cluster # 1959

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Schistosoma mansoni
cluster # 1959 cluster # 1959 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_1959#0 length = 652 sequences # 1

consensus_1959#1 length = 647 sequences # 1

consensusID : consensus_1959#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 652
fasta sequence

                              [CCCAGGCCAGAATTCGGCACGAGGACCAAATGTAGTAGTAGTTAAAATGTAGTAGTACTCTTCCTCCTCCCTCTCTCTCTCTTCTCATTTTCAAACAGTTCATCTTCAGATAATTTTGAGCTGAGGGTGGGAGAGGTTTCCTTCTGTCTTCTATCATATCTTGTACTGTTCATTGAACATTATCTTTAATTTTAAAAGAATTTGTACACTTCATTATTACTCTTCTGAATTGTATCCTATGGTCACATGATTTTTTCTCTTAACAGTCATCTTTATGATCATTCTAACATACACATGCATACAGACTGAGATAGTACTTGTGTGTATTACCATTATAAAAAAAAGTTGCTATGTAAATCCTCTACTATGAACTTCAGCTAATATAATAAGGACCACTACATATTGTTTCCAATCAAATAACTATCTCTTTCTCCTTATTTGTGTTTCTATGTATGTGAGTGCGTGTGTAGTTGAGTGATTAACTCCCCCCTTCATCCATTAATGATTATTATTATTATTTCATTATTATTGAATCTGCTCAATGAATGAAGAATATAAACAAAATGATTAAAACAGTATTCTTCATTCACAGAATTATCTCTTTGTAGCGATTNTAATTGTATCCTTTTTGGGTTTCTCAACTTTNTATTTT]

[+] EMBL CD080493             [CCCAGGCCAGAATTCGGCACGAGGACCAAATGTAGTAGTAGTTAAAATGTAGTAGTACTCTTCCTCCTCCCTCTCTCTCTCTTCTCATTTTCAAACAGTTCATCTTCAGATAATTTTGAGCTGAGGGTGGGAGAGGTTTCCTTCTGTCTTCTATCATATCTTGTACTGTTCATTGAACATTATCTTTAATTTTAAAAGAATTTGTACACTTCATTATTACTCTTCTGAATTGTATCCTATGGTCACATGATTTTTTCTCTTAACAGTCATCTTTATGATCATTCTAACATACACATGCATACAGACTGAGATAGTACTTGTGTGTATTACCATTATAAAAAAAAGTTGCTATGTAAATCCTCTACTATGAACTTCAGCTAATATAATAAGGACCACTACATATTGTTTCCAATCAAATAACTATCTCTTTCTCCTTATTTGTGTTTCTATGTATGTGAGTGCGTGTGTAGTTGAGTGATTAACTCCCCCCTTCATCCATTAATGATTATTATTATTATTTCATTATTATTGAATCTGCTCAATGAATGAAGAATATAAACAAAATGATTAAAACAGTATTCTTCATTCACAGAATTATCTCTTTGTAGCGATTNTAATTGTATCCTTTTTGGGTTTCTCAACTTTNTATTTT]




>consensus_1959#0
CCCAGGCCAGAATTCGGCACGAGGACCAAATGTAGTAGTAGTTAAAATGTAGTAGTACTC
TTCCTCCTCCCTCTCTCTCTCTTCTCATTTTCAAACAGTTCATCTTCAGATAATTTTGAG
CTGAGGGTGGGAGAGGTTTCCTTCTGTCTTCTATCATATCTTGTACTGTTCATTGAACAT
TATCTTTAATTTTAAAAGAATTTGTACACTTCATTATTACTCTTCTGAATTGTATCCTAT
GGTCACATGATTTTTTCTCTTAACAGTCATCTTTATGATCATTCTAACATACACATGCAT
ACAGACTGAGATAGTACTTGTGTGTATTACCATTATAAAAAAAAGTTGCTATGTAAATCC
TCTACTATGAACTTCAGCTAATATAATAAGGACCACTACATATTGTTTCCAATCAAATAA
CTATCTCTTTCTCCTTATTTGTGTTTCTATGTATGTGAGTGCGTGTGTAGTTGAGTGATT
AACTCCCCCCTTCATCCATTAATGATTATTATTATTATTTCATTATTATTGAATCTGCTC
AATGAATGAAGAATATAAACAAAATGATTAAAACAGTATTCTTCATTCACAGAATTATCT
CTTTGTAGCGATTNTAATTGTATCCTTTTTGGGTTTCTCAACTTTNTATTTT

consensusID : consensus_1959#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 647
fasta sequence

                              [GAGCCATATTCGGCACGACGCCTCCCTCTCTCTCTCTTCTCATTTTCAAACAGTTCATCTTCAGATAATTTTGAGCTGAGGGTGGGAGAGGTTTCCTTCTGTCTTCTATCATATCTTGTACTGTTCATTGAACATTATCTTTAATTTTAAAAGAATTTGTACACTTCATTATTACTCTTCTGAATTGTATCCTATGGTCACATGATTTTTTCTCTTAACAGTCATCTTTATGATCATTCTAACATACACATGCATACAGACTGAGATAGTACTTGTGTGTATTACCATTATAAAAAAAAGTTGCTATGTAAATCCTCTACTATGAACTTCAGCTAATATAATAAGGACCACTACATATTGTTTCCAATCAAATAACTATCTCTTTCTCCTTATTTGTGTTTCTATGTATGTGAGTGCGTGTGTAGTTGAGTGATTAACTCCCCCCTTCATCCATTAATGATTATTATTATTATTTCATTATTATTGAATCTGCTCAATGAATGAAGAATATAAACAAAATGATTAAAACAGTATTCTTCATTCACAGAATTATCTCTTTGTAGCGATTTTAATTGTATCCTTTTTGGGTTTCTCAACTTTTTATTTTCAGTTTGTTTTGTTTTTTTTGTTAGAAAAAAGAAACAATT]

[+] EMBL CD081704             [GAGCCATATTCGGCACGACGCCTCCCTCTCTCTCTCTTCTCATTTTCAAACAGTTCATCTTCAGATAATTTTGAGCTGAGGGTGGGAGAGGTTTCCTTCTGTCTTCTATCATATCTTGTACTGTTCATTGAACATTATCTTTAATTTTAAAAGAATTTGTACACTTCATTATTACTCTTCTGAATTGTATCCTATGGTCACATGATTTTTTCTCTTAACAGTCATCTTTATGATCATTCTAACATACACATGCATACAGACTGAGATAGTACTTGTGTGTATTACCATTATAAAAAAAAGTTGCTATGTAAATCCTCTACTATGAACTTCAGCTAATATAATAAGGACCACTACATATTGTTTCCAATCAAATAACTATCTCTTTCTCCTTATTTGTGTTTCTATGTATGTGAGTGCGTGTGTAGTTGAGTGATTAACTCCCCCCTTCATCCATTAATGATTATTATTATTATTTCATTATTATTGAATCTGCTCAATGAATGAAGAATATAAACAAAATGATTAAAACAGTATTCTTCATTCACAGAATTATCTCTTTGTAGCGATTTTAATTGTATCCTTTTTGGGTTTCTCAACTTTTTATTTTCAGTTTGTTTTGTTTTTTTTGTTAGAAAAAAGAAACAATT]




>consensus_1959#1
GAGCCATATTCGGCACGACGCCTCCCTCTCTCTCTCTTCTCATTTTCAAACAGTTCATCT
TCAGATAATTTTGAGCTGAGGGTGGGAGAGGTTTCCTTCTGTCTTCTATCATATCTTGTA
CTGTTCATTGAACATTATCTTTAATTTTAAAAGAATTTGTACACTTCATTATTACTCTTC
TGAATTGTATCCTATGGTCACATGATTTTTTCTCTTAACAGTCATCTTTATGATCATTCT
AACATACACATGCATACAGACTGAGATAGTACTTGTGTGTATTACCATTATAAAAAAAAG
TTGCTATGTAAATCCTCTACTATGAACTTCAGCTAATATAATAAGGACCACTACATATTG
TTTCCAATCAAATAACTATCTCTTTCTCCTTATTTGTGTTTCTATGTATGTGAGTGCGTG
TGTAGTTGAGTGATTAACTCCCCCCTTCATCCATTAATGATTATTATTATTATTTCATTA
TTATTGAATCTGCTCAATGAATGAAGAATATAAACAAAATGATTAAAACAGTATTCTTCA
TTCACAGAATTATCTCTTTGTAGCGATTTTAATTGTATCCTTTTTGGGTTTCTCAACTTT
TTATTTTCAGTTTGTTTTGTTTTTTTTGTTAGAAAAAAGAAACAATT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1959#0      CCCAGGCCAGAATTCGGCACGAGGACCAAATGTAGTAGTAGTTAAAATGTAGTAGTACTC 60
consensus_1959#1      -------------------------------------------GAGCCATATTCG--GCA 15
                                                                  *    ** * *     

consensus_1959#0      TTCCTCCTCCCTCTCTCTCTCTTCTCATTTTCAAACAGTTCATCTTCAGATAATTTTGAG 120
consensus_1959#1      CGACGCCTCCCTCTCTCTCTCTTCTCATTTTCAAACAGTTCATCTTCAGATAATTTTGAG 75
                         * *******************************************************

consensus_1959#0      CTGAGGGTGGGAGAGGTTTCCTTCTGTCTTCTATCATATCTTGTACTGTTCATTGAACAT 180
consensus_1959#1      CTGAGGGTGGGAGAGGTTTCCTTCTGTCTTCTATCATATCTTGTACTGTTCATTGAACAT 135
                      ************************************************************

consensus_1959#0      TATCTTTAATTTTAAAAGAATTTGTACACTTCATTATTACTCTTCTGAATTGTATCCTAT 240
consensus_1959#1      TATCTTTAATTTTAAAAGAATTTGTACACTTCATTATTACTCTTCTGAATTGTATCCTAT 195
                      ************************************************************

consensus_1959#0      GGTCACATGATTTTTTCTCTTAACAGTCATCTTTATGATCATTCTAACATACACATGCAT 300
consensus_1959#1      GGTCACATGATTTTTTCTCTTAACAGTCATCTTTATGATCATTCTAACATACACATGCAT 255
                      ************************************************************

consensus_1959#0      ACAGACTGAGATAGTACTTGTGTGTATTACCATTATAAAAAAAAGTTGCTATGTAAATCC 360
consensus_1959#1      ACAGACTGAGATAGTACTTGTGTGTATTACCATTATAAAAAAAAGTTGCTATGTAAATCC 315
                      ************************************************************

consensus_1959#0      TCTACTATGAACTTCAGCTAATATAATAAGGACCACTACATATTGTTTCCAATCAAATAA 420
consensus_1959#1      TCTACTATGAACTTCAGCTAATATAATAAGGACCACTACATATTGTTTCCAATCAAATAA 375
                      ************************************************************

consensus_1959#0      CTATCTCTTTCTCCTTATTTGTGTTTCTATGTATGTGAGTGCGTGTGTAGTTGAGTGATT 480
consensus_1959#1      CTATCTCTTTCTCCTTATTTGTGTTTCTATGTATGTGAGTGCGTGTGTAGTTGAGTGATT 435
                      ************************************************************

consensus_1959#0      AACTCCCCCCTTCATCCATTAATGATTATTATTATTATTTCATTATTATTGAATCTGCTC 540
consensus_1959#1      AACTCCCCCCTTCATCCATTAATGATTATTATTATTATTTCATTATTATTGAATCTGCTC 495
                      ************************************************************

consensus_1959#0      AATGAATGAAGAATATAAACAAAATGATTAAAACAGTATTCTTCATTCACAGAATTATCT 600
consensus_1959#1      AATGAATGAAGAATATAAACAAAATGATTAAAACAGTATTCTTCATTCACAGAATTATCT 555
                      ************************************************************

consensus_1959#0      CTTTGTAGCGATTNTAATTGTATCCTTTTTGGGTTTCTCAACTTTNTATTTT-------- 652
consensus_1959#1      CTTTGTAGCGATTTTAATTGTATCCTTTTTGGGTTTCTCAACTTTTTATTTTCAGTTTGT 615
                      ************* ******************************* ******        

consensus_1959#0      --------------------------------
consensus_1959#1      TTTGTTTTTTTTGTTAGAAAAAAGAAACAATT 647