These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_1395#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 766 fasta sequence [GNAGCCAAGATTCGGCACGAGGGTGAATTATGCGCAGATATTTATGAATCATTTGATGATTATTTAGAAATGGTTTTACAACATGGTTATCTTGTATTATTCGCTTATGCATCACCATTATTTATTACAATTTTAGCTATATTATGTACATTTCTTGAAATACATTTTGATGTATTCAAATTATTTTGGGTAACACAATGTCCTAAATCGAATTTATTACTTAGAGGACAATCTATATGGTTATTGCTATTAGGTATACAAGCTTGGTTATCTGTATTAACTAATGCTGGTTTATTAATATCAGAAATTCATCGATTAGAAATGTTAACTGATGTGACAGCAAGCACTATATTTCTAATATTTGAACATTGTCTTATATTCATTGCTTTGTGTATACACTTTTTAATATCTGACATACCAGTTACTGTACGAGATGCTAGATTAGCTCGAGATTTCGCTAGAGCACGTTTGTTGAACCCTAAAAAAGATAATTAATCGCATGAAGATAGTGCACATGAATGTACGTATTACATAATTCACAAAGTTTAAAAGATCGTAATGTGATATATAAGTAAATGTTNTAGCTCTTTTCACCTACTTACATTTATTAGTATTTTTTTGAATAAGNTGTATTTGCTTAATATACTNTATACTTTTACTACATGAGATAGTAAATTTTGTAGACTTTTGTTTATACTCACCAACATACACAGTACTTTTNTTTTNAATAAANNNNNNNNNNANNAAATNNNAAACGTTTTTCCTT] [+] EMBL CD083171 [GNAGCCAAGATTCGGCACGAGGGTGAATTATGCGCAGATATTTATGAATCATTTGATGATTATTTAGAAATGGTTTTACAACATGGTTATCTTGTATTATTCGCTTATGCATCACCATTATTTATTACAATTTTAGCTATATTATGTACATTTCTTGAAATACATTTTGATGTATTCAAATTATTTTGGGTAACACAATGTCCTAAATCGAATTTATTACTTAGAGGACAATCTATATGGTTATTGCTATTAGGTATACAAGCTTGGTTATCTGTATTAACTAATGCTGGTTTATTAATATCAGAAATTCATCGATTAGAAATGTTAACTGATGTGACAGCAAGCACTATATTTCTAATATTTGAACATTGTCTTATATTCATTGCTTTGTGTATACACTTTTTAATATCTGACATACCAGTTACTGTACGAGATGCTAGATTAGCTCGAGATTTCGCTAGAGCACGTTTGTTGAACCCTAAAAAAGATAATTAATCGCATGAAGATAGTGCACATGAATGTACGTATTACATAATTCACAAAGTTTAAAAGATCGTAATGTGATATATAAGTAAATGTTNTAGCTCTTTTCACCTACTTACATTTATTAGTATTTTTTTGAATAAGNTGTATTTGCTTAATATACTNTATACTTTTACTACATGAGATAGTAAATTTTGTAGACTTTTGTTTATACTCACCAACATACACAGTACTTTTNTTTTNAATAAANNNNNNNNNNANNAAATNNNAAACGTTTTTCCTT] consensusID : consensus_1395#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 577 fasta sequence [CACAATGTCCTAAATCGAATTTATTACTTAGAGGACAATCTATATGGTTATTGCTATTAGGTATACAAGCTTGGTTATCTGTATTAACTAATGCTGGTTTATTAATATCAGAAATTCATCGATTAGAAATGTTAACTGATGTGACAGCAAGCACTATATTTCTAATATTTGAACATTGTCTTATATTCATTGCTTTGTGTATACACTTTTTAATATCTGACATACCAGTTACTGTACGAGATGCTAGATTAGCTCGAGATTTCGCTAGAGCACGTTTGTTGAACCCTAAAAAAGATAATTAATCGCATGAAGATAGTGCACATGAATGTACGTATTACATAATTCACAAAGTTTAAAAGATCGTAATGTGATATATAAGTAAATGTTTTAGCTCTTTTCACCTACTTACATTTATTAGTATTTTTTTGAATAAGTTGTATTTGCTTAATATACTTTATACTTTTACTACATGAGATAGTAAATTTTGTAGACTTTTGTTTATACTCACCAAACATACACAGTACTTTTCTTTTCAATGAATTGTTATTGAATGATATTTTGAACGTTTATCCATAAA] [-] EMBL CD076744 [CACAATGTCCTAAATCGAATTTATTACTTAGAGGACAATCTATATGGTTATTGCTATTAGGTATACAAGCTTGGTTATCTGTATTAACTAATGCTGGTTTATTAATATCAGAAATTCATCGATTAGAAATGTTAACTGATGTGACAGCAAGCACTATATTTCTAATATTTGAACATTGTCTTATATTCATTGCTTTGTGTATACACTTTTTAATATCTGACATACCAGTTACTGTACGAGATGCTAGATTAGCTCGAGATTTCGCTAGAGCACGTTTGTTGAACCCTAAAAAAGATAATTAATCGCATGAAGATAGTGCACATGAATGTACGTATTACATAATTCACAAAGTTTAAAAGATCGTAATGTGATATATAAGTAAATGTTTTAGCTCTTTTCACCTACTTACATTTATTAGTATTTTTTTGAATAAGTTGTATTTGCTTAATATACTTTATACTTTTACTACATGAGATAGTAAATTTTGTAGACTTTTGTTTATACTCACCAAACATACACAGTACTTTTCTTTTCAATGAATTGTTATTGAATGATATTTTGAACGTTTATCCATAAA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_1395#0 GNAGCCAAGATTCGGCACGAGGGTGAATTATGCGCAGATATTTATGAATCATTTGATGAT 60 consensus_1395#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1395#0 TATTTAGAAATGGTTTTACAACATGGTTATCTTGTATTATTCGCTTATGCATCACCATTA 120 consensus_1395#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1395#0 TTTATTACAATTTTAGCTATATTATGTACATTTCTTGAAATACATTTTGATGTATTCAAA 180 consensus_1395#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1395#0 TTATTTTGGGTAACACAATGTCCTAAATCGAATTTATTACTTAGAGGACAATCTATATGG 240 consensus_1395#1 -------------CACAATGTCCTAAATCGAATTTATTACTTAGAGGACAATCTATATGG 47 *********************************************** consensus_1395#0 TTATTGCTATTAGGTATACAAGCTTGGTTATCTGTATTAACTAATGCTGGTTTATTAATA 300 consensus_1395#1 TTATTGCTATTAGGTATACAAGCTTGGTTATCTGTATTAACTAATGCTGGTTTATTAATA 107 ************************************************************ consensus_1395#0 TCAGAAATTCATCGATTAGAAATGTTAACTGATGTGACAGCAAGCACTATATTTCTAATA 360 consensus_1395#1 TCAGAAATTCATCGATTAGAAATGTTAACTGATGTGACAGCAAGCACTATATTTCTAATA 167 ************************************************************ consensus_1395#0 TTTGAACATTGTCTTATATTCATTGCTTTGTGTATACACTTTTTAATATCTGACATACCA 420 consensus_1395#1 TTTGAACATTGTCTTATATTCATTGCTTTGTGTATACACTTTTTAATATCTGACATACCA 227 ************************************************************ consensus_1395#0 GTTACTGTACGAGATGCTAGATTAGCTCGAGATTTCGCTAGAGCACGTTTGTTGAACCCT 480 consensus_1395#1 GTTACTGTACGAGATGCTAGATTAGCTCGAGATTTCGCTAGAGCACGTTTGTTGAACCCT 287 ************************************************************ consensus_1395#0 AAAAAAGATAATTAATCGCATGAAGATAGTGCACATGAATGTACGTATTACATAATTCAC 540 consensus_1395#1 AAAAAAGATAATTAATCGCATGAAGATAGTGCACATGAATGTACGTATTACATAATTCAC 347 ************************************************************ consensus_1395#0 AAAGTTTAAAAGATCGTAATGTGATATATAAGTAAATGTTNTAGCTCTTTTCACCTACTT 600 consensus_1395#1 AAAGTTTAAAAGATCGTAATGTGATATATAAGTAAATGTTTTAGCTCTTTTCACCTACTT 407 **************************************** ******************* consensus_1395#0 ACATTTATTAGTATTTTTTTGAATAAGNTGTATTTGCTTAATATACTNTATACTTTTACT 660 consensus_1395#1 ACATTTATTAGTATTTTTTTGAATAAGTTGTATTTGCTTAATATACTTTATACTTTTACT 467 *************************** ******************* ************ consensus_1395#0 ACATGAGATAGTAAATTTTGTAGACTTTTGTTTATACTCACCAA-CATACACAGTACTTT 719 consensus_1395#1 ACATGAGATAGTAAATTTTGTAGACTTTTGTTTATACTCACCAAACATACACAGTACTTT 527 ******************************************** *************** consensus_1395#0 TNTTTTNAATAAANNNNNNNNNNANNAAATNNNAAACGTTTTTCCTT--- 766 consensus_1395#1 TCTTTTCAATGAATTGTTATTGAATGATATTTTGAACGTTTATCCATAAA 577 * **** *** ** * * ** ******* *** * |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||