cluster # 1466

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Schistosoma mansoni
cluster # 1466 cluster # 1466 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_1466#0 length = 619 sequences # 1

consensus_1466#1 length = 493 sequences # 1

consensusID : consensus_1466#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 619
fasta sequence

                              [TCCCCATCTTGACAAATAAATGGGCTTGTTTTTGTGCTATATGAACGTTTAGTCATCTACATTAATATTCGATGAAAAATTCCACATATTTGTATTAACCCATAACAGTTAATAAACTAATTTTGTAATAAAAATTTTTCTTCTTAATATCAAGGTATTTAATGAAAATGATTGCATTGGAATTCGTTCCTCTGAAAAAGAATATTTATGAGAAAAGGAAATAGGAAAGAATAAAACTGTATGAAACTGAAAAAAAATTCTATTATGAAAAATATATCATTAATTCGTGAAATAAAATGAAGAGTTTTTAACTGGCCTAGTAAAATTTACCGATAATATTCGTTTACAAAGATGGATAGTGGCTAGGAGTGGAATCCACGATGTGTATTTTGTCCTATTTGAAAATCGTCAGTTGGATGTATCTGCATCTAAAAATTCATGTTCACTCTAGGATTCGGATTCTGTAAAGTTCTTTTCAAACGCCATCACGTTATCCATGTAGCTACTGAGTCCTGGTAGCCACTTGCTTGTGCGAATAGGGCAAAGTTTGAACTCAATTGATTTGTTTACTTATATCTTCCCATTATTGTTTAGGACTGCAATTGATCAGTCTCTTGTT]

[+] EMBL CD077041             [TCCCCATCTTGACAAATAAATGGGCTTGTTTTTGTGCTATATGAACGTTTAGTCATCTACATTAATATTCGATGAAAAATTCCACATATTTGTATTAACCCATAACAGTTAATAAACTAATTTTGTAATAAAAATTTTTCTTCTTAATATCAAGGTATTTAATGAAAATGATTGCATTGGAATTCGTTCCTCTGAAAAAGAATATTTATGAGAAAAGGAAATAGGAAAGAATAAAACTGTATGAAACTGAAAAAAAATTCTATTATGAAAAATATATCATTAATTCGTGAAATAAAATGAAGAGTTTTTAACTGGCCTAGTAAAATTTACCGATAATATTCGTTTACAAAGATGGATAGTGGCTAGGAGTGGAATCCACGATGTGTATTTTGTCCTATTTGAAAATCGTCAGTTGGATGTATCTGCATCTAAAAATTCATGTTCACTCTAGGATTCGGATTCTGTAAAGTTCTTTTCAAACGCCATCACGTTATCCATGTAGCTACTGAGTCCTGGTAGCCACTTGCTTGTGCGAATAGGGCAAAGTTTGAACTCAATTGATTTGTTTACTTATATCTTCCCATTATTGTTTAGGACTGCAATTGATCAGTCTCTTGTT]




>consensus_1466#0
TCCCCATCTTGACAAATAAATGGGCTTGTTTTTGTGCTATATGAACGTTTAGTCATCTAC
ATTAATATTCGATGAAAAATTCCACATATTTGTATTAACCCATAACAGTTAATAAACTAA
TTTTGTAATAAAAATTTTTCTTCTTAATATCAAGGTATTTAATGAAAATGATTGCATTGG
AATTCGTTCCTCTGAAAAAGAATATTTATGAGAAAAGGAAATAGGAAAGAATAAAACTGT
ATGAAACTGAAAAAAAATTCTATTATGAAAAATATATCATTAATTCGTGAAATAAAATGA
AGAGTTTTTAACTGGCCTAGTAAAATTTACCGATAATATTCGTTTACAAAGATGGATAGT
GGCTAGGAGTGGAATCCACGATGTGTATTTTGTCCTATTTGAAAATCGTCAGTTGGATGT
ATCTGCATCTAAAAATTCATGTTCACTCTAGGATTCGGATTCTGTAAAGTTCTTTTCAAA
CGCCATCACGTTATCCATGTAGCTACTGAGTCCTGGTAGCCACTTGCTTGTGCGAATAGG
GCAAAGTTTGAACTCAATTGATTTGTTTACTTATATCTTCCCATTATTGTTTAGGACTGC
AATTGATCAGTCTCTTGTT

consensusID : consensus_1466#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 493
fasta sequence

                              [GAACGTTTAATCATCTACATTAATATTCGATGAAAAATTCCACATATTTGTATTAACCCATAACAGTTAATAAACTAATTTTGTAATAAAAATTTTTCTTCTTAATATCAAGGTATTTAATGAAAATGATTGCATTGGAATTCGTTCCTATGTACTTAACCAGTTAATCATTGAGAAGTATTCGTTGAACACAGTAAAAAATACTTACATGGTTTCGATGATTTTTGTTTTAAAAAATGAACGACCATTTCATCTATTTGATCATATCCCCAATGCATACATCGTCTTCTCATAATCCCAGGTAATGTGCATAGTTTTTCTACAAGCATTTTCTTTATACTATCCATGATTGGTGACACAAGAAATAGCTTTCCAAGAGATACTACGCCCATACATATATCACATTGTATGTCGTTAGCATCTATTTCCAAAGATGGTTTGGCATGAATCCCATTACTTTGCCATAAAATCACAGTTAATAAAGTTAACCCAA]

[+] EMBL AW017274             [GAACGTTTAATCATCTACATTAATATTCGATGAAAAATTCCACATATTTGTATTAACCCATAACAGTTAATAAACTAATTTTGTAATAAAAATTTTTCTTCTTAATATCAAGGTATTTAATGAAAATGATTGCATTGGAATTCGTTCCTATGTACTTAACCAGTTAATCATTGAGAAGTATTCGTTGAACACAGTAAAAAATACTTACATGGTTTCGATGATTTTTGTTTTAAAAAATGAACGACCATTTCATCTATTTGATCATATCCCCAATGCATACATCGTCTTCTCATAATCCCAGGTAATGTGCATAGTTTTTCTACAAGCATTTTCTTTATACTATCCATGATTGGTGACACAAGAAATAGCTTTCCAAGAGATACTACGCCCATACATATATCACATTGTATGTCGTTAGCATCTATTTCCAAAGATGGTTTGGCATGAATCCCATTACTTTGCCATAAAATCACAGTTAATAAAGTTAACCCAA]




>consensus_1466#1
GAACGTTTAATCATCTACATTAATATTCGATGAAAAATTCCACATATTTGTATTAACCCA
TAACAGTTAATAAACTAATTTTGTAATAAAAATTTTTCTTCTTAATATCAAGGTATTTAA
TGAAAATGATTGCATTGGAATTCGTTCCTATGTACTTAACCAGTTAATCATTGAGAAGTA
TTCGTTGAACACAGTAAAAAATACTTACATGGTTTCGATGATTTTTGTTTTAAAAAATGA
ACGACCATTTCATCTATTTGATCATATCCCCAATGCATACATCGTCTTCTCATAATCCCA
GGTAATGTGCATAGTTTTTCTACAAGCATTTTCTTTATACTATCCATGATTGGTGACACA
AGAAATAGCTTTCCAAGAGATACTACGCCCATACATATATCACATTGTATGTCGTTAGCA
TCTATTTCCAAAGATGGTTTGGCATGAATCCCATTACTTTGCCATAAAATCACAGTTAAT
AAAGTTAACCCAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1466#0      TCCCCATCTTGACAAATAAATGGGCTTGTTTTTGTGCTATATGAACGTTTAGTCATCTAC 60
consensus_1466#1      ------------------------------------------GAACGTTTAATCATCTAC 18
                                                                ********* ********

consensus_1466#0      ATTAATATTCGATGAAAAATTCCACATATTTGTATTAACCCATAACAGTTAATAAACTAA 120
consensus_1466#1      ATTAATATTCGATGAAAAATTCCACATATTTGTATTAACCCATAACAGTTAATAAACTAA 78
                      ************************************************************

consensus_1466#0      TTTTGTAATAAAAATTTTTCTTCTTAATATCAAGGTATTTAATGAAAATGATTGCATTGG 180
consensus_1466#1      TTTTGTAATAAAAATTTTTCTTCTTAATATCAAGGTATTTAATGAAAATGATTGCATTGG 138
                      ************************************************************

consensus_1466#0      AATTCGTTCCTCTGAAAAAGAATATTTATGAGAAAAGGAAATAGGAAAGAATAAAACTGT 240
consensus_1466#1      AATTCGTTCCTATG--------TACTTA----ACCAGTTAATCATTGAGAA--GTATTCG 184
                      *********** **        ** ***    *  **  ***     ****    * *  

consensus_1466#0      ATGAAACTGAAAAAAAATTCTATTATGAAAAATATATCATTAATTCGTGAAATAAAATGA 300
consensus_1466#1      TTGAACACAGTAAAAAATACTTACATGGTTTCGATGATTTTTGTTTTAAAAAATGAACGA 244
                       ****      ******* **   ***      **    **  **    ***   ** **

consensus_1466#0      AGAGTT--TTTAACTGGCCTAGTAAAATTTACCGATAATATTCGTTTACAAAGATGGATA 358
consensus_1466#1      CCATTTCATCTATTTGATCATATCCCCAATGCATACATCGTCTTCTCATAATCCCAGGTA 304
                        * **  * **  **  *   *      * *  * *   *    * * **     * **

consensus_1466#0      GTGGCTAGGAGTGGAATCCACGATGTGTATTTTGTCCTATTTGAAAATCGTCA-GTTGGA 417
consensus_1466#1      ATGTGCATAGTTTTTCTACA-AGCATTTTCTTTATACTATCCATGATTGGTGACACAAGA 363
                       **   *    *    * **     * *  *** * ****     * * ** *     **

consensus_1466#0      TGTATCTGCATCTAAAAATTCATGTTCACTCTAGGATTCGGATTCTGTAAAGTTCTTTTC 477
consensus_1466#1      AATAGCTTTCCAAGAGATACTACGCCCATACATATAT-CACATTGTATGTCGTTAGCATC 422
                        ** **       * *    * *  **  *    ** *  *** * *   ***    **

consensus_1466#0      AAACGCCATCACGTTATCCATGTAGCTACTGAGTCCTGGTAGCCACTTGCTTGTGCGAAT 537
consensus_1466#1      TATTTCCA--AAGATGGTTTGGCA-----TGAATCCCATTACTTTGCCATAAAATCACAG 475
                       *   ***  * * *      * *     *** ***   **              *  * 

consensus_1466#0      AGGGCAAAGTTTGAACTCAATTGATTTGTTTACTTATATCTTCCCATTATTGTTTAGGAC 597
consensus_1466#1      TTAATAAAGTT--AACCCAA---------------------------------------- 493
                           ******  *** ***                                        

consensus_1466#0      TGCAATTGATCAGTCTCTTGTT 619
consensus_1466#1      ----------------------