cluster # 225

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Schistosoma mansoni
cluster # 225 cluster # 225 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_225#0 length = 672 sequences # 1

consensus_225#1 length = 403 sequences # 1

consensusID : consensus_225#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 672
fasta sequence

                              [AGTTTAAATCGACAATTGTTCATGTTCCAGAAATATTGATGAATATTTAAAGTATAGTTTAATTAAATTATATATACCAGAGATGTTTACTCAACCTGGACATGATAAATTAACATTTGATTTTAGTTTCTTTTATGATCGTAATACTATAAAACAAGCTAGTTTATTTGTATTAACATTTGGTGGAACAATTGATCAACCTAGTGAAGAAATTCATTTATGGTTATTCCTATCAAATAATGAAGTTAAAATGGGTTATATACAGATCCGAATGATGAATTAGATTAAATCATGAAGTGATTTGGCTAATATGGGACATAATCAAATATTGGGCATTATATAAATTAGATATACATTTATTAGTCGTAATCATTATTTCGAATTAAATCGCCAACATCAATTAGTGATACATCAGCACCATTTATGAAGCTAGTCGATTGATAACAATACATCTGGGACGTAATACGTTTTAACCACCAGATAAATGAAAAGTCACTTATATTAGCAGGGTGAATGTTAGAGGGTGATCGTAGTTACTTTACCAACCTCACGGAATTCGTATTTTATTTACAGAAGATTACAGGATTTCGGAATGGCTTTGCAACCACCTGGTTGGAAAAAAATGGAACATAATACTTGGTCTCCGCTTCTCTAAAGATTTACTGACCTTGG]

[+] EMBL AI639540             [AGTTTAAATCGACAATTGTTCATGTTCCAGAAATATTGATGAATATTTAAAGTATAGTTTAATTAAATTATATATACCAGAGATGTTTACTCAACCTGGACATGATAAATTAACATTTGATTTTAGTTTCTTTTATGATCGTAATACTATAAAACAAGCTAGTTTATTTGTATTAACATTTGGTGGAACAATTGATCAACCTAGTGAAGAAATTCATTTATGGTTATTCCTATCAAATAATGAAGTTAAAATGGGTTATATACAGATCCGAATGATGAATTAGATTAAATCATGAAGTGATTTGGCTAATATGGGACATAATCAAATATTGGGCATTATATAAATTAGATATACATTTATTAGTCGTAATCATTATTTCGAATTAAATCGCCAACATCAATTAGTGATACATCAGCACCATTTATGAAGCTAGTCGATTGATAACAATACATCTGGGACGTAATACGTTTTAACCACCAGATAAATGAAAAGTCACTTATATTAGCAGGGTGAATGTTAGAGGGTGATCGTAGTTACTTTACCAACCTCACGGAATTCGTATTTTATTTACAGAAGATTACAGGATTTCGGAATGGCTTTGCAACCACCTGGTTGGAAAAAAATGGAACATAATACTTGGTCTCCGCTTCTCTAAAGATTTACTGACCTTGG]




>consensus_225#0
AGTTTAAATCGACAATTGTTCATGTTCCAGAAATATTGATGAATATTTAAAGTATAGTTT
AATTAAATTATATATACCAGAGATGTTTACTCAACCTGGACATGATAAATTAACATTTGA
TTTTAGTTTCTTTTATGATCGTAATACTATAAAACAAGCTAGTTTATTTGTATTAACATT
TGGTGGAACAATTGATCAACCTAGTGAAGAAATTCATTTATGGTTATTCCTATCAAATAA
TGAAGTTAAAATGGGTTATATACAGATCCGAATGATGAATTAGATTAAATCATGAAGTGA
TTTGGCTAATATGGGACATAATCAAATATTGGGCATTATATAAATTAGATATACATTTAT
TAGTCGTAATCATTATTTCGAATTAAATCGCCAACATCAATTAGTGATACATCAGCACCA
TTTATGAAGCTAGTCGATTGATAACAATACATCTGGGACGTAATACGTTTTAACCACCAG
ATAAATGAAAAGTCACTTATATTAGCAGGGTGAATGTTAGAGGGTGATCGTAGTTACTTT
ACCAACCTCACGGAATTCGTATTTTATTTACAGAAGATTACAGGATTTCGGAATGGCTTT
GCAACCACCTGGTTGGAAAAAAATGGAACATAATACTTGGTCTCCGCTTCTCTAAAGATT
TACTGACCTTGG

consensusID : consensus_225#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 403
fasta sequence

                              [TATTAAATTAGAAATAACATTTATTAATGGTAATCCATTATTTCAATTAAAATCTCAAACATCAATTAGTGATACATTAGCACCATTTATGAAAGCTAGTCGATTGATATCAATACATGTTGGACGTAATACAGTTTTAACACCAGATAAAATGAAAAAGTCAACTTATAATTATCATGGTAAAATGTTTAGAGGTTGTATGAGTAGTTTACATTTATCAACACTCACAGAAATACGTAATATTAATTTACCAGAAGATTTACCAGGATTTCTGTATGGTCTTTGTCATACCTCATTGGTTTGGTAACAAAAAATGGAAAACATAATAGAGTATGTTATTCTCCTTTCTCTTTAAAGTAATTTACTTGAATCATTAGTTATCCCAATATATCCCATTTTGTTC]

[-] EMBL AI976721             [TATTAAATTAGAAATAACATTTATTAATGGTAATCCATTATTTCAATTAAAATCTCAAACATCAATTAGTGATACATTAGCACCATTTATGAAAGCTAGTCGATTGATATCAATACATGTTGGACGTAATACAGTTTTAACACCAGATAAAATGAAAAAGTCAACTTATAATTATCATGGTAAAATGTTTAGAGGTTGTATGAGTAGTTTACATTTATCAACACTCACAGAAATACGTAATATTAATTTACCAGAAGATTTACCAGGATTTCTGTATGGTCTTTGTCATACCTCATTGGTTTGGTAACAAAAAATGGAAAACATAATAGAGTATGTTATTCTCCTTTCTCTTTAAAGTAATTTACTTGAATCATTAGTTATCCCAATATATCCCATTTTGTTC]




>consensus_225#1
TATTAAATTAGAAATAACATTTATTAATGGTAATCCATTATTTCAATTAAAATCTCAAAC
ATCAATTAGTGATACATTAGCACCATTTATGAAAGCTAGTCGATTGATATCAATACATGT
TGGACGTAATACAGTTTTAACACCAGATAAAATGAAAAAGTCAACTTATAATTATCATGG
TAAAATGTTTAGAGGTTGTATGAGTAGTTTACATTTATCAACACTCACAGAAATACGTAA
TATTAATTTACCAGAAGATTTACCAGGATTTCTGTATGGTCTTTGTCATACCTCATTGGT
TTGGTAACAAAAAATGGAAAACATAATAGAGTATGTTATTCTCCTTTCTCTTTAAAGTAA
TTTACTTGAATCATTAGTTATCCCAATATATCCCATTTTGTTC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_225#0      AGTTTAAATCGACAATTGTTCATGTTCCAGAAATATTGATGAATATTTAAAGTATAGTTT 60
consensus_225#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_225#0      AATTAAATTATATATACCAGAGATGTTTACTCAACCTGGACATGATAAATTAACATTTGA 120
consensus_225#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_225#0      TTTTAGTTTCTTTTATGATCGTAATACTATAAAACAAGCTAGTTTATTTGTATTAACATT 180
consensus_225#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_225#0      TGGTGGAACAATTGATCAACCTAGTGAAGAAATTCATTTATGGTTATTCCTATCAAATAA 240
consensus_225#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_225#0      TGAAGTTAAAATGGGTTATATACAGATCCGAATGATGAATTAGATTAAATCATGAAGTGA 300
consensus_225#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_225#0      TTTGGCTAATATGGGACATAATCAAATATTGGGCATTATATAAATTAGATATA-CATTTA 359
consensus_225#1      ------------------------------------TAT-TAAATTAGAAATAACATTTA 23
                                                         *** ********* *** ******

consensus_225#0      TTAGTCGTAATC-ATTATTTCGAATTAAATCGCCAACATCAATTAGTGATACATCAGCAC 418
consensus_225#1      TTAATGGTAATCCATTATTTCAATTAAAATCTCAAACATCAATTAGTGATACATTAGCAC 83
                     *** * ****** ******** * * ***** * ******************** *****

consensus_225#0      CATTTATGAA-GCTAGTCGATTGATAACAATACATCTGGGACGTAATACGTTTTAACCAC 477
consensus_225#1      CATTTATGAAAGCTAGTCGATTGATATCAATACATGTTGGACGTAATACAGTTTTAACAC 143
                     ********** *************** ******** * ***********  *** * ***

consensus_225#0      CAGATAAAT--GAAAAGTCA-CTTATA-TTAGCAGGGTGAA-TGTTAGAGGGTGATC--- 529
consensus_225#1      CAGATAAAATGAAAAAGTCAACTTATAATTATCATGGTAAAATGTTTAGAGGTTGTATGA 203
                     ********    ******** ****** *** ** *** ** ****    ***  *    

consensus_225#0      GTAGTT-AC-TTTACCAAC-CTCACGGAATT-CGTATTTT--ATTTAC-AGAAGATTA-- 580
consensus_225#1      GTAGTTTACATTTATCAACACTCACAGAAATACGTAATATTAATTTACCAGAAGATTTAC 263
                     ****** ** **** **** ***** *** * **** * *  ****** ********   

consensus_225#0      CAGGATTTCGGAATGGCTTTGCAACCACCTGGTTGGA--------AAAAAATGGAA--CA 630
consensus_225#1      CAGGATTTCTGTATGGTCTTTGTCATACCTCATTGGTTTGGTAACAAAAAATGGAAAACA 323
                     ********* * ****  **      ****  ****         ***********  **

consensus_225#0      TAATA-----CTTGGTCTCCGCTTCTCTAAAGATTTACTGACCTTGG------------- 672
consensus_225#1      TAATAGAGTATGTTATTCTCCTTTCTCTTTAAAGTAATTTACTTGAATCATTAGTTATCC 383
                     *****       *  *   *  ******  * * * * * ** *                

consensus_225#0      --------------------
consensus_225#1      CAATATATCCCATTTTGTTC 403