These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_2025#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 690 fasta sequence [GAGGCCAANAATTCGGCACGAGGGCGGACCACAGAAATTCACTGTTGAATGTTGGGGTTCTGTGGATCAGTTGCCTCGTGCTCATACTTGTTTTAATCGTTTAGACTTGCCTGCCTATCCAACATTTGAAGAATTACGTTGTAAATTAATTATTGCTATTGAAAATGCTGAAGGATTTGAAGGTGTCGATTGAATAAAAGTTCTTAACCTTCCATAAATATCGACTATTATTTTAACAAACTTCATTTATTTACTGTTGTTCTTTTTTGATTGTTGTTGTTGTAAATTCCACATCATAACACAATGCACATACATATTAAACCATGTAGCATTTCTACTTGGATGATGTTATAAATCATAGACTTTCGAATACACCTACATTACACATATTTAGATATTTCGGCGGAGGGGGGGGGAAATACCGCTCGGACATCGACATATACGTATATGTTTATTTATGTATGTATGTGTGTGAGTGTGTATGTCCCCCAAGTCAAAATGTTCAAATCTTTTGAATATCATTGTTTCTATAAAACATTATGTAATATAAGTAATTTCACATTTTATTTCAATGATATTTAGTAGTAATAATTAACTAATGGTTCTTTATTGTATTTATGTATGTGTGTACACTTACTTACGTCTTTTACCCTTCGTAGAAGAGTTAAGACCGCCCAACAGCGTTCTCCA] [+] EMBL CD081407 [GAGGCCAANAATTCGGCACGAGGGCGGACCACAGAAATTCACTGTTGAATGTTGGGGTTCTGTGGATCAGTTGCCTCGTGCTCATACTTGTTTTAATCGTTTAGACTTGCCTGCCTATCCAACATTTGAAGAATTACGTTGTAAATTAATTATTGCTATTGAAAATGCTGAAGGATTTGAAGGTGTCGATTGAATAAAAGTTCTTAACCTTCCATAAATATCGACTATTATTTTAACAAACTTCATTTATTTACTGTTGTTCTTTTTTGATTGTTGTTGTTGTAAATTCCACATCATAACACAATGCACATACATATTAAACCATGTAGCATTTCTACTTGGATGATGTTATAAATCATAGACTTTCGAATACACCTACATTACACATATTTAGATATTTCGGCGGAGGGGGGGGGAAATACCGCTCGGACATCGACATATACGTATATGTTTATTTATGTATGTATGTGTGTGAGTGTGTATGTCCCCCAAGTCAAAATGTTCAAATCTTTTGAATATCATTGTTTCTATAAAACATTATGTAATATAAGTAATTTCACATTTTATTTCAATGATATTTAGTAGTAATAATTAACTAATGGTTCTTTATTGTATTTATGTATGTGTGTACACTTACTTACGTCTTTTACCCTTCGTAGAAGAGTTAAGACCGCCCAACAGCGTTCTCCA] consensusID : consensus_2025#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 303 fasta sequence [CTATGAATGGTTTTTCAGAATTATGGGGTTCAAGTGGACCACAGAAATTCACTGTTGAATGTTGGGGTTCTGTGGATCAGTTGCCTCGTGCTCATACTTGTTTTAATCGTTTAGACCTGCCTGCCTATCCAACATTTGAAGAATTACGTTGTAAATTAATTATTGCTATTGATAATGCTGAAGGATTTGAAGGTGTCGATTGAATAAAAGTTCTTAACCTTCCATAAATATCGACTATTATTTTAACAAACTTCATTTATTTACTGTTGTTCTTTTTTGATTGTTGTTGTTGTAAATTCCACA] [+] EMBL CD114702 [CTATGAATGGTTTTTCAGAATTATGGGGTTCAAGTGGACCACAGAAATTCACTGTTGAATGTTGGGGTTCTGTGGATCAGTTGCCTCGTGCTCATACTTGTTTTAATCGTTTAGACCTGCCTGCCTATCCAACATTTGAAGAATTACGTTGTAAATTAATTATTGCTATTGATAATGCTGAAGGATTTGAAGGTGTCGATTGAATAAAAGTTCTTAACCTTCCATAAATATCGACTATTATTTTAACAAACTTCATTTATTTACTGTTGTTCTTTTTTGATTGTTGTTGTTGTAAATTCCACA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_2025#0 ---------GAGGCCAANAATT-CGGCACGAGGGCGGACCACAGAAATTCACTGTTGAAT 50 consensus_2025#1 CTATGAATGGTTTTTCAGAATTATGGGGTTCAAGTGGACCACAGAAATTCACTGTTGAAT 60 * * **** ** * ************************* consensus_2025#0 GTTGGGGTTCTGTGGATCAGTTGCCTCGTGCTCATACTTGTTTTAATCGTTTAGACTTGC 110 consensus_2025#1 GTTGGGGTTCTGTGGATCAGTTGCCTCGTGCTCATACTTGTTTTAATCGTTTAGACCTGC 120 ******************************************************** *** consensus_2025#0 CTGCCTATCCAACATTTGAAGAATTACGTTGTAAATTAATTATTGCTATTGAAAATGCTG 170 consensus_2025#1 CTGCCTATCCAACATTTGAAGAATTACGTTGTAAATTAATTATTGCTATTGATAATGCTG 180 **************************************************** ******* consensus_2025#0 AAGGATTTGAAGGTGTCGATTGAATAAAAGTTCTTAACCTTCCATAAATATCGACTATTA 230 consensus_2025#1 AAGGATTTGAAGGTGTCGATTGAATAAAAGTTCTTAACCTTCCATAAATATCGACTATTA 240 ************************************************************ consensus_2025#0 TTTTAACAAACTTCATTTATTTACTGTTGTTCTTTTTTGATTGTTGTTGTTGTAAATTCC 290 consensus_2025#1 TTTTAACAAACTTCATTTATTTACTGTTGTTCTTTTTTGATTGTTGTTGTTGTAAATTCC 300 ************************************************************ consensus_2025#0 ACATCATAACACAATGCACATACATATTAAACCATGTAGCATTTCTACTTGGATGATGTT 350 consensus_2025#1 ACA--------------------------------------------------------- 303 *** consensus_2025#0 ATAAATCATAGACTTTCGAATACACCTACATTACACATATTTAGATATTTCGGCGGAGGG 410 consensus_2025#1 ------------------------------------------------------------ consensus_2025#0 GGGGGGAAATACCGCTCGGACATCGACATATACGTATATGTTTATTTATGTATGTATGTG 470 consensus_2025#1 ------------------------------------------------------------ consensus_2025#0 TGTGAGTGTGTATGTCCCCCAAGTCAAAATGTTCAAATCTTTTGAATATCATTGTTTCTA 530 consensus_2025#1 ------------------------------------------------------------ consensus_2025#0 TAAAACATTATGTAATATAAGTAATTTCACATTTTATTTCAATGATATTTAGTAGTAATA 590 consensus_2025#1 ------------------------------------------------------------ consensus_2025#0 ATTAACTAATGGTTCTTTATTGTATTTATGTATGTGTGTACACTTACTTACGTCTTTTAC 650 consensus_2025#1 ------------------------------------------------------------ consensus_2025#0 CCTTCGTAGAAGAGTTAAGACCGCCCAACAGCGTTCTCCA 690 consensus_2025#1 ---------------------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||