0 AAAGATTAGTCAAATTTATGTATATGCTATTTGATTACTTTATAAGAACTGAAAAATTTC 180 consensus_12#1 AAAGATTAGTCAAATTTATGTATATGCTATTTGATTACTTTATAAGAACTGAAAAATTTC 178 ************************************************************ consensus_12#0 CTTTTCAGTTATATATGTACAGTTATATGGATCCATGAACTAATGACACTACTGATAATG 240 consensus_12#1 CTTTTCAGTTATATATGTACAGTTATATGGATCCATGAACTAATGACACTACTGATAATG 238 ************************************************************ consensus_12#0 ATAATAATGATAATGATAAAGCTTGATTCATACATATTTATAAGATGTTATTCATTCAAT 300 consensus_12#1 ATAATAATGATAATGATAACGCTTGATTCATACATATTTATAAGATGTTATTCATTCAAT 298 ******************* **************************************** consensus_12#0 TGTTTTCTCATTTCAAAGCATGCTCACCCTCTTAAAAAAATGAAAAAACTGTATGAAC-A 359 consensus_12#1 TGTTCTCTCATTACAAAGCATGCTC-CTCTCTTAAAAAAATGAAAAAACTGTATGAACCA 357 **** ******* ************ * ****************************** * consensus_12#0 TATGAACAGCTAGTTGTTCAATGTTTTAATTGAAATGATCATTGGTCAATTAATGTATCA 419 consensus_12#1 TAAGCAGCGCTAGGTGCTCA-TGTTATAAGTGAAATGATCATGGCGCAATAGAGTGAACA 416 ** * * ***** ** *** **** *** ************ * **** * * ** consensus_12#0 TTAAATTTTCTTCTACTTTAGTTTTATCTAATAATCAAAGTACCTTCTCTTTTTGGGTTA 479 consensus_12#1 TTAATCTCTCCGCCATGTGATTATAAGCCAATAAC--AAGC-CTCTCCGTTGGGGGATAA 473 **** * ** * * * * * * * * ***** *** * ** ** ** * * consensus_12#0 TACAATTATTGTCTTTATTGTACTTAAATACAATATAAAT 519 consensus_12#1 CAT------------------------------------- 476 * |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||