cluster # 2146

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Schistosoma mansoni
cluster # 2146 cluster # 2146 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_2146#0 length = 658 sequences # 1

consensus_2146#1 length = 594 sequences # 1

consensusID : consensus_2146#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 658
fasta sequence

                              [NAATTCGGCTCGAGGACCAGTACAACAACACCAACAATTTGGAAAATATTTATACATTCATACTTAATAAACTATCTCAAAATTCTGGCGGCTGTATGTATATATCTGGTATTCCGGGTACTGGTAAAACAGCATCAGTTCAAGCCGTGCTGTCTACGATGCATAAATTGGTTGCTGATTCAGGTTTGGAAAGACAGATACCCACATTCCAAGTAATCTATGTTAATGGCATGCGTGTCAGTGATCCTAAACAGGTTTACGTGGAGATATATGAAGTAAGCAATTAACTGGTTTAACTGCAACTGCAAAATGTGCTTCTGACTTGTTAGAAAAAGAATTTTGTCATAATGTAATTAAAAAAGTACCTCATGATGAAATTTCTGAAAAGCCAGTTGTTTTAGTCATTGATGAATTGGATTTGTTATGTACTCGTCGACAAGACATACTTTACAGTCTTTTTGATTGGCCTACACGCCATAATAACCATCGTGTATTAATAGTATTGGCTATTGCCAATACTATGGATCTACCGGAACGTTTACTTCACCCACGAGTGGCCAGTCGTTTAGGCTTAACTAGACTTACTTTTGCACCTTATTCTCACGAACAACTTGCTCANATTGTGCGACATCATTTATCGTCTNTATCANATATGTTT]

[+] EMBL CD083129             [NAATTCGGCTCGAGGACCAGTACAACAACACCAACAATTTGGAAAATATTTATACATTCATACTTAATAAACTATCTCAAAATTCTGGCGGCTGTATGTATATATCTGGTATTCCGGGTACTGGTAAAACAGCATCAGTTCAAGCCGTGCTGTCTACGATGCATAAATTGGTTGCTGATTCAGGTTTGGAAAGACAGATACCCACATTCCAAGTAATCTATGTTAATGGCATGCGTGTCAGTGATCCTAAACAGGTTTACGTGGAGATATATGAAGTAAGCAATTAACTGGTTTAACTGCAACTGCAAAATGTGCTTCTGACTTGTTAGAAAAAGAATTTTGTCATAATGTAATTAAAAAAGTACCTCATGATGAAATTTCTGAAAAGCCAGTTGTTTTAGTCATTGATGAATTGGATTTGTTATGTACTCGTCGACAAGACATACTTTACAGTCTTTTTGATTGGCCTACACGCCATAATAACCATCGTGTATTAATAGTATTGGCTATTGCCAATACTATGGATCTACCGGAACGTTTACTTCACCCACGAGTGGCCAGTCGTTTAGGCTTAACTAGACTTACTTTTGCACCTTATTCTCACGAACAACTTGCTCANATTGTGCGACATCATTTATCGTCTNTATCANATATGTTT]




>consensus_2146#0
NAATTCGGCTCGAGGACCAGTACAACAACACCAACAATTTGGAAAATATTTATACATTCA
TACTTAATAAACTATCTCAAAATTCTGGCGGCTGTATGTATATATCTGGTATTCCGGGTA
CTGGTAAAACAGCATCAGTTCAAGCCGTGCTGTCTACGATGCATAAATTGGTTGCTGATT
CAGGTTTGGAAAGACAGATACCCACATTCCAAGTAATCTATGTTAATGGCATGCGTGTCA
GTGATCCTAAACAGGTTTACGTGGAGATATATGAAGTAAGCAATTAACTGGTTTAACTGC
AACTGCAAAATGTGCTTCTGACTTGTTAGAAAAAGAATTTTGTCATAATGTAATTAAAAA
AGTACCTCATGATGAAATTTCTGAAAAGCCAGTTGTTTTAGTCATTGATGAATTGGATTT
GTTATGTACTCGTCGACAAGACATACTTTACAGTCTTTTTGATTGGCCTACACGCCATAA
TAACCATCGTGTATTAATAGTATTGGCTATTGCCAATACTATGGATCTACCGGAACGTTT
ACTTCACCCACGAGTGGCCAGTCGTTTAGGCTTAACTAGACTTACTTTTGCACCTTATTC
TCACGAACAACTTGCTCANATTGTGCGACATCATTTATCGTCTNTATCANATATGTTT

consensusID : consensus_2146#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 594
fasta sequence

                              [AAGAAGTGGCTATGGCTCGCATTGTTGCCTGTTTAAACTCACCACAAGAACTTGAAATCAACCTTAAATACGAACTCTTAATGTCCGATGGATAGCGAAGATTCATATGATGAAAGTTCTAGCTCGACAAGTGAATCAAGTTTTTCGACATATAATTCATCAGATTCTTCCGACTTAACTGAACGACAATTTCAACACAGAAACAGATCGAAAGGTCCTATAATAAAGTCATTCCCCGTAAGGAGAACAAAGCTCAATTTATGTGCCAACAAAAGCTCTATATTGGCTCATAGGAAGCGCACTCTTAGTCAAGTGTCCCGTGGTGAGTCTTTTCTTAATTTAAGTTCTACGAATTCGGAATATGGATGGTTACCTGGTCGTGAACAAGAATTTGAAAATATTTATACATTCATACTTAATAAACTATCTCAAAATTCTGGCGGCTGTATGTATATATCTGGTATTCCGGGTACTGGTAAAACAGCATCAGTTCAAGCCGTGCTGTCTACGATGCATAAATTGGTTGCTGATTCAGGTTTGGAAAGCCAGATACCCACATTCCAAGTAATCTATGTTAATGGCATGCGTGTCAGT]

[+] EMBL CD114126             [AAGAAGTGGCTATGGCTCGCATTGTTGCCTGTTTAAACTCACCACAAGAACTTGAAATCAACCTTAAATACGAACTCTTAATGTCCGATGGATAGCGAAGATTCATATGATGAAAGTTCTAGCTCGACAAGTGAATCAAGTTTTTCGACATATAATTCATCAGATTCTTCCGACTTAACTGAACGACAATTTCAACACAGAAACAGATCGAAAGGTCCTATAATAAAGTCATTCCCCGTAAGGAGAACAAAGCTCAATTTATGTGCCAACAAAAGCTCTATATTGGCTCATAGGAAGCGCACTCTTAGTCAAGTGTCCCGTGGTGAGTCTTTTCTTAATTTAAGTTCTACGAATTCGGAATATGGATGGTTACCTGGTCGTGAACAAGAATTTGAAAATATTTATACATTCATACTTAATAAACTATCTCAAAATTCTGGCGGCTGTATGTATATATCTGGTATTCCGGGTACTGGTAAAACAGCATCAGTTCAAGCCGTGCTGTCTACGATGCATAAATTGGTTGCTGATTCAGGTTTGGAAAGCCAGATACCCACATTCCAAGTAATCTATGTTAATGGCATGCGTGTCAGT]




>consensus_2146#1
AAGAAGTGGCTATGGCTCGCATTGTTGCCTGTTTAAACTCACCACAAGAACTTGAAATCA
ACCTTAAATACGAACTCTTAATGTCCGATGGATAGCGAAGATTCATATGATGAAAGTTCT
AGCTCGACAAGTGAATCAAGTTTTTCGACATATAATTCATCAGATTCTTCCGACTTAACT
GAACGACAATTTCAACACAGAAACAGATCGAAAGGTCCTATAATAAAGTCATTCCCCGTA
AGGAGAACAAAGCTCAATTTATGTGCCAACAAAAGCTCTATATTGGCTCATAGGAAGCGC
ACTCTTAGTCAAGTGTCCCGTGGTGAGTCTTTTCTTAATTTAAGTTCTACGAATTCGGAA
TATGGATGGTTACCTGGTCGTGAACAAGAATTTGAAAATATTTATACATTCATACTTAAT
AAACTATCTCAAAATTCTGGCGGCTGTATGTATATATCTGGTATTCCGGGTACTGGTAAA
ACAGCATCAGTTCAAGCCGTGCTGTCTACGATGCATAAATTGGTTGCTGATTCAGGTTTG
GAAAGCCAGATACCCACATTCCAAGTAATCTATGTTAATGGCATGCGTGTCAGT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2146#0      NAATTCGGCTCGAGGACCAGTACAACAACACCAACAATTTGGAAAATATTTATACATTCA 60
consensus_2146#1      ----------------------AAGAAGTGGCTATGGCTCGCA---TTGTTGCCTGTTTA 35
                                             *  *    * *    * * *   *  **     ** *

consensus_2146#0      TACTTAATAAACTATCTCAAAATTCTGGCGGCTGTATGTATATATCTGGTAT-TCCGGGT 119
consensus_2146#1      AACTCACCACAAGAACTTGAAAT-----CAACCTTAAATACGAACTCTTAATGTCCGATG 90
                       *** *  * *  * **  ****     *  *  **  **   *      ** ****   

consensus_2146#0      ACTGGTAAAACAGCATCAGTTCAAGCCGTGCTGTCTACGATGCATAAATTGGTTGCTGAT 179
consensus_2146#1      GATAGCGAAGATTCATATGATGAAA--GTTCTAGCT-CGACAAGTGAATCAA--GTTTTT 145
                        * *  **    ***  * * **   ** **  ** ***    * ***     * *  *

consensus_2146#0      TCAGGTTTGGAAAGACAGATACCCACATTCCAAGTAATCTATGTTAATGGCATGCGTGTC 239
consensus_2146#1      CGACATATAATTCATCAGATTCTTCCGACTTAACTGA---ACGACAATTTCA-ACACAGA 201
                        *  * *       ***** *   *     ** * *   * *  ***  **  *     

consensus_2146#0      AGTGATCCTAAACAGGTTTACGTGGAGATATATGAAGTAAGCAATTAACTGGTTTAACTG 299
consensus_2146#1      AACAGATCGAAAGGTCCTATAATAAAGTCATTCCCCGTAAGGAG--AACAAAGCTCAATT 259
                      *      * ***     *    *  **  **     ***** *   ***     * * * 

consensus_2146#0      CAACTGCAAAATGTGCTTCTGACTTGTTAGAAAAAGAATTTTGTCATAATGTAATTAAAA 359
consensus_2146#1      TATGTGCCAACAAAAGCTCTATATTGGCTCATAGGAAGCGCACTCTTAGTC--------- 310
                       *  *** **       ***   ***    * *   *      ** ** *          

consensus_2146#0      AAGTACCTCATGATGAAATTTCTGAAAAGCCAGTTGTTTTAGTCATTGATGAATTGGATT 419
consensus_2146#1      AAGTGTCCCGTGGTGAGTCTTTTCTTAATTTAA--GTTCTACGAATTCG-GAATATGGAT 367
                      ****  * * ** ***   ** *   **   *   *** **   ***   ****  *  *

consensus_2146#0      TGTTATGTACTCGTCGACAAGACATACTTTACAGTCTTTTTG-ATTGGCCTACACGCCAT 478
consensus_2146#1      GGTTACCTGGTCGTGAACAAGA---ATTTGAAAATATTTATACATTCATACTTAATAAAC 424
                       ****  *  ****  ******   * ** * * * *** *  ***       *    * 

consensus_2146#0      AATAACCATCGTGTATTAATAGTATTGGCTATTGCCAATACTATGGATCTACCGGAACGT 538
consensus_2146#1      TATCTCAAAATTCTGGCGGCTGTAT-GTATATATCTGGTATTCCGGGT--ACTGGTAAAA 481
                       **  * *   * *       **** *  ***  *   ** *  ** *  ** ** *   

consensus_2146#0      TTACTTCACCCACGAGTGGCCAGTCGTTTAGGCTTAACTAGACTTACTTTTGCACCTTAT 598
consensus_2146#1      CAGCATCAGTT-CAAGCCGT--GCTGTCTACGATGCA-TAAATTGGTTGCTG-ATTCAGG 536
                         * ***    * **  *   *  ** ** * *  * ** * *   *  ** *      

consensus_2146#0      TCTCACGAACAACTTGCTCANATTGTGCGACATCATTTATCGTCTNTATCANATATGTTT 658
consensus_2146#1      TTTGGAAAGCCAGATACCCACATT---CCAAGTAATCTAT-GTTAATGGCATGCGTGTCA 592
                      * *    * * *  * * ** ***   * *  * ** *** **   *  **    ***  

consensus_2146#0      --
consensus_2146#1      GT 594