cluster # 2081

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Schistosoma mansoni
cluster # 2081 cluster # 2081 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_2081#0 length = 703 sequences # 1

consensus_2081#1 length = 647 sequences # 1

consensusID : consensus_2081#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 703
fasta sequence

                              [TCGAGGAAACTTTCATGCTGAATCTAATCTCACTTTCATATTGCTGAAATTTATTATTGCCCATAATTCAAGCGTAATACTGATAAAGAAAAGTGAGATGAAAACTTAAAGGTTAAGCTTTGTTACCCTTTATCCTAAATAATAATAATAACAATGGTGACAATTAAGTCAACATTACTTCTAATTCTCCGTTTGACCTGTTTATGTTTGTGCACTGTTTCATTGTGCTTAGATTCTACAACAGATGACATTGAAATAACCAACTGTTTCTCTTATGTTCTGTCGTTTTCTTTAAATAATCTGTTCAGTTACCACCCTTCACTTTGTATCCCCCCCTTGAAAACATCAACTAATCGTTATGGAGTTGGTCTAATAGCTATTTTGCAAGAGAAATCACATGTTGGGAGACTAAAGATGGCAGCTGTGTTTCGTTAGTTTTATTTTTCACAGCTTATCTTCCCTCGATCGCGCCTTTTCTTTCTCTTTTGGTAAATTTAGTCAAATTGTTACAAATATTATTTAACGTCTTCTGTAGATTCATTGTATTATCTTGTAACATACAAAACCAACTAACGTGTATCGTAATTAAAACCTATGGTGAAAACAGAACTCTTCACATCTAATATCAATAATTCTTGATAATCCTACCTCATATTTCTTTAGTTGTGCACAGTTTCAATCAGTTAAACATGAACCACAATCC]

[+] EMBL CD082060             [TCGAGGAAACTTTCATGCTGAATCTAATCTCACTTTCATATTGCTGAAATTTATTATTGCCCATAATTCAAGCGTAATACTGATAAAGAAAAGTGAGATGAAAACTTAAAGGTTAAGCTTTGTTACCCTTTATCCTAAATAATAATAATAACAATGGTGACAATTAAGTCAACATTACTTCTAATTCTCCGTTTGACCTGTTTATGTTTGTGCACTGTTTCATTGTGCTTAGATTCTACAACAGATGACATTGAAATAACCAACTGTTTCTCTTATGTTCTGTCGTTTTCTTTAAATAATCTGTTCAGTTACCACCCTTCACTTTGTATCCCCCCCTTGAAAACATCAACTAATCGTTATGGAGTTGGTCTAATAGCTATTTTGCAAGAGAAATCACATGTTGGGAGACTAAAGATGGCAGCTGTGTTTCGTTAGTTTTATTTTTCACAGCTTATCTTCCCTCGATCGCGCCTTTTCTTTCTCTTTTGGTAAATTTAGTCAAATTGTTACAAATATTATTTAACGTCTTCTGTAGATTCATTGTATTATCTTGTAACATACAAAACCAACTAACGTGTATCGTAATTAAAACCTATGGTGAAAACAGAACTCTTCACATCTAATATCAATAATTCTTGATAATCCTACCTCATATTTCTTTAGTTGTGCACAGTTTCAATCAGTTAAACATGAACCACAATCC]




>consensus_2081#0
TCGAGGAAACTTTCATGCTGAATCTAATCTCACTTTCATATTGCTGAAATTTATTATTGC
CCATAATTCAAGCGTAATACTGATAAAGAAAAGTGAGATGAAAACTTAAAGGTTAAGCTT
TGTTACCCTTTATCCTAAATAATAATAATAACAATGGTGACAATTAAGTCAACATTACTT
CTAATTCTCCGTTTGACCTGTTTATGTTTGTGCACTGTTTCATTGTGCTTAGATTCTACA
ACAGATGACATTGAAATAACCAACTGTTTCTCTTATGTTCTGTCGTTTTCTTTAAATAAT
CTGTTCAGTTACCACCCTTCACTTTGTATCCCCCCCTTGAAAACATCAACTAATCGTTAT
GGAGTTGGTCTAATAGCTATTTTGCAAGAGAAATCACATGTTGGGAGACTAAAGATGGCA
GCTGTGTTTCGTTAGTTTTATTTTTCACAGCTTATCTTCCCTCGATCGCGCCTTTTCTTT
CTCTTTTGGTAAATTTAGTCAAATTGTTACAAATATTATTTAACGTCTTCTGTAGATTCA
TTGTATTATCTTGTAACATACAAAACCAACTAACGTGTATCGTAATTAAAACCTATGGTG
AAAACAGAACTCTTCACATCTAATATCAATAATTCTTGATAATCCTACCTCATATTTCTT
TAGTTGTGCACAGTTTCAATCAGTTAAACATGAACCACAATCC

consensusID : consensus_2081#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 647
fasta sequence

                              [ACCAGCCAAGATTCGGCACGAGGCACTCCAGTGAATCAGACTTAGTCATTGTGAATATGCCTGGACCATCACGTACTCTAGGAAGTGAATATTATTACATGGATTATATTGAAACATTAACAGACGGCTTATCACGTATTCTATTAGTACGTGGAACAGGACGTGAAGTAATCACTGCATTTTCTGAATAAATATTAATTCCAAATTTTTTGTGTGTTTGTATGCTGATTATTCTCTTGTTAATGATATGAAGCACATTTTCGCGAAACAAAAAACATAATCTAGTTGTAAAACATGTCAAGTATTTCCTTCGCTCACAATTATATCATTCTGTTTATTCTCATAAATTTTATCCTTAAAATTCATAAACTGCTGTTCCTTTCAAATCTGTCATAGTTCGTTATATTGTTCAGTGTTTATTTTGATTAGTCCTACTATTCATTTTAATTTTAGTTACATATATAACTATTCATTTATTCGATTGATTGATTTCCTGAAATATTTTTAATTTGCAGATCATCCTTTTCCTGTATTCAAACAGATATTGTAAGTGTATTCTCGTGAGATGTTTAGGTTTTCATGCTGAATCTAATCTCACTTTCATACTGCTGAAATTTATTATTGTCCATAATTCAAGCGTAATACTG]

[+] EMBL CD083209             [ACCAGCCAAGATTCGGCACGAGGCACTCCAGTGAATCAGACTTAGTCATTGTGAATATGCCTGGACCATCACGTACTCTAGGAAGTGAATATTATTACATGGATTATATTGAAACATTAACAGACGGCTTATCACGTATTCTATTAGTACGTGGAACAGGACGTGAAGTAATCACTGCATTTTCTGAATAAATATTAATTCCAAATTTTTTGTGTGTTTGTATGCTGATTATTCTCTTGTTAATGATATGAAGCACATTTTCGCGAAACAAAAAACATAATCTAGTTGTAAAACATGTCAAGTATTTCCTTCGCTCACAATTATATCATTCTGTTTATTCTCATAAATTTTATCCTTAAAATTCATAAACTGCTGTTCCTTTCAAATCTGTCATAGTTCGTTATATTGTTCAGTGTTTATTTTGATTAGTCCTACTATTCATTTTAATTTTAGTTACATATATAACTATTCATTTATTCGATTGATTGATTTCCTGAAATATTTTTAATTTGCAGATCATCCTTTTCCTGTATTCAAACAGATATTGTAAGTGTATTCTCGTGAGATGTTTAGGTTTTCATGCTGAATCTAATCTCACTTTCATACTGCTGAAATTTATTATTGTCCATAATTCAAGCGTAATACTG]




>consensus_2081#1
ACCAGCCAAGATTCGGCACGAGGCACTCCAGTGAATCAGACTTAGTCATTGTGAATATGC
CTGGACCATCACGTACTCTAGGAAGTGAATATTATTACATGGATTATATTGAAACATTAA
CAGACGGCTTATCACGTATTCTATTAGTACGTGGAACAGGACGTGAAGTAATCACTGCAT
TTTCTGAATAAATATTAATTCCAAATTTTTTGTGTGTTTGTATGCTGATTATTCTCTTGT
TAATGATATGAAGCACATTTTCGCGAAACAAAAAACATAATCTAGTTGTAAAACATGTCA
AGTATTTCCTTCGCTCACAATTATATCATTCTGTTTATTCTCATAAATTTTATCCTTAAA
ATTCATAAACTGCTGTTCCTTTCAAATCTGTCATAGTTCGTTATATTGTTCAGTGTTTAT
TTTGATTAGTCCTACTATTCATTTTAATTTTAGTTACATATATAACTATTCATTTATTCG
ATTGATTGATTTCCTGAAATATTTTTAATTTGCAGATCATCCTTTTCCTGTATTCAAACA
GATATTGTAAGTGTATTCTCGTGAGATGTTTAGGTTTTCATGCTGAATCTAATCTCACTT
TCATACTGCTGAAATTTATTATTGTCCATAATTCAAGCGTAATACTG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2081#0      TCGAGGAAACTTTCATGCTGAATCTAATCTCACTTTCATATTGCTGAAATTTATTATTGC 60
consensus_2081#1      ACCAGCCAAGATTCGGCACGAGGC--ACTCCAGTGAATCAGACTTAGTCATTGTGAATAT 58
                       * **  **  ***     **  *  *   ** *     *    *     ** * * *  

consensus_2081#0      CCATAATTCAA-GCGTAATACTGATAAAGAAAAGTGAGATGAAAACTTAAAGGTTAAGCT 119
consensus_2081#1      GCCTGGACCATCACGTACTCTAGGAAGTGAATATTATTACATGGATTATATTGAAACATT 118
                       * *    **   **** *   *  *  *** * *   *     * *  *  *  *   *

consensus_2081#0      TTGTTACCCTTTATCCTAAATAATAATAATAACAATGGTGACAATTAAGTCAACATTACT 179
consensus_2081#1      AACAGACGGCTTATCACGTATTCTATTAGTACGTGGAACAGGACGTGAAGTAA--TCACT 176
                           **   *****    **  ** ** **           *  * *   **  * ***

consensus_2081#0      TCTAATTCTCCGTTTGACCTGTTTATGTTTGTGCACTGTTTCATTGTGCTTAGATTCTAC 239
consensus_2081#1      GC--ATTTTCTGAATAAA-TATTAAT-----TCCAAATTTTTTGTGTGTTTGTATGCT-- 226
                       *  *** ** *  * *  * ** **     * **   ***   **** **  ** **  

consensus_2081#0      AACAGATGACATTGAAATAACCAACTGTTTCTCTTATGTTCTGTCGTTTTCTTTAA-ATA 298
consensus_2081#1      ----GATTATTCTC---TTGTTAATGATATGAAGCACATTTTCGCGAAACAAAAAACATA 279
                          *** *   *    *    **   * *     *  ** *  **        ** ***

consensus_2081#0      ATCTGTTCAGTTACCACCCTTCACTTTGTATCCCCCCCTTGAAAACATCAACTAATCGTT 358
consensus_2081#1      ATCTAGTTG--TAAAACATGTCAAGT-ATTTCCTTCGCTCACAATTAT------ATCATT 330
                      ****  *    **  **   ***  *  * ***  * **   **  **      *** **

consensus_2081#0      ATGGAGTTGGTCTAATAGCTATTTTGCAAGAGAAATCACATGTTGGGAGACTAAAGATGG 418
consensus_2081#1      CTGT--TTATTCTCATAAAT-TTTATCCTTAAAATTCATAAACTGCTGTTCCTTTCAAAT 387
                       **   **  *** ***  * ***  *   * ** *** *   **     *     *   

consensus_2081#0      CAGCTGTGTTTCGTTAGTTTTATTTTTCACAGCTTATCTTCCCTCGATCGCGCCTTTTCT 478
consensus_2081#1      CTGTCATAGTTCGTTA----TATTGTTCAGTGTTTATTTT-----GATTAGTCCTACTAT 438
                      * *   *  *******    **** ****  * **** **     ***    ***  * *

consensus_2081#0      TTCTCTTTTGGTAAATTTAGTCAAATTGTTACAAATATTATTTAACGTCTTCTGTAGATT 538
consensus_2081#1      TCATTTT-----AATTTTAGTTACATA--TATAACTATTCATTTATTCGATTGATTGATT 491
                      *  * **     ** ****** * **   ** ** ****  ** *     *   * ****

consensus_2081#0      CATTGTATTATCTTGTAACATACAAAACCAACTAACGTGTATCGTAATTAAAACCTATGG 598
consensus_2081#1      TCCTGAAATATTTT-TAATTTGCAGATC-----ATCCTTTTCCTGTATTCAAACAGATAT 545
                         ** * *** ** ***  * ** * *     * * * *  *   *** ****  **  

consensus_2081#0      TGAAAACAGAACTCTTCACATCTAATATCAATAATTCTTGATAATCCTACCTCATATTTC 658
consensus_2081#1      TGTAAGTGTA----TTCTCGTGAGATGTT--TAGGTTTTCATG-CTGAATCTAATCTCAC 598
                      ** **    *    *** * *   ** *   **  * ** **      * ** ** *  *

consensus_2081#0      TTTAGTTGTGCACAGTTTCA--ATCAGTTAAACATGAACCACAATCC-- 703
consensus_2081#1      TTTCATACTGCTGAAATTTATTATTGTCCATAATTCAAGCGTAATACTG 647
                      ***  *  ***  *  ** *  **     * *  * ** *  *** *