cluster # 1523

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Schistosoma mansoni
cluster # 1523 cluster # 1523 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_1523#0 length = 562 sequences # 1

consensus_1523#1 length = 400 sequences # 1

consensusID : consensus_1523#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 562
fasta sequence

                              [TGATGATAATTGAGAACAAGGTAATAAATTAAATAAGGCACCAGTTGAACCAGTACCAAGTGGATTAGGATTTGAAAGAATTGGTAAAGATTTTGTACAATTAATTGTTACATTTGTTGTAATTGTATTTGTTACAGTTGGTACACCTGATACTGTAATCGCACCGGAAAGAGCAGCTAATGTAGCGATATTAGCAGTTAATCCAGTTGGTGATGTAAATAATGATGGTAAATTTGATGAATTACTGCAAATTGATGATGAACTAGTTTCAGCTAAAGGTATTGGTTGTATACCTCGAGTTGATGTTAAATGACTATGTTGTACAGTTGGAGGATTTCCATAACCAATTGTTGGATAACCGAATAAAGCTGTAGGAGACATTCGAAGTGGTGCTGGAATAAGTGAAGACGAAGGAAAGTATACTGGAGGTGATAATGCAGAACGACTTGACTGAGAATCTTGTGGTTTAGGTGATATAAAAGATCCAGTTAAAGATTGTTGTGCAACTGATACTGTTGTTAATGCTGAAGCAGCATTAAGATCAGGCACTATTACATCGAAT]

[+] EMBL CD096669             [TGATGATAATTGAGAACAAGGTAATAAATTAAATAAGGCACCAGTTGAACCAGTACCAAGTGGATTAGGATTTGAAAGAATTGGTAAAGATTTTGTACAATTAATTGTTACATTTGTTGTAATTGTATTTGTTACAGTTGGTACACCTGATACTGTAATCGCACCGGAAAGAGCAGCTAATGTAGCGATATTAGCAGTTAATCCAGTTGGTGATGTAAATAATGATGGTAAATTTGATGAATTACTGCAAATTGATGATGAACTAGTTTCAGCTAAAGGTATTGGTTGTATACCTCGAGTTGATGTTAAATGACTATGTTGTACAGTTGGAGGATTTCCATAACCAATTGTTGGATAACCGAATAAAGCTGTAGGAGACATTCGAAGTGGTGCTGGAATAAGTGAAGACGAAGGAAAGTATACTGGAGGTGATAATGCAGAACGACTTGACTGAGAATCTTGTGGTTTAGGTGATATAAAAGATCCAGTTAAAGATTGTTGTGCAACTGATACTGTTGTTAATGCTGAAGCAGCATTAAGATCAGGCACTATTACATCGAAT]




>consensus_1523#0
TGATGATAATTGAGAACAAGGTAATAAATTAAATAAGGCACCAGTTGAACCAGTACCAAG
TGGATTAGGATTTGAAAGAATTGGTAAAGATTTTGTACAATTAATTGTTACATTTGTTGT
AATTGTATTTGTTACAGTTGGTACACCTGATACTGTAATCGCACCGGAAAGAGCAGCTAA
TGTAGCGATATTAGCAGTTAATCCAGTTGGTGATGTAAATAATGATGGTAAATTTGATGA
ATTACTGCAAATTGATGATGAACTAGTTTCAGCTAAAGGTATTGGTTGTATACCTCGAGT
TGATGTTAAATGACTATGTTGTACAGTTGGAGGATTTCCATAACCAATTGTTGGATAACC
GAATAAAGCTGTAGGAGACATTCGAAGTGGTGCTGGAATAAGTGAAGACGAAGGAAAGTA
TACTGGAGGTGATAATGCAGAACGACTTGACTGAGAATCTTGTGGTTTAGGTGATATAAA
AGATCCAGTTAAAGATTGTTGTGCAACTGATACTGTTGTTAATGCTGAAGCAGCATTAAG
ATCAGGCACTATTACATCGAAT

consensusID : consensus_1523#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 400
fasta sequence

                              [CTTCAGTAGCCTCTGCATCTCCACTACCTAAACTGTTACGTTGATTTAAATTATCTTGTTGATGATTTTCAATACGACCACCTGTGGCTGCCAATTTATTTTTATCTGGTCCCACGACATCAGATGTACCACTGAAAGCAACATGGCCACCTCCTTTAGTTGAATGTTTATTACCATTAGTTTGATCATTGGGGTTTTTATTTATTTCATGTTGTTGTTTACCATCTGTATCATAAATTTGTTGTAATTGTATTTGTTACAGTTGGTACACCTGATACTGTAATCGCAGCGGAAAGAGCAGCTAATGTAGCGATATTAGCAGTTAATCCAGTTGGTGATGTAAATAATGATGGTAAATTTGATGAATTACTGCGAAGTTGATGATGAACTAGTTTCAGTA]

[-] EMBL CD061192             [CTTCAGTAGCCTCTGCATCTCCACTACCTAAACTGTTACGTTGATTTAAATTATCTTGTTGATGATTTTCAATACGACCACCTGTGGCTGCCAATTTATTTTTATCTGGTCCCACGACATCAGATGTACCACTGAAAGCAACATGGCCACCTCCTTTAGTTGAATGTTTATTACCATTAGTTTGATCATTGGGGTTTTTATTTATTTCATGTTGTTGTTTACCATCTGTATCATAAATTTGTTGTAATTGTATTTGTTACAGTTGGTACACCTGATACTGTAATCGCAGCGGAAAGAGCAGCTAATGTAGCGATATTAGCAGTTAATCCAGTTGGTGATGTAAATAATGATGGTAAATTTGATGAATTACTGCGAAGTTGATGATGAACTAGTTTCAGTA]




>consensus_1523#1
CTTCAGTAGCCTCTGCATCTCCACTACCTAAACTGTTACGTTGATTTAAATTATCTTGTT
GATGATTTTCAATACGACCACCTGTGGCTGCCAATTTATTTTTATCTGGTCCCACGACAT
CAGATGTACCACTGAAAGCAACATGGCCACCTCCTTTAGTTGAATGTTTATTACCATTAG
TTTGATCATTGGGGTTTTTATTTATTTCATGTTGTTGTTTACCATCTGTATCATAAATTT
GTTGTAATTGTATTTGTTACAGTTGGTACACCTGATACTGTAATCGCAGCGGAAAGAGCA
GCTAATGTAGCGATATTAGCAGTTAATCCAGTTGGTGATGTAAATAATGATGGTAAATTT
GATGAATTACTGCGAAGTTGATGATGAACTAGTTTCAGTA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1523#0      ------------------------------------------------------------
consensus_1523#1      CTTCAGTAGCCTCTGCATCTCCACTACCTAAACTGTTACGTTGATTTAAATTATCTTGTT 60
                                                                                  

consensus_1523#0      ------------------------------------------------------------
consensus_1523#1      GATGATTTTCAATACGACCACCTGTGGCTGCCAATTTATTTTTATCTGGTCCCACGACAT 120
                                                                                  

consensus_1523#0      -TGATG-ATAATTGAGAACAAGGTAATAAATTAAATAAGGCACCAGTTGA--ACCAGTAC 56
consensus_1523#1      CAGATGTACCACTGAAAGCAACATGGCCACCTCCTTTAGTTGAATGTTTATTACCATTAG 180
                        **** *  * *** * ***  *    *  *   * **      *** *  **** ** 

consensus_1523#0      CAAGTGGATTAGGATTTGAAAGAATTGGTAAAGATTTTGTACAATTAAT-TGTTACATTT 115
consensus_1523#1      TTTGATCATTGGGGTTTTTATTTATTTCATGTTGTTGTTTACCATCTGTATCATAAATTT 240
                         *   *** ** ***  *   ***        ** * *** **   * *  ** ****

consensus_1523#0      GTTGTAATTGTATTTGTTACAGTTGGTACACCTGATACTGTAATCGCACCGGAAAGAGCA 175
consensus_1523#1      GTTGTAATTGTATTTGTTACAGTTGGTACACCTGATACTGTAATCGCAGCGGAAAGAGCA 300
                      ************************************************ ***********

consensus_1523#0      GCTAATGTAGCGATATTAGCAGTTAATCCAGTTGGTGATGTAAATAATGATGGTAAATTT 235
consensus_1523#1      GCTAATGTAGCGATATTAGCAGTTAATCCAGTTGGTGATGTAAATAATGATGGTAAATTT 360
                      ************************************************************

consensus_1523#0      GATGAATTACTGCAAA-TTGATGATGAACTAGTTTCAGCTAAAGGTATTGGTTGTATACC 294
consensus_1523#1      GATGAATTACTGCGAAGTTGATGATGAACTAGTTTCAGTA-------------------- 400
                      ************* ** *********************                      

consensus_1523#0      TCGAGTTGATGTTAAATGACTATGTTGTACAGTTGGAGGATTTCCATAACCAATTGTTGG 354
consensus_1523#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1523#0      ATAACCGAATAAAGCTGTAGGAGACATTCGAAGTGGTGCTGGAATAAGTGAAGACGAAGG 414
consensus_1523#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1523#0      AAAGTATACTGGAGGTGATAATGCAGAACGACTTGACTGAGAATCTTGTGGTTTAGGTGA 474
consensus_1523#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1523#0      TATAAAAGATCCAGTTAAAGATTGTTGTGCAACTGATACTGTTGTTAATGCTGAAGCAGC 534
consensus_1523#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1523#0      ATTAAGATCAGGCACTATTACATCGAAT 562
consensus_1523#1      ----------------------------